Doublet Group distance statistics: 52547

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C2	A	0, 0.008, 0.028, 0.047, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C5	A	0, 0.001, 0.023, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N1	A	0, 0.008, 0.032, 0.056, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.032 std_dev=0.024
N3	A	0, 0.006, 0.031, 0.055, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.031 std_dev=0.024
C1'	A	0, 0.011, 0.038, 0.065, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.038 std_dev=0.027
C4	A	0, 0.001, 0.031, 0.061, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.031 std_dev=0.030
N9	A	0, 0.004, 0.037, 0.069, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.037 std_dev=0.032
N6	A	0, -0.001, 0.040, 0.082, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.040 std_dev=0.042
N7	A	0, 0.004, 0.051, 0.098, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.051 std_dev=0.047
C8	A	0, 0.001, 0.057, 0.113, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.057 std_dev=0.056
C2'	A	0, -0.006, 0.151, 0.309, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.151 std_dev=0.158
O4'	A	0, 0.062, 0.236, 0.410, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.236 std_dev=0.174
O2'	A	0, 0.026, 0.228, 0.431, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.228 std_dev=0.203
C6	B	0, 0.073, 0.288, 0.503, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.288 std_dev=0.215
N6	B	0, 0.022, 0.240, 0.458, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.240 std_dev=0.218
C3'	A	0, 0.059, 0.283, 0.507, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.283 std_dev=0.224
C4'	A	0, 0.097, 0.339, 0.581, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.339 std_dev=0.242
O3'	A	0, 0.016, 0.261, 0.506, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.261 std_dev=0.245
N1	B	0, 0.105, 0.361, 0.617, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.361 std_dev=0.256
P	A	0, 0.114, 0.467, 0.820, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.467 std_dev=0.353
OP2	A	0, 0.148, 0.516, 0.883, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.516 std_dev=0.368
C5	B	0, 0.108, 0.477, 0.846, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.477 std_dev=0.369
OP1	A	0, 0.025, 0.405, 0.784, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.405 std_dev=0.379
C2	B	0, 0.157, 0.539, 0.921, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.539 std_dev=0.382
O2'	B	0, 0.091, 0.552, 1.014, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.552 std_dev=0.462
C4	B	0, 0.181, 0.657, 1.132, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.657 std_dev=0.475
N3	B	0, 0.202, 0.690, 1.178, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.690 std_dev=0.488
C5'	A	0, 0.192, 0.687, 1.182, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.687 std_dev=0.495
O5'	A	0, 0.211, 0.725, 1.240, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.725 std_dev=0.514
N7	B	0, 0.090, 0.609, 1.128, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.609 std_dev=0.519
N9	B	0, 0.215, 0.841, 1.468, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.841 std_dev=0.626
C8	B	0, 0.167, 0.821, 1.476, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.821 std_dev=0.654
C1'	B	0, 0.284, 1.055, 1.826, 1.822 max_d=1.822 avg_d=1.055 std_dev=0.771
C2'	B	0, 0.308, 1.224, 2.140, 2.204 max_d=2.204 avg_d=1.224 std_dev=0.916
O4'	B	0, 0.682, 2.417, 4.152, 3.993 max_d=3.993 avg_d=2.417 std_dev=1.735
C3'	B	0, 0.717, 2.596, 4.475, 4.387 max_d=4.387 avg_d=2.596 std_dev=1.879
C4'	B	0, 0.836, 2.969, 5.103, 4.916 max_d=4.916 avg_d=2.969 std_dev=2.133
O3'	B	0, 0.847, 3.087, 5.327, 5.248 max_d=5.248 avg_d=3.087 std_dev=2.240
C5'	B	0, 1.244, 4.363, 7.481, 7.101 max_d=7.101 avg_d=4.363 std_dev=3.118
O5'	B	0, 1.662, 5.746, 9.831, 9.133 max_d=9.133 avg_d=5.746 std_dev=4.085
P	B	0, 2.232, 7.673, 13.114, 12.005 max_d=12.005 avg_d=7.673 std_dev=5.441
OP2	B	0, 2.410, 8.314, 14.218, 13.138 max_d=13.138 avg_d=8.314 std_dev=5.904
OP1	B	0, 2.448, 8.494, 14.540, 13.589 max_d=13.589 avg_d=8.494 std_dev=6.046

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.00	0.07	0.05	0.16	0.01
C2	0.03	0.00	0.03	0.06	0.01	0.01	0.01	0.05	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.06	0.03	0.18	0.08	0.08	0.07
C2'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.05	0.01	0.05	0.03	0.05	0.02	0.00	0.02	0.00	0.16	0.14	0.06	0.09
C3'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.03	0.00	0.03	0.03	0.04	0.06	0.04	0.06	0.05	0.05	0.01	0.02	0.01	0.00	0.21	0.18	0.04	0.14
C4	0.01	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.02	0.02	0.18	0.07	0.09	0.06
C4'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.04	0.00	0.04	0.05	0.02	0.02	0.06	0.06	0.02	0.01	0.03	0.00	0.01	0.04	0.18	0.02
C5	0.01	0.01	0.02	0.03	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.03	0.01	0.02	0.20	0.08	0.09	0.08
C5'	0.01	0.05	0.02	0.03	0.05	0.00	0.08	0.00	0.09	0.07	0.07	0.04	0.11	0.09	0.03	0.01	0.05	0.01	0.00	0.05	0.21	0.01
C6	0.02	0.00	0.02	0.04	0.01	0.04	0.01	0.09	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.03	0.02	0.03	0.21	0.09	0.09	0.10
C8	0.02	0.01	0.05	0.06	0.00	0.05	0.00	0.07	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.04	0.06	0.04	0.19	0.09	0.10	0.08
N1	0.02	0.00	0.01	0.04	0.01	0.02	0.01	0.07	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.04	0.03	0.03	0.20	0.08	0.08	0.09
N3	0.02	0.01	0.05	0.06	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.06	0.03	0.17	0.08	0.10	0.06
N6	0.02	0.01	0.03	0.05	0.01	0.06	0.01	0.11	0.00	0.02	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.04	0.04	0.03	0.23	0.11	0.11	0.13
N7	0.01	0.01	0.05	0.05	0.00	0.06	0.00	0.09	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.04	0.05	0.03	0.21	0.10	0.09	0.10
N9	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.16	0.07	0.12	0.05
O2'	0.00	0.05	0.00	0.02	0.03	0.01	0.03	0.01	0.03	0.04	0.04	0.06	0.04	0.04	0.01	0.00	0.06	0.01	0.06	0.09	0.11	0.03
O3'	0.02	0.06	0.02	0.01	0.02	0.03	0.01	0.05	0.02	0.06	0.03	0.06	0.04	0.05	0.02	0.06	0.00	0.03	0.17	0.19	0.01	0.14
O4'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.04	0.03	0.03	0.03	0.03	0.01	0.01	0.03	0.00	0.05	0.04	0.24	0.08
O5'	0.07	0.18	0.16	0.21	0.18	0.01	0.20	0.00	0.21	0.19	0.20	0.17	0.23	0.21	0.16	0.06	0.17	0.05	0.00	0.02	0.00	0.00
OP1	0.05	0.08	0.14	0.18	0.07	0.04	0.08	0.05	0.09	0.09	0.08	0.08	0.11	0.10	0.07	0.09	0.19	0.04	0.02	0.00	0.00	0.01
OP2	0.16	0.08	0.06	0.04	0.09	0.18	0.09	0.21	0.09	0.10	0.08	0.10	0.11	0.09	0.12	0.11	0.01	0.24	0.00	0.00	0.00	0.00
P	0.01	0.07	0.09	0.14	0.06	0.02	0.08	0.01	0.10	0.08	0.09	0.06	0.13	0.10	0.05	0.03	0.14	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.10	0.05	0.15	0.21	0.01	0.13	0.07	0.11	0.14	0.03	0.11	0.02	0.23	0.05	0.05	0.08	0.27	0.22	0.39	0.46	0.52	0.34
C2	0.17	0.05	0.17	0.25	0.10	0.28	0.13	0.34	0.03	0.25	0.08	0.03	0.04	0.25	0.18	0.15	0.24	0.25	0.80	0.82	1.30	0.99
C2'	0.28	0.10	0.17	0.20	0.16	0.33	0.09	0.34	0.05	0.20	0.05	0.16	0.12	0.11	0.22	0.14	0.22	0.46	0.74	0.64	0.85	0.70
C3'	0.30	0.09	0.20	0.25	0.16	0.37	0.08	0.40	0.05	0.20	0.04	0.16	0.14	0.10	0.23	0.16	0.29	0.52	0.80	0.74	0.86	0.73
C4	0.14	0.06	0.10	0.10	0.05	0.20	0.04	0.21	0.06	0.17	0.10	0.01	0.14	0.13	0.13	0.10	0.07	0.25	0.65	0.71	0.97	0.76
C4'	0.15	0.04	0.24	0.35	0.04	0.21	0.07	0.23	0.13	0.02	0.09	0.06	0.22	0.08	0.07	0.14	0.45	0.31	0.43	0.38	0.53	0.22
C5	0.15	0.06	0.11	0.12	0.06	0.22	0.06	0.25	0.04	0.18	0.10	0.01	0.09	0.15	0.13	0.10	0.08	0.25	0.69	0.79	1.06	0.84
C5'	0.16	0.06	0.24	0.36	0.03	0.22	0.07	0.23	0.14	0.03	0.11	0.06	0.23	0.07	0.08	0.15	0.47	0.32	0.44	0.43	0.56	0.23
C6	0.16	0.06	0.14	0.20	0.09	0.27	0.10	0.33	0.03	0.22	0.09	0.03	0.04	0.20	0.16	0.13	0.18	0.25	0.79	0.88	1.27	0.99
C8	0.12	0.07	0.10	0.11	0.02	0.14	0.03	0.11	0.11	0.10	0.12	0.01	0.18	0.05	0.08	0.07	0.17	0.23	0.52	0.66	0.72	0.57
N1	0.17	0.06	0.18	0.27	0.11	0.30	0.13	0.37	0.05	0.25	0.08	0.03	0.06	0.25	0.18	0.15	0.27	0.25	0.84	0.90	1.38	1.06
N3	0.16	0.05	0.13	0.16	0.08	0.23	0.08	0.26	0.04	0.21	0.09	0.02	0.11	0.19	0.15	0.12	0.13	0.25	0.70	0.71	1.08	0.83
N6	0.16	0.07	0.16	0.22	0.09	0.28	0.11	0.35	0.05	0.23	0.09	0.04	0.05	0.21	0.16	0.14	0.21	0.26	0.82	0.94	1.33	1.05
N7	0.13	0.07	0.09	0.08	0.04	0.18	0.02	0.18	0.07	0.14	0.11	0.01	0.13	0.10	0.10	0.08	0.08	0.24	0.62	0.76	0.90	0.72
N9	0.12	0.06	0.10	0.11	0.02	0.14	0.03	0.12	0.11	0.10	0.11	0.00	0.19	0.05	0.09	0.07	0.15	0.23	0.52	0.61	0.73	0.56
O2'	0.25	0.13	0.19	0.26	0.16	0.29	0.06	0.29	0.00	0.13	0.06	0.18	0.11	0.03	0.20	0.13	0.30	0.44	0.61	0.41	0.68	0.49
O3'	0.35	0.12	0.24	0.30	0.18	0.45	0.09	0.52	0.05	0.21	0.06	0.19	0.13	0.08	0.25	0.18	0.35	0.63	0.93	0.92	0.93	0.87
O4'	0.06	0.11	0.22	0.33	0.08	0.15	0.14	0.21	0.19	0.05	0.16	0.08	0.28	0.13	0.04	0.12	0.42	0.17	0.25	0.48	0.37	0.11
O5'	0.18	0.05	0.27	0.39	0.05	0.24	0.09	0.25	0.15	0.08	0.12	0.05	0.25	0.09	0.10	0.17	0.49	0.33	0.44	0.42	0.56	0.22
OP1	0.16	0.08	0.35	0.48	0.06	0.25	0.10	0.28	0.17	0.07	0.14	0.06	0.25	0.10	0.09	0.23	0.62	0.32	0.43	0.43	0.61	0.19
OP2	0.28	0.11	0.15	0.21	0.16	0.30	0.13	0.30	0.13	0.20	0.12	0.15	0.18	0.14	0.21	0.13	0.28	0.45	0.66	0.70	0.74	0.58
P	0.18	0.04	0.27	0.39	0.03	0.24	0.05	0.25	0.13	0.07	0.11	0.04	0.22	0.04	0.10	0.17	0.50	0.33	0.44	0.46	0.58	0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.10	0.15	0.26	0.11
C2	0.02	0.00	0.29	0.20	0.00	0.09	0.00	0.21	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.27	0.29	0.24	0.12	0.43	0.35	0.14
C2'	0.00	0.29	0.00	0.00	0.15	0.00	0.07	0.03	0.13	0.15	0.22	0.29	0.08	0.08	0.01	0.00	0.02	0.00	0.16	0.33	0.38	0.22
C3'	0.00	0.20	0.00	0.00	0.12	0.00	0.10	0.03	0.14	0.11	0.18	0.19	0.12	0.08	0.05	0.01	0.00	0.01	0.21	0.41	0.38	0.27
C4	0.01	0.00	0.15	0.12	0.00	0.05	0.00	0.14	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.11	0.15	0.12	0.12	0.20	0.45	0.21
C4'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.05	0.10	0.07	0.09	0.06	0.09	0.04	0.01	0.01	0.00	0.01	0.30	0.02	0.04
C5	0.01	0.00	0.07	0.10	0.00	0.06	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.04	0.10	0.04	0.29	0.35	0.64	0.41
C5'	0.04	0.21	0.03	0.03	0.14	0.01	0.14	0.00	0.15	0.19	0.18	0.20	0.16	0.19	0.10	0.02	0.03	0.02	0.01	0.25	0.15	0.02
C6	0.01	0.00	0.13	0.14	0.00	0.05	0.01	0.15	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.10	0.17	0.09	0.22	0.40	0.64	0.37
C8	0.01	0.00	0.15	0.11	0.00	0.10	0.00	0.19	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.14	0.13	0.16	0.52	0.47	0.68	0.59
N1	0.01	0.00	0.22	0.18	0.00	0.07	0.01	0.18	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.19	0.25	0.18	0.08	0.41	0.50	0.21
N3	0.02	0.00	0.29	0.19	0.00	0.09	0.00	0.20	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.26	0.26	0.25	0.12	0.35	0.29	0.11
N6	0.00	0.00	0.08	0.12	0.00	0.06	0.01	0.16	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.06	0.14	0.05	0.32	0.50	0.76	0.50
N7	0.01	0.00	0.08	0.08	0.00	0.09	0.00	0.19	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.10	0.10	0.09	0.51	0.52	0.77	0.63
N9	0.00	0.00	0.01	0.05	0.00	0.04	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.04	0.01	0.24	0.16	0.46	0.29
O2'	0.02	0.27	0.00	0.01	0.11	0.01	0.04	0.02	0.10	0.14	0.19	0.26	0.06	0.10	0.03	0.00	0.06	0.02	0.03	0.47	0.21	0.12
O3'	0.02	0.29	0.02	0.00	0.15	0.01	0.10	0.03	0.17	0.13	0.25	0.26	0.14	0.10	0.04	0.06	0.00	0.02	0.15	0.56	0.31	0.24
O4'	0.00	0.24	0.00	0.01	0.12	0.00	0.04	0.02	0.09	0.16	0.18	0.25	0.05	0.09	0.01	0.02	0.02	0.00	0.02	0.12	0.05	0.03
O5'	0.10	0.12	0.16	0.21	0.12	0.01	0.29	0.01	0.22	0.52	0.08	0.12	0.32	0.51	0.24	0.03	0.15	0.02	0.00	0.02	0.03	0.00
OP1	0.15	0.43	0.33	0.41	0.20	0.30	0.35	0.25	0.40	0.47	0.41	0.35	0.50	0.52	0.16	0.47	0.56	0.12	0.02	0.00	0.00	0.00
OP2	0.26	0.35	0.38	0.38	0.45	0.02	0.64	0.15	0.64	0.68	0.50	0.29	0.76	0.77	0.46	0.21	0.31	0.05	0.03	0.00	0.00	0.00
P	0.11	0.14	0.22	0.27	0.21	0.04	0.41	0.02	0.37	0.59	0.21	0.11	0.50	0.63	0.29	0.12	0.24	0.03	0.00	0.00	0.00	0.00