Doublet Group distance statistics: 52548

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C5	A	0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.015
N1	A	0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N7	A	0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C2	A	0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.017
N9	A	0, -0.001, 0.018, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.019
C4	A	0, 0.003, 0.023, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.023 std_dev=0.020
N6	A	0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.030 std_dev=0.021
C1'	A	0, 0.001, 0.023, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.022
N3	A	0, 0.004, 0.027, 0.050, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.027 std_dev=0.023
C8	A	0, 0.007, 0.030, 0.053, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.030 std_dev=0.023
C2'	A	0, 0.069, 0.259, 0.449, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.259 std_dev=0.190
O4'	A	0, 0.087, 0.303, 0.519, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.303 std_dev=0.216
C4'	A	0, 0.107, 0.375, 0.644, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.375 std_dev=0.269
O2'	A	0, 0.072, 0.395, 0.718, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.395 std_dev=0.323
C3'	A	0, 0.128, 0.485, 0.843, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.485 std_dev=0.357
C5	B	0, 0.137, 0.603, 1.070, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.603 std_dev=0.466
C5'	A	0, 0.198, 0.677, 1.155, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.677 std_dev=0.479
N6	B	0, 0.100, 0.580, 1.061, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.580 std_dev=0.481
O5'	A	0, -0.058, 0.438, 0.934, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.438 std_dev=0.496
O3'	A	0, 0.182, 0.771, 1.360, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.771 std_dev=0.589
C4	B	0, 0.079, 0.699, 1.319, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.699 std_dev=0.620
C6	B	0, -0.003, 0.628, 1.259, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.628 std_dev=0.631
N9	B	0, 0.210, 0.900, 1.589, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.900 std_dev=0.689
N7	B	0, 0.133, 0.877, 1.620, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.877 std_dev=0.744
O4'	B	0, 0.288, 1.034, 1.779, 1.733 max_d=1.733 avg_d=1.034 std_dev=0.746
C1'	B	0, 0.228, 1.060, 1.892, 2.032 max_d=2.032 avg_d=1.060 std_dev=0.832
N3	B	0, 0.049, 1.002, 1.955, 2.284 max_d=2.284 avg_d=1.002 std_dev=0.953
N1	B	0, 0.296, 1.251, 2.207, 2.318 max_d=2.318 avg_d=1.251 std_dev=0.955
C8	B	0, 0.104, 1.084, 2.064, 2.374 max_d=2.374 avg_d=1.084 std_dev=0.980
C2	B	0, 0.298, 1.393, 2.488, 2.675 max_d=2.675 avg_d=1.393 std_dev=1.095
C4'	B	0, 0.274, 1.481, 2.688, 2.956 max_d=2.956 avg_d=1.481 std_dev=1.207
P	A	0, 0.184, 1.399, 2.614, 2.962 max_d=2.962 avg_d=1.399 std_dev=1.215
C2'	B	0, 0.158, 1.478, 2.798, 3.204 max_d=3.204 avg_d=1.478 std_dev=1.320
OP1	A	0, -0.133, 1.270, 2.673, 3.225 max_d=3.225 avg_d=1.270 std_dev=1.403
OP2	A	0, 0.537, 2.233, 3.929, 4.108 max_d=4.108 avg_d=2.233 std_dev=1.696
O5'	B	0, 0.718, 2.453, 4.188, 3.703 max_d=3.703 avg_d=2.453 std_dev=1.735
C5'	B	0, 0.599, 2.354, 4.109, 4.213 max_d=4.213 avg_d=2.354 std_dev=1.755
C3'	B	0, 0.515, 2.320, 4.126, 4.404 max_d=4.404 avg_d=2.320 std_dev=1.806
O2'	B	0, 0.050, 1.960, 3.870, 4.549 max_d=4.549 avg_d=1.960 std_dev=1.910
P	B	0, 1.056, 3.605, 6.154, 5.439 max_d=5.439 avg_d=3.605 std_dev=2.549
O3'	B	0, 0.806, 3.399, 5.993, 6.293 max_d=6.293 avg_d=3.399 std_dev=2.594
OP1	B	0, 1.087, 3.740, 6.394, 5.874 max_d=5.874 avg_d=3.740 std_dev=2.653
OP2	B	0, 1.260, 4.537, 7.814, 7.624 max_d=7.624 avg_d=4.537 std_dev=3.277

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.03	0.03	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.07	0.14	0.37	0.17
C2	0.03	0.00	0.08	0.11	0.00	0.04	0.01	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.09	0.12	0.03	0.24	0.14	0.72	0.34
C2'	0.01	0.08	0.00	0.01	0.06	0.00	0.07	0.01	0.08	0.06	0.08	0.07	0.08	0.07	0.05	0.00	0.00	0.01	0.15	0.21	0.33	0.07
C3'	0.03	0.11	0.01	0.00	0.12	0.00	0.16	0.01	0.16	0.18	0.14	0.09	0.18	0.19	0.13	0.01	0.02	0.02	0.25	0.21	0.37	0.12
C4	0.01	0.00	0.06	0.12	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.07	0.12	0.02	0.25	0.20	0.72	0.37
C4'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.04	0.00	0.06	0.01	0.05	0.07	0.05	0.03	0.06	0.07	0.05	0.05	0.01	0.01	0.01	0.30	0.07	0.14
C5	0.01	0.01	0.07	0.16	0.00	0.06	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.19	0.02	0.31	0.38	0.88	0.51
C5'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.05	0.01	0.08	0.00	0.07	0.10	0.06	0.04	0.08	0.10	0.06	0.05	0.05	0.02	0.01	0.10	0.02	0.03
C6	0.01	0.00	0.08	0.16	0.01	0.05	0.00	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.06	0.19	0.02	0.31	0.40	0.91	0.52
C8	0.02	0.01	0.06	0.18	0.00	0.07	0.01	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.20	0.04	0.30	0.42	0.83	0.52
N1	0.03	0.00	0.08	0.14	0.01	0.05	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.08	0.16	0.03	0.29	0.28	0.84	0.44
N3	0.03	0.00	0.07	0.09	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.10	0.10	0.04	0.21	0.07	0.64	0.29
N6	0.01	0.00	0.08	0.18	0.01	0.06	0.00	0.08	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.05	0.23	0.03	0.34	0.52	1.00	0.60
N7	0.01	0.01	0.07	0.19	0.00	0.07	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.23	0.03	0.33	0.52	0.96	0.60
N9	0.00	0.00	0.05	0.13	0.00	0.05	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.03	0.12	0.01	0.23	0.18	0.64	0.34
O2'	0.02	0.09	0.00	0.01	0.07	0.05	0.05	0.05	0.06	0.01	0.08	0.10	0.05	0.02	0.03	0.00	0.04	0.04	0.08	0.39	0.13	0.14
O3'	0.01	0.12	0.00	0.02	0.12	0.01	0.19	0.05	0.19	0.20	0.16	0.10	0.23	0.23	0.12	0.04	0.00	0.00	0.25	0.38	0.37	0.12
O4'	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.04	0.03	0.04	0.03	0.03	0.01	0.04	0.00	0.00	0.09	0.18	0.31	0.23
O5'	0.07	0.24	0.15	0.25	0.25	0.01	0.31	0.01	0.31	0.30	0.29	0.21	0.34	0.33	0.23	0.08	0.25	0.09	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.14	0.14	0.21	0.21	0.20	0.30	0.38	0.10	0.40	0.42	0.28	0.07	0.52	0.52	0.18	0.39	0.38	0.18	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.37	0.72	0.33	0.37	0.72	0.07	0.88	0.02	0.91	0.83	0.84	0.64	1.00	0.96	0.64	0.13	0.37	0.31	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.17	0.34	0.07	0.12	0.37	0.14	0.51	0.03	0.52	0.52	0.44	0.29	0.60	0.60	0.34	0.14	0.12	0.23	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.11	0.10	0.17	0.48	0.08	0.37	0.04	0.68	0.06	0.10	0.09	0.10	0.11	0.05	0.10	0.07	0.25	0.16	0.74	0.82	1.42	1.07
C2	0.19	0.26	0.26	0.58	0.19	0.37	0.19	0.52	0.24	0.20	0.28	0.22	0.28	0.19	0.19	0.17	0.49	0.16	0.48	0.23	0.82	0.49
C2'	0.17	0.16	0.24	0.53	0.16	0.39	0.13	0.69	0.11	0.21	0.14	0.16	0.08	0.17	0.18	0.13	0.30	0.17	0.70	0.69	1.29	0.98
C3'	0.36	0.23	0.44	0.71	0.28	0.57	0.24	0.91	0.17	0.39	0.19	0.26	0.10	0.30	0.36	0.39	0.49	0.38	0.96	1.01	1.68	1.35
C4	0.13	0.12	0.23	0.59	0.07	0.37	0.09	0.59	0.13	0.20	0.16	0.06	0.20	0.16	0.13	0.04	0.47	0.13	0.65	0.48	1.20	0.79
C4'	0.33	0.25	0.38	0.61	0.26	0.54	0.18	0.90	0.14	0.25	0.19	0.28	0.08	0.16	0.30	0.34	0.36	0.40	1.00	1.28	1.81	1.48
C5	0.17	0.15	0.28	0.66	0.06	0.39	0.08	0.57	0.14	0.25	0.20	0.06	0.22	0.19	0.16	0.11	0.59	0.17	0.72	0.46	1.26	0.79
C5'	0.44	0.26	0.50	0.75	0.31	0.68	0.22	1.07	0.15	0.34	0.19	0.32	0.07	0.23	0.38	0.50	0.52	0.53	1.13	1.48	2.08	1.65
C6	0.16	0.22	0.27	0.66	0.09	0.37	0.11	0.50	0.18	0.25	0.27	0.12	0.25	0.20	0.15	0.08	0.63	0.13	0.67	0.33	1.08	0.65
C8	0.21	0.08	0.30	0.65	0.09	0.43	0.05	0.68	0.07	0.25	0.12	0.06	0.17	0.17	0.19	0.22	0.53	0.25	0.82	0.71	1.57	1.04
N1	0.16	0.27	0.25	0.62	0.15	0.34	0.16	0.47	0.23	0.21	0.31	0.19	0.28	0.19	0.16	0.09	0.57	0.10	0.55	0.23	0.87	0.50
N3	0.17	0.17	0.24	0.56	0.16	0.38	0.16	0.58	0.18	0.19	0.19	0.15	0.22	0.19	0.17	0.13	0.42	0.16	0.53	0.36	0.97	0.63
N6	0.18	0.24	0.31	0.71	0.08	0.39	0.10	0.50	0.18	0.28	0.28	0.12	0.25	0.23	0.17	0.13	0.72	0.16	0.72	0.33	1.11	0.65
N7	0.22	0.12	0.32	0.69	0.07	0.44	0.06	0.64	0.10	0.28	0.17	0.03	0.20	0.20	0.19	0.22	0.62	0.24	0.81	0.58	1.48	0.94
N9	0.15	0.06	0.23	0.58	0.05	0.39	0.04	0.64	0.07	0.19	0.10	0.03	0.16	0.13	0.14	0.10	0.42	0.17	0.74	0.67	1.41	0.97
O2'	0.06	0.21	0.11	0.34	0.14	0.29	0.09	0.59	0.12	0.08	0.18	0.19	0.06	0.07	0.09	0.06	0.04	0.10	0.61	0.68	1.07	0.88
O3'	0.46	0.31	0.55	0.76	0.37	0.64	0.31	0.95	0.24	0.49	0.26	0.35	0.15	0.36	0.46	0.54	0.53	0.48	1.02	1.05	1.54	1.40
O4'	0.21	0.16	0.25	0.53	0.16	0.45	0.09	0.80	0.08	0.14	0.12	0.18	0.11	0.06	0.19	0.19	0.28	0.28	0.90	1.12	1.70	1.33
O5'	0.43	0.33	0.51	0.74	0.34	0.60	0.28	0.91	0.25	0.37	0.29	0.35	0.21	0.28	0.39	0.51	0.63	0.48	0.97	1.14	1.95	1.39
OP1	0.41	0.18	0.48	0.72	0.28	0.71	0.25	1.09	0.18	0.40	0.16	0.24	0.18	0.32	0.37	0.46	0.46	0.51	1.14	1.49	1.98	1.57
OP2	0.35	0.47	0.44	0.63	0.40	0.41	0.40	0.63	0.43	0.39	0.48	0.43	0.42	0.39	0.38	0.42	0.60	0.33	0.65	0.67	1.61	0.98
P	0.30	0.16	0.41	0.68	0.20	0.56	0.17	0.90	0.12	0.31	0.14	0.18	0.09	0.23	0.28	0.38	0.51	0.37	0.93	1.14	1.86	1.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.07	0.04	0.02	0.04	0.03	0.06	0.02	0.01	0.02	0.24	0.01	0.10	0.49	0.10	0.21
C2	0.04	0.00	0.14	0.16	0.01	0.29	0.01	0.66	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.20	0.14	0.22	0.51	0.72	0.75	0.68
C2'	0.01	0.14	0.00	0.00	0.06	0.02	0.04	0.16	0.07	0.09	0.11	0.15	0.08	0.07	0.02	0.00	0.02	0.01	0.19	0.45	0.24	0.21
C3'	0.02	0.16	0.00	0.00	0.13	0.00	0.25	0.02	0.24	0.36	0.18	0.14	0.31	0.36	0.18	0.02	0.01	0.02	0.30	0.45	0.17	0.22
C4	0.02	0.01	0.06	0.13	0.00	0.14	0.01	0.34	0.02	0.00	0.02	0.00	0.03	0.00	0.01	0.17	0.02	0.14	0.20	0.42	0.20	0.25
C4'	0.01	0.29	0.02	0.00	0.14	0.00	0.13	0.00	0.17	0.26	0.23	0.28	0.19	0.22	0.09	0.21	0.01	0.01	0.01	0.39	0.26	0.07
C5	0.03	0.01	0.04	0.25	0.01	0.13	0.00	0.30	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.18	0.11	0.11	0.19	0.30	0.17	0.15
C5'	0.07	0.66	0.16	0.02	0.34	0.00	0.30	0.00	0.39	0.42	0.55	0.62	0.40	0.39	0.17	0.11	0.16	0.01	0.01	0.38	0.36	0.00
C6	0.04	0.00	0.07	0.24	0.02	0.17	0.01	0.39	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.03	0.20	0.15	0.15	0.19	0.36	0.15	0.20
C8	0.02	0.01	0.09	0.36	0.00	0.26	0.01	0.42	0.02	0.00	0.02	0.01	0.04	0.01	0.00	0.13	0.16	0.09	0.55	0.60	0.68	0.64
N1	0.04	0.00	0.11	0.18	0.02	0.23	0.01	0.55	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.21	0.15	0.19	0.37	0.61	0.51	0.51
N3	0.03	0.00	0.15	0.14	0.00	0.28	0.01	0.62	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.19	0.12	0.21	0.46	0.63	0.66	0.58
N6	0.06	0.01	0.08	0.31	0.03	0.19	0.02	0.40	0.00	0.04	0.01	0.00	0.00	0.04	0.04	0.20	0.21	0.14	0.16	0.24	0.20	0.07
N7	0.02	0.00	0.07	0.36	0.00	0.22	0.01	0.39	0.02	0.01	0.01	0.00	0.04	0.00	0.01	0.15	0.18	0.06	0.47	0.44	0.65	0.53
N9	0.01	0.02	0.02	0.18	0.01	0.09	0.02	0.17	0.03	0.00	0.03	0.02	0.04	0.01	0.00	0.13	0.06	0.04	0.21	0.45	0.19	0.26
O2'	0.02	0.20	0.00	0.02	0.17	0.21	0.18	0.11	0.20	0.13	0.21	0.19	0.20	0.15	0.13	0.00	0.05	0.14	0.18	0.56	0.16	0.22
O3'	0.24	0.14	0.02	0.01	0.02	0.01	0.11	0.16	0.15	0.16	0.15	0.12	0.21	0.18	0.06	0.05	0.00	0.18	0.33	0.40	0.25	0.25
O4'	0.01	0.22	0.01	0.02	0.14	0.01	0.11	0.01	0.15	0.09	0.19	0.21	0.14	0.06	0.04	0.14	0.18	0.00	0.05	0.50	0.10	0.19
O5'	0.10	0.51	0.19	0.30	0.20	0.01	0.19	0.01	0.19	0.55	0.37	0.46	0.16	0.47	0.21	0.18	0.33	0.05	0.00	0.03	0.02	0.00
OP1	0.49	0.72	0.45	0.45	0.42	0.39	0.30	0.38	0.36	0.60	0.61	0.63	0.24	0.44	0.45	0.56	0.40	0.50	0.03	0.00	0.01	0.00
OP2	0.10	0.75	0.24	0.17	0.20	0.26	0.17	0.36	0.15	0.68	0.51	0.66	0.20	0.65	0.19	0.16	0.25	0.10	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.21	0.68	0.21	0.22	0.25	0.07	0.15	0.00	0.20	0.64	0.51	0.58	0.07	0.53	0.26	0.22	0.25	0.19	0.00	0.00	0.00	0.00