ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52551

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 0, 1, 4, 10, 7, 8, 5, 6, 4, 9, 6, 3, 3, 1, 3, 2,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.011, 0.024, 0.037, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.015, 0.031, 0.047, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.016, 0.033, 0.050, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.033 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.033 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.015, 0.037, 0.059, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.037 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.019, 0.047, 0.074, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.047 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.015, 0.043, 0.070, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.043 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.019, 0.054, 0.090, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.054 std_dev=0.035
N2 A 0, 0.033, 0.069, 0.106, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.069 std_dev=0.036
N7 B 0, 0.346, 0.574, 0.803, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.574 std_dev=0.229
C8 B 0, 0.342, 0.616, 0.890, 1.432 max_d=1.432 avg_d=0.616 std_dev=0.274
C5 B 0, 0.480, 0.782, 1.084, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.782 std_dev=0.302
O4' A 0, 0.334, 0.648, 0.962, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.648 std_dev=0.314
N6 B 0, 0.548, 0.911, 1.275, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.911 std_dev=0.364
C6 B 0, 0.591, 0.959, 1.328, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.959 std_dev=0.368
C2' A 0, 0.342, 0.712, 1.081, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.712 std_dev=0.370
N9 B 0, 0.439, 0.809, 1.180, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.809 std_dev=0.370
C4 B 0, 0.571, 0.958, 1.346, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.958 std_dev=0.387
C1' B 0, 0.510, 0.981, 1.451, 1.961 max_d=1.961 avg_d=0.981 std_dev=0.470
N1 B 0, 0.792, 1.281, 1.769, 2.420 max_d=2.420 avg_d=1.281 std_dev=0.488
C4' A 0, 0.542, 1.055, 1.568, 1.964 max_d=1.964 avg_d=1.055 std_dev=0.513
N3 B 0, 0.763, 1.281, 1.800, 2.445 max_d=2.445 avg_d=1.281 std_dev=0.518
C2 B 0, 0.859, 1.410, 1.961, 2.658 max_d=2.658 avg_d=1.410 std_dev=0.551
C5' A 0, 0.765, 1.324, 1.883, 2.555 max_d=2.555 avg_d=1.324 std_dev=0.559
C2' B 0, 0.484, 1.071, 1.658, 2.589 max_d=2.589 avg_d=1.071 std_dev=0.587
C3' A 0, 0.614, 1.229, 1.845, 2.032 max_d=2.032 avg_d=1.229 std_dev=0.616
O2' A 0, 0.515, 1.173, 1.831, 2.099 max_d=2.099 avg_d=1.173 std_dev=0.658
O4' B 0, 0.602, 1.299, 1.997, 3.593 max_d=3.593 avg_d=1.299 std_dev=0.697
O5' A 0, 0.519, 1.246, 1.972, 4.600 max_d=4.600 avg_d=1.246 std_dev=0.727
C3' B 0, 0.664, 1.434, 2.204, 3.969 max_d=3.969 avg_d=1.434 std_dev=0.770
O2' B 0, 0.739, 1.602, 2.466, 4.159 max_d=4.159 avg_d=1.602 std_dev=0.864
C4' B 0, 0.656, 1.578, 2.500, 4.198 max_d=4.198 avg_d=1.578 std_dev=0.922
P A 0, 0.544, 1.498, 2.451, 5.558 max_d=5.558 avg_d=1.498 std_dev=0.954
OP2 A 0, 0.581, 1.665, 2.750, 6.765 max_d=6.765 avg_d=1.665 std_dev=1.085
O3' A 0, 0.944, 2.047, 3.151, 3.236 max_d=3.236 avg_d=2.047 std_dev=1.104
O3' B 0, 0.743, 1.902, 3.061, 4.496 max_d=4.496 avg_d=1.902 std_dev=1.159
OP1 A 0, 0.692, 1.928, 3.164, 7.697 max_d=7.697 avg_d=1.928 std_dev=1.236
C5' B 0, 0.497, 2.008, 3.518, 6.852 max_d=6.852 avg_d=2.008 std_dev=1.511
O5' B 0, 1.173, 2.877, 4.581, 8.784 max_d=8.784 avg_d=2.877 std_dev=1.704
P B 0, 1.256, 3.584, 5.912, 11.255 max_d=11.255 avg_d=3.584 std_dev=2.328
OP2 B 0, 2.376, 4.881, 7.387, 12.688 max_d=12.688 avg_d=4.881 std_dev=2.505
OP1 B 0, 0.481, 3.294, 6.107, 12.680 max_d=12.680 avg_d=3.294 std_dev=2.813

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.36 0.01 0.28 0.03 0.39 0.47 0.29
C2 0.03 0.00 0.37 0.27 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.35 0.26 0.27 0.02 0.40 0.57 0.36
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.20 0.02 0.12 0.24 0.19 0.18 0.30 0.44 0.36 0.10 0.03 0.00 0.03 0.02 0.54 0.15 0.73 0.76 0.62
C3' 0.02 0.27 0.00 0.00 0.28 0.01 0.38 0.02 0.40 0.37 0.34 0.24 0.22 0.43 0.25 0.02 0.01 0.02 0.20 0.45 0.48 0.22 0.22
C4 0.02 0.01 0.20 0.28 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.20 0.14 0.27 0.02 0.33 0.59 0.34
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.04 0.00 0.11 0.01 0.09 0.24 0.06 0.18 0.13 0.22 0.09 0.33 0.04 0.01 0.02 0.12 0.28 0.22 0.11
C5 0.02 0.01 0.12 0.38 0.00 0.11 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.15 0.06 0.32 0.02 0.34 0.71 0.40
C5' 0.10 0.19 0.24 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.15 0.23 0.16 0.24 0.19 0.23 0.11 0.10 0.23 0.02 0.01 0.18 0.20 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.19 0.40 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.27 0.19 0.11 0.31 0.01 0.37 0.73 0.41
C8 0.01 0.02 0.18 0.37 0.01 0.24 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.47 0.19 0.17 0.41 0.02 0.38 0.71 0.43
N1 0.03 0.01 0.30 0.34 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.24 0.20 0.27 0.02 0.38 0.65 0.38
N2 0.04 0.01 0.44 0.24 0.02 0.18 0.01 0.24 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.36 0.46 0.32 0.29 0.03 0.45 0.54 0.38
N3 0.03 0.01 0.36 0.22 0.01 0.13 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.38 0.26 0.27 0.02 0.38 0.53 0.34
N7 0.01 0.01 0.10 0.43 0.01 0.22 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.47 0.24 0.10 0.41 0.02 0.39 0.80 0.46
N9 0.01 0.02 0.03 0.25 0.01 0.09 0.01 0.11 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.23 0.12 0.02 0.29 0.02 0.32 0.57 0.33
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.16 0.33 0.31 0.10 0.27 0.47 0.17 0.36 0.23 0.47 0.23 0.00 0.05 0.22 0.44 0.34 0.70 0.87 0.57
O3' 0.36 0.35 0.03 0.01 0.20 0.04 0.15 0.23 0.19 0.19 0.24 0.46 0.38 0.24 0.12 0.05 0.00 0.26 0.32 0.23 0.58 0.36 0.35
O4' 0.01 0.26 0.02 0.02 0.14 0.01 0.06 0.02 0.11 0.17 0.20 0.32 0.26 0.10 0.02 0.22 0.26 0.00 0.12 0.08 0.31 0.32 0.22
O5' 0.28 0.27 0.54 0.20 0.27 0.02 0.32 0.01 0.31 0.41 0.27 0.29 0.27 0.41 0.29 0.44 0.32 0.12 0.00 0.34 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.45 0.02 0.12 0.02 0.18 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.34 0.23 0.08 0.34 0.00 0.40 0.80 0.44
OP1 0.39 0.40 0.73 0.48 0.33 0.28 0.34 0.20 0.37 0.38 0.38 0.45 0.38 0.39 0.32 0.70 0.58 0.31 0.02 0.40 0.00 0.01 0.01
OP2 0.47 0.57 0.76 0.22 0.59 0.22 0.71 0.19 0.73 0.71 0.65 0.54 0.53 0.80 0.57 0.87 0.36 0.32 0.02 0.80 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.36 0.62 0.22 0.34 0.11 0.40 0.02 0.41 0.43 0.38 0.38 0.34 0.46 0.33 0.57 0.35 0.22 0.01 0.44 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.36 0.25 0.54 0.27 0.37 0.24 0.49 0.27 0.29 0.36 0.32 0.26 0.27 0.28 0.40 0.37 0.32 0.90 0.73 1.75 1.06
C2 0.29 0.25 0.32 0.68 0.21 0.63 0.21 0.90 0.29 0.29 0.30 0.21 0.38 0.23 0.25 0.56 0.62 0.47 1.32 1.32 2.31 1.61
C2' 0.45 0.35 0.43 0.66 0.36 0.53 0.32 0.64 0.27 0.45 0.33 0.36 0.27 0.41 0.42 0.44 0.46 0.49 0.93 0.86 1.66 1.04
C3' 0.51 0.78 0.47 0.53 0.54 0.49 0.45 0.57 0.56 0.36 0.76 0.68 0.51 0.33 0.46 0.64 0.45 0.53 0.95 0.99 1.70 1.15
C4 0.26 0.31 0.24 0.64 0.22 0.52 0.22 0.74 0.30 0.29 0.35 0.25 0.36 0.25 0.24 0.47 0.53 0.37 1.15 1.05 2.13 1.39
C4' 0.68 0.93 0.68 0.73 0.73 0.64 0.66 0.65 0.75 0.55 0.91 0.84 0.69 0.54 0.65 0.82 0.70 0.65 1.03 0.97 1.78 1.20
C5 0.26 0.31 0.27 0.69 0.22 0.60 0.22 0.86 0.30 0.29 0.36 0.24 0.37 0.24 0.24 0.52 0.63 0.41 1.26 1.28 2.30 1.55
C5' 0.73 1.01 0.76 0.82 0.79 0.69 0.71 0.70 0.81 0.60 0.99 0.92 0.75 0.58 0.70 0.91 0.80 0.68 1.10 1.02 1.89 1.26
C6 0.29 0.29 0.34 0.74 0.21 0.70 0.22 1.01 0.30 0.29 0.35 0.23 0.38 0.23 0.25 0.60 0.73 0.49 1.41 1.56 2.48 1.76
C8 0.26 0.36 0.22 0.63 0.24 0.48 0.24 0.69 0.30 0.29 0.38 0.29 0.32 0.26 0.25 0.45 0.52 0.34 1.09 0.99 2.08 1.32
N1 0.30 0.27 0.37 0.74 0.21 0.72 0.21 1.04 0.29 0.29 0.32 0.22 0.38 0.22 0.26 0.62 0.73 0.52 1.45 1.60 2.50 1.81
N2 0.32 0.24 0.38 0.68 0.22 0.67 0.22 0.95 0.28 0.30 0.28 0.22 0.35 0.22 0.27 0.60 0.62 0.52 1.38 1.38 2.30 1.67
N3 0.27 0.27 0.25 0.62 0.22 0.52 0.22 0.72 0.29 0.29 0.32 0.23 0.37 0.25 0.25 0.47 0.51 0.38 1.14 1.01 2.08 1.37
N7 0.25 0.34 0.25 0.68 0.23 0.56 0.23 0.81 0.31 0.29 0.38 0.26 0.35 0.25 0.24 0.50 0.62 0.38 1.21 1.20 2.24 1.48
N9 0.26 0.34 0.22 0.60 0.25 0.45 0.23 0.62 0.29 0.29 0.37 0.28 0.32 0.26 0.25 0.43 0.47 0.33 1.03 0.88 1.98 1.23
O2' 0.76 0.87 0.77 0.84 0.78 0.69 0.71 0.68 0.75 0.65 0.84 0.85 0.69 0.62 0.74 0.78 0.70 0.70 0.88 0.75 1.49 0.92
O3' 1.14 1.37 1.10 1.03 1.17 1.08 1.08 1.05 1.17 0.95 1.33 1.30 1.06 0.91 1.09 1.26 1.11 1.13 1.33 1.38 1.89 1.54
O4' 0.64 0.78 0.63 0.74 0.67 0.63 0.64 0.67 0.70 0.58 0.78 0.73 0.68 0.58 0.63 0.78 0.68 0.61 1.06 0.90 1.88 1.23
O5' 0.69 1.00 0.70 0.77 0.76 0.65 0.70 0.70 0.81 0.58 0.98 0.90 0.76 0.58 0.67 0.89 0.76 0.65 1.11 1.01 1.96 1.28
O6 0.31 0.30 0.38 0.79 0.22 0.76 0.22 1.11 0.31 0.30 0.36 0.24 0.39 0.23 0.26 0.65 0.82 0.54 1.49 1.75 2.57 1.89
OP1 0.88 1.18 0.91 0.92 0.93 0.79 0.83 0.78 0.93 0.71 1.13 1.09 0.84 0.69 0.83 1.13 0.98 0.80 1.23 1.12 2.06 1.38
OP2 0.75 1.03 0.78 0.97 0.81 0.80 0.78 0.92 0.87 0.70 1.02 0.93 0.85 0.70 0.74 0.89 0.94 0.71 1.37 1.29 2.33 1.57
P 0.76 1.05 0.81 0.95 0.82 0.77 0.77 0.84 0.86 0.66 1.02 0.95 0.81 0.66 0.74 0.94 0.93 0.70 1.28 1.19 2.17 1.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.32 0.01 0.31 0.24 0.50 0.34
C2 0.03 0.00 0.35 0.35 0.01 0.26 0.01 0.47 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.37 0.32 0.63 0.82 0.94 0.70
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.19 0.02 0.11 0.21 0.18 0.16 0.28 0.34 0.15 0.09 0.03 0.00 0.03 0.02 0.50 0.53 0.72 0.55
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.30 0.01 0.37 0.02 0.40 0.36 0.38 0.30 0.44 0.40 0.24 0.02 0.01 0.02 0.32 0.51 0.40 0.30
C4 0.02 0.01 0.19 0.30 0.00 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.25 0.21 0.17 0.49 0.38 0.89 0.50
C4' 0.01 0.26 0.02 0.01 0.13 0.00 0.15 0.01 0.16 0.26 0.21 0.25 0.19 0.24 0.11 0.28 0.03 0.01 0.02 0.19 0.18 0.06
C5 0.01 0.01 0.11 0.37 0.01 0.15 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.30 0.19 0.07 0.63 0.37 1.20 0.66
C5' 0.09 0.47 0.21 0.02 0.23 0.01 0.25 0.00 0.29 0.40 0.38 0.43 0.31 0.38 0.17 0.10 0.21 0.02 0.01 0.24 0.22 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.40 0.01 0.16 0.01 0.29 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.32 0.25 0.14 0.63 0.48 1.26 0.68
C8 0.02 0.01 0.16 0.36 0.01 0.26 0.01 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.34 0.18 0.19 0.79 0.57 1.22 0.85
N1 0.03 0.00 0.28 0.38 0.01 0.21 0.01 0.38 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.32 0.25 0.62 0.70 1.11 0.68
N3 0.03 0.00 0.34 0.30 0.00 0.25 0.01 0.43 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.37 0.32 0.56 0.69 0.80 0.61
N6 0.02 0.01 0.15 0.44 0.02 0.19 0.02 0.31 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.35 0.29 0.10 0.71 0.49 1.46 0.79
N7 0.01 0.01 0.09 0.40 0.01 0.24 0.01 0.38 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.35 0.22 0.11 0.81 0.55 1.43 0.89
N9 0.00 0.01 0.03 0.24 0.01 0.11 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.20 0.11 0.01 0.49 0.26 0.82 0.50
O2' 0.02 0.35 0.00 0.02 0.25 0.28 0.30 0.10 0.32 0.34 0.33 0.33 0.35 0.35 0.20 0.00 0.06 0.21 0.34 0.44 0.68 0.44
O3' 0.32 0.37 0.03 0.01 0.21 0.03 0.19 0.21 0.25 0.18 0.32 0.37 0.29 0.22 0.11 0.06 0.00 0.23 0.37 0.78 0.49 0.45
O4' 0.01 0.32 0.02 0.02 0.17 0.01 0.07 0.02 0.14 0.19 0.25 0.32 0.10 0.11 0.01 0.21 0.23 0.00 0.22 0.20 0.31 0.25
O5' 0.31 0.63 0.50 0.32 0.49 0.02 0.63 0.01 0.63 0.79 0.62 0.56 0.71 0.81 0.49 0.34 0.37 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.82 0.53 0.51 0.38 0.19 0.37 0.24 0.48 0.57 0.70 0.69 0.49 0.55 0.26 0.44 0.78 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.50 0.94 0.72 0.40 0.89 0.18 1.20 0.22 1.26 1.22 1.11 0.80 1.46 1.43 0.82 0.68 0.49 0.31 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.70 0.55 0.30 0.50 0.06 0.66 0.02 0.68 0.85 0.68 0.61 0.79 0.89 0.50 0.44 0.45 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00