ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52553

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 4, 0, 2, 8, 9, 6, 4, 9, 5, 1, 4, 5, 4, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.025 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.012, 0.028, 0.045, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.009, 0.025, 0.042, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.011, 0.032, 0.053, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.032 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.012, 0.035, 0.059, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.035 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.013, 0.039, 0.065, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.039 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.029, 0.055, 0.081, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.055 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.020, 0.051, 0.083, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.051 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.022, 0.061, 0.100, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.061 std_dev=0.039
C5 B 0, 0.411, 0.675, 0.939, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.675 std_dev=0.264
N7 B 0, 0.337, 0.621, 0.905, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.621 std_dev=0.284
C6 B 0, 0.560, 0.875, 1.190, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.875 std_dev=0.315
C4 B 0, 0.589, 0.905, 1.221, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.905 std_dev=0.316
N9 B 0, 0.670, 0.992, 1.314, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.992 std_dev=0.322
C8 B 0, 0.531, 0.857, 1.182, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.857 std_dev=0.325
N6 B 0, 0.582, 0.950, 1.317, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.950 std_dev=0.367
N3 B 0, 0.753, 1.195, 1.637, 1.996 max_d=1.996 avg_d=1.195 std_dev=0.442
N1 B 0, 0.752, 1.202, 1.652, 2.030 max_d=2.030 avg_d=1.202 std_dev=0.450
C1' B 0, 0.893, 1.349, 1.805, 2.220 max_d=2.220 avg_d=1.349 std_dev=0.456
C2 B 0, 0.800, 1.298, 1.795, 2.213 max_d=2.213 avg_d=1.298 std_dev=0.497
O4' A 0, -0.111, 0.421, 0.953, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.421 std_dev=0.532
C2' A 0, -0.089, 0.474, 1.037, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.474 std_dev=0.563
O4' B 0, 0.777, 1.493, 2.210, 3.528 max_d=3.528 avg_d=1.493 std_dev=0.717
C2' B 0, 1.003, 1.782, 2.560, 3.646 max_d=3.646 avg_d=1.782 std_dev=0.779
C3' A 0, -0.108, 0.681, 1.471, 2.373 max_d=2.373 avg_d=0.681 std_dev=0.789
O2' A 0, -0.109, 0.714, 1.537, 2.548 max_d=2.548 avg_d=0.714 std_dev=0.823
C4' A 0, -0.153, 0.675, 1.502, 2.459 max_d=2.459 avg_d=0.675 std_dev=0.827
O2' B 0, 1.155, 2.044, 2.933, 4.106 max_d=4.106 avg_d=2.044 std_dev=0.889
O3' A 0, -0.066, 0.933, 1.932, 3.001 max_d=3.001 avg_d=0.933 std_dev=0.999
C4' B 0, 0.788, 1.904, 3.021, 5.132 max_d=5.132 avg_d=1.904 std_dev=1.116
C3' B 0, 0.875, 2.005, 3.134, 5.028 max_d=5.028 avg_d=2.005 std_dev=1.130
O5' A 0, -0.097, 1.054, 2.205, 5.764 max_d=5.764 avg_d=1.054 std_dev=1.151
C5' A 0, -0.139, 1.020, 2.179, 3.948 max_d=3.948 avg_d=1.020 std_dev=1.159
P A 0, 0.060, 1.475, 2.889, 7.278 max_d=7.278 avg_d=1.475 std_dev=1.414
OP2 A 0, 0.075, 1.527, 2.979, 8.729 max_d=8.729 avg_d=1.527 std_dev=1.452
O3' B 0, 0.916, 2.407, 3.898, 6.039 max_d=6.039 avg_d=2.407 std_dev=1.491
C5' B 0, 0.486, 2.099, 3.711, 7.945 max_d=7.945 avg_d=2.099 std_dev=1.613
O5' B 0, 0.303, 1.933, 3.564, 8.548 max_d=8.548 avg_d=1.933 std_dev=1.631
OP1 A 0, 0.070, 1.844, 3.618, 9.380 max_d=9.380 avg_d=1.844 std_dev=1.774
P B 0, 0.018, 2.256, 4.495, 11.535 max_d=11.535 avg_d=2.256 std_dev=2.238
OP1 B 0, 0.114, 2.543, 4.972, 12.856 max_d=12.856 avg_d=2.543 std_dev=2.429
OP2 B 0, -0.155, 2.383, 4.921, 12.285 max_d=12.285 avg_d=2.383 std_dev=2.538

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.28 0.01 0.24 0.03 0.26 0.39 0.31
C2 0.04 0.00 0.37 0.29 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.25 0.26 0.29 0.02 0.45 0.54 0.44
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.20 0.02 0.12 0.19 0.19 0.18 0.30 0.44 0.36 0.10 0.03 0.00 0.03 0.02 0.43 0.17 0.39 0.58 0.46
C3' 0.02 0.29 0.00 0.00 0.28 0.01 0.36 0.02 0.39 0.31 0.35 0.27 0.24 0.37 0.22 0.02 0.01 0.02 0.17 0.42 0.25 0.19 0.14
C4 0.02 0.01 0.20 0.28 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.15 0.14 0.27 0.02 0.35 0.52 0.39
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.05 0.00 0.12 0.01 0.10 0.24 0.07 0.16 0.11 0.22 0.09 0.27 0.04 0.00 0.02 0.15 0.19 0.10 0.09
C5 0.02 0.01 0.12 0.36 0.00 0.12 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.24 0.18 0.05 0.32 0.02 0.36 0.60 0.41
C5' 0.09 0.20 0.19 0.02 0.15 0.01 0.20 0.00 0.20 0.27 0.18 0.25 0.19 0.28 0.13 0.09 0.19 0.02 0.01 0.24 0.20 0.17 0.02
C6 0.03 0.01 0.19 0.39 0.01 0.10 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.21 0.22 0.10 0.33 0.01 0.41 0.62 0.43
C8 0.01 0.01 0.18 0.31 0.01 0.24 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.42 0.18 0.17 0.38 0.03 0.33 0.58 0.40
N1 0.04 0.01 0.30 0.35 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.15 0.22 0.19 0.30 0.01 0.44 0.58 0.43
N2 0.05 0.01 0.44 0.27 0.01 0.16 0.02 0.25 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.37 0.32 0.31 0.32 0.03 0.51 0.53 0.47
N3 0.04 0.01 0.36 0.24 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.26 0.26 0.29 0.02 0.41 0.50 0.42
N7 0.01 0.01 0.10 0.37 0.00 0.22 0.00 0.28 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.41 0.24 0.10 0.40 0.03 0.38 0.66 0.44
N9 0.01 0.02 0.03 0.22 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.09 0.01 0.27 0.03 0.29 0.49 0.35
O2' 0.02 0.23 0.00 0.02 0.10 0.27 0.24 0.09 0.21 0.42 0.15 0.37 0.24 0.41 0.19 0.00 0.06 0.19 0.32 0.28 0.33 0.62 0.39
O3' 0.28 0.25 0.03 0.01 0.15 0.04 0.18 0.19 0.22 0.18 0.22 0.32 0.26 0.24 0.09 0.06 0.00 0.20 0.30 0.27 0.58 0.38 0.37
O4' 0.01 0.26 0.02 0.02 0.14 0.00 0.05 0.02 0.10 0.17 0.19 0.31 0.26 0.10 0.01 0.19 0.20 0.00 0.17 0.07 0.25 0.24 0.24
O5' 0.24 0.29 0.43 0.17 0.27 0.02 0.32 0.01 0.33 0.38 0.30 0.32 0.29 0.40 0.27 0.32 0.30 0.17 0.00 0.37 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.17 0.42 0.02 0.15 0.02 0.24 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.28 0.27 0.07 0.37 0.00 0.43 0.68 0.46
OP1 0.26 0.45 0.39 0.25 0.35 0.19 0.36 0.20 0.41 0.33 0.44 0.51 0.41 0.38 0.29 0.33 0.58 0.25 0.02 0.43 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.54 0.58 0.19 0.52 0.10 0.60 0.17 0.62 0.58 0.58 0.53 0.50 0.66 0.49 0.62 0.38 0.24 0.02 0.68 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.44 0.46 0.14 0.39 0.09 0.41 0.02 0.43 0.40 0.43 0.47 0.42 0.44 0.35 0.39 0.37 0.24 0.01 0.46 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.44 0.28 0.39 0.32 0.36 0.32 0.49 0.40 0.34 0.48 0.36 0.45 0.33 0.30 0.38 0.34 0.35 0.74 0.80 1.59 1.05
C2 0.27 0.29 0.28 0.58 0.20 0.55 0.23 0.78 0.35 0.27 0.36 0.22 0.47 0.21 0.23 0.33 0.52 0.41 1.06 1.16 2.05 1.45
C2' 0.36 0.44 0.35 0.45 0.32 0.47 0.32 0.61 0.40 0.38 0.49 0.35 0.48 0.35 0.34 0.42 0.35 0.48 0.89 0.97 1.74 1.23
C3' 0.39 0.76 0.39 0.36 0.49 0.37 0.46 0.52 0.63 0.34 0.80 0.62 0.66 0.34 0.39 0.52 0.35 0.40 0.81 0.94 1.70 1.18
C4 0.27 0.38 0.25 0.49 0.26 0.47 0.28 0.66 0.40 0.30 0.45 0.29 0.50 0.27 0.26 0.33 0.42 0.37 0.93 1.02 1.91 1.31
C4' 0.66 0.96 0.71 0.66 0.75 0.58 0.71 0.61 0.84 0.58 0.99 0.86 0.83 0.58 0.65 0.80 0.72 0.57 0.80 0.84 1.55 1.05
C5 0.26 0.37 0.26 0.56 0.24 0.53 0.27 0.76 0.39 0.28 0.44 0.28 0.49 0.25 0.24 0.32 0.50 0.39 1.02 1.16 2.05 1.44
C5' 0.73 1.08 0.81 0.77 0.83 0.66 0.78 0.68 0.92 0.63 1.09 0.96 0.90 0.64 0.72 0.90 0.84 0.62 0.86 0.89 1.62 1.10
C6 0.27 0.33 0.30 0.63 0.21 0.61 0.24 0.87 0.37 0.26 0.40 0.24 0.48 0.21 0.23 0.34 0.60 0.43 1.12 1.33 2.19 1.58
C8 0.27 0.43 0.25 0.47 0.29 0.44 0.30 0.63 0.41 0.30 0.48 0.34 0.48 0.29 0.27 0.33 0.40 0.35 0.89 0.99 1.87 1.27
N1 0.28 0.29 0.32 0.65 0.19 0.62 0.22 0.89 0.35 0.25 0.37 0.21 0.46 0.19 0.22 0.35 0.62 0.44 1.15 1.34 2.21 1.60
N2 0.27 0.24 0.31 0.61 0.18 0.58 0.21 0.81 0.31 0.25 0.31 0.18 0.42 0.18 0.22 0.35 0.56 0.42 1.10 1.17 2.02 1.46
N3 0.27 0.34 0.25 0.49 0.24 0.47 0.27 0.65 0.38 0.30 0.41 0.27 0.50 0.27 0.25 0.32 0.41 0.37 0.93 0.98 1.85 1.28
N7 0.26 0.40 0.25 0.53 0.26 0.50 0.28 0.72 0.40 0.29 0.47 0.31 0.48 0.26 0.25 0.32 0.47 0.38 0.98 1.12 2.01 1.39
N9 0.28 0.42 0.25 0.44 0.29 0.41 0.30 0.58 0.41 0.31 0.48 0.33 0.48 0.30 0.28 0.34 0.37 0.35 0.85 0.92 1.79 1.20
O2' 0.59 0.80 0.62 0.61 0.64 0.58 0.60 0.62 0.71 0.53 0.83 0.72 0.72 0.51 0.58 0.67 0.55 0.62 0.86 0.87 1.54 1.10
O3' 0.87 1.18 0.88 0.76 0.96 0.76 0.92 0.76 1.05 0.77 1.20 1.08 1.03 0.77 0.86 0.99 0.82 0.80 0.92 1.02 1.65 1.20
O4' 0.68 0.86 0.71 0.72 0.74 0.66 0.73 0.71 0.81 0.65 0.88 0.79 0.82 0.66 0.69 0.78 0.75 0.64 0.86 0.88 1.57 1.07
O5' 0.68 1.06 0.75 0.73 0.80 0.61 0.76 0.66 0.91 0.59 1.08 0.93 0.91 0.60 0.68 0.83 0.76 0.57 0.85 0.88 1.70 1.14
O6 0.28 0.32 0.33 0.69 0.20 0.66 0.23 0.94 0.36 0.25 0.40 0.23 0.47 0.20 0.22 0.36 0.68 0.45 1.18 1.45 2.25 1.66
OP1 0.86 1.25 1.00 0.98 0.97 0.81 0.91 0.83 1.05 0.74 1.25 1.13 1.01 0.75 0.85 1.06 1.07 0.73 0.98 0.96 1.74 1.21
OP2 0.78 1.17 0.87 0.90 0.90 0.77 0.87 0.84 1.02 0.71 1.19 1.04 1.02 0.73 0.78 0.92 0.92 0.68 1.03 1.06 1.93 1.34
P 0.82 1.20 0.93 0.93 0.94 0.78 0.90 0.82 1.04 0.73 1.21 1.08 1.03 0.74 0.82 1.00 0.99 0.70 0.98 0.97 1.78 1.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.18 0.01 0.15 0.26 0.29 0.19
C2 0.03 0.00 0.26 0.31 0.01 0.30 0.01 0.56 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.22 0.40 0.25 0.56 0.76 0.59 0.59
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.14 0.01 0.08 0.11 0.13 0.13 0.21 0.27 0.10 0.08 0.03 0.01 0.03 0.02 0.23 0.36 0.25 0.24
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.19 0.01 0.22 0.02 0.23 0.33 0.27 0.30 0.25 0.30 0.15 0.02 0.01 0.02 0.24 0.36 0.22 0.20
C4 0.02 0.01 0.14 0.19 0.00 0.13 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.20 0.14 0.29 0.40 0.52 0.32
C4' 0.01 0.30 0.01 0.01 0.13 0.00 0.10 0.01 0.13 0.25 0.23 0.30 0.12 0.20 0.08 0.17 0.02 0.01 0.02 0.16 0.28 0.07
C5 0.01 0.01 0.08 0.22 0.00 0.10 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.15 0.07 0.35 0.40 0.80 0.45
C5' 0.05 0.56 0.11 0.02 0.26 0.01 0.22 0.00 0.28 0.37 0.44 0.52 0.27 0.32 0.13 0.07 0.12 0.02 0.01 0.27 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.23 0.01 0.13 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.22 0.12 0.36 0.48 0.81 0.45
C8 0.02 0.02 0.13 0.33 0.01 0.25 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.21 0.21 0.14 0.58 0.56 0.93 0.68
N1 0.03 0.00 0.21 0.27 0.01 0.23 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.32 0.20 0.46 0.66 0.67 0.50
N3 0.03 0.00 0.27 0.30 0.00 0.30 0.01 0.52 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.37 0.25 0.49 0.64 0.50 0.50
N6 0.02 0.01 0.10 0.25 0.01 0.12 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.21 0.09 0.40 0.47 1.00 0.54
N7 0.02 0.02 0.08 0.30 0.01 0.20 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.21 0.19 0.07 0.55 0.54 1.08 0.70
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.08 0.01 0.27 0.33 0.52 0.33
O2' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.14 0.17 0.17 0.07 0.18 0.21 0.20 0.21 0.20 0.21 0.11 0.00 0.06 0.14 0.19 0.35 0.27 0.22
O3' 0.18 0.40 0.03 0.01 0.20 0.02 0.15 0.12 0.22 0.21 0.32 0.37 0.21 0.19 0.08 0.06 0.00 0.13 0.28 0.52 0.33 0.28
O4' 0.01 0.25 0.02 0.02 0.14 0.01 0.07 0.02 0.12 0.14 0.20 0.25 0.09 0.07 0.01 0.14 0.13 0.00 0.14 0.20 0.33 0.19
O5' 0.15 0.56 0.23 0.24 0.29 0.02 0.35 0.01 0.36 0.58 0.46 0.49 0.40 0.55 0.27 0.19 0.28 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.76 0.36 0.36 0.40 0.16 0.40 0.27 0.48 0.56 0.66 0.64 0.47 0.54 0.33 0.35 0.52 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.59 0.25 0.22 0.52 0.28 0.80 0.25 0.81 0.93 0.67 0.50 1.00 1.08 0.52 0.27 0.33 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.59 0.24 0.20 0.32 0.07 0.45 0.02 0.45 0.68 0.50 0.50 0.54 0.70 0.33 0.22 0.28 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00