ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52554

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 1, 1, 4, 5, 4, 5, 12, 4, 4, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.016 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.009, 0.024, 0.040, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.008, 0.026, 0.045, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.010, 0.031, 0.053, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.031 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.011, 0.037, 0.062, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.037 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.012, 0.038, 0.065, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.038 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.010, 0.043, 0.076, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.043 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.013, 0.046, 0.079, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.046 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.135, 0.371, 0.606, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.371 std_dev=0.235
C2' A 0, 0.120, 0.362, 0.604, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.362 std_dev=0.242
C6 B 0, 0.345, 0.600, 0.855, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.600 std_dev=0.255
C5 B 0, 0.391, 0.649, 0.907, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.649 std_dev=0.258
N6 B 0, 0.311, 0.599, 0.887, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.599 std_dev=0.288
N7 B 0, 0.471, 0.766, 1.060, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.766 std_dev=0.294
C4 B 0, 0.394, 0.736, 1.079, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.736 std_dev=0.342
N1 B 0, 0.329, 0.685, 1.041, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.685 std_dev=0.356
C8 B 0, 0.527, 0.906, 1.286, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.906 std_dev=0.380
O2' A 0, -0.044, 0.341, 0.726, 1.872 max_d=1.872 avg_d=0.341 std_dev=0.385
N9 B 0, 0.509, 0.898, 1.287, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.898 std_dev=0.389
C4' A 0, 0.230, 0.622, 1.013, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.622 std_dev=0.391
C2 B 0, 0.372, 0.768, 1.164, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.768 std_dev=0.396
N3 B 0, 0.377, 0.788, 1.199, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.788 std_dev=0.411
C3' A 0, 0.219, 0.648, 1.077, 1.924 max_d=1.924 avg_d=0.648 std_dev=0.429
C1' B 0, 0.637, 1.122, 1.608, 2.041 max_d=2.041 avg_d=1.122 std_dev=0.486
O4' B 0, 0.801, 1.313, 1.824, 2.247 max_d=2.247 avg_d=1.313 std_dev=0.512
C2' B 0, 0.708, 1.227, 1.747, 2.229 max_d=2.229 avg_d=1.227 std_dev=0.519
C5' A 0, 0.388, 0.913, 1.438, 2.260 max_d=2.260 avg_d=0.913 std_dev=0.525
C3' B 0, 0.827, 1.383, 1.940, 2.357 max_d=2.357 avg_d=1.383 std_dev=0.557
O2' B 0, 0.892, 1.469, 2.046, 2.570 max_d=2.570 avg_d=1.469 std_dev=0.577
O5' B 0, 0.865, 1.485, 2.105, 3.288 max_d=3.288 avg_d=1.485 std_dev=0.620
C4' B 0, 0.833, 1.473, 2.113, 2.488 max_d=2.488 avg_d=1.473 std_dev=0.640
C5' B 0, 0.935, 1.583, 2.230, 2.809 max_d=2.809 avg_d=1.583 std_dev=0.647
O3' B 0, 1.028, 1.689, 2.350, 2.773 max_d=2.773 avg_d=1.689 std_dev=0.661
O3' A 0, 0.313, 0.990, 1.668, 3.168 max_d=3.168 avg_d=0.990 std_dev=0.678
O5' A 0, 0.471, 1.208, 1.944, 4.345 max_d=4.345 avg_d=1.208 std_dev=0.737
P B 0, 0.994, 1.743, 2.492, 4.441 max_d=4.441 avg_d=1.743 std_dev=0.749
OP2 A 0, 0.444, 1.274, 2.103, 4.558 max_d=4.558 avg_d=1.274 std_dev=0.829
P A 0, 0.512, 1.351, 2.190, 5.093 max_d=5.093 avg_d=1.351 std_dev=0.839
OP1 B 0, 1.105, 2.071, 3.038, 5.248 max_d=5.248 avg_d=2.071 std_dev=0.967
OP1 A 0, 0.645, 1.697, 2.749, 7.266 max_d=7.266 avg_d=1.697 std_dev=1.052
OP2 B 0, 0.645, 1.846, 3.047, 7.017 max_d=7.017 avg_d=1.846 std_dev=1.201

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.18 0.00 0.21 0.02 0.19 0.28 0.16
C2 0.03 0.00 0.20 0.20 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.30 0.10 0.35 0.02 0.32 0.31 0.31
C2' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.11 0.01 0.07 0.12 0.11 0.09 0.16 0.23 0.19 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.36 0.10 0.40 0.34 0.32
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.16 0.00 0.20 0.02 0.22 0.21 0.22 0.21 0.17 0.22 0.13 0.02 0.01 0.01 0.32 0.24 0.39 0.15 0.24
C4 0.02 0.01 0.11 0.16 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.17 0.05 0.38 0.02 0.30 0.29 0.29
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.12 0.06 0.07 0.05 0.12 0.06 0.16 0.03 0.00 0.02 0.10 0.16 0.27 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.20 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.14 0.03 0.48 0.02 0.36 0.35 0.37
C5' 0.05 0.09 0.12 0.02 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.11 0.09 0.08 0.16 0.08 0.05 0.14 0.01 0.01 0.15 0.21 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.22 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.19 0.19 0.05 0.49 0.01 0.39 0.38 0.40
C8 0.02 0.02 0.09 0.21 0.01 0.12 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.18 0.13 0.07 0.51 0.03 0.35 0.30 0.35
N1 0.03 0.00 0.16 0.22 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.17 0.25 0.08 0.42 0.01 0.36 0.35 0.36
N2 0.05 0.00 0.23 0.21 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.37 0.12 0.31 0.02 0.32 0.31 0.30
N3 0.03 0.01 0.19 0.17 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.29 0.09 0.31 0.01 0.28 0.29 0.27
N7 0.01 0.02 0.05 0.22 0.01 0.12 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.20 0.14 0.05 0.55 0.03 0.40 0.38 0.43
N9 0.01 0.02 0.02 0.13 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.08 0.01 0.37 0.03 0.27 0.27 0.25
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.13 0.16 0.18 0.05 0.19 0.18 0.17 0.18 0.13 0.20 0.11 0.00 0.04 0.12 0.19 0.21 0.27 0.38 0.22
O3' 0.18 0.30 0.03 0.01 0.17 0.03 0.14 0.14 0.19 0.13 0.25 0.37 0.29 0.14 0.08 0.04 0.00 0.13 0.27 0.19 0.50 0.25 0.30
O4' 0.00 0.10 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.08 0.12 0.09 0.05 0.01 0.12 0.13 0.00 0.09 0.05 0.12 0.37 0.16
O5' 0.21 0.35 0.36 0.32 0.38 0.02 0.48 0.01 0.49 0.51 0.42 0.31 0.31 0.55 0.37 0.19 0.27 0.09 0.00 0.54 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.10 0.24 0.02 0.10 0.02 0.15 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.21 0.19 0.05 0.54 0.00 0.43 0.43 0.45
OP1 0.19 0.32 0.40 0.39 0.30 0.16 0.36 0.21 0.39 0.35 0.36 0.32 0.28 0.40 0.27 0.27 0.50 0.12 0.02 0.43 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.31 0.34 0.15 0.29 0.27 0.35 0.32 0.38 0.30 0.35 0.31 0.29 0.38 0.27 0.38 0.25 0.37 0.02 0.43 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.31 0.32 0.24 0.29 0.06 0.37 0.02 0.40 0.35 0.36 0.30 0.27 0.43 0.25 0.22 0.30 0.16 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.28 0.21 0.25 0.20 0.24 0.20 0.36 0.22 0.25 0.29 0.23 0.21 0.25 0.21 0.29 0.25 0.24 0.66 0.76 1.45 0.91
C2 0.23 0.19 0.21 0.33 0.16 0.34 0.16 0.48 0.21 0.24 0.23 0.16 0.28 0.18 0.20 0.24 0.36 0.32 0.74 0.92 1.57 1.02
C2' 0.23 0.36 0.22 0.25 0.25 0.23 0.23 0.30 0.27 0.24 0.36 0.30 0.24 0.24 0.23 0.29 0.25 0.24 0.64 0.63 1.36 0.83
C3' 0.27 0.38 0.30 0.31 0.27 0.26 0.24 0.33 0.26 0.27 0.36 0.33 0.22 0.27 0.26 0.37 0.31 0.26 0.69 0.71 1.42 0.90
C4 0.22 0.24 0.20 0.30 0.18 0.30 0.18 0.44 0.22 0.25 0.27 0.20 0.26 0.22 0.21 0.24 0.31 0.29 0.72 0.89 1.55 1.00
C4' 0.23 0.30 0.29 0.32 0.20 0.25 0.19 0.36 0.19 0.27 0.29 0.25 0.16 0.26 0.22 0.36 0.34 0.22 0.67 0.75 1.44 0.91
C5 0.22 0.25 0.20 0.32 0.18 0.33 0.17 0.48 0.23 0.24 0.28 0.20 0.27 0.20 0.20 0.24 0.34 0.30 0.75 0.97 1.58 1.04
C5' 0.23 0.31 0.29 0.32 0.20 0.26 0.19 0.38 0.19 0.27 0.29 0.25 0.16 0.26 0.22 0.35 0.35 0.23 0.68 0.80 1.48 0.94
C6 0.24 0.23 0.21 0.35 0.16 0.37 0.16 0.52 0.23 0.23 0.26 0.18 0.29 0.18 0.20 0.24 0.39 0.33 0.76 1.03 1.59 1.07
C8 0.22 0.29 0.20 0.28 0.20 0.29 0.19 0.43 0.23 0.25 0.30 0.23 0.24 0.23 0.21 0.25 0.29 0.27 0.72 0.90 1.55 1.00
N1 0.24 0.20 0.22 0.35 0.16 0.38 0.16 0.52 0.22 0.23 0.24 0.17 0.29 0.17 0.20 0.25 0.39 0.34 0.77 1.01 1.60 1.06
N2 0.25 0.17 0.22 0.34 0.16 0.35 0.16 0.49 0.21 0.23 0.21 0.16 0.28 0.17 0.21 0.25 0.37 0.34 0.75 0.89 1.55 1.01
N3 0.22 0.21 0.20 0.30 0.17 0.30 0.17 0.44 0.21 0.25 0.24 0.18 0.27 0.22 0.21 0.24 0.31 0.29 0.72 0.85 1.52 0.98
N7 0.22 0.27 0.20 0.31 0.19 0.32 0.18 0.47 0.23 0.24 0.30 0.22 0.26 0.21 0.20 0.24 0.33 0.29 0.74 0.96 1.58 1.03
N9 0.22 0.27 0.20 0.27 0.20 0.27 0.19 0.41 0.22 0.25 0.29 0.22 0.24 0.24 0.21 0.26 0.28 0.27 0.70 0.85 1.52 0.97
O2' 0.21 0.36 0.25 0.26 0.23 0.20 0.19 0.26 0.22 0.18 0.35 0.30 0.18 0.19 0.19 0.32 0.29 0.19 0.59 0.58 1.29 0.78
O3' 0.59 0.58 0.65 0.64 0.55 0.57 0.53 0.59 0.49 0.57 0.53 0.57 0.44 0.55 0.57 0.68 0.66 0.54 0.87 0.87 1.50 1.04
O4' 0.29 0.28 0.32 0.36 0.25 0.33 0.25 0.44 0.23 0.34 0.29 0.25 0.22 0.33 0.29 0.38 0.38 0.30 0.70 0.83 1.48 0.95
O5' 0.31 0.32 0.34 0.39 0.27 0.36 0.28 0.47 0.26 0.37 0.31 0.29 0.26 0.36 0.31 0.38 0.41 0.34 0.70 0.86 1.51 0.98
O6 0.25 0.23 0.22 0.36 0.16 0.39 0.16 0.55 0.23 0.23 0.27 0.18 0.29 0.18 0.20 0.25 0.41 0.35 0.77 1.08 1.58 1.08
OP1 0.41 0.40 0.47 0.54 0.36 0.49 0.35 0.60 0.33 0.46 0.38 0.37 0.31 0.44 0.40 0.49 0.59 0.43 0.73 0.95 1.56 1.03
OP2 0.36 0.38 0.38 0.44 0.33 0.42 0.33 0.53 0.33 0.41 0.38 0.34 0.32 0.39 0.36 0.40 0.47 0.40 0.75 1.03 1.61 1.08
P 0.37 0.33 0.41 0.48 0.31 0.45 0.32 0.56 0.28 0.43 0.32 0.31 0.27 0.41 0.36 0.43 0.51 0.40 0.73 0.97 1.58 1.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.23 0.16 0.53 0.30
C2 0.04 0.00 0.24 0.22 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.28 0.11 0.41 0.34 0.88 0.55
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.13 0.02 0.07 0.03 0.12 0.12 0.19 0.24 0.09 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.22 0.19 0.37 0.20
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.14 0.01 0.16 0.03 0.18 0.22 0.20 0.20 0.18 0.21 0.11 0.02 0.01 0.02 0.26 0.27 0.26 0.18
C4 0.02 0.01 0.13 0.14 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.14 0.06 0.43 0.32 0.87 0.54
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.07 0.13 0.06 0.06 0.09 0.13 0.06 0.11 0.02 0.01 0.02 0.14 0.30 0.09
C5 0.01 0.01 0.07 0.16 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.15 0.03 0.54 0.42 1.06 0.65
C5' 0.03 0.11 0.03 0.03 0.12 0.01 0.18 0.00 0.18 0.22 0.15 0.09 0.20 0.24 0.12 0.09 0.07 0.02 0.01 0.13 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.18 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.18 0.05 0.54 0.46 1.11 0.69
C8 0.01 0.01 0.12 0.22 0.01 0.13 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.13 0.22 0.08 0.56 0.38 0.97 0.61
N1 0.04 0.00 0.19 0.20 0.02 0.06 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.24 0.09 0.48 0.41 1.02 0.64
N3 0.04 0.01 0.24 0.20 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.26 0.11 0.36 0.29 0.78 0.49
N6 0.02 0.01 0.09 0.18 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.14 0.19 0.05 0.59 0.53 1.23 0.75
N7 0.01 0.01 0.08 0.21 0.01 0.13 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.12 0.21 0.05 0.60 0.48 1.14 0.70
N9 0.01 0.02 0.02 0.11 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.41 0.27 0.78 0.48
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.13 0.11 0.12 0.09 0.15 0.13 0.19 0.23 0.14 0.12 0.07 0.00 0.05 0.08 0.11 0.19 0.31 0.13
O3' 0.07 0.28 0.02 0.01 0.14 0.02 0.15 0.07 0.18 0.22 0.24 0.26 0.19 0.21 0.08 0.05 0.00 0.04 0.29 0.38 0.29 0.24
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.08 0.09 0.11 0.05 0.05 0.01 0.08 0.04 0.00 0.21 0.20 0.50 0.29
O5' 0.23 0.41 0.22 0.26 0.43 0.02 0.54 0.01 0.54 0.56 0.48 0.36 0.59 0.60 0.41 0.11 0.29 0.21 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.34 0.19 0.27 0.32 0.14 0.42 0.13 0.46 0.38 0.41 0.29 0.53 0.48 0.27 0.19 0.38 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.53 0.88 0.37 0.26 0.87 0.30 1.06 0.27 1.11 0.97 1.02 0.78 1.23 1.14 0.78 0.31 0.29 0.50 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.55 0.20 0.18 0.54 0.09 0.65 0.02 0.69 0.61 0.64 0.49 0.75 0.70 0.48 0.13 0.24 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00