ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52555

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 7, 6, 2, 4, 4, 2, 3, 1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.013, 0.027, 0.040, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.017, 0.031, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.017, 0.034, 0.051, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.034 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.014, 0.033, 0.053, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.033 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.022, 0.044, 0.066, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.044 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.022, 0.046, 0.070, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.046 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.012, 0.043, 0.074, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.043 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.032, 0.065, 0.098, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.065 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.037, 0.078, 0.119, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.078 std_dev=0.041
N7 B 0, 0.225, 0.457, 0.689, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.457 std_dev=0.232
C5 B 0, 0.165, 0.407, 0.648, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.407 std_dev=0.241
C4 B 0, 0.140, 0.407, 0.675, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.407 std_dev=0.267
C8 B 0, 0.245, 0.515, 0.786, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.515 std_dev=0.270
N3 B 0, 0.188, 0.500, 0.812, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.500 std_dev=0.312
O4' A 0, -0.051, 0.270, 0.590, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.270 std_dev=0.320
N9 B 0, 0.170, 0.492, 0.814, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.492 std_dev=0.322
C2' A 0, -0.013, 0.313, 0.639, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.313 std_dev=0.326
C6 B 0, 0.174, 0.514, 0.853, 1.345 max_d=1.345 avg_d=0.514 std_dev=0.340
C2 B 0, 0.229, 0.578, 0.927, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.578 std_dev=0.349
N1 B 0, 0.207, 0.603, 1.000, 1.798 max_d=1.798 avg_d=0.603 std_dev=0.396
N6 B 0, 0.184, 0.627, 1.070, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.627 std_dev=0.443
O2' A 0, -0.072, 0.378, 0.829, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.378 std_dev=0.450
C3' A 0, 0.016, 0.526, 1.036, 2.365 max_d=2.365 avg_d=0.526 std_dev=0.510
C1' B 0, 0.136, 0.653, 1.170, 2.408 max_d=2.408 avg_d=0.653 std_dev=0.517
C4' A 0, -0.036, 0.482, 1.001, 2.362 max_d=2.362 avg_d=0.482 std_dev=0.519
C2' B 0, 0.184, 0.799, 1.413, 3.042 max_d=3.042 avg_d=0.799 std_dev=0.614
O4' B 0, 0.199, 0.830, 1.461, 2.539 max_d=2.539 avg_d=0.830 std_dev=0.631
O3' A 0, 0.092, 0.787, 1.483, 3.223 max_d=3.223 avg_d=0.787 std_dev=0.696
C3' B 0, 0.333, 1.036, 1.738, 3.265 max_d=3.265 avg_d=1.036 std_dev=0.702
C5' A 0, -0.007, 0.712, 1.431, 3.212 max_d=3.212 avg_d=0.712 std_dev=0.719
C4' B 0, 0.317, 1.073, 1.828, 3.154 max_d=3.154 avg_d=1.073 std_dev=0.756
O2' B 0, 0.162, 0.953, 1.744, 4.052 max_d=4.052 avg_d=0.953 std_dev=0.791
C5' B 0, 0.419, 1.238, 2.056, 2.834 max_d=2.834 avg_d=1.238 std_dev=0.818
O3' B 0, 0.380, 1.294, 2.208, 4.367 max_d=4.367 avg_d=1.294 std_dev=0.914
O5' B 0, 0.288, 1.380, 2.472, 4.418 max_d=4.418 avg_d=1.380 std_dev=1.092
O5' A 0, -0.185, 0.955, 2.095, 5.039 max_d=5.039 avg_d=0.955 std_dev=1.140
P A 0, -0.265, 1.325, 2.915, 6.762 max_d=6.762 avg_d=1.325 std_dev=1.590
P B 0, 0.179, 1.819, 3.459, 6.994 max_d=6.994 avg_d=1.819 std_dev=1.640
OP2 A 0, -0.331, 1.453, 3.237, 7.576 max_d=7.576 avg_d=1.453 std_dev=1.784
OP1 A 0, -0.187, 1.605, 3.396, 7.577 max_d=7.577 avg_d=1.605 std_dev=1.791
OP1 B 0, 0.205, 2.190, 4.175, 7.975 max_d=7.975 avg_d=2.190 std_dev=1.985
OP2 B 0, 0.011, 2.057, 4.103, 8.859 max_d=8.859 avg_d=2.057 std_dev=2.046

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.18 0.00 0.19 0.03 0.19 0.39 0.21
C2 0.04 0.00 0.22 0.19 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.26 0.19 0.33 0.01 0.21 0.54 0.31
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.12 0.01 0.07 0.11 0.11 0.12 0.18 0.26 0.21 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.20 0.10 0.19 0.28 0.15
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.17 0.01 0.22 0.02 0.23 0.24 0.21 0.19 0.16 0.26 0.15 0.02 0.01 0.01 0.30 0.26 0.27 0.25 0.21
C4 0.02 0.01 0.12 0.17 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.15 0.10 0.39 0.02 0.30 0.59 0.39
C4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.10 0.18 0.10 0.15 0.11 0.17 0.08 0.16 0.02 0.00 0.01 0.12 0.17 0.29 0.11
C5 0.02 0.01 0.07 0.22 0.00 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.16 0.06 0.54 0.01 0.49 0.79 0.59
C5' 0.05 0.19 0.11 0.02 0.16 0.01 0.21 0.00 0.22 0.24 0.20 0.21 0.17 0.26 0.14 0.06 0.12 0.01 0.01 0.25 0.20 0.29 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.23 0.01 0.10 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.14 0.18 0.09 0.53 0.00 0.49 0.82 0.59
C8 0.01 0.01 0.12 0.24 0.01 0.18 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.25 0.19 0.10 0.64 0.02 0.60 0.82 0.69
N1 0.03 0.01 0.18 0.21 0.01 0.10 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.14 0.21 0.15 0.43 0.01 0.33 0.68 0.44
N2 0.05 0.01 0.26 0.19 0.01 0.15 0.01 0.21 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.32 0.23 0.29 0.02 0.18 0.49 0.26
N3 0.03 0.01 0.21 0.16 0.00 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.25 0.18 0.29 0.01 0.18 0.48 0.26
N7 0.01 0.01 0.08 0.26 0.00 0.17 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.20 0.05 0.67 0.02 0.68 0.96 0.78
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.10 0.02 0.41 0.02 0.33 0.56 0.41
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.09 0.16 0.15 0.06 0.14 0.25 0.14 0.26 0.17 0.24 0.12 0.00 0.05 0.12 0.13 0.17 0.27 0.28 0.17
O3' 0.18 0.26 0.02 0.01 0.15 0.02 0.16 0.12 0.18 0.19 0.21 0.32 0.25 0.20 0.10 0.05 0.00 0.12 0.30 0.21 0.41 0.28 0.27
O4' 0.00 0.19 0.01 0.01 0.10 0.00 0.06 0.01 0.09 0.10 0.15 0.23 0.18 0.05 0.02 0.12 0.12 0.00 0.16 0.08 0.22 0.39 0.23
O5' 0.19 0.33 0.20 0.30 0.39 0.01 0.54 0.01 0.53 0.64 0.43 0.29 0.29 0.67 0.41 0.13 0.30 0.16 0.00 0.60 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.10 0.26 0.02 0.12 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.17 0.21 0.08 0.60 0.00 0.62 0.95 0.71
OP1 0.19 0.21 0.19 0.27 0.30 0.17 0.49 0.20 0.49 0.60 0.33 0.18 0.18 0.68 0.33 0.27 0.41 0.22 0.02 0.62 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.54 0.28 0.25 0.59 0.29 0.79 0.29 0.82 0.82 0.68 0.49 0.48 0.96 0.56 0.28 0.28 0.39 0.02 0.95 0.01 0.00 0.00
P 0.21 0.31 0.15 0.21 0.39 0.11 0.59 0.02 0.59 0.69 0.44 0.26 0.26 0.78 0.41 0.17 0.27 0.23 0.01 0.71 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.25 0.20 0.28 0.19 0.32 0.19 0.47 0.18 0.30 0.27 0.20 0.24 0.29 0.24 0.26 0.27 0.33 0.83 0.89 1.72 1.11
C2 0.23 0.27 0.20 0.30 0.17 0.37 0.19 0.54 0.31 0.24 0.34 0.19 0.43 0.19 0.20 0.23 0.33 0.33 0.91 1.15 1.90 1.30
C2' 0.22 0.43 0.24 0.30 0.27 0.31 0.29 0.46 0.39 0.27 0.48 0.33 0.47 0.30 0.23 0.26 0.31 0.29 0.70 0.70 1.52 0.91
C3' 0.35 0.43 0.33 0.33 0.31 0.37 0.25 0.48 0.25 0.30 0.39 0.39 0.20 0.27 0.31 0.40 0.33 0.38 0.68 0.71 1.49 0.90
C4 0.25 0.26 0.19 0.29 0.16 0.36 0.16 0.53 0.25 0.27 0.32 0.19 0.35 0.22 0.22 0.23 0.30 0.34 0.90 1.08 1.87 1.25
C4' 0.38 0.39 0.36 0.37 0.34 0.39 0.32 0.50 0.29 0.38 0.35 0.38 0.27 0.37 0.36 0.41 0.37 0.40 0.80 0.83 1.63 1.04
C5 0.25 0.26 0.19 0.30 0.16 0.38 0.16 0.55 0.26 0.26 0.33 0.19 0.36 0.21 0.21 0.24 0.32 0.36 0.92 1.19 1.93 1.32
C5' 0.38 0.41 0.36 0.38 0.35 0.40 0.34 0.53 0.32 0.40 0.38 0.39 0.30 0.39 0.37 0.41 0.38 0.41 0.82 0.89 1.67 1.07
C6 0.25 0.27 0.21 0.31 0.17 0.40 0.18 0.57 0.30 0.24 0.34 0.19 0.40 0.19 0.20 0.24 0.36 0.36 0.93 1.28 1.96 1.37
C8 0.26 0.26 0.20 0.29 0.17 0.36 0.16 0.53 0.21 0.28 0.29 0.19 0.28 0.24 0.23 0.25 0.29 0.36 0.90 1.08 1.87 1.25
N1 0.24 0.27 0.21 0.31 0.17 0.40 0.20 0.57 0.32 0.23 0.34 0.19 0.43 0.19 0.20 0.24 0.36 0.35 0.93 1.27 1.96 1.37
N2 0.23 0.27 0.21 0.30 0.19 0.37 0.23 0.54 0.34 0.22 0.34 0.20 0.44 0.19 0.19 0.23 0.35 0.33 0.91 1.13 1.87 1.28
N3 0.24 0.27 0.19 0.28 0.17 0.35 0.17 0.52 0.28 0.27 0.33 0.19 0.39 0.22 0.21 0.23 0.30 0.33 0.89 1.04 1.83 1.22
N7 0.26 0.26 0.20 0.29 0.16 0.38 0.16 0.55 0.24 0.27 0.31 0.19 0.32 0.22 0.22 0.24 0.32 0.36 0.92 1.17 1.92 1.31
N9 0.26 0.26 0.19 0.28 0.17 0.35 0.16 0.51 0.21 0.29 0.29 0.19 0.28 0.25 0.23 0.24 0.28 0.34 0.88 1.01 1.82 1.20
O2' 0.29 0.63 0.36 0.38 0.40 0.33 0.44 0.44 0.60 0.31 0.72 0.49 0.69 0.37 0.31 0.38 0.40 0.31 0.70 0.64 1.45 0.86
O3' 0.68 0.70 0.69 0.65 0.62 0.66 0.53 0.70 0.48 0.57 0.60 0.69 0.33 0.51 0.63 0.74 0.66 0.68 0.77 0.81 1.40 0.93
O4' 0.41 0.34 0.36 0.41 0.36 0.44 0.36 0.56 0.31 0.45 0.32 0.34 0.30 0.44 0.40 0.38 0.40 0.45 0.92 0.98 1.78 1.18
O5' 0.38 0.51 0.39 0.42 0.37 0.42 0.34 0.55 0.36 0.38 0.48 0.45 0.33 0.38 0.36 0.46 0.42 0.40 0.90 0.99 1.80 1.18
O6 0.26 0.27 0.22 0.32 0.17 0.41 0.19 0.59 0.30 0.24 0.34 0.19 0.40 0.19 0.20 0.25 0.38 0.37 0.93 1.35 1.97 1.40
OP1 0.60 0.80 0.65 0.57 0.61 0.57 0.53 0.64 0.57 0.49 0.74 0.74 0.48 0.47 0.56 0.80 0.63 0.56 0.96 1.03 1.83 1.21
OP2 0.49 0.66 0.53 0.59 0.51 0.59 0.50 0.75 0.54 0.52 0.64 0.58 0.53 0.52 0.49 0.54 0.60 0.52 1.05 1.25 1.97 1.36
P 0.49 0.68 0.53 0.53 0.51 0.52 0.46 0.64 0.51 0.46 0.64 0.61 0.46 0.45 0.47 0.61 0.56 0.48 0.99 1.13 1.91 1.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.26 0.31 0.43 0.21
C2 0.03 0.00 0.21 0.25 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.19 0.29 0.07 0.48 0.30 0.89 0.47
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.10 0.02 0.06 0.03 0.09 0.11 0.16 0.21 0.07 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.20 0.37 0.29 0.17
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.16 0.01 0.15 0.03 0.19 0.17 0.22 0.23 0.19 0.16 0.09 0.02 0.01 0.02 0.20 0.34 0.22 0.17
C4 0.02 0.01 0.10 0.16 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.04 0.48 0.26 0.88 0.49
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.11 0.08 0.08 0.11 0.11 0.05 0.10 0.03 0.00 0.02 0.33 0.21 0.14
C5 0.01 0.01 0.06 0.15 0.01 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.15 0.03 0.58 0.36 1.13 0.66
C5' 0.03 0.14 0.03 0.03 0.13 0.01 0.19 0.00 0.20 0.19 0.17 0.12 0.23 0.22 0.12 0.08 0.08 0.02 0.01 0.08 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.20 0.04 0.60 0.39 1.20 0.70
C8 0.01 0.02 0.11 0.17 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.18 0.05 0.57 0.35 1.03 0.64
N1 0.03 0.00 0.16 0.22 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.26 0.06 0.55 0.33 1.08 0.60
N3 0.03 0.00 0.21 0.23 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.19 0.25 0.07 0.42 0.29 0.76 0.39
N6 0.02 0.01 0.07 0.19 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.21 0.03 0.64 0.50 1.36 0.81
N7 0.01 0.02 0.07 0.16 0.01 0.11 0.01 0.22 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.10 0.18 0.04 0.62 0.46 1.24 0.76
N9 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.45 0.22 0.77 0.44
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.10 0.16 0.19 0.12 0.10 0.06 0.00 0.06 0.08 0.09 0.59 0.30 0.27
O3' 0.04 0.29 0.03 0.01 0.15 0.03 0.15 0.08 0.20 0.18 0.26 0.25 0.21 0.18 0.07 0.06 0.00 0.03 0.23 0.49 0.34 0.29
O4' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.07 0.03 0.04 0.01 0.08 0.03 0.00 0.23 0.34 0.37 0.22
O5' 0.26 0.48 0.20 0.20 0.48 0.02 0.58 0.01 0.60 0.57 0.55 0.42 0.64 0.62 0.45 0.09 0.23 0.23 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.31 0.30 0.37 0.34 0.26 0.33 0.36 0.08 0.39 0.35 0.33 0.29 0.50 0.46 0.22 0.59 0.49 0.34 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.43 0.89 0.29 0.22 0.88 0.21 1.13 0.17 1.20 1.03 1.08 0.76 1.36 1.24 0.77 0.30 0.34 0.37 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.47 0.17 0.17 0.49 0.14 0.66 0.02 0.70 0.64 0.60 0.39 0.81 0.76 0.44 0.27 0.29 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00