ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52557

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 4, 0, 1, 1, 5, 2, 3, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.012, 0.017, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.017 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.015, 0.022, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.019, 0.030, 0.042, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.017, 0.029, 0.041, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.029 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.021, 0.039, 0.057, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.039 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.018, 0.037, 0.056, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.037 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.021, 0.041, 0.061, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.041 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.021, 0.044, 0.068, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.044 std_dev=0.023
O4' A 0, -0.017, 0.203, 0.423, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.203 std_dev=0.220
C2' A 0, -0.040, 0.201, 0.442, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.201 std_dev=0.241
C5 B 0, 0.135, 0.384, 0.633, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.384 std_dev=0.249
C8 B 0, 0.178, 0.459, 0.740, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.459 std_dev=0.281
N7 B 0, 0.128, 0.411, 0.693, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.411 std_dev=0.282
C6 B 0, 0.111, 0.394, 0.677, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.394 std_dev=0.283
C4 B 0, 0.186, 0.470, 0.754, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.470 std_dev=0.284
N1 B 0, 0.160, 0.449, 0.738, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.449 std_dev=0.289
N9 B 0, 0.201, 0.522, 0.844, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.522 std_dev=0.321
C2 B 0, 0.203, 0.540, 0.878, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.540 std_dev=0.338
C3' A 0, -0.074, 0.288, 0.649, 1.845 max_d=1.845 avg_d=0.288 std_dev=0.362
C4' A 0, -0.045, 0.321, 0.687, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.321 std_dev=0.366
N3 B 0, 0.201, 0.573, 0.946, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.573 std_dev=0.373
N6 B 0, 0.105, 0.484, 0.863, 1.469 max_d=1.469 avg_d=0.484 std_dev=0.379
O2' A 0, -0.069, 0.314, 0.697, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.314 std_dev=0.383
O5' A 0, 0.139, 0.603, 1.067, 2.059 max_d=2.059 avg_d=0.603 std_dev=0.464
C1' B 0, 0.212, 0.684, 1.157, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.684 std_dev=0.473
C5' A 0, 0.083, 0.556, 1.030, 2.241 max_d=2.241 avg_d=0.556 std_dev=0.473
O3' A 0, -0.162, 0.359, 0.880, 2.593 max_d=2.593 avg_d=0.359 std_dev=0.521
O4' B 0, 0.215, 0.802, 1.389, 1.970 max_d=1.970 avg_d=0.802 std_dev=0.587
P A 0, 0.138, 0.776, 1.413, 2.178 max_d=2.178 avg_d=0.776 std_dev=0.637
C2' B 0, 0.282, 0.955, 1.628, 2.223 max_d=2.223 avg_d=0.955 std_dev=0.673
C4' B 0, 0.232, 1.033, 1.833, 2.543 max_d=2.543 avg_d=1.033 std_dev=0.801
OP1 A 0, 0.401, 1.297, 2.192, 3.453 max_d=3.453 avg_d=1.297 std_dev=0.895
OP2 A 0, 0.102, 1.034, 1.967, 3.591 max_d=3.591 avg_d=1.034 std_dev=0.932
C3' B 0, 0.190, 1.191, 2.191, 3.082 max_d=3.082 avg_d=1.191 std_dev=1.000
O2' B 0, 0.352, 1.490, 2.629, 3.750 max_d=3.750 avg_d=1.490 std_dev=1.139
C5' B 0, 0.214, 1.427, 2.640, 3.561 max_d=3.561 avg_d=1.427 std_dev=1.213
O5' B 0, 0.178, 1.525, 2.873, 3.927 max_d=3.927 avg_d=1.525 std_dev=1.348
O3' B 0, 0.136, 1.577, 3.019, 4.172 max_d=4.172 avg_d=1.577 std_dev=1.442
OP2 B 0, 0.759, 2.350, 3.941, 5.227 max_d=5.227 avg_d=2.350 std_dev=1.591
P B 0, 0.309, 1.930, 3.552, 4.950 max_d=4.950 avg_d=1.930 std_dev=1.622
OP1 B 0, 0.274, 2.181, 4.089, 6.025 max_d=6.025 avg_d=2.181 std_dev=1.907

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.00 0.29 0.01 0.40 0.40 0.30
C2 0.02 0.00 0.18 0.14 0.00 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.12 0.13 0.34 0.01 0.37 0.58 0.36
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.09 0.02 0.05 0.15 0.08 0.09 0.14 0.21 0.18 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.34 0.07 0.59 0.49 0.42
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.13 0.00 0.16 0.01 0.17 0.13 0.16 0.14 0.12 0.16 0.10 0.01 0.01 0.02 0.13 0.18 0.44 0.25 0.19
C4 0.01 0.00 0.09 0.13 0.00 0.04 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.07 0.35 0.01 0.38 0.59 0.37
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.14 0.05 0.09 0.06 0.13 0.06 0.13 0.02 0.00 0.02 0.08 0.25 0.17 0.06
C5 0.00 0.01 0.05 0.16 0.00 0.07 0.00 0.24 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.07 0.03 0.36 0.01 0.39 0.70 0.41
C5' 0.10 0.16 0.15 0.01 0.19 0.01 0.24 0.00 0.24 0.29 0.20 0.15 0.15 0.30 0.19 0.10 0.10 0.01 0.01 0.26 0.21 0.20 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.17 0.01 0.06 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.06 0.36 0.00 0.39 0.73 0.42
C8 0.02 0.01 0.09 0.13 0.00 0.14 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.05 0.08 0.36 0.02 0.41 0.67 0.41
N1 0.02 0.00 0.14 0.16 0.01 0.05 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.10 0.35 0.01 0.38 0.67 0.39
N2 0.03 0.00 0.21 0.14 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.16 0.16 0.34 0.01 0.37 0.55 0.34
N3 0.02 0.00 0.18 0.12 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.13 0.13 0.33 0.01 0.38 0.53 0.34
N7 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.13 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.08 0.05 0.36 0.02 0.41 0.76 0.43
N9 0.00 0.01 0.02 0.10 0.00 0.06 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.06 0.01 0.34 0.01 0.39 0.54 0.35
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.13 0.12 0.10 0.11 0.20 0.08 0.17 0.12 0.19 0.09 0.00 0.04 0.09 0.31 0.14 0.65 0.56 0.43
O3' 0.15 0.12 0.02 0.01 0.08 0.02 0.07 0.10 0.08 0.05 0.10 0.16 0.13 0.08 0.06 0.04 0.00 0.14 0.15 0.09 0.42 0.28 0.20
O4' 0.00 0.13 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.08 0.10 0.16 0.13 0.05 0.01 0.09 0.14 0.00 0.24 0.04 0.26 0.27 0.20
O5' 0.29 0.34 0.34 0.13 0.35 0.02 0.36 0.01 0.36 0.36 0.35 0.34 0.33 0.36 0.34 0.31 0.15 0.24 0.00 0.36 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.07 0.18 0.01 0.08 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.09 0.04 0.36 0.00 0.40 0.80 0.44
OP1 0.40 0.37 0.59 0.44 0.38 0.25 0.39 0.21 0.39 0.41 0.38 0.37 0.38 0.41 0.39 0.65 0.42 0.26 0.02 0.40 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.58 0.49 0.25 0.59 0.17 0.70 0.20 0.73 0.67 0.67 0.55 0.53 0.76 0.54 0.56 0.28 0.27 0.02 0.80 0.01 0.00 0.00
P 0.30 0.36 0.42 0.19 0.37 0.06 0.41 0.01 0.42 0.41 0.39 0.34 0.34 0.43 0.35 0.43 0.20 0.20 0.00 0.44 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.24 0.11 0.47 0.15 0.32 0.13 0.40 0.17 0.16 0.25 0.19 0.19 0.16 0.14 0.47 0.26 0.25 0.53 0.71 1.11 0.70
C2 0.14 0.29 0.26 0.42 0.20 0.32 0.22 0.57 0.30 0.17 0.32 0.23 0.36 0.18 0.15 0.65 0.41 0.20 0.78 1.26 1.52 1.24
C2' 0.27 0.20 0.23 0.62 0.20 0.48 0.17 0.59 0.12 0.27 0.17 0.20 0.14 0.24 0.25 0.37 0.39 0.38 0.68 0.74 1.14 0.75
C3' 0.20 0.37 0.19 0.50 0.23 0.38 0.21 0.51 0.29 0.18 0.38 0.30 0.34 0.19 0.19 0.44 0.28 0.31 0.56 0.58 1.04 0.60
C4 0.12 0.28 0.17 0.43 0.17 0.29 0.17 0.45 0.26 0.16 0.31 0.21 0.31 0.16 0.13 0.62 0.33 0.17 0.67 1.09 1.39 1.05
C4' 0.31 0.49 0.31 0.47 0.35 0.39 0.33 0.46 0.39 0.26 0.49 0.43 0.40 0.27 0.30 0.61 0.39 0.38 0.51 0.61 1.04 0.61
C5 0.13 0.30 0.21 0.41 0.18 0.31 0.19 0.54 0.28 0.16 0.33 0.23 0.33 0.17 0.14 0.71 0.37 0.17 0.77 1.30 1.54 1.23
C5' 0.34 0.56 0.35 0.45 0.39 0.37 0.35 0.43 0.42 0.27 0.54 0.48 0.40 0.28 0.33 0.71 0.45 0.37 0.53 0.73 1.15 0.71
C6 0.16 0.31 0.28 0.39 0.20 0.36 0.22 0.67 0.31 0.18 0.35 0.25 0.37 0.19 0.16 0.77 0.42 0.22 0.89 1.51 1.69 1.42
C8 0.12 0.28 0.14 0.43 0.16 0.29 0.16 0.44 0.23 0.15 0.30 0.21 0.25 0.16 0.13 0.64 0.31 0.17 0.65 1.07 1.37 1.01
N1 0.16 0.31 0.30 0.39 0.21 0.37 0.23 0.69 0.31 0.18 0.34 0.25 0.38 0.20 0.17 0.75 0.44 0.24 0.91 1.51 1.70 1.44
N2 0.16 0.28 0.30 0.43 0.21 0.33 0.24 0.60 0.30 0.18 0.31 0.23 0.35 0.21 0.17 0.62 0.46 0.24 0.81 1.26 1.51 1.27
N3 0.13 0.27 0.19 0.45 0.17 0.29 0.19 0.44 0.28 0.16 0.31 0.21 0.34 0.16 0.14 0.57 0.35 0.17 0.64 1.02 1.33 1.01
N7 0.13 0.30 0.19 0.41 0.17 0.31 0.18 0.51 0.26 0.16 0.32 0.23 0.30 0.16 0.13 0.71 0.35 0.16 0.74 1.26 1.51 1.17
N9 0.13 0.26 0.13 0.45 0.15 0.30 0.15 0.40 0.22 0.15 0.29 0.20 0.25 0.15 0.13 0.57 0.29 0.19 0.60 0.94 1.28 0.90
O2' 0.43 0.38 0.39 0.76 0.39 0.59 0.33 0.66 0.29 0.37 0.32 0.41 0.24 0.32 0.40 0.37 0.55 0.50 0.70 0.59 1.03 0.63
O3' 0.38 0.57 0.39 0.53 0.44 0.46 0.44 0.57 0.53 0.33 0.59 0.51 0.60 0.37 0.38 0.57 0.41 0.43 0.51 0.39 0.87 0.43
O4' 0.28 0.41 0.28 0.41 0.31 0.32 0.29 0.38 0.35 0.25 0.42 0.36 0.35 0.27 0.27 0.66 0.33 0.32 0.52 0.72 1.13 0.71
O5' 0.37 0.53 0.36 0.52 0.41 0.43 0.39 0.49 0.45 0.35 0.53 0.47 0.44 0.35 0.37 0.69 0.44 0.40 0.60 0.81 1.17 0.77
O6 0.18 0.33 0.32 0.38 0.22 0.40 0.23 0.76 0.31 0.19 0.36 0.27 0.38 0.21 0.18 0.83 0.45 0.25 0.98 1.67 1.78 1.54
OP1 0.42 0.61 0.43 0.53 0.47 0.46 0.44 0.54 0.51 0.37 0.60 0.55 0.50 0.38 0.41 0.76 0.48 0.46 0.65 0.77 1.13 0.71
OP2 0.42 0.51 0.42 0.66 0.44 0.54 0.44 0.63 0.47 0.44 0.52 0.46 0.49 0.45 0.42 0.69 0.53 0.46 0.72 0.99 1.26 0.90
P 0.36 0.51 0.36 0.57 0.39 0.46 0.38 0.55 0.43 0.34 0.51 0.45 0.43 0.35 0.36 0.68 0.48 0.40 0.68 0.91 1.25 0.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.00 0.29 0.22 0.43 0.34
C2 0.04 0.00 0.29 0.21 0.01 0.16 0.00 0.26 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.50 0.61 0.28 0.25 0.27 0.64 0.30
C2' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.15 0.01 0.08 0.22 0.14 0.14 0.23 0.28 0.11 0.07 0.02 0.00 0.04 0.02 0.46 0.36 0.56 0.48
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.20 0.01 0.29 0.02 0.29 0.36 0.24 0.18 0.34 0.37 0.20 0.02 0.01 0.03 0.14 0.30 0.29 0.18
C4 0.02 0.01 0.15 0.20 0.00 0.10 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.35 0.14 0.30 0.32 0.67 0.41
C4' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.12 0.18 0.14 0.15 0.13 0.16 0.08 0.30 0.02 0.01 0.02 0.19 0.12 0.04
C5 0.01 0.00 0.08 0.29 0.00 0.11 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.21 0.06 0.40 0.49 0.88 0.58
C5' 0.08 0.26 0.22 0.02 0.11 0.01 0.15 0.00 0.16 0.32 0.22 0.23 0.19 0.28 0.12 0.10 0.24 0.01 0.01 0.14 0.14 0.01
C6 0.02 0.00 0.14 0.29 0.01 0.12 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.43 0.30 0.12 0.39 0.49 0.91 0.56
C8 0.01 0.01 0.14 0.36 0.01 0.18 0.01 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.29 0.21 0.18 0.54 0.61 0.89 0.75
N1 0.03 0.00 0.23 0.24 0.01 0.14 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.48 0.47 0.22 0.32 0.37 0.79 0.42
N3 0.04 0.00 0.28 0.18 0.00 0.15 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.45 0.61 0.28 0.21 0.23 0.54 0.26
N6 0.01 0.01 0.11 0.34 0.01 0.13 0.01 0.19 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.43 0.24 0.08 0.45 0.61 1.04 0.66
N7 0.01 0.01 0.07 0.37 0.01 0.16 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.34 0.20 0.10 0.53 0.67 1.02 0.78
N9 0.01 0.02 0.02 0.20 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.18 0.01 0.35 0.35 0.64 0.48
O2' 0.01 0.50 0.00 0.02 0.35 0.30 0.37 0.10 0.43 0.29 0.48 0.45 0.43 0.34 0.22 0.00 0.06 0.19 0.32 0.30 0.60 0.37
O3' 0.36 0.61 0.04 0.01 0.35 0.02 0.21 0.24 0.30 0.21 0.47 0.61 0.24 0.20 0.18 0.06 0.00 0.24 0.46 0.92 0.75 0.68
O4' 0.00 0.28 0.02 0.03 0.14 0.01 0.06 0.01 0.12 0.18 0.22 0.28 0.08 0.10 0.01 0.19 0.24 0.00 0.19 0.18 0.26 0.20
O5' 0.29 0.25 0.46 0.14 0.30 0.02 0.40 0.01 0.39 0.54 0.32 0.21 0.45 0.53 0.35 0.32 0.46 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.22 0.27 0.36 0.30 0.32 0.19 0.49 0.14 0.49 0.61 0.37 0.23 0.61 0.67 0.35 0.30 0.92 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 0.64 0.56 0.29 0.67 0.12 0.88 0.14 0.91 0.89 0.79 0.54 1.04 1.02 0.64 0.60 0.75 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.30 0.48 0.18 0.41 0.04 0.58 0.01 0.56 0.75 0.42 0.26 0.66 0.78 0.48 0.37 0.68 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00