ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52558

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 1, 2, 8, 1, 3, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.015, 0.038, 0.060, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.031 std_dev=0.023
O6 A 0, 0.029, 0.053, 0.077, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.053 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.034 std_dev=0.024
C2 A 0, -0.006, 0.020, 0.046, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.020 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.014, 0.042, 0.069, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.042 std_dev=0.027
C1' A 0, -0.001, 0.031, 0.063, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.031 std_dev=0.032
N7 A 0, 0.015, 0.049, 0.082, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.049 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.018, 0.060, 0.103, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.060 std_dev=0.043
N2 A 0, -0.001, 0.045, 0.091, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.045 std_dev=0.046
C5 B 0, 0.284, 0.562, 0.841, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.562 std_dev=0.279
C4 B 0, 0.353, 0.642, 0.930, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.642 std_dev=0.289
C6 B 0, 0.290, 0.597, 0.903, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.597 std_dev=0.306
N9 B 0, 0.350, 0.674, 0.998, 1.369 max_d=1.369 avg_d=0.674 std_dev=0.324
N3 B 0, 0.428, 0.753, 1.078, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.753 std_dev=0.325
N7 B 0, 0.225, 0.555, 0.884, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.555 std_dev=0.330
C2 B 0, 0.470, 0.806, 1.141, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.806 std_dev=0.336
N1 B 0, 0.403, 0.743, 1.083, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.743 std_dev=0.340
C8 B 0, 0.290, 0.644, 0.997, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.644 std_dev=0.354
C1' B 0, 0.444, 0.805, 1.167, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.805 std_dev=0.362
N6 B 0, 0.175, 0.552, 0.929, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.552 std_dev=0.377
C2' A 0, 0.040, 0.470, 0.899, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.470 std_dev=0.429
O4' A 0, 0.015, 0.458, 0.900, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.458 std_dev=0.443
C2' B 0, 0.358, 0.956, 1.554, 2.793 max_d=2.793 avg_d=0.956 std_dev=0.598
O4' B 0, 0.415, 1.042, 1.669, 2.937 max_d=2.937 avg_d=1.042 std_dev=0.627
O2' A 0, 0.202, 0.907, 1.613, 2.283 max_d=2.283 avg_d=0.907 std_dev=0.706
C4' A 0, 0.022, 0.738, 1.453, 1.990 max_d=1.990 avg_d=0.738 std_dev=0.716
O5' A 0, 0.322, 1.064, 1.807, 2.197 max_d=2.197 avg_d=1.064 std_dev=0.742
C3' A 0, -0.090, 0.657, 1.404, 2.087 max_d=2.087 avg_d=0.657 std_dev=0.747
O2' B 0, 0.467, 1.264, 2.062, 3.398 max_d=3.398 avg_d=1.264 std_dev=0.798
C3' B 0, 0.125, 0.964, 1.803, 3.926 max_d=3.926 avg_d=0.964 std_dev=0.839
O3' B 0, 0.199, 1.103, 2.006, 4.104 max_d=4.104 avg_d=1.103 std_dev=0.904
C4' B 0, 0.169, 1.075, 1.981, 4.179 max_d=4.179 avg_d=1.075 std_dev=0.906
C5' A 0, 0.177, 1.088, 2.000, 2.737 max_d=2.737 avg_d=1.088 std_dev=0.911
P A 0, 0.396, 1.505, 2.613, 4.163 max_d=4.163 avg_d=1.505 std_dev=1.108
O3' A 0, -0.016, 1.098, 2.213, 3.263 max_d=3.263 avg_d=1.098 std_dev=1.114
OP2 A 0, 0.320, 1.669, 3.018, 5.920 max_d=5.920 avg_d=1.669 std_dev=1.349
C5' B 0, 0.096, 1.452, 2.808, 5.944 max_d=5.944 avg_d=1.452 std_dev=1.356
OP1 A 0, 0.486, 1.900, 3.313, 4.940 max_d=4.940 avg_d=1.900 std_dev=1.413
O5' B 0, 1.371, 2.830, 4.289, 7.001 max_d=7.001 avg_d=2.830 std_dev=1.459
OP1 B 0, 1.888, 3.676, 5.464, 7.812 max_d=7.812 avg_d=3.676 std_dev=1.788
P B 0, 1.341, 3.158, 4.974, 8.420 max_d=8.420 avg_d=3.158 std_dev=1.817
OP2 B 0, 2.418, 4.458, 6.498, 9.757 max_d=9.757 avg_d=4.458 std_dev=2.040

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.15 0.04 0.02 0.06 0.08 0.07 0.01 0.01 0.02 0.33 0.01 0.29 0.03 0.23 0.51 0.27
C2 0.07 0.00 0.30 0.24 0.01 0.18 0.01 0.34 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.38 0.27 0.34 0.02 0.31 0.77 0.42
C2' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.16 0.03 0.09 0.24 0.14 0.16 0.23 0.36 0.29 0.09 0.03 0.00 0.04 0.03 0.53 0.10 0.44 0.64 0.47
C3' 0.02 0.24 0.00 0.00 0.27 0.01 0.36 0.02 0.37 0.35 0.31 0.21 0.19 0.40 0.24 0.03 0.01 0.03 0.26 0.41 0.36 0.24 0.12
C4 0.03 0.01 0.16 0.27 0.00 0.10 0.01 0.32 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.25 0.13 0.38 0.02 0.35 0.81 0.47
C4' 0.02 0.18 0.03 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.15 0.28 0.13 0.25 0.18 0.27 0.12 0.31 0.02 0.01 0.02 0.18 0.31 0.27 0.15
C5 0.02 0.01 0.09 0.36 0.01 0.16 0.00 0.41 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.24 0.05 0.50 0.01 0.57 1.03 0.66
C5' 0.15 0.34 0.24 0.02 0.32 0.01 0.41 0.00 0.41 0.46 0.36 0.36 0.32 0.50 0.30 0.14 0.23 0.02 0.01 0.46 0.22 0.29 0.03
C6 0.04 0.01 0.14 0.37 0.02 0.15 0.01 0.41 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.32 0.28 0.10 0.50 0.01 0.60 1.08 0.69
C8 0.02 0.02 0.16 0.35 0.01 0.28 0.01 0.46 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.44 0.22 0.19 0.58 0.02 0.61 1.00 0.71
N1 0.06 0.01 0.23 0.31 0.02 0.13 0.01 0.36 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.22 0.32 0.20 0.42 0.02 0.45 0.94 0.56
N2 0.08 0.00 0.36 0.21 0.02 0.25 0.01 0.36 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.28 0.47 0.34 0.31 0.03 0.29 0.70 0.36
N3 0.07 0.01 0.29 0.19 0.01 0.18 0.01 0.32 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.39 0.28 0.31 0.02 0.26 0.68 0.36
N7 0.01 0.01 0.09 0.40 0.01 0.27 0.00 0.50 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.47 0.28 0.13 0.62 0.02 0.74 1.17 0.82
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.12 0.01 0.30 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.22 0.17 0.02 0.39 0.02 0.33 0.75 0.45
O2' 0.02 0.20 0.00 0.03 0.18 0.31 0.33 0.14 0.32 0.44 0.22 0.28 0.20 0.47 0.22 0.00 0.04 0.21 0.41 0.40 0.30 0.70 0.38
O3' 0.33 0.38 0.04 0.01 0.25 0.02 0.24 0.23 0.28 0.22 0.32 0.47 0.39 0.28 0.17 0.04 0.00 0.24 0.29 0.31 0.66 0.37 0.36
O4' 0.01 0.27 0.03 0.03 0.13 0.01 0.05 0.02 0.10 0.19 0.20 0.34 0.28 0.13 0.02 0.21 0.24 0.00 0.18 0.07 0.28 0.41 0.26
O5' 0.29 0.34 0.53 0.26 0.38 0.02 0.50 0.01 0.50 0.58 0.42 0.31 0.31 0.62 0.39 0.41 0.29 0.18 0.00 0.56 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.10 0.41 0.02 0.18 0.01 0.46 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.40 0.31 0.07 0.56 0.00 0.75 1.21 0.81
OP1 0.23 0.31 0.44 0.36 0.35 0.31 0.57 0.22 0.60 0.61 0.45 0.29 0.26 0.74 0.33 0.30 0.66 0.28 0.02 0.75 0.00 0.01 0.00
OP2 0.51 0.77 0.64 0.24 0.81 0.27 1.03 0.29 1.08 1.00 0.94 0.70 0.68 1.17 0.75 0.70 0.37 0.41 0.02 1.21 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.42 0.47 0.12 0.47 0.15 0.66 0.03 0.69 0.71 0.56 0.36 0.36 0.82 0.45 0.38 0.36 0.26 0.01 0.81 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.28 0.22 0.30 0.22 0.28 0.20 0.42 0.22 0.20 0.27 0.26 0.22 0.19 0.21 0.28 0.26 0.29 0.70 0.62 1.06 0.72
C2 0.21 0.25 0.32 0.38 0.20 0.36 0.22 0.49 0.28 0.21 0.28 0.21 0.35 0.20 0.20 0.56 0.39 0.27 0.87 1.02 1.30 1.05
C2' 0.49 0.38 0.47 0.56 0.45 0.64 0.46 0.82 0.41 0.52 0.36 0.42 0.43 0.51 0.49 0.44 0.55 0.62 1.04 0.98 1.39 1.08
C3' 0.39 0.61 0.43 0.32 0.42 0.41 0.34 0.54 0.41 0.27 0.58 0.55 0.35 0.25 0.35 0.52 0.36 0.45 0.84 0.84 1.21 0.93
C4 0.21 0.27 0.26 0.36 0.21 0.31 0.21 0.44 0.26 0.21 0.29 0.23 0.30 0.20 0.20 0.42 0.35 0.25 0.76 0.80 1.16 0.84
C4' 0.59 0.81 0.68 0.60 0.64 0.49 0.56 0.45 0.63 0.45 0.78 0.75 0.54 0.42 0.56 0.74 0.59 0.52 0.73 0.66 1.03 0.76
C5 0.21 0.26 0.29 0.38 0.21 0.33 0.21 0.46 0.26 0.21 0.29 0.23 0.30 0.20 0.20 0.48 0.39 0.25 0.79 0.90 1.20 0.91
C5' 0.68 0.97 0.81 0.73 0.73 0.57 0.64 0.51 0.73 0.51 0.93 0.88 0.63 0.49 0.64 0.88 0.74 0.57 0.80 0.74 1.10 0.82
C6 0.22 0.26 0.34 0.39 0.20 0.36 0.21 0.50 0.27 0.21 0.29 0.22 0.32 0.20 0.20 0.59 0.42 0.27 0.86 1.07 1.27 1.04
C8 0.21 0.28 0.25 0.35 0.22 0.30 0.21 0.44 0.25 0.21 0.29 0.25 0.25 0.21 0.21 0.36 0.34 0.26 0.74 0.75 1.13 0.79
N1 0.22 0.25 0.36 0.40 0.21 0.39 0.22 0.53 0.28 0.21 0.29 0.22 0.34 0.20 0.21 0.63 0.43 0.28 0.91 1.15 1.35 1.13
N2 0.22 0.25 0.35 0.39 0.21 0.40 0.24 0.54 0.29 0.21 0.28 0.22 0.35 0.22 0.21 0.62 0.41 0.30 0.97 1.14 1.41 1.19
N3 0.21 0.25 0.27 0.36 0.21 0.32 0.22 0.44 0.27 0.21 0.28 0.22 0.33 0.20 0.20 0.43 0.35 0.24 0.78 0.83 1.17 0.88
N7 0.21 0.27 0.27 0.37 0.21 0.32 0.21 0.46 0.25 0.21 0.29 0.24 0.27 0.20 0.20 0.44 0.37 0.25 0.76 0.84 1.16 0.86
N9 0.21 0.28 0.24 0.34 0.22 0.29 0.21 0.43 0.24 0.21 0.29 0.25 0.26 0.20 0.21 0.34 0.32 0.26 0.72 0.70 1.11 0.77
O2' 0.78 0.89 0.81 0.82 0.83 0.87 0.80 1.01 0.85 0.72 0.89 0.87 0.81 0.71 0.78 0.80 0.85 0.84 1.17 1.05 1.44 1.15
O3' 0.90 1.10 0.96 0.82 0.95 0.85 0.86 0.84 0.92 0.74 1.06 1.06 0.80 0.71 0.87 1.04 0.90 0.89 1.02 0.99 1.18 1.04
O4' 0.48 0.60 0.53 0.53 0.52 0.41 0.48 0.41 0.53 0.41 0.60 0.57 0.51 0.41 0.47 0.57 0.48 0.44 0.70 0.62 0.99 0.71
O5' 0.48 0.77 0.55 0.46 0.54 0.37 0.46 0.41 0.56 0.34 0.74 0.68 0.49 0.33 0.45 0.64 0.45 0.43 0.70 0.67 1.06 0.75
O6 0.22 0.26 0.37 0.39 0.21 0.38 0.22 0.52 0.27 0.22 0.29 0.22 0.33 0.20 0.21 0.64 0.44 0.28 0.88 1.15 1.28 1.09
OP1 0.73 1.11 0.89 0.75 0.79 0.53 0.65 0.37 0.76 0.47 1.02 1.00 0.61 0.43 0.66 1.02 0.78 0.56 0.71 0.68 1.07 0.74
OP2 0.45 0.78 0.55 0.55 0.53 0.44 0.51 0.60 0.60 0.46 0.76 0.66 0.60 0.49 0.45 0.61 0.55 0.41 0.87 0.97 1.27 0.94
P 0.52 0.90 0.67 0.59 0.61 0.35 0.51 0.32 0.64 0.34 0.86 0.79 0.56 0.34 0.48 0.76 0.60 0.37 0.70 0.71 1.08 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.23 0.01 0.17 0.16 0.26 0.16
C2 0.03 0.00 0.37 0.30 0.02 0.17 0.03 0.23 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.32 0.30 0.31 0.41 0.35 0.57 0.39
C2' 0.00 0.37 0.00 0.01 0.20 0.02 0.10 0.16 0.18 0.19 0.30 0.37 0.14 0.10 0.02 0.00 0.03 0.01 0.21 0.28 0.29 0.19
C3' 0.02 0.30 0.01 0.00 0.23 0.01 0.26 0.02 0.29 0.25 0.31 0.27 0.32 0.27 0.16 0.02 0.01 0.01 0.36 0.41 0.31 0.31
C4 0.02 0.02 0.20 0.23 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.14 0.16 0.37 0.29 0.53 0.34
C4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.21 0.11 0.17 0.10 0.18 0.07 0.20 0.03 0.00 0.01 0.14 0.17 0.03
C5 0.01 0.03 0.10 0.26 0.01 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.13 0.10 0.08 0.49 0.42 0.71 0.49
C5' 0.06 0.23 0.16 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.17 0.26 0.19 0.22 0.20 0.25 0.11 0.07 0.15 0.01 0.01 0.20 0.26 0.02
C6 0.02 0.02 0.18 0.29 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.15 0.14 0.48 0.43 0.76 0.49
C8 0.02 0.03 0.19 0.25 0.01 0.21 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.36 0.19 0.16 0.62 0.52 0.68 0.61
N1 0.03 0.00 0.30 0.31 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.21 0.23 0.24 0.44 0.38 0.68 0.43
N3 0.03 0.00 0.37 0.27 0.01 0.17 0.02 0.22 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.32 0.29 0.30 0.36 0.30 0.49 0.32
N6 0.03 0.02 0.14 0.32 0.02 0.10 0.02 0.20 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.13 0.17 0.10 0.55 0.53 0.88 0.59
N7 0.02 0.03 0.10 0.27 0.01 0.18 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.31 0.17 0.08 0.63 0.57 0.83 0.66
N9 0.01 0.02 0.02 0.16 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.13 0.08 0.01 0.36 0.28 0.46 0.33
O2' 0.02 0.32 0.00 0.02 0.11 0.20 0.13 0.07 0.11 0.36 0.21 0.32 0.13 0.31 0.13 0.00 0.06 0.15 0.18 0.24 0.20 0.14
O3' 0.23 0.30 0.03 0.01 0.14 0.03 0.10 0.15 0.15 0.19 0.23 0.29 0.17 0.17 0.08 0.06 0.00 0.17 0.37 0.58 0.43 0.40
O4' 0.01 0.31 0.01 0.01 0.16 0.00 0.08 0.01 0.14 0.16 0.24 0.30 0.10 0.08 0.01 0.15 0.17 0.00 0.16 0.19 0.26 0.18
O5' 0.17 0.41 0.21 0.36 0.37 0.01 0.49 0.01 0.48 0.62 0.44 0.36 0.55 0.63 0.36 0.18 0.37 0.16 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.35 0.28 0.41 0.29 0.14 0.42 0.20 0.43 0.52 0.38 0.30 0.53 0.57 0.28 0.24 0.58 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.57 0.29 0.31 0.53 0.17 0.71 0.26 0.76 0.68 0.68 0.49 0.88 0.83 0.46 0.20 0.43 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.39 0.19 0.31 0.34 0.03 0.49 0.02 0.49 0.61 0.43 0.32 0.59 0.66 0.33 0.14 0.40 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00