ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52559

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.003, 0.021, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.030 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.012, 0.041, 0.069, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.041 std_dev=0.028
N7 A 0, 0.022, 0.052, 0.082, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.052 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.025, 0.063, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.063 std_dev=0.038
C2 B 0, 0.241, 0.753, 1.265, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.753 std_dev=0.512
C4 B 0, 0.303, 0.829, 1.354, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.829 std_dev=0.526
C8 B 0, 0.287, 0.829, 1.370, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.829 std_dev=0.541
N3 B 0, 0.355, 0.905, 1.456, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.905 std_dev=0.550
C5 B 0, 0.086, 0.659, 1.233, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.659 std_dev=0.573
N7 B 0, 0.067, 0.647, 1.226, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.647 std_dev=0.579
N9 B 0, 0.399, 1.028, 1.658, 1.712 max_d=1.712 avg_d=1.028 std_dev=0.629
O4' A 0, 0.444, 1.100, 1.756, 1.730 max_d=1.730 avg_d=1.100 std_dev=0.656
N1 B 0, -0.003, 0.698, 1.398, 1.866 max_d=1.866 avg_d=0.698 std_dev=0.700
C2' A 0, 0.494, 1.207, 1.921, 1.852 max_d=1.852 avg_d=1.207 std_dev=0.713
C6 B 0, -0.118, 0.662, 1.441, 1.992 max_d=1.992 avg_d=0.662 std_dev=0.780
C2' B 0, 0.587, 1.488, 2.390, 2.246 max_d=2.246 avg_d=1.488 std_dev=0.902
C1' B 0, 0.584, 1.498, 2.412, 2.479 max_d=2.479 avg_d=1.498 std_dev=0.914
C3' A 0, 0.648, 1.589, 2.530, 2.449 max_d=2.449 avg_d=1.589 std_dev=0.941
C3' B 0, 0.687, 1.628, 2.570, 2.229 max_d=2.229 avg_d=1.628 std_dev=0.941
C4' A 0, 0.653, 1.617, 2.581, 2.539 max_d=2.539 avg_d=1.617 std_dev=0.964
N6 B 0, -0.217, 0.843, 1.904, 2.662 max_d=2.662 avg_d=0.843 std_dev=1.061
O2' A 0, 0.763, 1.838, 2.913, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.838 std_dev=1.075
O5' A 0, 0.749, 1.843, 2.936, 2.851 max_d=2.851 avg_d=1.843 std_dev=1.093
O3' A 0, 0.814, 1.948, 3.083, 2.837 max_d=2.837 avg_d=1.948 std_dev=1.135
O3' B 0, 0.831, 2.024, 3.218, 2.910 max_d=2.910 avg_d=2.024 std_dev=1.193
O2' B 0, 0.917, 2.172, 3.427, 2.990 max_d=2.990 avg_d=2.172 std_dev=1.255
OP2 A 0, 0.677, 1.992, 3.307, 3.698 max_d=3.698 avg_d=1.992 std_dev=1.315
C4' B 0, 0.617, 1.961, 3.304, 3.795 max_d=3.795 avg_d=1.961 std_dev=1.343
O4' B 0, 0.444, 1.806, 3.168, 3.839 max_d=3.839 avg_d=1.806 std_dev=1.362
C5' A 0, 0.899, 2.297, 3.696, 3.770 max_d=3.770 avg_d=2.297 std_dev=1.398
P A 0, 0.920, 2.372, 3.823, 3.945 max_d=3.945 avg_d=2.372 std_dev=1.452
OP1 A 0, 1.198, 2.956, 4.713, 4.621 max_d=4.621 avg_d=2.956 std_dev=1.758
C5' B 0, 0.084, 2.389, 4.695, 6.202 max_d=6.202 avg_d=2.389 std_dev=2.306
O5' B 0, 0.197, 2.684, 5.171, 6.755 max_d=6.755 avg_d=2.684 std_dev=2.487
P B 0, 0.911, 4.357, 7.802, 9.654 max_d=9.654 avg_d=4.357 std_dev=3.445
OP2 B 0, 1.813, 5.581, 9.350, 10.632 max_d=10.632 avg_d=5.581 std_dev=3.768
OP1 B 0, 0.514, 4.667, 8.820, 11.383 max_d=11.383 avg_d=4.667 std_dev=4.153

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.00 0.26 0.01 0.27 0.18 0.24
C2 0.01 0.00 0.23 0.23 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.22 0.14 0.46 0.01 0.48 0.48 0.49
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.00 0.04 0.11 0.09 0.13 0.17 0.28 0.23 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.40 0.06 0.42 0.35 0.38
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.18 0.00 0.17 0.02 0.20 0.10 0.23 0.25 0.22 0.13 0.10 0.02 0.01 0.01 0.34 0.20 0.35 0.05 0.26
C4 0.00 0.00 0.12 0.18 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.13 0.07 0.48 0.00 0.49 0.45 0.49
C4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.06 0.08 0.07 0.05 0.03 0.14 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.21 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.17 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.10 0.03 0.58 0.00 0.62 0.60 0.61
C5' 0.05 0.14 0.11 0.02 0.10 0.00 0.09 0.00 0.11 0.02 0.13 0.15 0.13 0.05 0.06 0.03 0.12 0.00 0.00 0.10 0.13 0.36 0.01
C6 0.00 0.00 0.09 0.20 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.15 0.06 0.60 0.00 0.65 0.65 0.64
C8 0.01 0.00 0.13 0.10 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.04 0.09 0.59 0.01 0.59 0.50 0.57
N1 0.01 0.00 0.17 0.23 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.19 0.11 0.54 0.01 0.58 0.59 0.59
N2 0.01 0.00 0.28 0.25 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.25 0.17 0.42 0.00 0.43 0.45 0.46
N3 0.01 0.00 0.23 0.22 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.20 0.14 0.41 0.00 0.42 0.40 0.43
N7 0.01 0.00 0.08 0.13 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.06 0.05 0.64 0.01 0.68 0.65 0.67
N9 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.00 0.45 0.01 0.45 0.37 0.44
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.05 0.14 0.11 0.03 0.08 0.22 0.06 0.21 0.15 0.21 0.09 0.00 0.04 0.10 0.20 0.12 0.25 0.34 0.24
O3' 0.13 0.22 0.01 0.01 0.13 0.01 0.10 0.12 0.15 0.04 0.19 0.25 0.20 0.06 0.05 0.04 0.00 0.10 0.22 0.14 0.30 0.13 0.19
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.09 0.11 0.17 0.14 0.05 0.00 0.10 0.10 0.00 0.04 0.04 0.09 0.12 0.05
O5' 0.26 0.46 0.40 0.34 0.48 0.00 0.58 0.00 0.60 0.59 0.54 0.42 0.41 0.64 0.45 0.20 0.22 0.04 0.00 0.64 0.03 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.20 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.14 0.04 0.64 0.00 0.71 0.73 0.70
OP1 0.27 0.48 0.42 0.35 0.49 0.08 0.62 0.13 0.65 0.59 0.58 0.43 0.42 0.68 0.45 0.25 0.30 0.09 0.03 0.71 0.00 0.00 0.01
OP2 0.18 0.48 0.35 0.05 0.45 0.21 0.60 0.36 0.65 0.50 0.59 0.45 0.40 0.65 0.37 0.34 0.13 0.12 0.01 0.73 0.00 0.00 0.00
P 0.24 0.49 0.38 0.26 0.49 0.01 0.61 0.01 0.64 0.57 0.59 0.46 0.43 0.67 0.44 0.24 0.19 0.05 0.00 0.70 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.09 0.44 0.72 0.24 0.57 0.25 0.80 0.14 0.39 0.07 0.17 0.11 0.37 0.32 0.29 0.81 0.37 0.49 0.73 1.20 0.83
C2 0.24 0.14 0.30 0.86 0.04 0.90 0.07 1.41 0.25 0.22 0.25 0.02 0.41 0.06 0.18 0.03 0.89 0.63 1.20 1.46 1.58 1.38
C2' 0.21 0.29 0.27 0.41 0.22 0.32 0.24 0.46 0.30 0.26 0.34 0.23 0.36 0.25 0.22 0.20 0.47 0.20 0.16 0.48 1.11 0.71
C3' 0.09 0.22 0.08 0.27 0.05 0.24 0.06 0.42 0.19 0.12 0.27 0.12 0.26 0.07 0.07 0.02 0.32 0.13 0.28 0.55 1.25 0.81
C4 0.27 0.07 0.34 0.83 0.12 0.81 0.07 1.25 0.11 0.28 0.15 0.06 0.23 0.19 0.23 0.10 0.89 0.55 0.98 1.23 1.41 1.16
C4' 0.30 0.15 0.36 0.55 0.23 0.44 0.24 0.59 0.17 0.36 0.15 0.17 0.16 0.34 0.29 0.27 0.63 0.29 0.49 0.79 1.40 0.97
C5 0.25 0.10 0.30 0.89 0.07 0.93 0.02 1.50 0.17 0.22 0.19 0.03 0.30 0.10 0.19 0.02 0.95 0.64 1.29 1.62 1.65 1.48
C5' 0.30 0.16 0.34 0.57 0.22 0.49 0.23 0.69 0.17 0.35 0.17 0.17 0.16 0.32 0.29 0.24 0.65 0.34 0.58 0.89 1.48 1.02
C6 0.21 0.15 0.25 0.94 0.01 1.05 0.10 1.73 0.26 0.14 0.26 0.03 0.41 0.02 0.13 0.10 0.98 0.74 1.60 2.02 1.92 1.83
C8 0.28 0.06 0.35 0.83 0.14 0.80 0.11 1.24 0.05 0.29 0.10 0.09 0.14 0.21 0.25 0.11 0.91 0.54 0.96 1.23 1.40 1.13
N1 0.21 0.17 0.24 0.93 0.02 1.04 0.14 1.70 0.30 0.13 0.28 0.05 0.46 0.06 0.12 0.10 0.95 0.74 1.57 1.95 1.90 1.79
N2 0.24 0.17 0.29 0.84 0.02 0.89 0.13 1.38 0.31 0.21 0.28 0.04 0.47 0.03 0.17 0.03 0.85 0.64 1.17 1.39 1.55 1.35
N3 0.28 0.08 0.35 0.80 0.11 0.76 0.06 1.16 0.13 0.30 0.17 0.05 0.28 0.21 0.24 0.13 0.85 0.52 0.88 1.10 1.35 1.07
N7 0.25 0.08 0.31 0.89 0.09 0.92 0.03 1.47 0.12 0.23 0.16 0.05 0.24 0.13 0.20 0.02 0.96 0.62 1.24 1.58 1.60 1.42
N9 0.29 0.05 0.38 0.79 0.17 0.72 0.14 1.08 0.04 0.33 0.09 0.11 0.11 0.27 0.27 0.17 0.87 0.48 0.78 1.01 1.30 0.98
O2' 0.24 0.35 0.35 0.41 0.29 0.23 0.34 0.24 0.40 0.33 0.41 0.29 0.47 0.36 0.28 0.30 0.48 0.13 0.44 0.77 1.30 1.01
O3' 0.23 0.38 0.22 0.18 0.25 0.19 0.25 0.22 0.34 0.21 0.42 0.30 0.38 0.20 0.22 0.25 0.19 0.21 0.60 0.81 1.61 1.15
O4' 0.44 0.26 0.56 0.82 0.38 0.66 0.40 0.86 0.31 0.51 0.25 0.31 0.30 0.50 0.45 0.43 0.92 0.47 0.67 0.91 1.42 1.01
O5' 0.59 0.21 0.65 0.91 0.44 0.83 0.45 1.07 0.29 0.67 0.19 0.32 0.26 0.62 0.57 0.52 1.00 0.65 0.77 0.98 1.41 1.00
O6 0.19 0.17 0.21 0.99 0.03 1.15 0.14 1.93 0.29 0.09 0.28 0.05 0.43 0.07 0.10 0.18 1.03 0.81 1.87 2.38 2.18 2.15
OP1 0.58 0.17 0.61 0.87 0.41 0.83 0.42 1.07 0.25 0.66 0.15 0.28 0.22 0.60 0.56 0.49 0.95 0.66 0.77 1.02 1.45 1.02
OP2 0.63 0.21 0.66 1.06 0.42 1.07 0.40 1.46 0.23 0.67 0.19 0.32 0.19 0.57 0.58 0.49 1.15 0.84 1.17 1.46 1.60 1.33
P 0.62 0.23 0.68 1.00 0.46 0.94 0.46 1.23 0.30 0.70 0.20 0.34 0.26 0.63 0.60 0.54 1.09 0.74 0.94 1.18 1.52 1.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.15 0.13 0.22 0.18
C2 0.03 0.00 0.03 0.53 0.00 0.66 0.00 1.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.35 0.43 0.53 1.79 1.83 2.13 2.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.06 0.04 0.10 0.09 0.04 0.00 0.02 0.01 0.26 0.19 0.21 0.12
C3' 0.01 0.53 0.00 0.00 0.16 0.00 0.10 0.00 0.07 0.50 0.32 0.55 0.09 0.41 0.14 0.02 0.00 0.01 0.38 0.38 0.13 0.19
C4 0.02 0.00 0.04 0.16 0.00 0.26 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.10 0.28 0.88 0.85 0.95 1.04
C4' 0.01 0.66 0.01 0.00 0.26 0.00 0.05 0.00 0.20 0.45 0.46 0.65 0.08 0.32 0.07 0.08 0.03 0.01 0.01 0.13 0.51 0.13
C5 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.14 0.12 0.63 0.69 0.94 0.89
C5' 0.01 1.05 0.01 0.00 0.36 0.00 0.05 0.00 0.31 0.72 0.76 0.98 0.13 0.55 0.13 0.08 0.02 0.01 0.00 0.41 0.30 0.00
C6 0.02 0.00 0.08 0.07 0.00 0.20 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.06 0.24 0.98 1.08 1.39 1.32
C8 0.01 0.00 0.08 0.50 0.00 0.45 0.00 0.72 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.44 0.29 0.53 0.60 0.83 0.68
N1 0.03 0.00 0.06 0.32 0.00 0.46 0.00 0.76 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.27 0.23 0.42 1.50 1.61 1.94 1.88
N3 0.03 0.00 0.04 0.55 0.00 0.65 0.00 0.98 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.33 0.44 0.53 1.60 1.52 1.67 1.76
N6 0.01 0.00 0.10 0.09 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.17 0.17 0.83 0.98 1.37 1.21
N7 0.01 0.00 0.09 0.41 0.00 0.32 0.00 0.55 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.41 0.15 0.39 0.52 0.85 0.65
N9 0.00 0.01 0.04 0.14 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.01 0.29 0.31 0.40 0.43
O2' 0.02 0.35 0.00 0.02 0.15 0.08 0.07 0.08 0.15 0.17 0.27 0.33 0.11 0.10 0.01 0.00 0.06 0.10 0.07 0.17 0.74 0.29
O3' 0.03 0.43 0.02 0.00 0.10 0.03 0.14 0.02 0.06 0.44 0.23 0.44 0.17 0.41 0.12 0.06 0.00 0.03 0.27 0.33 0.46 0.06
O4' 0.00 0.53 0.01 0.01 0.28 0.01 0.12 0.01 0.24 0.29 0.42 0.53 0.17 0.15 0.01 0.10 0.03 0.00 0.02 0.09 0.27 0.12
O5' 0.15 1.79 0.26 0.38 0.88 0.01 0.63 0.00 0.98 0.53 1.50 1.60 0.83 0.39 0.29 0.07 0.27 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.13 1.83 0.19 0.38 0.85 0.13 0.69 0.41 1.08 0.60 1.61 1.52 0.98 0.52 0.31 0.17 0.33 0.09 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 2.13 0.21 0.13 0.95 0.51 0.94 0.30 1.39 0.83 1.94 1.67 1.37 0.85 0.40 0.74 0.46 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.18 2.11 0.12 0.19 1.04 0.13 0.89 0.00 1.32 0.68 1.88 1.76 1.21 0.65 0.43 0.29 0.06 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00