ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52561

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.000, 0.045, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.045 std_dev=0.045
O6 A 0, 0.000, 0.045, 0.090, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.045 std_dev=0.045
C8 A 0, 0.000, 0.053, 0.106, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C2' A 0, 0.000, 0.072, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.072 std_dev=0.072
O4' A 0, 0.000, 0.107, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.107 std_dev=0.107
O4' B 0, 0.000, 0.164, 0.329, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.164 std_dev=0.164
C1' B 0, 0.000, 0.197, 0.394, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C3' A 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
N9 B 0, 0.000, 0.276, 0.553, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C8 B 0, 0.000, 0.328, 0.656, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.328 std_dev=0.328
C4' A 0, 0.000, 0.354, 0.709, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.354 std_dev=0.354
O2' A 0, 0.000, 0.399, 0.797, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.399 std_dev=0.399
O3' A 0, 0.000, 0.431, 0.862, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.431 std_dev=0.431
N7 B 0, 0.000, 0.432, 0.864, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.432 std_dev=0.432
C4' B 0, 0.000, 0.436, 0.871, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.436 std_dev=0.436
C2' B 0, 0.000, 0.491, 0.982, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.491 std_dev=0.491
C3' B 0, 0.000, 0.593, 1.187, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.593 std_dev=0.593
C5' A 0, 0.000, 0.597, 1.194, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.597 std_dev=0.597
C5 B 0, 0.000, 0.623, 1.246, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.623 std_dev=0.623
O5' A 0, 0.000, 0.624, 1.249, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.624 std_dev=0.624
C4 B 0, 0.000, 0.657, 1.313, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.657 std_dev=0.657
O2' B 0, 0.000, 0.696, 1.393, 1.393 max_d=1.393 avg_d=0.696 std_dev=0.696
C5' B 0, 0.000, 0.782, 1.564, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.782 std_dev=0.782
O5' B 0, 0.000, 0.808, 1.616, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.808 std_dev=0.808
P A 0, 0.000, 0.896, 1.791, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.896 std_dev=0.896
OP2 B 0, 0.000, 0.904, 1.807, 1.807 max_d=1.807 avg_d=0.904 std_dev=0.904
OP2 A 0, 0.000, 0.965, 1.931, 1.931 max_d=1.931 avg_d=0.965 std_dev=0.965
C6 B 0, 0.000, 0.972, 1.943, 1.943 max_d=1.943 avg_d=0.972 std_dev=0.972
O3' B 0, 0.000, 0.986, 1.971, 1.971 max_d=1.971 avg_d=0.986 std_dev=0.986
OP1 A 0, 0.000, 0.989, 1.978, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.989 std_dev=0.989
N6 B 0, 0.000, 1.001, 2.002, 2.002 max_d=2.002 avg_d=1.001 std_dev=1.001
N3 B 0, 0.000, 1.055, 2.110, 2.110 max_d=2.110 avg_d=1.055 std_dev=1.055
P B 0, 0.000, 1.179, 2.359, 2.359 max_d=2.359 avg_d=1.179 std_dev=1.179
N1 B 0, 0.000, 1.346, 2.692, 2.692 max_d=2.692 avg_d=1.346 std_dev=1.346
C2 B 0, 0.000, 1.375, 2.751, 2.751 max_d=2.751 avg_d=1.375 std_dev=1.375
OP1 B 0, 0.000, 1.719, 3.438, 3.438 max_d=3.438 avg_d=1.719 std_dev=1.719

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.01
C2 0.03 0.00 0.03 0.07 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.07 0.04 0.20 0.01 0.20 0.20 0.18
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.14 0.10 0.06 0.06 0.15 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.04 0.00 0.00
C4 0.02 0.01 0.02 0.10 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.10 0.02 0.21 0.01 0.20 0.16 0.18
C4' 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.09 0.15 0.05 0.03 0.01 0.15 0.07 0.09 0.02 0.00 0.01 0.13 0.04 0.05 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.13 0.00 0.10 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.15 0.00 0.30 0.00 0.30 0.28 0.30
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.13 0.01 0.21 0.00 0.22 0.24 0.15 0.05 0.05 0.27 0.13 0.07 0.04 0.01 0.00 0.27 0.05 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.13 0.01 0.09 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.15 0.01 0.32 0.00 0.35 0.36 0.34
C8 0.00 0.00 0.01 0.14 0.00 0.15 0.00 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.02 0.28 0.01 0.26 0.16 0.24
N1 0.03 0.01 0.04 0.10 0.01 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.11 0.03 0.27 0.01 0.28 0.29 0.28
N2 0.03 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.05 0.05 0.17 0.02 0.16 0.18 0.15
N3 0.03 0.00 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.16 0.05 0.04 0.15 0.01 0.14 0.12 0.12
N7 0.01 0.00 0.03 0.15 0.00 0.15 0.00 0.27 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.18 0.02 0.35 0.02 0.36 0.32 0.35
N9 0.00 0.01 0.01 0.10 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.17 0.01 0.16 0.07 0.12
O2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.11 0.09 0.10 0.07 0.14 0.01 0.18 0.21 0.16 0.05 0.04 0.00 0.00 0.12 0.04 0.14 0.11 0.00 0.04
O3' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.10 0.02 0.15 0.04 0.15 0.16 0.11 0.05 0.05 0.18 0.10 0.00 0.00 0.01 0.04 0.18 0.06 0.05 0.01
O4' 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.12 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.15 0.09
O5' 0.03 0.20 0.01 0.02 0.21 0.01 0.30 0.00 0.32 0.28 0.27 0.17 0.15 0.35 0.17 0.04 0.04 0.03 0.00 0.37 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.15 0.01 0.13 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.14 0.18 0.01 0.37 0.00 0.43 0.45 0.43
OP1 0.04 0.20 0.04 0.04 0.20 0.04 0.30 0.05 0.35 0.26 0.28 0.16 0.14 0.36 0.16 0.11 0.06 0.02 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.20 0.04 0.00 0.16 0.05 0.28 0.01 0.36 0.16 0.29 0.18 0.12 0.32 0.07 0.00 0.05 0.15 0.01 0.45 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.18 0.02 0.00 0.18 0.03 0.30 0.01 0.34 0.24 0.28 0.15 0.12 0.35 0.12 0.04 0.01 0.09 0.00 0.43 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.41 0.07 0.06 0.15 0.11 0.11 0.21 0.29 0.12 0.45 0.29 0.30 0.11 0.02 0.12 0.08 0.08 0.25 0.43 0.38 0.43
C2 0.03 0.35 0.05 0.22 0.21 0.18 0.26 0.28 0.39 0.03 0.42 0.26 0.49 0.14 0.09 0.04 0.32 0.04 0.33 0.53 0.44 0.47
C2' 0.07 0.61 0.15 0.01 0.24 0.09 0.17 0.22 0.42 0.13 0.66 0.43 0.42 0.11 0.06 0.21 0.00 0.07 0.26 0.51 0.42 0.49
C3' 0.01 0.45 0.08 0.06 0.14 0.12 0.07 0.22 0.25 0.17 0.47 0.31 0.23 0.15 0.01 0.14 0.05 0.10 0.26 0.48 0.38 0.46
C4 0.04 0.42 0.02 0.15 0.22 0.14 0.23 0.25 0.40 0.03 0.48 0.31 0.48 0.05 0.08 0.05 0.21 0.04 0.29 0.50 0.42 0.46
C4' 0.12 0.19 0.05 0.16 0.04 0.21 0.12 0.29 0.01 0.27 0.19 0.09 0.05 0.28 0.15 0.00 0.15 0.20 0.31 0.46 0.42 0.48
C5 0.04 0.43 0.00 0.18 0.22 0.16 0.24 0.27 0.41 0.01 0.49 0.32 0.48 0.07 0.08 0.03 0.26 0.04 0.32 0.56 0.44 0.48
C5' 0.14 0.09 0.08 0.17 0.09 0.21 0.14 0.26 0.06 0.26 0.07 0.02 0.10 0.26 0.16 0.04 0.17 0.20 0.28 0.40 0.36 0.43
C6 0.02 0.40 0.05 0.23 0.22 0.20 0.26 0.31 0.41 0.01 0.47 0.29 0.49 0.11 0.08 0.03 0.34 0.05 0.36 0.61 0.46 0.51
C8 0.05 0.45 0.05 0.11 0.21 0.12 0.19 0.23 0.36 0.05 0.49 0.33 0.40 0.00 0.07 0.10 0.15 0.04 0.28 0.50 0.41 0.46
N1 0.02 0.37 0.07 0.25 0.21 0.20 0.26 0.31 0.40 0.03 0.43 0.27 0.49 0.15 0.08 0.06 0.36 0.05 0.36 0.60 0.46 0.50
N2 0.02 0.30 0.08 0.25 0.20 0.18 0.27 0.28 0.37 0.07 0.37 0.22 0.46 0.20 0.09 0.07 0.36 0.03 0.34 0.52 0.45 0.45
N3 0.04 0.38 0.00 0.16 0.21 0.14 0.24 0.24 0.40 0.01 0.44 0.28 0.49 0.08 0.08 0.02 0.23 0.04 0.29 0.48 0.41 0.44
N7 0.05 0.45 0.02 0.15 0.22 0.15 0.22 0.26 0.39 0.03 0.50 0.33 0.44 0.04 0.08 0.06 0.22 0.05 0.31 0.55 0.43 0.48
N9 0.05 0.44 0.06 0.10 0.20 0.12 0.18 0.22 0.36 0.06 0.48 0.32 0.41 0.01 0.06 0.10 0.14 0.05 0.27 0.47 0.40 0.45
O2' 0.12 0.51 0.01 0.14 0.05 0.26 0.05 0.39 0.23 0.36 0.56 0.29 0.18 0.37 0.15 0.08 0.10 0.28 0.42 0.66 0.57 0.66
O3' 0.05 0.43 0.04 0.09 0.08 0.17 0.00 0.28 0.18 0.24 0.43 0.27 0.13 0.23 0.07 0.10 0.07 0.16 0.31 0.54 0.42 0.52
O4' 0.04 0.26 0.02 0.09 0.04 0.13 0.02 0.21 0.10 0.17 0.26 0.17 0.06 0.18 0.05 0.07 0.10 0.12 0.24 0.39 0.37 0.41
O5' 0.01 0.22 0.02 0.08 0.06 0.09 0.01 0.15 0.11 0.12 0.22 0.15 0.09 0.11 0.02 0.06 0.10 0.07 0.18 0.31 0.26 0.32
O6 0.01 0.41 0.07 0.26 0.22 0.22 0.26 0.34 0.41 0.01 0.47 0.29 0.50 0.12 0.08 0.06 0.38 0.06 0.39 0.66 0.47 0.53
OP1 0.05 0.15 0.02 0.11 0.00 0.12 0.04 0.17 0.03 0.15 0.13 0.09 0.00 0.14 0.06 0.03 0.13 0.09 0.20 0.31 0.27 0.33
OP2 0.01 0.21 0.01 0.12 0.08 0.09 0.05 0.15 0.13 0.07 0.22 0.15 0.12 0.06 0.01 0.03 0.17 0.03 0.19 0.31 0.26 0.31
P 0.06 0.12 0.05 0.14 0.01 0.14 0.04 0.18 0.03 0.14 0.11 0.07 0.01 0.14 0.07 0.01 0.18 0.10 0.21 0.31 0.27 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.02 0.03 0.00 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.09 0.07 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05
C8 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.08 0.01
N1 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05
N3 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04
N6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05
N7 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.07 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02
O3' 0.02 0.10 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.11 0.07 0.11 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.05 0.01 0.12 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.05 0.06 0.01
O5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.02 0.12 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00