Doublet Group distance statistics: 52566

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 3, 1, 3, 3, 3, 1, 2, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C5	A	0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C4	A	0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O6	A	0, 0.011, 0.028, 0.045, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.028 std_dev=0.017
N9	A	0, 0.012, 0.030, 0.049, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N7	A	0, 0.021, 0.046, 0.071, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.046 std_dev=0.025
C8	A	0, 0.023, 0.053, 0.082, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.053 std_dev=0.030
N2	A	0, 0.009, 0.043, 0.078, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.043 std_dev=0.034
O4'	A	0, 0.100, 0.187, 0.274, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.187 std_dev=0.087
C2'	A	0, 0.109, 0.221, 0.332, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.221 std_dev=0.112
C4'	A	0, 0.157, 0.287, 0.418, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.287 std_dev=0.130
O2'	A	0, 0.145, 0.307, 0.468, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.307 std_dev=0.161
C3'	A	0, 0.153, 0.319, 0.484, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.319 std_dev=0.166
C5'	A	0, 0.274, 0.498, 0.722, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.498 std_dev=0.224
O3'	A	0, 0.236, 0.476, 0.716, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.476 std_dev=0.240
C6	B	0, 0.206, 0.458, 0.710, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.458 std_dev=0.252
C5	B	0, 0.241, 0.501, 0.761, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.501 std_dev=0.260
N7	B	0, 0.272, 0.541, 0.810, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.541 std_dev=0.269
O6	B	0, 0.218, 0.491, 0.765, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.491 std_dev=0.274
O5'	A	0, 0.237, 0.549, 0.861, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.549 std_dev=0.312
N1	B	0, 0.271, 0.608, 0.945, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.608 std_dev=0.337
C4	B	0, 0.351, 0.717, 1.083, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.717 std_dev=0.366
C2	B	0, 0.401, 0.794, 1.187, 1.731 max_d=1.731 avg_d=0.794 std_dev=0.393
C8	B	0, 0.335, 0.733, 1.131, 1.690 max_d=1.690 avg_d=0.733 std_dev=0.398
N3	B	0, 0.436, 0.867, 1.297, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.867 std_dev=0.430
N9	B	0, 0.388, 0.845, 1.302, 1.941 max_d=1.941 avg_d=0.845 std_dev=0.457
N2	B	0, 0.505, 0.998, 1.491, 2.200 max_d=2.200 avg_d=0.998 std_dev=0.493
P	A	0, 0.252, 0.753, 1.254, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.753 std_dev=0.501
OP1	A	0, 0.340, 0.921, 1.502, 2.022 max_d=2.022 avg_d=0.921 std_dev=0.581
OP2	A	0, 0.244, 0.841, 1.437, 1.911 max_d=1.911 avg_d=0.841 std_dev=0.596
C1'	B	0, 0.503, 1.119, 1.736, 2.652 max_d=2.652 avg_d=1.119 std_dev=0.617
O4'	B	0, 0.508, 1.182, 1.855, 2.936 max_d=2.936 avg_d=1.182 std_dev=0.673
C2'	B	0, 0.505, 1.202, 1.900, 2.939 max_d=2.939 avg_d=1.202 std_dev=0.697
C5'	B	0, 0.577, 1.297, 2.016, 3.337 max_d=3.337 avg_d=1.297 std_dev=0.720
C3'	B	0, 0.419, 1.154, 1.889, 3.345 max_d=3.345 avg_d=1.154 std_dev=0.735
C4'	B	0, 0.503, 1.247, 1.991, 3.326 max_d=3.326 avg_d=1.247 std_dev=0.744
O2'	B	0, 0.729, 1.509, 2.288, 2.838 max_d=2.838 avg_d=1.509 std_dev=0.779
P	B	0, 0.466, 1.334, 2.202, 4.780 max_d=4.780 avg_d=1.334 std_dev=0.868
O5'	B	0, 0.388, 1.271, 2.154, 4.734 max_d=4.734 avg_d=1.271 std_dev=0.883
O3'	B	0, 0.480, 1.377, 2.273, 4.186 max_d=4.186 avg_d=1.377 std_dev=0.897
OP2	B	0, 1.169, 2.384, 3.600, 4.278 max_d=4.278 avg_d=2.384 std_dev=1.216
OP1	B	0, 1.002, 2.524, 4.046, 6.853 max_d=6.853 avg_d=2.524 std_dev=1.522

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.04	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.06	0.01	0.07	0.20	0.12
C2	0.03	0.00	0.13	0.15	0.01	0.04	0.01	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.13	0.18	0.04	0.13	0.01	0.16	0.29	0.18
C2'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.06	0.01	0.03	0.02	0.05	0.07	0.10	0.16	0.14	0.05	0.01	0.00	0.02	0.01	0.05	0.04	0.10	0.13	0.07
C3'	0.01	0.15	0.00	0.00	0.09	0.01	0.08	0.02	0.09	0.10	0.12	0.18	0.14	0.09	0.05	0.02	0.01	0.01	0.06	0.09	0.14	0.11	0.07
C4	0.01	0.01	0.06	0.09	0.00	0.03	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.06	0.09	0.02	0.12	0.01	0.14	0.28	0.17
C4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.03	0.00	0.04	0.01	0.04	0.06	0.04	0.06	0.04	0.06	0.03	0.06	0.02	0.00	0.01	0.05	0.08	0.07	0.04
C5	0.01	0.01	0.03	0.08	0.00	0.04	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.04	0.09	0.02	0.14	0.01	0.18	0.30	0.19
C5'	0.02	0.06	0.02	0.02	0.06	0.01	0.09	0.00	0.09	0.10	0.07	0.06	0.05	0.11	0.06	0.06	0.04	0.01	0.01	0.11	0.08	0.02	0.02
C6	0.01	0.00	0.05	0.09	0.01	0.04	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.12	0.02	0.15	0.00	0.20	0.31	0.20
C8	0.01	0.01	0.07	0.10	0.00	0.06	0.01	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.04	0.11	0.05	0.14	0.02	0.15	0.27	0.17
N1	0.02	0.00	0.10	0.12	0.01	0.04	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.10	0.15	0.03	0.14	0.01	0.18	0.31	0.19
N2	0.04	0.00	0.16	0.18	0.01	0.06	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.16	0.22	0.07	0.12	0.02	0.15	0.29	0.18
N3	0.03	0.00	0.14	0.14	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.12	0.16	0.05	0.11	0.01	0.13	0.28	0.17
N7	0.01	0.01	0.05	0.09	0.00	0.06	0.00	0.11	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.04	0.11	0.04	0.16	0.02	0.19	0.30	0.19
N9	0.00	0.01	0.01	0.05	0.00	0.03	0.00	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.05	0.01	0.10	0.01	0.12	0.25	0.15
O2'	0.01	0.13	0.00	0.02	0.06	0.06	0.04	0.06	0.06	0.04	0.10	0.16	0.12	0.04	0.02	0.00	0.04	0.05	0.05	0.06	0.11	0.12	0.07
O3'	0.01	0.18	0.02	0.01	0.09	0.02	0.09	0.04	0.12	0.11	0.15	0.22	0.16	0.11	0.05	0.04	0.00	0.01	0.09	0.12	0.20	0.13	0.11
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.05	0.03	0.07	0.05	0.04	0.01	0.05	0.01	0.00	0.07	0.03	0.08	0.21	0.15
O5'	0.06	0.13	0.05	0.06	0.12	0.01	0.14	0.01	0.15	0.14	0.14	0.12	0.11	0.16	0.10	0.05	0.09	0.07	0.00	0.16	0.02	0.01	0.00
O6	0.01	0.01	0.04	0.09	0.01	0.05	0.01	0.11	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.06	0.12	0.03	0.16	0.00	0.22	0.32	0.20
OP1	0.07	0.16	0.10	0.14	0.14	0.08	0.18	0.08	0.20	0.15	0.18	0.15	0.13	0.19	0.12	0.11	0.20	0.08	0.02	0.22	0.00	0.01	0.01
OP2	0.20	0.29	0.13	0.11	0.28	0.07	0.30	0.02	0.31	0.27	0.31	0.29	0.28	0.30	0.25	0.12	0.13	0.21	0.01	0.32	0.01	0.00	0.00
P	0.12	0.18	0.07	0.07	0.17	0.04	0.19	0.02	0.20	0.17	0.19	0.18	0.17	0.19	0.15	0.07	0.11	0.15	0.00	0.20	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.17	0.24	0.25	0.34	0.18	0.23	0.16	0.40	0.18	0.15	0.23	0.29	0.21	0.15	0.16	0.26	0.47	0.15	0.52	0.17	1.44	1.39	0.68
C2	0.20	0.22	0.22	0.26	0.21	0.21	0.20	0.37	0.21	0.21	0.22	0.23	0.21	0.21	0.21	0.25	0.33	0.22	0.47	0.21	1.54	1.32	0.65
C2'	0.30	0.40	0.37	0.43	0.33	0.31	0.30	0.39	0.33	0.27	0.39	0.45	0.37	0.26	0.30	0.37	0.53	0.28	0.52	0.31	1.45	1.27	0.62
C3'	0.31	0.40	0.35	0.41	0.32	0.30	0.30	0.39	0.32	0.27	0.39	0.47	0.37	0.26	0.30	0.37	0.51	0.29	0.49	0.30	1.42	1.30	0.59
C4	0.18	0.22	0.23	0.29	0.19	0.21	0.18	0.38	0.20	0.19	0.22	0.25	0.20	0.18	0.18	0.25	0.40	0.18	0.49	0.20	1.48	1.40	0.67
C4'	0.19	0.28	0.27	0.36	0.20	0.24	0.18	0.41	0.20	0.16	0.26	0.34	0.25	0.17	0.18	0.27	0.48	0.17	0.52	0.19	1.42	1.40	0.67
C5	0.21	0.22	0.24	0.29	0.20	0.23	0.20	0.39	0.20	0.22	0.22	0.24	0.20	0.21	0.21	0.27	0.40	0.22	0.48	0.21	1.46	1.43	0.67
C5'	0.17	0.26	0.24	0.34	0.18	0.24	0.16	0.43	0.18	0.16	0.24	0.33	0.23	0.16	0.16	0.26	0.47	0.16	0.51	0.18	1.39	1.46	0.68
C6	0.24	0.22	0.26	0.28	0.22	0.25	0.22	0.39	0.21	0.26	0.22	0.23	0.22	0.24	0.24	0.28	0.37	0.27	0.47	0.21	1.46	1.41	0.66
C8	0.18	0.23	0.25	0.32	0.18	0.22	0.18	0.39	0.19	0.18	0.22	0.27	0.20	0.18	0.18	0.27	0.45	0.18	0.50	0.19	1.44	1.46	0.68
N1	0.25	0.22	0.25	0.27	0.23	0.25	0.23	0.39	0.22	0.26	0.22	0.23	0.22	0.24	0.24	0.28	0.34	0.27	0.46	0.22	1.51	1.36	0.65
N2	0.22	0.23	0.21	0.25	0.22	0.21	0.22	0.37	0.22	0.22	0.23	0.23	0.22	0.21	0.22	0.25	0.30	0.22	0.45	0.21	1.59	1.23	0.64
N3	0.17	0.22	0.21	0.28	0.18	0.20	0.18	0.38	0.20	0.17	0.22	0.24	0.20	0.17	0.17	0.24	0.38	0.17	0.48	0.20	1.51	1.34	0.66
N7	0.20	0.22	0.25	0.31	0.20	0.23	0.19	0.39	0.20	0.21	0.22	0.25	0.20	0.20	0.20	0.28	0.43	0.22	0.49	0.20	1.43	1.47	0.67
N9	0.17	0.23	0.24	0.32	0.18	0.22	0.17	0.39	0.19	0.17	0.22	0.27	0.20	0.17	0.17	0.26	0.44	0.16	0.50	0.19	1.46	1.42	0.68
O2'	0.33	0.44	0.41	0.49	0.35	0.36	0.32	0.43	0.35	0.27	0.43	0.50	0.40	0.27	0.32	0.39	0.59	0.30	0.57	0.33	1.48	1.23	0.67
O3'	0.38	0.50	0.43	0.47	0.40	0.36	0.36	0.40	0.39	0.32	0.48	0.58	0.46	0.31	0.37	0.44	0.56	0.36	0.51	0.36	1.44	1.22	0.57
O4'	0.16	0.21	0.24	0.35	0.15	0.24	0.14	0.44	0.15	0.14	0.19	0.26	0.19	0.14	0.14	0.26	0.47	0.14	0.54	0.16	1.43	1.46	0.73
O5'	0.19	0.25	0.23	0.33	0.20	0.26	0.20	0.45	0.21	0.21	0.24	0.31	0.22	0.22	0.20	0.25	0.44	0.21	0.49	0.21	1.34	1.49	0.64
O6	0.28	0.22	0.28	0.30	0.24	0.28	0.24	0.41	0.22	0.29	0.22	0.23	0.23	0.26	0.27	0.30	0.38	0.32	0.47	0.21	1.40	1.40	0.65
OP1	0.18	0.25	0.21	0.31	0.19	0.25	0.19	0.46	0.20	0.22	0.24	0.32	0.22	0.22	0.18	0.23	0.42	0.21	0.50	0.20	1.26	1.58	0.65
OP2	0.33	0.29	0.28	0.39	0.31	0.41	0.33	0.59	0.31	0.38	0.30	0.31	0.29	0.38	0.34	0.28	0.47	0.39	0.61	0.33	1.15	1.71	0.71
P	0.21	0.25	0.21	0.33	0.21	0.30	0.23	0.51	0.23	0.26	0.25	0.29	0.22	0.27	0.22	0.21	0.43	0.25	0.55	0.25	1.24	1.64	0.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.05	0.02	0.02	0.04	0.05	0.04	0.01	0.01	0.02	0.04	0.00	0.17	0.02	0.65	0.18	0.21
C2	0.04	0.00	0.13	0.22	0.02	0.11	0.01	0.23	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.19	0.25	0.04	0.35	0.01	0.98	0.63	0.36
C2'	0.01	0.13	0.00	0.01	0.06	0.02	0.06	0.03	0.08	0.08	0.11	0.16	0.13	0.08	0.03	0.00	0.05	0.01	0.19	0.09	0.45	0.12	0.20
C3'	0.02	0.22	0.01	0.00	0.17	0.01	0.20	0.03	0.22	0.19	0.23	0.24	0.20	0.21	0.12	0.03	0.01	0.02	0.22	0.24	0.32	0.10	0.18
C4	0.02	0.02	0.06	0.17	0.00	0.09	0.00	0.22	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.12	0.18	0.02	0.36	0.01	1.04	0.57	0.39
C4'	0.02	0.11	0.02	0.01	0.09	0.00	0.12	0.01	0.13	0.13	0.12	0.11	0.09	0.14	0.08	0.10	0.04	0.00	0.03	0.15	0.13	0.32	0.06
C5	0.02	0.01	0.06	0.20	0.00	0.12	0.00	0.29	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.11	0.23	0.02	0.44	0.01	1.27	0.80	0.51
C5'	0.05	0.23	0.03	0.03	0.22	0.01	0.29	0.00	0.31	0.27	0.27	0.21	0.19	0.31	0.19	0.09	0.05	0.02	0.02	0.34	0.29	0.47	0.04
C6	0.02	0.01	0.08	0.22	0.01	0.13	0.01	0.31	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.14	0.27	0.02	0.46	0.00	1.29	0.92	0.53
C8	0.02	0.02	0.08	0.19	0.01	0.13	0.01	0.27	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.00	0.00	0.06	0.21	0.03	0.44	0.02	1.29	0.63	0.51
N1	0.04	0.01	0.11	0.23	0.02	0.12	0.01	0.27	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.17	0.27	0.04	0.41	0.01	1.15	0.81	0.45
N2	0.05	0.00	0.16	0.24	0.01	0.11	0.02	0.21	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.22	0.29	0.05	0.32	0.02	0.89	0.58	0.31
N3	0.04	0.01	0.13	0.20	0.01	0.09	0.01	0.19	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.18	0.21	0.04	0.31	0.01	0.90	0.49	0.31
N7	0.01	0.02	0.08	0.21	0.01	0.14	0.00	0.31	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.08	0.25	0.03	0.49	0.03	1.44	0.87	0.58
N9	0.01	0.02	0.03	0.12	0.01	0.08	0.01	0.19	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.06	0.12	0.02	0.33	0.01	0.99	0.42	0.36
O2'	0.02	0.19	0.00	0.03	0.12	0.10	0.11	0.09	0.14	0.06	0.17	0.22	0.18	0.08	0.06	0.00	0.10	0.08	0.15	0.14	0.29	0.14	0.16
O3'	0.04	0.25	0.05	0.01	0.18	0.04	0.23	0.05	0.27	0.21	0.27	0.29	0.21	0.25	0.12	0.10	0.00	0.05	0.19	0.30	0.46	0.17	0.14
O4'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.03	0.04	0.05	0.04	0.03	0.02	0.08	0.05	0.00	0.13	0.03	0.51	0.32	0.18
O5'	0.17	0.35	0.19	0.22	0.36	0.03	0.44	0.02	0.46	0.44	0.41	0.32	0.31	0.49	0.33	0.15	0.19	0.13	0.00	0.50	0.03	0.01	0.01
O6	0.02	0.01	0.09	0.24	0.01	0.15	0.01	0.34	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.03	0.01	0.14	0.30	0.03	0.50	0.00	1.40	1.06	0.59
OP1	0.65	0.98	0.45	0.32	1.04	0.13	1.27	0.29	1.29	1.29	1.15	0.89	0.90	1.44	0.99	0.29	0.46	0.51	0.03	1.40	0.00	0.03	0.01
OP2	0.18	0.63	0.12	0.10	0.57	0.32	0.80	0.47	0.92	0.63	0.81	0.58	0.49	0.87	0.42	0.14	0.17	0.32	0.01	1.06	0.03	0.00	0.01
P	0.21	0.36	0.20	0.18	0.39	0.06	0.51	0.04	0.53	0.51	0.45	0.31	0.31	0.58	0.36	0.16	0.14	0.18	0.01	0.59	0.01	0.01	0.00