ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52569

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.001, 0.015, 0.030, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.009, 0.024, 0.040, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.009, 0.026, 0.044, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.013, 0.034, 0.056, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.034 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.005, 0.028, 0.050, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.009, 0.035, 0.061, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.035 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.006, 0.032, 0.058, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.032 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.006, 0.033, 0.059, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.033 std_dev=0.026
O4' A 0, 0.032, 0.108, 0.184, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.108 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.043, 0.172, 0.301, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.172 std_dev=0.129
C4' A 0, 0.038, 0.183, 0.327, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.183 std_dev=0.144
C3' A 0, 0.054, 0.240, 0.426, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.240 std_dev=0.186
O2' A 0, 0.082, 0.279, 0.476, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.279 std_dev=0.197
N7 B 0, 0.153, 0.369, 0.586, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.369 std_dev=0.217
C5' A 0, 0.062, 0.293, 0.524, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.293 std_dev=0.231
C8 B 0, 0.094, 0.334, 0.575, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.334 std_dev=0.240
C5 B 0, 0.173, 0.431, 0.689, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.431 std_dev=0.258
N9 B 0, 0.114, 0.391, 0.667, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.391 std_dev=0.277
O3' A 0, 0.062, 0.341, 0.619, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.341 std_dev=0.278
C4 B 0, 0.182, 0.474, 0.765, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.474 std_dev=0.291
OP2 B 0, 0.174, 0.471, 0.767, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.471 std_dev=0.297
C6 B 0, 0.206, 0.522, 0.837, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.522 std_dev=0.316
O6 B 0, 0.207, 0.540, 0.873, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.540 std_dev=0.333
C1' B 0, 0.097, 0.438, 0.779, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.438 std_dev=0.341
C2' B 0, 0.031, 0.389, 0.746, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.389 std_dev=0.358
O5' B 0, 0.161, 0.530, 0.898, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.530 std_dev=0.368
N3 B 0, 0.237, 0.612, 0.987, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.612 std_dev=0.375
N1 B 0, 0.273, 0.649, 1.024, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.649 std_dev=0.375
P B 0, 0.183, 0.564, 0.944, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.564 std_dev=0.380
C3' B 0, 0.028, 0.409, 0.790, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.409 std_dev=0.381
C4' B 0, 0.133, 0.526, 0.919, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.526 std_dev=0.393
O4' B 0, 0.131, 0.524, 0.917, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.524 std_dev=0.393
C2 B 0, 0.288, 0.695, 1.102, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.695 std_dev=0.407
O3' B 0, 0.070, 0.497, 0.923, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.497 std_dev=0.427
O2' B 0, 0.067, 0.511, 0.956, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.511 std_dev=0.444
C5' B 0, 0.163, 0.628, 1.092, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.628 std_dev=0.465
N2 B 0, 0.368, 0.869, 1.370, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.869 std_dev=0.501
OP1 B 0, 0.184, 0.716, 1.249, 1.708 max_d=1.708 avg_d=0.716 std_dev=0.533
O5' A 0, -0.092, 0.713, 1.518, 2.319 max_d=2.319 avg_d=0.713 std_dev=0.805
P A 0, -0.172, 0.659, 1.490, 2.390 max_d=2.390 avg_d=0.659 std_dev=0.831
OP2 A 0, -0.163, 0.683, 1.529, 2.427 max_d=2.427 avg_d=0.683 std_dev=0.846
OP1 A 0, -0.125, 0.745, 1.615, 2.472 max_d=2.472 avg_d=0.745 std_dev=0.870

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.05 0.14 0.23 0.05
C2 0.05 0.00 0.13 0.11 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.16 0.04 0.37 0.02 0.29 0.20 0.26
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.07 0.04 0.11 0.16 0.13 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.24 0.06 0.27 0.08 0.14
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.10 0.07 0.15 0.11 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.33 0.03 0.36 0.07 0.23
C4 0.03 0.01 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.40 0.03 0.29 0.17 0.26
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.05 0.10 0.07 0.07 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.16 0.28 0.04
C5 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.53 0.02 0.38 0.29 0.38
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.05 0.10 0.02 0.07 0.05 0.10 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.08 0.20 0.30 0.01
C6 0.05 0.01 0.07 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.09 0.05 0.04 0.54 0.01 0.43 0.36 0.42
C8 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.10 0.03 0.52 0.03 0.32 0.18 0.32
N1 0.05 0.01 0.11 0.07 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.13 0.11 0.04 0.47 0.01 0.37 0.29 0.36
N2 0.06 0.00 0.16 0.15 0.01 0.10 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.21 0.05 0.32 0.02 0.26 0.17 0.22
N3 0.05 0.01 0.13 0.11 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.15 0.04 0.31 0.03 0.24 0.14 0.19
N7 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03 0.59 0.03 0.42 0.33 0.44
N9 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.37 0.04 0.24 0.14 0.20
O2' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.07 0.02 0.05 0.03 0.09 0.02 0.13 0.20 0.14 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.08 0.18 0.17 0.03
O3' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02 0.03 0.05 0.10 0.11 0.21 0.15 0.08 0.02 0.04 0.00 0.02 0.29 0.03 0.40 0.09 0.24
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.15 0.05 0.14 0.40 0.16
O5' 0.15 0.37 0.24 0.33 0.40 0.02 0.53 0.01 0.54 0.52 0.47 0.32 0.31 0.59 0.37 0.06 0.29 0.15 0.00 0.61 0.01 0.02 0.01
O6 0.05 0.02 0.06 0.03 0.03 0.05 0.02 0.08 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.08 0.03 0.05 0.61 0.00 0.50 0.46 0.51
OP1 0.14 0.29 0.27 0.36 0.29 0.16 0.38 0.20 0.43 0.32 0.37 0.26 0.24 0.42 0.24 0.18 0.40 0.14 0.01 0.50 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.20 0.08 0.07 0.17 0.28 0.29 0.30 0.36 0.18 0.29 0.17 0.14 0.33 0.14 0.17 0.09 0.40 0.02 0.46 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.26 0.14 0.23 0.26 0.04 0.38 0.01 0.42 0.32 0.36 0.22 0.19 0.44 0.20 0.03 0.24 0.16 0.01 0.51 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.19 0.24 0.13 0.10 0.19 0.13 0.18 0.07 0.21 0.18 0.24 0.25 0.21 0.17 0.18 0.15 0.07 0.20 0.04 0.21 0.14 0.14 0.13
C2 0.21 0.23 0.18 0.19 0.21 0.16 0.21 0.12 0.24 0.19 0.24 0.23 0.22 0.19 0.20 0.17 0.19 0.23 0.10 0.28 0.14 0.12 0.12
C2' 0.17 0.19 0.12 0.09 0.17 0.10 0.14 0.06 0.14 0.15 0.18 0.20 0.18 0.14 0.16 0.15 0.10 0.16 0.09 0.11 0.23 0.20 0.20
C3' 0.19 0.18 0.15 0.11 0.17 0.11 0.14 0.07 0.13 0.16 0.16 0.18 0.18 0.14 0.17 0.18 0.12 0.17 0.10 0.10 0.23 0.17 0.19
C4 0.21 0.22 0.17 0.16 0.20 0.16 0.19 0.12 0.22 0.19 0.23 0.23 0.21 0.17 0.20 0.17 0.15 0.23 0.09 0.24 0.14 0.11 0.11
C4' 0.17 0.22 0.11 0.08 0.17 0.10 0.14 0.06 0.15 0.15 0.21 0.24 0.20 0.14 0.16 0.13 0.08 0.16 0.06 0.13 0.17 0.15 0.16
C5 0.22 0.22 0.18 0.18 0.20 0.17 0.19 0.14 0.22 0.19 0.23 0.22 0.21 0.18 0.20 0.18 0.18 0.25 0.12 0.24 0.14 0.11 0.11
C5' 0.18 0.22 0.11 0.08 0.17 0.11 0.14 0.07 0.15 0.15 0.21 0.24 0.20 0.14 0.16 0.14 0.07 0.17 0.06 0.12 0.17 0.12 0.14
C6 0.22 0.22 0.18 0.19 0.21 0.18 0.21 0.15 0.23 0.20 0.23 0.22 0.22 0.20 0.21 0.18 0.20 0.26 0.14 0.27 0.15 0.12 0.11
C8 0.21 0.23 0.16 0.15 0.21 0.17 0.19 0.13 0.21 0.20 0.23 0.24 0.22 0.18 0.20 0.17 0.14 0.24 0.10 0.22 0.14 0.11 0.11
N1 0.22 0.22 0.19 0.20 0.21 0.17 0.21 0.14 0.24 0.20 0.23 0.22 0.22 0.20 0.21 0.18 0.21 0.25 0.13 0.28 0.15 0.11 0.11
N2 0.20 0.24 0.18 0.20 0.22 0.15 0.23 0.10 0.26 0.19 0.25 0.24 0.23 0.21 0.20 0.17 0.21 0.22 0.08 0.30 0.15 0.14 0.14
N3 0.20 0.23 0.17 0.17 0.20 0.15 0.20 0.11 0.23 0.19 0.24 0.23 0.21 0.17 0.20 0.17 0.16 0.22 0.08 0.27 0.14 0.12 0.13
N7 0.22 0.22 0.18 0.17 0.21 0.18 0.19 0.14 0.21 0.20 0.23 0.23 0.21 0.18 0.21 0.18 0.17 0.25 0.12 0.23 0.14 0.11 0.11
N9 0.20 0.23 0.16 0.14 0.20 0.15 0.19 0.11 0.21 0.19 0.23 0.24 0.21 0.18 0.20 0.17 0.12 0.23 0.08 0.22 0.14 0.11 0.12
O2' 0.16 0.21 0.15 0.14 0.16 0.10 0.14 0.09 0.14 0.13 0.20 0.23 0.19 0.13 0.15 0.15 0.17 0.13 0.15 0.11 0.25 0.26 0.25
O3' 0.23 0.20 0.23 0.18 0.20 0.14 0.17 0.11 0.15 0.19 0.17 0.19 0.21 0.17 0.20 0.26 0.21 0.16 0.16 0.13 0.30 0.22 0.26
O4' 0.18 0.24 0.12 0.10 0.19 0.12 0.18 0.07 0.20 0.18 0.24 0.26 0.21 0.18 0.18 0.14 0.07 0.19 0.05 0.19 0.13 0.13 0.12
O5' 0.17 0.20 0.12 0.18 0.11 0.26 0.10 0.34 0.11 0.21 0.21 0.26 0.14 0.18 0.15 0.12 0.16 0.27 0.32 0.10 0.50 0.41 0.47
O6 0.23 0.22 0.18 0.19 0.22 0.19 0.22 0.16 0.24 0.21 0.23 0.22 0.22 0.21 0.22 0.18 0.21 0.27 0.16 0.27 0.17 0.14 0.13
OP1 0.18 0.17 0.14 0.20 0.12 0.29 0.12 0.36 0.12 0.22 0.18 0.22 0.13 0.19 0.16 0.13 0.18 0.29 0.33 0.13 0.49 0.38 0.46
OP2 0.28 0.30 0.25 0.26 0.26 0.30 0.24 0.32 0.26 0.27 0.31 0.32 0.27 0.24 0.26 0.26 0.24 0.33 0.29 0.28 0.38 0.32 0.35
P 0.19 0.21 0.15 0.18 0.15 0.25 0.13 0.30 0.15 0.21 0.22 0.25 0.17 0.17 0.17 0.16 0.15 0.27 0.27 0.15 0.41 0.33 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.09 0.12 0.11
C2 0.04 0.00 0.23 0.24 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.17 0.31 0.06 0.15 0.01 0.18 0.23 0.20
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.11 0.01 0.05 0.01 0.09 0.11 0.17 0.30 0.22 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03 0.06 0.05
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.13 0.00 0.09 0.01 0.14 0.09 0.19 0.30 0.22 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.05 0.13 0.08 0.07 0.05
C4 0.02 0.02 0.11 0.13 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.16 0.04 0.15 0.02 0.18 0.23 0.21
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.05 0.09 0.06 0.07 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.07 0.03 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.19 0.02 0.25 0.29 0.28
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.11 0.14 0.08 0.06 0.05 0.15 0.08 0.05 0.03 0.01 0.01 0.14 0.03 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.18 0.03 0.20 0.01 0.27 0.31 0.29
C8 0.01 0.02 0.11 0.09 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.08 0.09 0.06 0.20 0.02 0.25 0.28 0.29
N1 0.03 0.00 0.17 0.19 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.25 0.06 0.17 0.01 0.23 0.27 0.25
N2 0.06 0.00 0.30 0.30 0.02 0.09 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.25 0.39 0.06 0.15 0.02 0.15 0.22 0.17
N3 0.04 0.01 0.22 0.22 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.16 0.27 0.06 0.14 0.01 0.15 0.21 0.17
N7 0.01 0.02 0.07 0.06 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.07 0.04 0.22 0.03 0.29 0.33 0.33
N9 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.14 0.02 0.17 0.20 0.20
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03 0.05 0.06 0.08 0.12 0.25 0.16 0.06 0.02 0.00 0.03 0.05 0.02 0.05 0.06 0.04 0.06
O3' 0.01 0.31 0.02 0.01 0.16 0.01 0.12 0.03 0.18 0.09 0.25 0.39 0.27 0.07 0.05 0.03 0.00 0.01 0.07 0.16 0.15 0.11 0.07
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.06 0.06 0.06 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.08 0.02 0.10 0.14 0.11
O5' 0.07 0.15 0.03 0.05 0.15 0.02 0.19 0.01 0.20 0.20 0.17 0.15 0.14 0.22 0.14 0.02 0.07 0.08 0.00 0.22 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.13 0.02 0.07 0.02 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.16 0.02 0.22 0.00 0.32 0.36 0.34
OP1 0.09 0.18 0.03 0.08 0.18 0.03 0.25 0.03 0.27 0.25 0.23 0.15 0.15 0.29 0.17 0.06 0.15 0.10 0.02 0.32 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.23 0.06 0.07 0.23 0.03 0.29 0.01 0.31 0.28 0.27 0.22 0.21 0.33 0.20 0.04 0.11 0.14 0.01 0.36 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.20 0.05 0.05 0.21 0.03 0.28 0.01 0.29 0.29 0.25 0.17 0.17 0.33 0.20 0.06 0.07 0.11 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00