ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52570

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.017, 0.032, 0.048, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.032 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.011, 0.030, 0.049, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.013, 0.032, 0.052, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.032 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.023, 0.050, 0.077, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.050 std_dev=0.027
C2 A 0, -0.001, 0.027, 0.054, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.027 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.023, 0.051, 0.079, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.051 std_dev=0.028
C5 A 0, 0.017, 0.049, 0.081, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.049 std_dev=0.032
C6 A 0, 0.003, 0.039, 0.075, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.039 std_dev=0.036
N2 A 0, 0.019, 0.066, 0.112, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.066 std_dev=0.047
N7 A 0, 0.035, 0.084, 0.132, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.084 std_dev=0.048
C8 A 0, 0.040, 0.089, 0.138, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.089 std_dev=0.049
O4' A 0, 0.063, 0.130, 0.197, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.130 std_dev=0.067
C2' A 0, 0.058, 0.148, 0.238, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.148 std_dev=0.090
O6 A 0, 0.014, 0.146, 0.278, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.146 std_dev=0.132
C4' A 0, 0.097, 0.251, 0.405, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.251 std_dev=0.154
C3' A 0, 0.091, 0.266, 0.440, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.266 std_dev=0.175
O2' A 0, 0.061, 0.242, 0.423, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.242 std_dev=0.181
C5' A 0, 0.156, 0.367, 0.578, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.367 std_dev=0.211
O5' A 0, 0.216, 0.432, 0.648, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.432 std_dev=0.216
N3 B 0, 0.200, 0.445, 0.690, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.445 std_dev=0.245
O3' A 0, 0.180, 0.461, 0.743, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.461 std_dev=0.281
C4 B 0, 0.196, 0.501, 0.806, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.501 std_dev=0.305
C5 B 0, 0.235, 0.574, 0.912, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.574 std_dev=0.339
P A 0, 0.375, 0.753, 1.132, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.753 std_dev=0.378
N7 B 0, 0.342, 0.767, 1.192, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.767 std_dev=0.425
C2 B 0, 0.234, 0.659, 1.085, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.659 std_dev=0.426
C6 B 0, 0.302, 0.729, 1.155, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.729 std_dev=0.427
OP1 A 0, 0.451, 0.881, 1.312, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.881 std_dev=0.431
N9 B 0, 0.305, 0.760, 1.215, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.760 std_dev=0.455
OP2 A 0, 0.501, 1.001, 1.501, 1.385 max_d=1.385 avg_d=1.001 std_dev=0.500
N1 B 0, 0.291, 0.817, 1.342, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.817 std_dev=0.525
O6 B 0, 0.399, 0.926, 1.453, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.926 std_dev=0.527
C8 B 0, 0.377, 0.915, 1.452, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.915 std_dev=0.538
C1' B 0, 0.401, 0.966, 1.532, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.966 std_dev=0.566
N2 B 0, 0.289, 0.884, 1.478, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.884 std_dev=0.594
O2' B 0, 0.535, 1.231, 1.926, 1.878 max_d=1.878 avg_d=1.231 std_dev=0.696
C2' B 0, 0.354, 1.070, 1.785, 1.826 max_d=1.826 avg_d=1.070 std_dev=0.716
O4' B 0, 0.588, 1.312, 2.035, 2.085 max_d=2.085 avg_d=1.312 std_dev=0.723
C3' B 0, 0.469, 1.410, 2.351, 2.421 max_d=2.421 avg_d=1.410 std_dev=0.941
OP2 B 0, 0.367, 1.322, 2.277, 2.365 max_d=2.365 avg_d=1.322 std_dev=0.955
O5' B 0, 0.456, 1.426, 2.395, 2.477 max_d=2.477 avg_d=1.426 std_dev=0.970
C4' B 0, 0.521, 1.493, 2.464, 2.546 max_d=2.546 avg_d=1.493 std_dev=0.972
C5' B 0, 0.614, 1.732, 2.849, 2.944 max_d=2.944 avg_d=1.732 std_dev=1.118
O3' B 0, 0.492, 1.622, 2.752, 2.812 max_d=2.812 avg_d=1.622 std_dev=1.130
P B 0, 0.277, 1.444, 2.610, 2.739 max_d=2.739 avg_d=1.444 std_dev=1.166
OP1 B 0, 0.270, 1.740, 3.211, 3.433 max_d=3.433 avg_d=1.740 std_dev=1.471

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.05 0.02 0.10 0.10 0.11 0.19 0.06
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.06 0.02 0.09 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.10 0.08 0.04 0.14 0.03 0.14 0.15 0.09
C2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.04 0.06 0.05 0.03 0.06 0.04 0.07 0.07 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04 0.09 0.15 0.12 0.04
C3' 0.04 0.07 0.02 0.00 0.07 0.02 0.10 0.02 0.11 0.09 0.09 0.07 0.05 0.08 0.06 0.06 0.02 0.10 0.09 0.16 0.13 0.13 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.03 0.09 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.08 0.05 0.14 0.07 0.12 0.16 0.08
C4' 0.02 0.06 0.06 0.02 0.06 0.00 0.07 0.02 0.07 0.10 0.08 0.03 0.04 0.11 0.07 0.20 0.06 0.01 0.02 0.09 0.16 0.07 0.02
C5 0.03 0.02 0.05 0.10 0.03 0.07 0.00 0.12 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.12 0.07 0.16 0.08 0.12 0.17 0.12
C5' 0.03 0.09 0.03 0.02 0.09 0.02 0.12 0.00 0.10 0.14 0.12 0.08 0.07 0.17 0.09 0.17 0.07 0.03 0.01 0.06 0.19 0.02 0.05
C6 0.05 0.04 0.06 0.11 0.04 0.07 0.03 0.10 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.14 0.08 0.15 0.01 0.11 0.18 0.11
C8 0.02 0.02 0.04 0.09 0.01 0.10 0.02 0.14 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.07 0.11 0.09 0.17 0.14 0.11 0.18 0.09
N1 0.03 0.02 0.07 0.09 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.02 0.01 0.08 0.10 0.06 0.16 0.04 0.14 0.16 0.12
N2 0.03 0.02 0.07 0.07 0.02 0.03 0.02 0.08 0.05 0.03 0.06 0.00 0.02 0.02 0.02 0.13 0.07 0.02 0.13 0.09 0.14 0.15 0.09
N3 0.01 0.02 0.05 0.05 0.01 0.04 0.03 0.07 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.08 0.06 0.03 0.12 0.03 0.12 0.16 0.07
N7 0.02 0.02 0.03 0.08 0.03 0.11 0.03 0.17 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.11 0.08 0.20 0.17 0.14 0.16 0.14
N9 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.03 0.09 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.07 0.06 0.13 0.11 0.11 0.17 0.06
O2' 0.08 0.10 0.02 0.06 0.04 0.20 0.04 0.17 0.04 0.07 0.08 0.13 0.08 0.02 0.05 0.00 0.08 0.14 0.13 0.06 0.17 0.19 0.15
O3' 0.05 0.08 0.05 0.02 0.08 0.06 0.12 0.07 0.14 0.11 0.10 0.07 0.06 0.11 0.07 0.08 0.00 0.10 0.17 0.19 0.11 0.14 0.10
O4' 0.02 0.04 0.06 0.10 0.05 0.01 0.07 0.03 0.08 0.09 0.06 0.02 0.03 0.08 0.06 0.14 0.10 0.00 0.15 0.14 0.12 0.23 0.11
O5' 0.10 0.14 0.04 0.09 0.14 0.02 0.16 0.01 0.15 0.17 0.16 0.13 0.12 0.20 0.13 0.13 0.17 0.15 0.00 0.11 0.04 0.03 0.02
O6 0.10 0.03 0.09 0.16 0.07 0.09 0.08 0.06 0.01 0.14 0.04 0.09 0.03 0.17 0.11 0.06 0.19 0.14 0.11 0.00 0.12 0.23 0.12
OP1 0.11 0.14 0.15 0.13 0.12 0.16 0.12 0.19 0.11 0.11 0.14 0.14 0.12 0.14 0.11 0.17 0.11 0.12 0.04 0.12 0.00 0.03 0.01
OP2 0.19 0.15 0.12 0.13 0.16 0.07 0.17 0.02 0.18 0.18 0.16 0.15 0.16 0.16 0.17 0.19 0.14 0.23 0.03 0.23 0.03 0.00 0.02
P 0.06 0.09 0.04 0.06 0.08 0.02 0.12 0.05 0.11 0.09 0.12 0.09 0.07 0.14 0.06 0.15 0.10 0.11 0.02 0.12 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.32 0.20 0.46 0.51 0.26 0.44 0.28 0.49 0.24 0.31 0.21 0.17 0.23 0.29 0.30 0.47 0.56 0.30 0.65 0.22 0.56 0.50 0.50
C2 0.25 0.12 0.30 0.36 0.20 0.33 0.21 0.37 0.14 0.27 0.11 0.09 0.16 0.25 0.24 0.28 0.37 0.24 0.52 0.10 0.36 0.34 0.35
C2' 0.32 0.29 0.47 0.50 0.30 0.42 0.32 0.46 0.33 0.30 0.32 0.26 0.29 0.29 0.31 0.49 0.55 0.29 0.59 0.34 0.49 0.45 0.43
C3' 0.31 0.33 0.46 0.49 0.30 0.40 0.32 0.43 0.35 0.28 0.36 0.32 0.31 0.27 0.30 0.49 0.54 0.27 0.55 0.35 0.44 0.41 0.39
C4 0.27 0.14 0.35 0.41 0.22 0.37 0.24 0.42 0.18 0.28 0.14 0.11 0.18 0.26 0.26 0.33 0.44 0.26 0.58 0.15 0.45 0.44 0.42
C4' 0.30 0.20 0.45 0.50 0.25 0.42 0.27 0.47 0.24 0.29 0.22 0.17 0.22 0.27 0.28 0.47 0.56 0.28 0.63 0.24 0.55 0.50 0.48
C5 0.24 0.11 0.29 0.37 0.19 0.33 0.20 0.39 0.14 0.26 0.11 0.08 0.15 0.23 0.23 0.27 0.39 0.24 0.54 0.11 0.40 0.42 0.39
C5' 0.33 0.23 0.47 0.52 0.28 0.46 0.30 0.52 0.28 0.33 0.25 0.19 0.25 0.31 0.31 0.49 0.58 0.32 0.67 0.28 0.60 0.55 0.53
C6 0.23 0.09 0.26 0.33 0.17 0.31 0.17 0.36 0.11 0.25 0.08 0.07 0.14 0.21 0.22 0.23 0.35 0.24 0.51 0.09 0.34 0.38 0.36
C8 0.27 0.16 0.37 0.44 0.23 0.38 0.25 0.44 0.20 0.29 0.17 0.13 0.19 0.27 0.26 0.35 0.48 0.26 0.61 0.18 0.48 0.48 0.45
N1 0.24 0.10 0.26 0.33 0.18 0.30 0.18 0.35 0.11 0.26 0.09 0.08 0.15 0.22 0.23 0.23 0.34 0.24 0.49 0.10 0.30 0.33 0.32
N2 0.24 0.12 0.28 0.34 0.20 0.31 0.21 0.35 0.12 0.26 0.10 0.10 0.16 0.25 0.24 0.26 0.35 0.24 0.49 0.09 0.33 0.31 0.32
N3 0.27 0.15 0.36 0.41 0.23 0.37 0.25 0.42 0.18 0.29 0.14 0.11 0.19 0.27 0.26 0.35 0.44 0.26 0.58 0.15 0.44 0.42 0.41
N7 0.26 0.15 0.33 0.40 0.22 0.35 0.23 0.40 0.19 0.28 0.16 0.12 0.18 0.25 0.25 0.30 0.43 0.25 0.56 0.16 0.41 0.44 0.40
N9 0.28 0.17 0.39 0.45 0.23 0.39 0.25 0.45 0.21 0.29 0.17 0.14 0.20 0.27 0.27 0.38 0.49 0.27 0.61 0.19 0.50 0.47 0.46
O2' 0.46 0.39 0.60 0.63 0.42 0.55 0.44 0.59 0.43 0.42 0.41 0.34 0.41 0.40 0.44 0.64 0.68 0.42 0.72 0.43 0.60 0.52 0.54
O3' 0.32 0.38 0.48 0.50 0.32 0.40 0.33 0.42 0.37 0.26 0.42 0.39 0.34 0.26 0.30 0.53 0.56 0.28 0.51 0.38 0.41 0.37 0.35
O4' 0.33 0.20 0.48 0.53 0.27 0.46 0.28 0.52 0.23 0.32 0.20 0.16 0.23 0.29 0.30 0.49 0.59 0.31 0.68 0.21 0.61 0.54 0.53
O5' 0.38 0.27 0.49 0.55 0.33 0.50 0.36 0.56 0.33 0.39 0.29 0.23 0.30 0.37 0.37 0.49 0.59 0.37 0.70 0.32 0.61 0.58 0.56
O6 0.26 0.13 0.29 0.36 0.20 0.34 0.20 0.40 0.15 0.27 0.13 0.12 0.17 0.22 0.24 0.26 0.37 0.26 0.54 0.13 0.38 0.45 0.41
OP1 0.40 0.36 0.50 0.54 0.37 0.49 0.39 0.54 0.39 0.40 0.38 0.35 0.36 0.38 0.39 0.51 0.58 0.38 0.69 0.39 0.58 0.55 0.53
OP2 0.30 0.19 0.37 0.44 0.27 0.39 0.29 0.44 0.25 0.34 0.21 0.15 0.22 0.32 0.30 0.35 0.47 0.29 0.61 0.25 0.46 0.48 0.45
P 0.32 0.22 0.42 0.48 0.28 0.43 0.30 0.49 0.27 0.34 0.24 0.18 0.24 0.32 0.31 0.42 0.52 0.31 0.66 0.27 0.56 0.54 0.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.05 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.07 0.06 0.13 0.28 0.11
C2 0.04 0.00 0.06 0.10 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.15 0.12 0.05 0.14 0.02 0.06 0.21 0.05
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.07 0.05 0.06 0.04 0.07 0.03 0.07 0.07 0.10 0.04 0.02 0.04 0.05 0.09 0.06 0.11 0.22 0.06
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.08 0.01 0.06 0.02 0.06 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.07 0.06 0.01 0.03 0.19 0.04 0.11 0.17 0.07
C4 0.03 0.02 0.05 0.08 0.00 0.05 0.02 0.07 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.05 0.15 0.05 0.06 0.20 0.05
C4' 0.03 0.05 0.07 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.04 0.11 0.03 0.06 0.05 0.12 0.06 0.22 0.07 0.01 0.03 0.07 0.13 0.22 0.04
C5 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.06 0.00 0.09 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.10 0.07 0.08 0.20 0.04 0.08 0.21 0.10
C5' 0.02 0.05 0.06 0.02 0.07 0.00 0.09 0.00 0.07 0.14 0.03 0.06 0.06 0.16 0.07 0.23 0.08 0.03 0.01 0.10 0.14 0.18 0.02
C6 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.07 0.00 0.06 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.11 0.07 0.09 0.19 0.01 0.09 0.23 0.12
C8 0.02 0.04 0.07 0.10 0.03 0.11 0.03 0.14 0.06 0.00 0.06 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.10 0.09 0.23 0.09 0.08 0.19 0.09
N1 0.02 0.02 0.03 0.10 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.06 0.00 0.02 0.03 0.06 0.04 0.11 0.12 0.05 0.15 0.01 0.05 0.22 0.08
N2 0.06 0.00 0.07 0.11 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.19 0.14 0.06 0.13 0.03 0.08 0.21 0.05
N3 0.05 0.01 0.07 0.10 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.11 0.05 0.12 0.03 0.08 0.20 0.04
N7 0.04 0.03 0.10 0.12 0.01 0.12 0.01 0.16 0.05 0.02 0.06 0.03 0.01 0.00 0.02 0.10 0.12 0.09 0.27 0.09 0.14 0.21 0.15
N9 0.02 0.02 0.04 0.07 0.01 0.06 0.03 0.07 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.07 0.04 0.13 0.07 0.06 0.21 0.03
O2' 0.03 0.15 0.02 0.06 0.11 0.22 0.10 0.23 0.11 0.05 0.11 0.19 0.15 0.10 0.06 0.00 0.08 0.11 0.20 0.13 0.30 0.32 0.22
O3' 0.03 0.12 0.04 0.01 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.12 0.14 0.11 0.12 0.07 0.08 0.00 0.05 0.20 0.05 0.16 0.14 0.10
O4' 0.01 0.05 0.05 0.03 0.05 0.01 0.08 0.03 0.09 0.09 0.05 0.06 0.05 0.09 0.04 0.11 0.05 0.00 0.20 0.14 0.22 0.38 0.21
O5' 0.07 0.14 0.09 0.19 0.15 0.03 0.20 0.01 0.19 0.23 0.15 0.13 0.12 0.27 0.13 0.20 0.20 0.20 0.00 0.20 0.04 0.01 0.01
O6 0.06 0.02 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04 0.10 0.01 0.09 0.01 0.03 0.03 0.09 0.07 0.13 0.05 0.14 0.20 0.00 0.16 0.29 0.18
OP1 0.13 0.06 0.11 0.11 0.06 0.13 0.08 0.14 0.09 0.08 0.05 0.08 0.08 0.14 0.06 0.30 0.16 0.22 0.04 0.16 0.00 0.03 0.00
OP2 0.28 0.21 0.22 0.17 0.20 0.22 0.21 0.18 0.23 0.19 0.22 0.21 0.20 0.21 0.21 0.32 0.14 0.38 0.01 0.29 0.03 0.00 0.01
P 0.11 0.05 0.06 0.07 0.05 0.04 0.10 0.02 0.12 0.09 0.08 0.05 0.04 0.15 0.03 0.22 0.10 0.21 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00