Doublet Group distance statistics: 52572

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 8, 13, 6, 15, 16, 13, 6, 6, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C2	A	0, -0.001, 0.014, 0.028, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N1	A	0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N3	A	0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C1'	A	0, 0.004, 0.023, 0.043, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C5	A	0, 0.010, 0.031, 0.051, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.031 std_dev=0.021
C4	A	0, 0.012, 0.034, 0.057, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.034 std_dev=0.022
N9	A	0, 0.015, 0.040, 0.065, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.040 std_dev=0.025
N2	A	0, 0.003, 0.031, 0.058, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.031 std_dev=0.028
O6	A	0, 0.020, 0.053, 0.085, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.053 std_dev=0.033
N7	A	0, 0.018, 0.063, 0.107, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.063 std_dev=0.044
C8	A	0, 0.022, 0.070, 0.118, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.070 std_dev=0.048
C4	B	0, 0.215, 0.401, 0.587, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.401 std_dev=0.186
C5	B	0, 0.192, 0.427, 0.663, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.427 std_dev=0.236
O4	B	0, 0.218, 0.469, 0.721, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.469 std_dev=0.251
N3	B	0, 0.304, 0.566, 0.827, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.566 std_dev=0.261
N1	B	0, 0.309, 0.576, 0.842, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.576 std_dev=0.266
C2	B	0, 0.333, 0.613, 0.894, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.613 std_dev=0.280
C6	B	0, 0.215, 0.537, 0.860, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.537 std_dev=0.322
O2	B	0, 0.442, 0.813, 1.184, 1.816 max_d=1.816 avg_d=0.813 std_dev=0.371
C1'	B	0, 0.354, 0.725, 1.096, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.725 std_dev=0.371
C2'	B	0, 0.353, 0.760, 1.166, 1.961 max_d=1.961 avg_d=0.760 std_dev=0.407
O2'	B	0, 0.436, 0.908, 1.380, 2.127 max_d=2.127 avg_d=0.908 std_dev=0.472
O4'	B	0, 0.324, 0.808, 1.291, 2.205 max_d=2.205 avg_d=0.808 std_dev=0.483
O4'	A	0, 0.098, 0.628, 1.159, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.628 std_dev=0.531
C3'	B	0, 0.233, 0.770, 1.307, 2.430 max_d=2.430 avg_d=0.770 std_dev=0.537
C2'	A	0, 0.133, 0.708, 1.284, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.708 std_dev=0.576
C4'	B	0, 0.256, 0.853, 1.450, 2.609 max_d=2.609 avg_d=0.853 std_dev=0.597
O3'	B	0, 0.199, 0.859, 1.520, 2.808 max_d=2.808 avg_d=0.859 std_dev=0.661
O5'	B	0, 0.150, 0.878, 1.606, 2.772 max_d=2.772 avg_d=0.878 std_dev=0.728
C5'	B	0, 0.170, 0.924, 1.677, 2.994 max_d=2.994 avg_d=0.924 std_dev=0.754
C3'	A	0, 0.193, 1.013, 1.832, 2.006 max_d=2.006 avg_d=1.013 std_dev=0.819
C4'	A	0, 0.180, 1.002, 1.825, 2.010 max_d=2.010 avg_d=1.002 std_dev=0.823
OP2	A	0, 0.360, 1.192, 2.023, 2.327 max_d=2.327 avg_d=1.192 std_dev=0.831
O5'	A	0, 0.208, 1.050, 1.891, 2.152 max_d=2.152 avg_d=1.050 std_dev=0.842
P	B	0, 0.241, 1.185, 2.130, 3.455 max_d=3.455 avg_d=1.185 std_dev=0.945
O2'	A	0, 0.208, 1.172, 2.136, 2.229 max_d=2.229 avg_d=1.172 std_dev=0.964
OP2	B	0, 0.056, 1.020, 1.985, 3.782 max_d=3.782 avg_d=1.020 std_dev=0.965
P	A	0, 0.310, 1.280, 2.250, 2.559 max_d=2.559 avg_d=1.280 std_dev=0.970
C5'	A	0, 0.241, 1.312, 2.382, 2.692 max_d=2.692 avg_d=1.312 std_dev=1.071
O3'	A	0, 0.305, 1.442, 2.580, 3.143 max_d=3.143 avg_d=1.442 std_dev=1.137
OP1	A	0, 0.421, 1.640, 2.860, 3.352 max_d=3.352 avg_d=1.640 std_dev=1.220
OP1	B	0, 0.538, 1.789, 3.040, 4.369 max_d=4.369 avg_d=1.789 std_dev=1.251

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.09	0.02	0.01	0.03	0.05	0.04	0.01	0.00	0.03	0.32	0.00	0.16	0.02	0.16	0.21	0.15
C2	0.04	0.00	0.35	0.26	0.01	0.09	0.01	0.15	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.12	0.23	0.24	0.11	0.01	0.10	0.17	0.10
C2'	0.01	0.35	0.00	0.00	0.17	0.01	0.07	0.24	0.13	0.21	0.26	0.42	0.35	0.13	0.02	0.01	0.02	0.02	0.52	0.09	0.57	0.63	0.56
C3'	0.01	0.26	0.00	0.00	0.28	0.00	0.36	0.02	0.38	0.32	0.33	0.23	0.22	0.38	0.24	0.02	0.01	0.02	0.11	0.41	0.17	0.08	0.09
C4	0.02	0.01	0.17	0.28	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.15	0.12	0.13	0.11	0.02	0.11	0.16	0.10
C4'	0.01	0.09	0.01	0.00	0.04	0.00	0.11	0.01	0.09	0.22	0.05	0.15	0.10	0.20	0.09	0.33	0.02	0.00	0.02	0.12	0.07	0.09	0.02
C5	0.01	0.01	0.07	0.36	0.00	0.11	0.00	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.34	0.11	0.05	0.18	0.01	0.19	0.23	0.18
C5'	0.09	0.15	0.24	0.02	0.08	0.01	0.09	0.00	0.08	0.16	0.10	0.20	0.15	0.17	0.05	0.09	0.23	0.01	0.01	0.12	0.10	0.09	0.01
C6	0.02	0.01	0.13	0.38	0.01	0.09	0.01	0.08	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.31	0.12	0.09	0.20	0.01	0.23	0.28	0.21
C8	0.01	0.01	0.21	0.32	0.01	0.22	0.01	0.16	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.47	0.16	0.16	0.20	0.02	0.17	0.17	0.17
N1	0.03	0.01	0.26	0.33	0.01	0.05	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.15	0.14	0.18	0.14	0.01	0.16	0.23	0.15
N2	0.05	0.01	0.42	0.23	0.01	0.15	0.01	0.20	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.26	0.32	0.29	0.11	0.02	0.10	0.16	0.10
N3	0.04	0.01	0.35	0.22	0.00	0.10	0.01	0.15	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.15	0.27	0.24	0.11	0.02	0.10	0.15	0.10
N7	0.01	0.01	0.13	0.38	0.01	0.20	0.00	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.49	0.20	0.10	0.26	0.02	0.26	0.27	0.25
N9	0.00	0.01	0.02	0.24	0.01	0.09	0.01	0.05	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.23	0.08	0.01	0.10	0.02	0.09	0.15	0.10
O2'	0.03	0.12	0.01	0.02	0.15	0.33	0.34	0.09	0.31	0.47	0.15	0.26	0.15	0.49	0.23	0.00	0.04	0.24	0.39	0.40	0.49	0.72	0.49
O3'	0.32	0.23	0.02	0.01	0.12	0.02	0.11	0.23	0.12	0.16	0.14	0.32	0.27	0.20	0.08	0.04	0.00	0.22	0.20	0.17	0.33	0.26	0.24
O4'	0.00	0.24	0.02	0.02	0.13	0.00	0.05	0.01	0.09	0.16	0.18	0.29	0.24	0.10	0.01	0.24	0.22	0.00	0.08	0.06	0.11	0.14	0.10
O5'	0.16	0.11	0.52	0.11	0.11	0.02	0.18	0.01	0.20	0.20	0.14	0.11	0.11	0.26	0.10	0.39	0.20	0.08	0.00	0.25	0.02	0.02	0.01
O6	0.02	0.01	0.09	0.41	0.02	0.12	0.01	0.12	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.40	0.17	0.06	0.25	0.00	0.30	0.35	0.27
OP1	0.16	0.10	0.57	0.17	0.11	0.07	0.19	0.10	0.23	0.17	0.16	0.10	0.10	0.26	0.09	0.49	0.33	0.11	0.02	0.30	0.00	0.01	0.01
OP2	0.21	0.17	0.63	0.08	0.16	0.09	0.23	0.09	0.28	0.17	0.23	0.16	0.15	0.27	0.15	0.72	0.26	0.14	0.02	0.35	0.01	0.00	0.01
P	0.15	0.10	0.56	0.09	0.10	0.02	0.18	0.01	0.21	0.17	0.15	0.10	0.10	0.25	0.10	0.49	0.24	0.10	0.01	0.27	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.29	0.32	0.22	0.14	0.29	0.21	0.27	0.23	0.27	0.29	0.32	0.35	0.26	0.12	0.30	0.30	0.22	0.48	0.67	0.48
C2	0.22	0.23	0.20	0.20	0.23	0.23	0.22	0.28	0.22	0.22	0.24	0.24	0.20	0.20	0.25	0.23	0.28	0.57	0.74	0.54
C2'	0.37	0.37	0.41	0.44	0.37	0.38	0.38	0.37	0.38	0.37	0.38	0.38	0.39	0.48	0.37	0.37	0.40	0.34	0.86	0.42
C3'	0.40	0.44	0.37	0.26	0.32	0.31	0.30	0.28	0.33	0.38	0.40	0.51	0.45	0.24	0.28	0.38	0.24	0.48	0.66	0.47
C4	0.24	0.27	0.20	0.16	0.26	0.21	0.24	0.26	0.24	0.24	0.28	0.29	0.22	0.14	0.28	0.25	0.25	0.53	0.73	0.51
C4'	0.64	0.69	0.63	0.53	0.57	0.55	0.51	0.52	0.54	0.62	0.67	0.77	0.69	0.51	0.54	0.60	0.48	0.65	0.67	0.67
C5	0.22	0.25	0.20	0.17	0.25	0.21	0.23	0.26	0.23	0.23	0.27	0.28	0.21	0.17	0.27	0.24	0.26	0.54	0.75	0.51
C5'	0.68	0.74	0.69	0.60	0.61	0.60	0.54	0.56	0.57	0.66	0.72	0.83	0.76	0.59	0.59	0.63	0.53	0.68	0.71	0.70
C6	0.21	0.23	0.20	0.20	0.23	0.23	0.21	0.28	0.21	0.21	0.25	0.25	0.20	0.22	0.26	0.23	0.28	0.57	0.77	0.52
C8	0.25	0.29	0.20	0.15	0.27	0.21	0.25	0.24	0.25	0.26	0.30	0.32	0.23	0.13	0.29	0.26	0.24	0.51	0.73	0.49
N1	0.21	0.22	0.20	0.22	0.22	0.24	0.21	0.29	0.21	0.20	0.23	0.23	0.20	0.23	0.25	0.22	0.29	0.59	0.77	0.53
N2	0.21	0.20	0.20	0.22	0.21	0.24	0.22	0.29	0.22	0.21	0.21	0.21	0.20	0.23	0.23	0.23	0.29	0.60	0.73	0.56
N3	0.24	0.26	0.19	0.17	0.26	0.22	0.25	0.26	0.24	0.24	0.27	0.27	0.21	0.15	0.27	0.25	0.26	0.54	0.71	0.52
N7	0.23	0.27	0.20	0.16	0.26	0.21	0.23	0.25	0.23	0.24	0.28	0.30	0.22	0.15	0.28	0.24	0.26	0.53	0.75	0.50
N9	0.26	0.29	0.20	0.14	0.28	0.21	0.26	0.24	0.25	0.26	0.30	0.32	0.24	0.12	0.29	0.27	0.24	0.51	0.71	0.50
O2'	0.59	0.69	0.73	0.70	0.56	0.54	0.45	0.43	0.48	0.58	0.70	0.78	0.73	0.78	0.55	0.49	0.44	0.33	0.79	0.37
O3'	0.98	0.99	0.95	0.85	0.85	0.89	0.82	0.84	0.88	0.95	0.94	1.05	1.03	0.83	0.78	0.94	0.76	1.01	0.67	0.92
O4'	0.68	0.73	0.64	0.55	0.66	0.60	0.59	0.59	0.61	0.67	0.73	0.78	0.68	0.50	0.65	0.65	0.56	0.72	0.72	0.74
O5'	0.53	0.60	0.52	0.41	0.49	0.43	0.42	0.39	0.44	0.52	0.59	0.68	0.59	0.39	0.48	0.48	0.36	0.55	0.66	0.55
O6	0.21	0.23	0.21	0.22	0.23	0.24	0.20	0.29	0.21	0.21	0.24	0.24	0.21	0.25	0.26	0.22	0.29	0.58	0.77	0.51
OP1	0.57	0.64	0.57	0.45	0.50	0.45	0.41	0.39	0.45	0.55	0.62	0.74	0.65	0.44	0.48	0.50	0.36	0.53	0.66	0.52
OP2	0.39	0.49	0.39	0.28	0.39	0.28	0.30	0.26	0.31	0.39	0.49	0.57	0.45	0.25	0.39	0.33	0.24	0.47	0.71	0.44
P	0.51	0.59	0.51	0.40	0.47	0.40	0.38	0.36	0.41	0.50	0.58	0.69	0.58	0.38	0.47	0.45	0.34	0.52	0.68	0.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.04	0.02	0.02	0.02	0.01	0.04	0.19	0.09	0.16
C2	0.02	0.00	0.06	0.07	0.01	0.03	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.08	0.02	0.03	0.11	0.27	0.28	0.28
C2'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.05	0.01	0.07	0.02	0.07	0.03	0.06	0.11	0.00	0.02	0.06	0.01	0.08	0.15	0.13	0.11
C3'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.08	0.00	0.11	0.02	0.12	0.05	0.07	0.11	0.02	0.01	0.09	0.01	0.10	0.23	0.18	0.09
C4	0.02	0.01	0.05	0.08	0.00	0.04	0.00	0.10	0.01	0.01	0.01	0.02	0.05	0.11	0.00	0.03	0.13	0.36	0.50	0.37
C4'	0.01	0.03	0.01	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.06	0.02	0.03	0.06	0.05	0.02	0.04	0.00	0.02	0.11	0.16	0.03
C5	0.01	0.01	0.07	0.11	0.00	0.05	0.00	0.11	0.00	0.01	0.01	0.02	0.05	0.14	0.01	0.03	0.12	0.37	0.50	0.35
C5'	0.02	0.06	0.02	0.02	0.10	0.01	0.11	0.00	0.10	0.06	0.08	0.07	0.05	0.03	0.11	0.01	0.01	0.14	0.21	0.02
C6	0.01	0.01	0.07	0.12	0.01	0.06	0.00	0.10	0.00	0.00	0.01	0.02	0.05	0.13	0.01	0.03	0.11	0.32	0.36	0.29
N1	0.01	0.01	0.03	0.05	0.01	0.02	0.01	0.06	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.05	0.02	0.01	0.08	0.26	0.24	0.25
N3	0.02	0.01	0.06	0.07	0.01	0.03	0.01	0.08	0.01	0.01	0.00	0.02	0.06	0.09	0.02	0.03	0.13	0.32	0.40	0.34
O2	0.04	0.01	0.11	0.11	0.02	0.06	0.02	0.07	0.02	0.02	0.02	0.00	0.10	0.13	0.03	0.06	0.12	0.24	0.22	0.26
O2'	0.02	0.06	0.00	0.02	0.05	0.05	0.05	0.05	0.05	0.02	0.06	0.10	0.00	0.04	0.06	0.04	0.05	0.15	0.16	0.06
O3'	0.02	0.08	0.02	0.01	0.11	0.02	0.14	0.03	0.13	0.05	0.09	0.13	0.04	0.00	0.13	0.01	0.12	0.39	0.29	0.14
O4	0.02	0.02	0.06	0.09	0.00	0.04	0.01	0.11	0.01	0.02	0.02	0.03	0.06	0.13	0.00	0.03	0.14	0.38	0.57	0.40
O4'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.03	0.06	0.04	0.01	0.03	0.00	0.06	0.23	0.09	0.14
O5'	0.04	0.11	0.08	0.10	0.13	0.02	0.12	0.01	0.11	0.08	0.13	0.12	0.05	0.12	0.14	0.06	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.19	0.27	0.15	0.23	0.36	0.11	0.37	0.14	0.32	0.26	0.32	0.24	0.15	0.39	0.38	0.23	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.09	0.28	0.13	0.18	0.50	0.16	0.50	0.21	0.36	0.24	0.40	0.22	0.16	0.29	0.57	0.09	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.16	0.28	0.11	0.09	0.37	0.03	0.35	0.02	0.29	0.25	0.34	0.26	0.06	0.14	0.40	0.14	0.00	0.01	0.01	0.00