ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52574

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 4, 6, 15, 13, 6, 2, 3, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.023 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.032 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.017, 0.043, 0.069, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.043 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.024, 0.058, 0.093, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.058 std_dev=0.034
O4' A 0, -0.026, 0.117, 0.260, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.117 std_dev=0.143
C2' A 0, -0.004, 0.142, 0.288, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.142 std_dev=0.146
O4 B 0, 0.234, 0.381, 0.528, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.381 std_dev=0.147
C4 B 0, 0.261, 0.421, 0.581, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.421 std_dev=0.160
C2' B 0, 0.432, 0.629, 0.826, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.629 std_dev=0.197
N3 B 0, 0.273, 0.472, 0.671, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.472 std_dev=0.199
N1 B 0, 0.332, 0.541, 0.751, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.541 std_dev=0.210
C5 B 0, 0.275, 0.488, 0.701, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.488 std_dev=0.213
C2 B 0, 0.301, 0.523, 0.746, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.523 std_dev=0.223
O2' B 0, 0.462, 0.693, 0.924, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.693 std_dev=0.231
C1' B 0, 0.382, 0.617, 0.853, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.617 std_dev=0.236
C6 B 0, 0.302, 0.545, 0.789, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.545 std_dev=0.243
O2' A 0, 0.006, 0.255, 0.505, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.255 std_dev=0.250
C4' A 0, -0.078, 0.173, 0.425, 1.705 max_d=1.705 avg_d=0.173 std_dev=0.252
C3' B 0, 0.394, 0.660, 0.927, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.660 std_dev=0.266
C3' A 0, -0.090, 0.179, 0.448, 1.904 max_d=1.904 avg_d=0.179 std_dev=0.269
O5' A 0, -0.025, 0.261, 0.547, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.261 std_dev=0.286
O3' B 0, 0.434, 0.733, 1.032, 1.917 max_d=1.917 avg_d=0.733 std_dev=0.299
OP2 A 0, 0.041, 0.342, 0.642, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.342 std_dev=0.300
O2 B 0, 0.278, 0.585, 0.893, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.585 std_dev=0.307
P A 0, -0.009, 0.303, 0.616, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.303 std_dev=0.312
C5' A 0, -0.059, 0.255, 0.570, 1.917 max_d=1.917 avg_d=0.255 std_dev=0.314
O4' B 0, 0.342, 0.679, 1.017, 2.104 max_d=2.104 avg_d=0.679 std_dev=0.338
C4' B 0, 0.368, 0.711, 1.055, 2.252 max_d=2.252 avg_d=0.711 std_dev=0.343
OP1 A 0, -0.014, 0.347, 0.709, 1.931 max_d=1.931 avg_d=0.347 std_dev=0.361
O5' B 0, 0.334, 0.786, 1.238, 2.538 max_d=2.538 avg_d=0.786 std_dev=0.452
O3' A 0, -0.205, 0.274, 0.752, 3.094 max_d=3.094 avg_d=0.274 std_dev=0.478
C5' B 0, 0.306, 0.790, 1.274, 2.966 max_d=2.966 avg_d=0.790 std_dev=0.484
P B 0, 0.273, 0.894, 1.514, 3.225 max_d=3.225 avg_d=0.894 std_dev=0.620
OP2 B 0, 0.303, 1.374, 2.445, 4.624 max_d=4.624 avg_d=1.374 std_dev=1.071
OP1 B 0, -0.188, 1.172, 2.532, 5.772 max_d=5.772 avg_d=1.172 std_dev=1.360

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.18 0.00 0.08 0.01 0.10 0.14 0.09
C2 0.02 0.00 0.11 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.22 0.08 0.09 0.01 0.10 0.15 0.09
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.08 0.06 0.05 0.09 0.13 0.11 0.04 0.02 0.00 0.05 0.02 0.16 0.06 0.21 0.23 0.19
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.08 0.00 0.12 0.02 0.12 0.13 0.11 0.07 0.06 0.14 0.08 0.02 0.01 0.01 0.06 0.14 0.10 0.08 0.06
C4 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.17 0.05 0.10 0.01 0.10 0.15 0.10
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.09 0.04 0.06 0.04 0.08 0.04 0.09 0.04 0.00 0.01 0.06 0.09 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.14 0.03 0.12 0.01 0.13 0.17 0.12
C5' 0.03 0.07 0.08 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.10 0.07 0.07 0.06 0.11 0.05 0.04 0.07 0.02 0.01 0.10 0.09 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.15 0.05 0.13 0.00 0.14 0.18 0.13
C8 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.11 0.06 0.12 0.01 0.12 0.16 0.12
N1 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.18 0.07 0.11 0.01 0.12 0.17 0.11
N2 0.02 0.01 0.13 0.07 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.25 0.10 0.09 0.02 0.09 0.14 0.09
N3 0.02 0.00 0.11 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.22 0.08 0.09 0.01 0.10 0.14 0.09
N7 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.13 0.04 0.14 0.01 0.15 0.18 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.13 0.01 0.09 0.01 0.10 0.14 0.09
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.09 0.09 0.12 0.04 0.13 0.14 0.12 0.17 0.13 0.15 0.08 0.00 0.05 0.07 0.14 0.14 0.22 0.29 0.20
O3' 0.18 0.22 0.05 0.01 0.17 0.04 0.14 0.07 0.15 0.11 0.18 0.25 0.22 0.13 0.13 0.05 0.00 0.13 0.10 0.15 0.17 0.15 0.13
O4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.07 0.10 0.08 0.04 0.01 0.07 0.13 0.00 0.07 0.04 0.09 0.08 0.07
O5' 0.08 0.09 0.16 0.06 0.10 0.01 0.12 0.01 0.13 0.12 0.11 0.09 0.09 0.14 0.09 0.14 0.10 0.07 0.00 0.14 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.15 0.04 0.14 0.00 0.16 0.20 0.15
OP1 0.10 0.10 0.21 0.10 0.10 0.09 0.13 0.09 0.14 0.12 0.12 0.09 0.10 0.15 0.10 0.22 0.17 0.09 0.02 0.16 0.00 0.02 0.00
OP2 0.14 0.15 0.23 0.08 0.15 0.03 0.17 0.02 0.18 0.16 0.17 0.14 0.14 0.18 0.14 0.29 0.15 0.08 0.02 0.20 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.09 0.19 0.06 0.10 0.02 0.12 0.02 0.13 0.12 0.11 0.09 0.09 0.14 0.09 0.20 0.13 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.24 0.20 0.18 0.23 0.21 0.23 0.20 0.24 0.24 0.24 0.25 0.22 0.17 0.23 0.25 0.22 0.75 0.83 0.28
C2 0.19 0.16 0.18 0.17 0.17 0.18 0.20 0.18 0.20 0.19 0.16 0.15 0.18 0.18 0.16 0.21 0.18 0.73 0.90 0.27
C2' 0.19 0.18 0.16 0.15 0.17 0.18 0.19 0.18 0.19 0.19 0.17 0.19 0.17 0.16 0.16 0.21 0.21 0.81 0.80 0.29
C3' 0.36 0.36 0.31 0.27 0.31 0.31 0.30 0.28 0.32 0.35 0.34 0.39 0.35 0.25 0.27 0.36 0.27 0.82 0.71 0.30
C4 0.20 0.19 0.18 0.16 0.20 0.18 0.21 0.17 0.21 0.20 0.20 0.19 0.20 0.16 0.20 0.21 0.19 0.71 0.91 0.27
C4' 0.39 0.41 0.35 0.30 0.35 0.32 0.33 0.29 0.35 0.38 0.39 0.43 0.39 0.28 0.33 0.37 0.28 0.72 0.81 0.31
C5 0.19 0.19 0.18 0.16 0.19 0.17 0.20 0.17 0.20 0.19 0.19 0.19 0.20 0.17 0.19 0.20 0.18 0.67 0.96 0.27
C5' 0.39 0.41 0.36 0.30 0.35 0.32 0.32 0.27 0.34 0.38 0.40 0.45 0.40 0.29 0.33 0.36 0.28 0.67 0.87 0.31
C6 0.19 0.17 0.19 0.17 0.18 0.18 0.20 0.18 0.20 0.19 0.17 0.17 0.20 0.18 0.18 0.21 0.18 0.64 0.99 0.27
C8 0.21 0.22 0.19 0.16 0.22 0.18 0.21 0.17 0.21 0.21 0.22 0.23 0.21 0.16 0.22 0.22 0.18 0.68 0.94 0.27
N1 0.19 0.17 0.19 0.17 0.17 0.18 0.20 0.18 0.20 0.19 0.16 0.16 0.19 0.18 0.16 0.22 0.18 0.67 0.96 0.27
N2 0.19 0.15 0.18 0.18 0.15 0.19 0.20 0.19 0.20 0.18 0.14 0.14 0.18 0.19 0.13 0.21 0.20 0.77 0.85 0.28
N3 0.20 0.18 0.18 0.17 0.19 0.18 0.21 0.18 0.21 0.20 0.18 0.17 0.19 0.17 0.19 0.21 0.19 0.75 0.87 0.28
N7 0.20 0.20 0.19 0.16 0.20 0.17 0.20 0.17 0.20 0.20 0.21 0.21 0.20 0.16 0.20 0.20 0.18 0.66 0.98 0.27
N9 0.22 0.22 0.19 0.16 0.22 0.19 0.22 0.18 0.22 0.22 0.22 0.22 0.21 0.16 0.22 0.22 0.19 0.72 0.89 0.27
O2' 0.18 0.18 0.18 0.18 0.17 0.18 0.19 0.19 0.18 0.17 0.18 0.20 0.18 0.20 0.17 0.19 0.22 0.85 0.76 0.28
O3' 0.66 0.65 0.60 0.57 0.60 0.62 0.60 0.59 0.63 0.65 0.63 0.66 0.63 0.54 0.55 0.67 0.55 1.05 0.54 0.53
O4' 0.33 0.35 0.29 0.25 0.32 0.27 0.31 0.25 0.31 0.33 0.35 0.36 0.32 0.23 0.32 0.32 0.27 0.67 0.88 0.31
O5' 0.34 0.36 0.31 0.26 0.31 0.27 0.29 0.23 0.30 0.33 0.35 0.39 0.35 0.25 0.30 0.32 0.23 0.71 0.87 0.27
O6 0.20 0.18 0.20 0.18 0.18 0.19 0.20 0.20 0.21 0.19 0.18 0.17 0.20 0.19 0.17 0.22 0.19 0.59 1.01 0.27
OP1 0.39 0.41 0.36 0.29 0.34 0.31 0.31 0.25 0.33 0.37 0.40 0.46 0.41 0.28 0.32 0.36 0.24 0.71 0.88 0.26
OP2 0.27 0.29 0.25 0.19 0.25 0.20 0.23 0.17 0.24 0.26 0.29 0.33 0.29 0.18 0.25 0.24 0.19 0.64 1.00 0.25
P 0.31 0.34 0.29 0.22 0.29 0.24 0.26 0.19 0.27 0.31 0.33 0.38 0.34 0.21 0.28 0.29 0.19 0.65 0.94 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.24 0.16 0.09
C2 0.02 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.02 0.13 0.44 0.44 0.16
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.09 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.16 0.15 0.06
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.07 0.10 0.01 0.01 0.06 0.01 0.07 0.21 0.16 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.02 0.17 0.64 0.67 0.22
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.01 0.04 0.00 0.02 0.15 0.18 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.18 0.66 0.64 0.22
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.07 0.06 0.05 0.02 0.09 0.02 0.01 0.22 0.32 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.16 0.53 0.48 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.13 0.40 0.37 0.15
N3 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.01 0.02 0.15 0.54 0.58 0.20
O2 0.03 0.01 0.09 0.10 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.12 0.02 0.03 0.11 0.36 0.38 0.15
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.06 0.08 0.00 0.05 0.06 0.05 0.04 0.16 0.13 0.05
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.08 0.12 0.05 0.00 0.08 0.01 0.11 0.37 0.29 0.10
O4 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.08 0.00 0.03 0.17 0.69 0.75 0.23
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.08 0.22 0.11 0.09
O5' 0.07 0.13 0.05 0.07 0.17 0.02 0.18 0.01 0.16 0.13 0.15 0.11 0.04 0.11 0.17 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.24 0.44 0.16 0.21 0.64 0.15 0.66 0.22 0.53 0.40 0.54 0.36 0.16 0.37 0.69 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.44 0.15 0.16 0.67 0.18 0.64 0.32 0.48 0.37 0.58 0.38 0.13 0.29 0.75 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.16 0.06 0.06 0.22 0.02 0.22 0.02 0.18 0.15 0.20 0.15 0.05 0.10 0.23 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00