ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52576

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 5, 4, 3, 5, 2, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.028, 0.044, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.028 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.023, 0.043, 0.063, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.043 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.022, 0.042, 0.063, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.042 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.024, 0.047, 0.071, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.047 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.017, 0.041, 0.065, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.041 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.031, 0.057, 0.084, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.057 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.023, 0.060, 0.097, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.060 std_dev=0.037
N9 A 0, 0.032, 0.072, 0.112, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.072 std_dev=0.040
N7 A 0, 0.032, 0.085, 0.139, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.085 std_dev=0.053
O6 A 0, 0.016, 0.073, 0.130, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.073 std_dev=0.057
C8 A 0, 0.048, 0.109, 0.169, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.109 std_dev=0.060
N1 B 0, 0.321, 0.580, 0.839, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.580 std_dev=0.259
C4 B 0, 0.310, 0.595, 0.880, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.595 std_dev=0.285
C5 B 0, 0.347, 0.633, 0.919, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.633 std_dev=0.286
C2 B 0, 0.316, 0.649, 0.982, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.649 std_dev=0.333
O4 B 0, 0.588, 0.929, 1.271, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.929 std_dev=0.341
C6 B 0, 0.322, 0.678, 1.034, 1.388 max_d=1.388 avg_d=0.678 std_dev=0.356
C1' B 0, 0.493, 0.892, 1.290, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.892 std_dev=0.398
N3 B 0, 0.259, 0.673, 1.087, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.673 std_dev=0.414
O2 B 0, 0.541, 1.017, 1.493, 1.917 max_d=1.917 avg_d=1.017 std_dev=0.476
C2' A 0, 0.362, 0.848, 1.334, 2.002 max_d=2.002 avg_d=0.848 std_dev=0.486
O4' A 0, 0.279, 0.777, 1.276, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.777 std_dev=0.498
C2' B 0, 0.603, 1.138, 1.673, 2.291 max_d=2.291 avg_d=1.138 std_dev=0.535
O5' A 0, 0.797, 1.336, 1.875, 2.613 max_d=2.613 avg_d=1.336 std_dev=0.539
C3' A 0, 0.562, 1.131, 1.700, 2.044 max_d=2.044 avg_d=1.131 std_dev=0.569
O4' B 0, 0.633, 1.204, 1.775, 2.779 max_d=2.779 avg_d=1.204 std_dev=0.571
O2' B 0, 0.824, 1.432, 2.040, 2.579 max_d=2.579 avg_d=1.432 std_dev=0.608
O3' A 0, 0.731, 1.404, 2.077, 2.590 max_d=2.590 avg_d=1.404 std_dev=0.673
C4' A 0, 0.429, 1.150, 1.871, 2.368 max_d=2.368 avg_d=1.150 std_dev=0.721
C4' B 0, 0.796, 1.542, 2.287, 3.633 max_d=3.633 avg_d=1.542 std_dev=0.745
C3' B 0, 0.619, 1.377, 2.134, 3.335 max_d=3.335 avg_d=1.377 std_dev=0.757
OP2 A 0, 0.398, 1.233, 2.068, 3.672 max_d=3.672 avg_d=1.233 std_dev=0.835
P A 0, 0.165, 1.046, 1.927, 3.610 max_d=3.610 avg_d=1.046 std_dev=0.881
O5' B 0, 0.816, 1.741, 2.666, 3.982 max_d=3.982 avg_d=1.741 std_dev=0.925
O2' A 0, 0.449, 1.375, 2.302, 3.299 max_d=3.299 avg_d=1.375 std_dev=0.927
C5' B 0, 0.947, 1.905, 2.863, 4.527 max_d=4.527 avg_d=1.905 std_dev=0.958
C5' A 0, 0.827, 1.835, 2.843, 4.048 max_d=4.048 avg_d=1.835 std_dev=1.008
O3' B 0, 0.753, 1.763, 2.774, 4.325 max_d=4.325 avg_d=1.763 std_dev=1.011
OP2 B 0, 0.996, 2.076, 3.156, 4.261 max_d=4.261 avg_d=2.076 std_dev=1.080
P B 0, 1.003, 2.205, 3.408, 4.980 max_d=4.980 avg_d=2.205 std_dev=1.202
OP1 A 0, 0.077, 1.308, 2.539, 4.948 max_d=4.948 avg_d=1.308 std_dev=1.231
OP1 B 0, 1.044, 2.878, 4.713, 6.732 max_d=6.732 avg_d=2.878 std_dev=1.834

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.09 0.04 0.04 0.05 0.08 0.06 0.04 0.01 0.02 0.30 0.01 0.18 0.06 0.18 0.44 0.20
C2 0.06 0.00 0.29 0.20 0.01 0.11 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.32 0.21 0.19 0.02 0.18 0.41 0.20
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.15 0.03 0.09 0.22 0.13 0.18 0.22 0.34 0.28 0.13 0.04 0.01 0.05 0.03 0.44 0.12 0.49 0.69 0.49
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.23 0.01 0.33 0.04 0.34 0.34 0.27 0.16 0.16 0.38 0.22 0.02 0.01 0.02 0.23 0.38 0.24 0.20 0.15
C4 0.03 0.01 0.15 0.23 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.20 0.11 0.22 0.03 0.21 0.41 0.22
C4' 0.01 0.11 0.03 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.11 0.25 0.07 0.17 0.12 0.23 0.10 0.30 0.03 0.01 0.02 0.15 0.08 0.25 0.06
C5 0.03 0.01 0.09 0.33 0.01 0.13 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.18 0.05 0.34 0.03 0.33 0.47 0.34
C5' 0.09 0.13 0.22 0.04 0.09 0.01 0.17 0.00 0.16 0.28 0.11 0.19 0.14 0.28 0.11 0.10 0.20 0.02 0.01 0.21 0.11 0.20 0.02
C6 0.04 0.01 0.13 0.34 0.02 0.11 0.01 0.16 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.35 0.19 0.08 0.34 0.01 0.35 0.50 0.35
C8 0.04 0.02 0.18 0.34 0.01 0.25 0.01 0.28 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.46 0.22 0.17 0.39 0.06 0.36 0.47 0.36
N1 0.05 0.01 0.22 0.27 0.02 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.27 0.23 0.15 0.26 0.02 0.27 0.45 0.27
N2 0.08 0.01 0.34 0.16 0.01 0.17 0.01 0.19 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.33 0.42 0.27 0.16 0.03 0.16 0.39 0.17
N3 0.06 0.01 0.28 0.16 0.00 0.12 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.24 0.34 0.22 0.17 0.02 0.16 0.39 0.17
N7 0.04 0.01 0.13 0.38 0.01 0.23 0.01 0.28 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.48 0.25 0.11 0.44 0.06 0.43 0.52 0.44
N9 0.01 0.02 0.04 0.22 0.01 0.10 0.02 0.11 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.23 0.14 0.02 0.22 0.05 0.21 0.42 0.22
O2' 0.02 0.26 0.01 0.02 0.22 0.30 0.35 0.10 0.35 0.46 0.27 0.33 0.24 0.48 0.23 0.00 0.07 0.20 0.36 0.42 0.39 0.74 0.41
O3' 0.30 0.32 0.05 0.01 0.20 0.03 0.18 0.20 0.19 0.22 0.23 0.42 0.34 0.25 0.14 0.07 0.00 0.19 0.26 0.23 0.43 0.31 0.28
O4' 0.01 0.21 0.03 0.02 0.11 0.01 0.05 0.02 0.08 0.17 0.15 0.27 0.22 0.11 0.02 0.20 0.19 0.00 0.10 0.08 0.14 0.38 0.19
O5' 0.18 0.19 0.44 0.23 0.22 0.02 0.34 0.01 0.34 0.39 0.26 0.16 0.17 0.44 0.22 0.36 0.26 0.10 0.00 0.40 0.02 0.02 0.01
O6 0.06 0.02 0.12 0.38 0.03 0.15 0.03 0.21 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.06 0.05 0.42 0.23 0.08 0.40 0.00 0.43 0.54 0.42
OP1 0.18 0.18 0.49 0.24 0.21 0.08 0.33 0.11 0.35 0.36 0.27 0.16 0.16 0.43 0.21 0.39 0.43 0.14 0.02 0.43 0.00 0.02 0.01
OP2 0.44 0.41 0.69 0.20 0.41 0.25 0.47 0.20 0.50 0.47 0.45 0.39 0.39 0.52 0.42 0.74 0.31 0.38 0.02 0.54 0.02 0.00 0.00
P 0.20 0.20 0.49 0.15 0.22 0.06 0.34 0.02 0.35 0.36 0.27 0.17 0.17 0.44 0.22 0.41 0.28 0.19 0.01 0.42 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.18 0.17 0.20 0.16 0.15 0.19 0.20 0.19 0.18 0.18 0.20 0.16 0.27 0.16 0.21 0.24 0.52 1.04 0.36
C2 0.18 0.16 0.15 0.15 0.16 0.17 0.19 0.25 0.20 0.18 0.16 0.16 0.16 0.18 0.18 0.21 0.26 0.57 1.02 0.38
C2' 0.38 0.39 0.47 0.48 0.39 0.40 0.39 0.39 0.38 0.39 0.40 0.40 0.45 0.55 0.40 0.36 0.42 0.70 1.03 0.48
C3' 0.34 0.36 0.28 0.22 0.25 0.24 0.24 0.19 0.27 0.32 0.33 0.41 0.33 0.25 0.20 0.33 0.16 0.54 0.91 0.25
C4 0.19 0.18 0.16 0.16 0.17 0.17 0.21 0.24 0.21 0.18 0.18 0.19 0.16 0.20 0.17 0.22 0.26 0.54 1.07 0.39
C4' 0.51 0.56 0.42 0.32 0.47 0.37 0.41 0.33 0.43 0.50 0.55 0.62 0.47 0.30 0.44 0.48 0.30 0.45 1.03 0.36
C5 0.18 0.17 0.16 0.16 0.17 0.17 0.20 0.26 0.21 0.18 0.18 0.18 0.16 0.20 0.18 0.21 0.27 0.55 1.10 0.41
C5' 0.56 0.64 0.49 0.39 0.53 0.42 0.46 0.38 0.48 0.56 0.63 0.71 0.55 0.37 0.52 0.52 0.35 0.46 1.10 0.41
C6 0.18 0.16 0.16 0.17 0.16 0.17 0.19 0.26 0.20 0.17 0.17 0.17 0.16 0.22 0.19 0.21 0.27 0.56 1.08 0.41
C8 0.18 0.18 0.16 0.18 0.17 0.17 0.20 0.25 0.21 0.18 0.18 0.19 0.16 0.24 0.17 0.21 0.28 0.54 1.12 0.42
N1 0.18 0.16 0.16 0.17 0.16 0.17 0.18 0.26 0.20 0.17 0.16 0.16 0.16 0.21 0.18 0.21 0.26 0.57 1.05 0.40
N2 0.18 0.16 0.16 0.17 0.15 0.18 0.19 0.26 0.20 0.18 0.16 0.16 0.16 0.19 0.18 0.20 0.26 0.59 0.97 0.37
N3 0.19 0.18 0.15 0.15 0.17 0.17 0.21 0.24 0.21 0.19 0.17 0.18 0.16 0.18 0.17 0.22 0.26 0.54 1.03 0.38
N7 0.18 0.18 0.16 0.17 0.18 0.18 0.21 0.26 0.21 0.18 0.19 0.19 0.17 0.22 0.19 0.22 0.28 0.54 1.12 0.42
N9 0.19 0.18 0.16 0.18 0.17 0.17 0.21 0.24 0.21 0.19 0.18 0.20 0.16 0.23 0.17 0.22 0.27 0.53 1.09 0.40
O2' 0.54 0.64 0.71 0.67 0.57 0.49 0.45 0.39 0.45 0.54 0.67 0.71 0.71 0.76 0.60 0.42 0.41 0.66 0.87 0.35
O3' 0.89 0.89 0.82 0.73 0.75 0.80 0.72 0.72 0.79 0.86 0.85 0.94 0.88 0.71 0.68 0.88 0.62 0.73 0.76 0.51
O4' 0.47 0.53 0.39 0.32 0.48 0.35 0.42 0.34 0.43 0.48 0.54 0.58 0.43 0.31 0.48 0.45 0.34 0.46 1.10 0.42
O5' 0.38 0.46 0.34 0.26 0.36 0.26 0.31 0.27 0.32 0.38 0.46 0.54 0.40 0.27 0.35 0.34 0.30 0.55 1.14 0.44
O6 0.17 0.15 0.17 0.19 0.15 0.17 0.17 0.27 0.19 0.16 0.16 0.16 0.17 0.25 0.18 0.22 0.27 0.57 1.06 0.41
OP1 0.47 0.55 0.41 0.29 0.44 0.31 0.36 0.26 0.38 0.46 0.55 0.64 0.47 0.28 0.43 0.41 0.25 0.49 1.09 0.37
OP2 0.47 0.56 0.45 0.38 0.47 0.35 0.39 0.29 0.40 0.47 0.56 0.63 0.49 0.38 0.49 0.41 0.29 0.51 1.02 0.35
P 0.41 0.51 0.37 0.26 0.41 0.25 0.32 0.22 0.33 0.41 0.52 0.60 0.42 0.25 0.41 0.35 0.23 0.49 1.09 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.25 0.13 0.08
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.02 0.03 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.03 0.11 0.36 0.37 0.13
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.13 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.21 0.10 0.10
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.00 0.11 0.02 0.12 0.04 0.06 0.12 0.02 0.01 0.09 0.01 0.10 0.30 0.15 0.15
C4 0.02 0.02 0.04 0.07 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.04 0.18 0.47 0.66 0.22
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.10 0.04 0.05 0.06 0.05 0.02 0.08 0.00 0.02 0.12 0.18 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.11 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.01 0.04 0.21 0.50 0.66 0.24
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.17 0.01 0.20 0.00 0.18 0.10 0.12 0.07 0.05 0.03 0.17 0.02 0.01 0.16 0.29 0.03
C6 0.02 0.02 0.07 0.12 0.01 0.10 0.01 0.18 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.13 0.02 0.03 0.18 0.45 0.48 0.19
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.10 0.36 0.32 0.13
N3 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.02 0.03 0.14 0.41 0.52 0.17
O2 0.03 0.01 0.13 0.12 0.02 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.13 0.16 0.03 0.05 0.09 0.33 0.29 0.11
O2' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.01 0.06 0.13 0.00 0.05 0.05 0.03 0.06 0.21 0.14 0.09
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.08 0.02 0.13 0.03 0.13 0.04 0.08 0.16 0.05 0.00 0.10 0.02 0.12 0.49 0.27 0.22
O4 0.03 0.02 0.05 0.09 0.01 0.08 0.01 0.17 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.10 0.00 0.04 0.20 0.49 0.74 0.25
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.00 0.10 0.28 0.18 0.14
O5' 0.06 0.11 0.08 0.10 0.18 0.02 0.21 0.01 0.18 0.10 0.14 0.09 0.06 0.12 0.20 0.10 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.25 0.36 0.21 0.30 0.47 0.12 0.50 0.16 0.45 0.36 0.41 0.33 0.21 0.49 0.49 0.28 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.37 0.10 0.15 0.66 0.18 0.66 0.29 0.48 0.32 0.52 0.29 0.14 0.27 0.74 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.13 0.10 0.15 0.22 0.03 0.24 0.03 0.19 0.13 0.17 0.11 0.09 0.22 0.25 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00