ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52577

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 1, 2, 2, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.017, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.013, 0.029, 0.046, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.029 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.011, 0.027, 0.044, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.010, 0.028, 0.047, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.028 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.016, 0.038, 0.059, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.038 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.037, 0.061, 0.084, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.061 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.023, 0.047, 0.071, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.047 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.012, 0.037, 0.062, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.037 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.024, 0.059, 0.094, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.059 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.035, 0.078, 0.121, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.078 std_dev=0.043
C4 B 0, 0.123, 0.287, 0.451, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.287 std_dev=0.164
O4 B 0, 0.249, 0.432, 0.615, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.432 std_dev=0.183
N3 B 0, 0.269, 0.455, 0.642, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.455 std_dev=0.186
C2' A 0, 0.077, 0.330, 0.583, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.330 std_dev=0.253
C2 B 0, 0.289, 0.546, 0.803, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.546 std_dev=0.257
C5 B 0, 0.120, 0.381, 0.643, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.381 std_dev=0.262
N1 B 0, 0.242, 0.533, 0.824, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.533 std_dev=0.291
C6 B 0, 0.221, 0.516, 0.811, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.516 std_dev=0.295
O4' A 0, -0.055, 0.271, 0.597, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.271 std_dev=0.326
O2 B 0, 0.429, 0.779, 1.129, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.779 std_dev=0.350
C1' B 0, 0.343, 0.733, 1.123, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.733 std_dev=0.390
O4' B 0, 0.454, 0.846, 1.238, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.846 std_dev=0.392
OP2 A 0, 0.503, 0.899, 1.295, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.899 std_dev=0.396
C2' B 0, 0.438, 0.859, 1.280, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.859 std_dev=0.421
P A 0, 0.389, 0.820, 1.251, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.820 std_dev=0.431
C3' B 0, 0.488, 0.933, 1.379, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.933 std_dev=0.445
C4' B 0, 0.522, 0.973, 1.423, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.973 std_dev=0.450
C3' A 0, 0.082, 0.552, 1.022, 1.570 max_d=1.570 avg_d=0.552 std_dev=0.470
OP2 B 0, 0.693, 1.166, 1.639, 1.789 max_d=1.789 avg_d=1.166 std_dev=0.473
O5' B 0, 0.567, 1.056, 1.545, 1.832 max_d=1.832 avg_d=1.056 std_dev=0.489
OP1 A 0, 0.402, 0.904, 1.407, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.904 std_dev=0.502
O2' B 0, 0.591, 1.094, 1.596, 1.826 max_d=1.826 avg_d=1.094 std_dev=0.502
C4' A 0, -0.097, 0.418, 0.933, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.418 std_dev=0.515
C5' B 0, 0.545, 1.061, 1.577, 1.770 max_d=1.770 avg_d=1.061 std_dev=0.516
P B 0, 0.662, 1.180, 1.698, 1.949 max_d=1.949 avg_d=1.180 std_dev=0.518
O5' A 0, 0.215, 0.756, 1.296, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.756 std_dev=0.541
O2' A 0, 0.054, 0.596, 1.138, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.596 std_dev=0.542
O3' B 0, 0.587, 1.134, 1.681, 1.980 max_d=1.980 avg_d=1.134 std_dev=0.547
C5' A 0, -0.019, 0.585, 1.188, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.585 std_dev=0.603
OP1 B 0, 0.857, 1.465, 2.073, 2.255 max_d=2.255 avg_d=1.465 std_dev=0.608
O3' A 0, 0.191, 0.897, 1.604, 2.401 max_d=2.401 avg_d=0.897 std_dev=0.707

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.20 0.03 0.19 0.22 0.11
C2 0.05 0.00 0.20 0.14 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.17 0.15 0.31 0.02 0.24 0.17 0.19
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.10 0.02 0.04 0.14 0.06 0.12 0.14 0.25 0.21 0.09 0.02 0.01 0.03 0.01 0.44 0.05 0.51 0.44 0.42
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.15 0.00 0.20 0.02 0.20 0.22 0.17 0.14 0.12 0.23 0.14 0.03 0.01 0.02 0.31 0.22 0.37 0.14 0.24
C4 0.02 0.01 0.10 0.15 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.06 0.07 0.33 0.02 0.23 0.14 0.19
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.06 0.17 0.03 0.13 0.09 0.16 0.06 0.23 0.02 0.00 0.02 0.09 0.12 0.27 0.04
C5 0.02 0.01 0.04 0.20 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.07 0.03 0.41 0.01 0.29 0.22 0.27
C5' 0.06 0.07 0.14 0.02 0.04 0.01 0.10 0.00 0.09 0.16 0.04 0.12 0.09 0.18 0.05 0.08 0.12 0.01 0.02 0.13 0.14 0.30 0.04
C6 0.03 0.01 0.06 0.20 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.30 0.06 0.04 0.42 0.01 0.31 0.27 0.30
C8 0.01 0.01 0.12 0.22 0.01 0.17 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.16 0.14 0.42 0.02 0.27 0.14 0.24
N1 0.04 0.01 0.14 0.17 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.24 0.09 0.10 0.37 0.02 0.27 0.23 0.25
N2 0.06 0.00 0.25 0.14 0.01 0.13 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.24 0.20 0.29 0.02 0.23 0.16 0.17
N3 0.04 0.01 0.21 0.12 0.00 0.09 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.17 0.16 0.29 0.02 0.22 0.14 0.16
N7 0.01 0.01 0.09 0.23 0.00 0.16 0.00 0.18 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.16 0.11 0.47 0.02 0.33 0.24 0.33
N9 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.04 0.02 0.31 0.02 0.21 0.14 0.16
O2' 0.02 0.17 0.01 0.03 0.17 0.23 0.29 0.08 0.30 0.28 0.24 0.19 0.14 0.33 0.16 0.00 0.07 0.16 0.28 0.36 0.40 0.49 0.33
O3' 0.14 0.17 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.12 0.06 0.16 0.09 0.24 0.17 0.16 0.04 0.07 0.00 0.10 0.21 0.09 0.33 0.19 0.21
O4' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.01 0.04 0.14 0.10 0.20 0.16 0.11 0.02 0.16 0.10 0.00 0.09 0.04 0.11 0.33 0.15
O5' 0.20 0.31 0.44 0.31 0.33 0.02 0.41 0.02 0.42 0.42 0.37 0.29 0.29 0.47 0.31 0.28 0.21 0.09 0.00 0.45 0.01 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.05 0.22 0.02 0.09 0.01 0.13 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.36 0.09 0.04 0.45 0.00 0.36 0.34 0.35
OP1 0.19 0.24 0.51 0.37 0.23 0.12 0.29 0.14 0.31 0.27 0.27 0.23 0.22 0.33 0.21 0.40 0.33 0.11 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.17 0.44 0.14 0.14 0.27 0.22 0.30 0.27 0.14 0.23 0.16 0.14 0.24 0.14 0.49 0.19 0.33 0.02 0.34 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.19 0.42 0.24 0.19 0.04 0.27 0.04 0.30 0.24 0.25 0.17 0.16 0.33 0.16 0.33 0.21 0.15 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.16 0.12 0.16 0.11 0.13 0.16 0.16 0.15 0.10 0.19 0.23 0.13 0.22 0.14 0.14 0.17 0.27 0.31 0.24
C2 0.20 0.11 0.18 0.19 0.12 0.21 0.19 0.21 0.22 0.17 0.12 0.11 0.19 0.21 0.19 0.25 0.20 0.28 0.31 0.25
C2' 0.34 0.28 0.35 0.38 0.33 0.38 0.41 0.38 0.40 0.34 0.27 0.25 0.33 0.40 0.33 0.38 0.37 0.45 0.49 0.43
C3' 0.19 0.21 0.19 0.16 0.17 0.16 0.24 0.16 0.23 0.18 0.20 0.27 0.24 0.20 0.17 0.21 0.17 0.29 0.35 0.28
C4 0.16 0.13 0.14 0.17 0.12 0.19 0.18 0.21 0.20 0.14 0.15 0.15 0.15 0.20 0.17 0.22 0.20 0.31 0.33 0.28
C4' 0.30 0.40 0.32 0.26 0.27 0.20 0.20 0.13 0.21 0.29 0.40 0.50 0.38 0.30 0.27 0.23 0.12 0.14 0.19 0.14
C5 0.19 0.11 0.16 0.17 0.12 0.22 0.17 0.24 0.21 0.16 0.14 0.13 0.16 0.19 0.18 0.26 0.23 0.37 0.36 0.31
C5' 0.30 0.40 0.35 0.28 0.27 0.20 0.20 0.13 0.21 0.29 0.40 0.51 0.40 0.34 0.28 0.23 0.11 0.13 0.18 0.13
C6 0.22 0.11 0.19 0.19 0.11 0.25 0.17 0.26 0.23 0.18 0.12 0.10 0.20 0.20 0.19 0.30 0.23 0.38 0.37 0.32
C8 0.15 0.13 0.12 0.15 0.12 0.19 0.17 0.22 0.19 0.13 0.17 0.18 0.13 0.19 0.17 0.22 0.22 0.36 0.36 0.31
N1 0.23 0.11 0.20 0.20 0.11 0.25 0.18 0.24 0.23 0.19 0.10 0.10 0.21 0.21 0.20 0.29 0.22 0.33 0.34 0.30
N2 0.21 0.11 0.20 0.22 0.11 0.22 0.21 0.20 0.23 0.18 0.10 0.10 0.20 0.23 0.20 0.25 0.20 0.24 0.27 0.23
N3 0.16 0.13 0.16 0.18 0.13 0.19 0.18 0.19 0.20 0.15 0.15 0.15 0.16 0.22 0.17 0.21 0.19 0.26 0.30 0.25
N7 0.18 0.12 0.14 0.16 0.12 0.22 0.17 0.24 0.20 0.15 0.15 0.14 0.15 0.18 0.17 0.25 0.24 0.39 0.37 0.33
N9 0.14 0.14 0.13 0.16 0.12 0.17 0.18 0.20 0.18 0.13 0.17 0.19 0.13 0.20 0.16 0.19 0.20 0.32 0.34 0.28
O2' 0.36 0.35 0.45 0.45 0.37 0.38 0.40 0.33 0.38 0.36 0.35 0.35 0.44 0.52 0.38 0.35 0.31 0.36 0.40 0.33
O3' 0.48 0.52 0.48 0.41 0.41 0.39 0.38 0.32 0.40 0.45 0.50 0.59 0.55 0.42 0.39 0.43 0.29 0.27 0.27 0.26
O4' 0.30 0.42 0.33 0.27 0.31 0.20 0.20 0.14 0.21 0.30 0.44 0.51 0.37 0.32 0.34 0.23 0.12 0.12 0.16 0.12
O5' 0.25 0.34 0.27 0.27 0.25 0.22 0.19 0.23 0.19 0.24 0.35 0.43 0.29 0.32 0.27 0.19 0.25 0.27 0.28 0.25
O6 0.25 0.11 0.21 0.21 0.11 0.28 0.17 0.29 0.23 0.20 0.11 0.10 0.22 0.21 0.19 0.33 0.26 0.43 0.38 0.35
OP1 0.25 0.36 0.27 0.25 0.26 0.19 0.18 0.20 0.17 0.24 0.38 0.47 0.31 0.30 0.27 0.18 0.22 0.29 0.30 0.25
OP2 0.24 0.22 0.21 0.21 0.21 0.25 0.28 0.29 0.28 0.23 0.24 0.27 0.24 0.23 0.21 0.29 0.31 0.46 0.45 0.39
P 0.16 0.27 0.18 0.18 0.18 0.15 0.15 0.20 0.14 0.16 0.29 0.37 0.22 0.23 0.21 0.14 0.23 0.34 0.34 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.11 0.08 0.03
C2 0.03 0.00 0.08 0.10 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.11 0.02 0.05 0.11 0.14 0.08 0.07
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.08 0.12 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.18 0.13 0.08
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.10 0.00 0.09 0.01 0.09 0.05 0.11 0.10 0.02 0.00 0.11 0.01 0.08 0.22 0.16 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.00 0.03 0.20 0.19 0.18 0.18
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.08 0.00 0.02 0.13 0.05 0.03
C5 0.02 0.02 0.06 0.09 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.06 0.22 0.19 0.17 0.19
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.14 0.01 0.16 0.00 0.13 0.06 0.09 0.05 0.06 0.02 0.16 0.01 0.01 0.11 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.06 0.09 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.10 0.01 0.07 0.17 0.13 0.09 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.10 0.11 0.06 0.05
N3 0.03 0.00 0.08 0.11 0.01 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.12 0.01 0.03 0.15 0.16 0.14 0.13
O2 0.06 0.00 0.12 0.10 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.13 0.02 0.10 0.08 0.14 0.08 0.06
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.08 0.06 0.05 0.06 0.04 0.04 0.11 0.15 0.00 0.05 0.09 0.05 0.03 0.19 0.09 0.05
O3' 0.02 0.11 0.02 0.00 0.11 0.02 0.11 0.02 0.10 0.05 0.12 0.13 0.05 0.00 0.13 0.02 0.10 0.28 0.20 0.16
O4 0.02 0.02 0.06 0.11 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.13 0.00 0.03 0.22 0.22 0.23 0.23
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.03 0.10 0.05 0.02 0.03 0.00 0.06 0.08 0.11 0.07
O5' 0.05 0.11 0.05 0.08 0.20 0.02 0.22 0.01 0.17 0.10 0.15 0.08 0.03 0.10 0.22 0.06 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.11 0.14 0.18 0.22 0.19 0.13 0.19 0.11 0.13 0.11 0.16 0.14 0.19 0.28 0.22 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.08 0.13 0.16 0.18 0.05 0.17 0.02 0.09 0.06 0.14 0.08 0.09 0.20 0.23 0.11 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.08 0.12 0.18 0.03 0.19 0.01 0.12 0.05 0.13 0.06 0.05 0.16 0.23 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00