ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52578

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.005, 0.021, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C5 A 0, -0.002, 0.014, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.011, 0.026, 0.042, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.007, 0.024, 0.042, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.004, 0.021, 0.039, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.029 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.004, 0.025, 0.047, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.025 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.006, 0.028, 0.051, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.016, 0.044, 0.072, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.044 std_dev=0.028
N2 A 0, 0.001, 0.043, 0.084, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.043 std_dev=0.041
C2' A 0, 0.011, 0.071, 0.131, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.071 std_dev=0.060
C4' A 0, 0.029, 0.102, 0.174, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.102 std_dev=0.072
OP2 A 0, 0.054, 0.136, 0.219, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.136 std_dev=0.083
O2' A 0, 0.016, 0.101, 0.187, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.101 std_dev=0.086
C3' A 0, 0.021, 0.114, 0.207, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.114 std_dev=0.093
P A 0, 0.054, 0.149, 0.245, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.149 std_dev=0.096
C5' A 0, 0.038, 0.135, 0.231, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.135 std_dev=0.096
O5' A 0, 0.055, 0.155, 0.254, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.155 std_dev=0.099
O3' A 0, 0.008, 0.135, 0.262, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.135 std_dev=0.127
OP1 A 0, 0.045, 0.181, 0.317, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.181 std_dev=0.136
O2 B 0, 0.019, 0.217, 0.415, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.217 std_dev=0.198
OP2 B 0, 0.047, 0.254, 0.462, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.254 std_dev=0.207
C2 B 0, 0.019, 0.229, 0.438, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.229 std_dev=0.210
N3 B 0, 0.010, 0.220, 0.430, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.220 std_dev=0.210
N1 B 0, 0.046, 0.273, 0.499, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.273 std_dev=0.227
C4 B 0, 0.002, 0.237, 0.472, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.237 std_dev=0.235
O4 B 0, 0.005, 0.240, 0.476, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.240 std_dev=0.235
C1' B 0, 0.059, 0.295, 0.532, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.295 std_dev=0.236
O4' B 0, 0.059, 0.297, 0.536, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.297 std_dev=0.239
P B 0, 0.043, 0.294, 0.546, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.294 std_dev=0.252
O5' B 0, 0.038, 0.291, 0.544, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.291 std_dev=0.253
C6 B 0, 0.040, 0.299, 0.558, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.299 std_dev=0.259
C5 B 0, 0.018, 0.277, 0.536, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.277 std_dev=0.259
C2' B 0, 0.055, 0.331, 0.606, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.331 std_dev=0.276
C4' B 0, 0.048, 0.329, 0.610, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.329 std_dev=0.281
OP1 B 0, 0.042, 0.323, 0.604, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.323 std_dev=0.281
C5' B 0, 0.032, 0.317, 0.602, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.317 std_dev=0.285
O2' B 0, 0.066, 0.353, 0.640, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.353 std_dev=0.287
C3' B 0, 0.045, 0.338, 0.632, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.338 std_dev=0.293
O3' B 0, 0.044, 0.375, 0.707, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.375 std_dev=0.332

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02
C2 0.05 0.00 0.08 0.07 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.07 0.02 0.05 0.01 0.04 0.06 0.05
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.11 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.04 0.10 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04
C4 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03
C5' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.07 0.04
C8 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04
N1 0.04 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.04
N2 0.07 0.00 0.11 0.10 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.14 0.12 0.04 0.07 0.01 0.06 0.07 0.06
N3 0.05 0.00 0.07 0.06 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.06 0.02 0.06 0.01 0.05 0.06 0.06
N7 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.08 0.14 0.09 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.08 0.05
O3' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.12 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.07 0.06 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.06 0.08 0.05
OP1 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01
OP2 0.02 0.06 0.05 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.05 0.04 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.06 0.06 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.14 0.06 0.14 0.10 0.07 0.03 0.09 0.09 0.09 0.11 0.07 0.07 0.06 0.06
C2 0.05 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.09 0.05 0.09 0.05 0.03 0.04 0.03 0.06 0.05 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09
C2' 0.12 0.10 0.10 0.09 0.12 0.09 0.15 0.07 0.14 0.12 0.10 0.07 0.11 0.08 0.12 0.12 0.06 0.05 0.04 0.05
C3' 0.09 0.08 0.08 0.07 0.11 0.07 0.14 0.05 0.13 0.10 0.09 0.05 0.08 0.07 0.11 0.10 0.05 0.05 0.04 0.04
C4 0.08 0.03 0.06 0.07 0.05 0.07 0.11 0.05 0.11 0.08 0.02 0.02 0.06 0.07 0.03 0.10 0.08 0.08 0.07 0.07
C4' 0.10 0.07 0.09 0.09 0.11 0.08 0.15 0.06 0.14 0.10 0.08 0.02 0.09 0.09 0.11 0.11 0.08 0.08 0.06 0.07
C5 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.07 0.02 0.08 0.05 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.07 0.05 0.06 0.04 0.05
C5' 0.10 0.07 0.09 0.09 0.11 0.09 0.15 0.06 0.14 0.10 0.07 0.02 0.09 0.10 0.10 0.11 0.08 0.09 0.07 0.08
C6 0.03 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.06 0.06 0.02 0.02 0.08 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04
C8 0.07 0.04 0.06 0.06 0.05 0.06 0.10 0.03 0.10 0.07 0.03 0.03 0.06 0.06 0.03 0.09 0.06 0.06 0.05 0.06
N1 0.04 0.05 0.02 0.00 0.06 0.02 0.06 0.00 0.07 0.04 0.07 0.06 0.02 0.02 0.09 0.06 0.04 0.06 0.04 0.05
N2 0.06 0.03 0.03 0.07 0.03 0.08 0.10 0.08 0.11 0.05 0.06 0.05 0.03 0.08 0.09 0.10 0.12 0.14 0.13 0.13
N3 0.09 0.04 0.07 0.08 0.06 0.08 0.12 0.07 0.12 0.08 0.02 0.02 0.07 0.09 0.03 0.11 0.10 0.11 0.09 0.10
N7 0.05 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.07 0.01 0.08 0.05 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.07 0.05 0.05 0.04 0.05
N9 0.09 0.05 0.07 0.08 0.07 0.08 0.12 0.05 0.12 0.09 0.05 0.03 0.07 0.08 0.06 0.11 0.08 0.08 0.06 0.07
O2' 0.14 0.14 0.12 0.11 0.15 0.11 0.16 0.09 0.15 0.14 0.15 0.12 0.14 0.10 0.15 0.14 0.05 0.04 0.03 0.04
O3' 0.07 0.06 0.05 0.04 0.09 0.05 0.11 0.03 0.10 0.07 0.07 0.04 0.06 0.05 0.10 0.07 0.03 0.04 0.03 0.03
O4' 0.10 0.07 0.09 0.10 0.10 0.09 0.15 0.07 0.14 0.10 0.07 0.03 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09 0.07 0.08
O5' 0.09 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.13 0.04 0.12 0.09 0.06 0.02 0.07 0.06 0.08 0.10 0.05 0.05 0.04 0.04
O6 0.04 0.07 0.06 0.05 0.08 0.04 0.06 0.06 0.06 0.05 0.09 0.08 0.05 0.06 0.11 0.04 0.05 0.07 0.06 0.06
OP1 0.09 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.12 0.04 0.12 0.09 0.06 0.02 0.07 0.06 0.08 0.10 0.05 0.05 0.04 0.04
OP2 0.09 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.12 0.05 0.12 0.09 0.06 0.03 0.08 0.06 0.06 0.11 0.05 0.05 0.04 0.04
P 0.09 0.06 0.07 0.06 0.09 0.07 0.13 0.04 0.12 0.09 0.06 0.03 0.07 0.06 0.07 0.10 0.05 0.05 0.04 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.01 0.06 0.06 0.04 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.06 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.10 0.10 0.10 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.10 0.08 0.09 0.10
C5' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.01 0.09 0.00 0.07 0.03 0.06 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03 0.05
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.07 0.01 0.01 0.09 0.09 0.08 0.09
O2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.07 0.08 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03
O4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.11 0.12 0.13 0.12
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.06 0.05
O5' 0.02 0.06 0.01 0.03 0.10 0.01 0.10 0.00 0.06 0.04 0.09 0.04 0.01 0.04 0.11 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.06 0.01 0.01 0.10 0.02 0.08 0.04 0.04 0.04 0.09 0.05 0.01 0.02 0.12 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.04 0.02 0.02 0.10 0.02 0.09 0.01 0.03 0.02 0.08 0.03 0.02 0.03 0.13 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.01 0.02 0.10 0.02 0.10 0.01 0.05 0.04 0.09 0.04 0.02 0.03 0.12 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00