ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52579

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 17, 26, 22, 7, 5, 7, 6, 3, 3, 4, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.015 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.008, 0.025, 0.041, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.018, 0.035, 0.053, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.014, 0.034, 0.055, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.034 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.013, 0.039, 0.065, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.039 std_dev=0.026
N2 A 0, 0.006, 0.035, 0.063, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.035 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.034, 0.067, 0.100, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.036, 0.074, 0.111, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.074 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.035, 0.079, 0.123, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.079 std_dev=0.044
C4 B 0, 0.127, 0.359, 0.590, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.359 std_dev=0.232
N3 B 0, 0.119, 0.354, 0.589, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.354 std_dev=0.235
O4 B 0, 0.123, 0.386, 0.648, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.386 std_dev=0.262
C2 B 0, 0.094, 0.397, 0.701, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.397 std_dev=0.303
C5 B 0, 0.129, 0.441, 0.754, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.441 std_dev=0.313
N1 B 0, 0.118, 0.440, 0.763, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.440 std_dev=0.323
C6 B 0, 0.145, 0.481, 0.816, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.481 std_dev=0.336
C2' A 0, -0.087, 0.270, 0.628, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.270 std_dev=0.358
O4' A 0, -0.121, 0.250, 0.620, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.250 std_dev=0.371
O2 B 0, 0.077, 0.482, 0.887, 2.050 max_d=2.050 avg_d=0.482 std_dev=0.405
C1' B 0, 0.099, 0.530, 0.961, 2.032 max_d=2.032 avg_d=0.530 std_dev=0.431
O2' A 0, -0.066, 0.376, 0.819, 2.192 max_d=2.192 avg_d=0.376 std_dev=0.443
C4' A 0, -0.165, 0.407, 0.980, 2.410 max_d=2.410 avg_d=0.407 std_dev=0.573
C3' A 0, -0.152, 0.433, 1.018, 2.426 max_d=2.426 avg_d=0.433 std_dev=0.585
O4' B 0, -0.003, 0.640, 1.282, 2.925 max_d=2.925 avg_d=0.640 std_dev=0.642
C2' B 0, 0.064, 0.743, 1.421, 3.962 max_d=3.962 avg_d=0.743 std_dev=0.679
C4' B 0, 0.050, 0.777, 1.504, 2.869 max_d=2.869 avg_d=0.777 std_dev=0.727
O5' A 0, -0.086, 0.669, 1.425, 3.167 max_d=3.167 avg_d=0.669 std_dev=0.756
C5' A 0, -0.184, 0.642, 1.469, 3.326 max_d=3.326 avg_d=0.642 std_dev=0.826
C3' B 0, -0.099, 0.733, 1.566, 4.711 max_d=4.711 avg_d=0.733 std_dev=0.832
O3' A 0, -0.213, 0.630, 1.473, 3.460 max_d=3.460 avg_d=0.630 std_dev=0.843
P A 0, -0.163, 0.911, 1.985, 4.556 max_d=4.556 avg_d=0.911 std_dev=1.074
O3' B 0, -0.211, 0.910, 2.032, 6.250 max_d=6.250 avg_d=0.910 std_dev=1.121
O2' B 0, -0.028, 1.102, 2.232, 5.341 max_d=5.341 avg_d=1.102 std_dev=1.130
C5' B 0, -0.138, 1.118, 2.373, 4.789 max_d=4.789 avg_d=1.118 std_dev=1.256
OP2 A 0, -0.280, 1.068, 2.415, 6.054 max_d=6.054 avg_d=1.068 std_dev=1.347
OP1 A 0, -0.260, 1.130, 2.521, 5.738 max_d=5.738 avg_d=1.130 std_dev=1.390
O5' B 0, -0.298, 1.245, 2.789, 5.982 max_d=5.982 avg_d=1.245 std_dev=1.544
P B 0, -0.498, 1.683, 3.865, 7.803 max_d=7.803 avg_d=1.683 std_dev=2.181
OP1 B 0, -0.339, 2.156, 4.651, 7.993 max_d=7.993 avg_d=2.156 std_dev=2.495
OP2 B 0, -0.549, 2.015, 4.578, 9.567 max_d=9.567 avg_d=2.015 std_dev=2.563

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.18 0.01 0.12 0.02 0.23 0.30 0.20
C2 0.04 0.00 0.21 0.12 0.01 0.14 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.28 0.23 0.26 0.02 0.70 0.61 0.48
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.12 0.02 0.08 0.12 0.12 0.10 0.18 0.24 0.20 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.23 0.11 0.25 0.35 0.27
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.11 0.01 0.17 0.02 0.17 0.21 0.14 0.13 0.10 0.21 0.11 0.02 0.01 0.02 0.10 0.20 0.13 0.15 0.09
C4 0.02 0.01 0.12 0.11 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.16 0.12 0.22 0.01 0.59 0.45 0.38
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.08 0.13 0.10 0.18 0.13 0.12 0.05 0.14 0.02 0.00 0.02 0.09 0.11 0.19 0.05
C5 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.11 0.06 0.24 0.01 0.70 0.42 0.40
C5' 0.06 0.25 0.12 0.02 0.17 0.01 0.17 0.00 0.20 0.15 0.23 0.29 0.22 0.16 0.10 0.07 0.11 0.02 0.01 0.21 0.20 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.17 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.14 0.11 0.26 0.01 0.80 0.49 0.46
C8 0.02 0.01 0.10 0.21 0.01 0.13 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.20 0.15 0.11 0.20 0.02 0.47 0.28 0.24
N1 0.03 0.01 0.18 0.14 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.18 0.21 0.18 0.27 0.02 0.78 0.58 0.50
N2 0.05 0.01 0.24 0.13 0.02 0.18 0.01 0.29 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.36 0.27 0.28 0.03 0.70 0.68 0.52
N3 0.04 0.01 0.20 0.10 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.28 0.22 0.24 0.02 0.59 0.56 0.43
N7 0.02 0.01 0.05 0.21 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.15 0.05 0.24 0.02 0.66 0.34 0.33
N9 0.01 0.02 0.02 0.11 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.10 0.01 0.16 0.02 0.42 0.32 0.26
O2' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.11 0.14 0.13 0.07 0.14 0.20 0.18 0.27 0.20 0.18 0.09 0.00 0.04 0.10 0.18 0.15 0.16 0.38 0.23
O3' 0.18 0.28 0.02 0.01 0.16 0.02 0.11 0.11 0.14 0.15 0.21 0.36 0.28 0.15 0.10 0.04 0.00 0.14 0.15 0.14 0.30 0.19 0.17
O4' 0.01 0.23 0.01 0.02 0.12 0.00 0.06 0.02 0.11 0.11 0.18 0.27 0.22 0.05 0.01 0.10 0.14 0.00 0.08 0.09 0.13 0.28 0.15
O5' 0.12 0.26 0.23 0.10 0.22 0.02 0.24 0.01 0.26 0.20 0.27 0.28 0.24 0.24 0.16 0.18 0.15 0.08 0.00 0.28 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.11 0.20 0.01 0.09 0.01 0.21 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.15 0.14 0.09 0.28 0.00 0.86 0.47 0.47
OP1 0.23 0.70 0.25 0.13 0.59 0.11 0.70 0.20 0.80 0.47 0.78 0.70 0.59 0.66 0.42 0.16 0.30 0.13 0.02 0.86 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.61 0.35 0.15 0.45 0.19 0.42 0.18 0.49 0.28 0.58 0.68 0.56 0.34 0.32 0.38 0.19 0.28 0.02 0.47 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.48 0.27 0.09 0.38 0.05 0.40 0.02 0.46 0.24 0.50 0.52 0.43 0.33 0.26 0.23 0.17 0.15 0.01 0.47 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.21 0.21 0.22 0.21 0.36 0.21 0.85 0.22 0.23 0.20 0.23 0.48 0.31 0.25 0.29 0.88 1.46 1.77 1.36
C2 0.19 0.20 0.20 0.25 0.13 0.32 0.13 0.57 0.14 0.17 0.17 0.24 0.43 0.21 0.15 0.28 0.54 1.19 1.13 0.83
C2' 0.31 0.26 0.19 0.31 0.31 0.44 0.35 0.92 0.35 0.31 0.27 0.23 0.36 0.28 0.32 0.37 1.02 1.77 1.95 1.57
C3' 0.33 0.29 0.45 0.65 0.20 0.77 0.22 1.34 0.26 0.29 0.23 0.38 0.49 0.47 0.19 0.58 1.45 2.03 2.33 1.98
C4 0.23 0.21 0.23 0.20 0.17 0.34 0.16 0.74 0.18 0.20 0.18 0.26 0.54 0.28 0.20 0.28 0.71 1.30 1.51 1.10
C4' 0.26 0.32 0.43 0.52 0.29 0.68 0.26 1.27 0.25 0.27 0.32 0.37 0.53 0.37 0.30 0.52 1.33 1.72 2.18 1.79
C5 0.24 0.22 0.27 0.19 0.16 0.35 0.15 0.78 0.17 0.20 0.17 0.27 0.62 0.31 0.18 0.29 0.73 1.31 1.56 1.13
C5' 0.32 0.38 0.53 0.60 0.37 0.78 0.34 1.41 0.33 0.34 0.39 0.42 0.67 0.49 0.38 0.59 1.47 1.78 2.25 1.90
C6 0.21 0.20 0.26 0.21 0.14 0.35 0.13 0.72 0.15 0.18 0.17 0.26 0.60 0.28 0.16 0.30 0.64 1.23 1.40 0.99
C8 0.30 0.25 0.30 0.19 0.20 0.37 0.20 0.90 0.22 0.25 0.20 0.29 0.67 0.40 0.22 0.28 0.90 1.48 1.84 1.39
N1 0.19 0.20 0.23 0.23 0.13 0.34 0.13 0.62 0.14 0.17 0.17 0.25 0.51 0.23 0.15 0.30 0.55 1.18 1.21 0.86
N2 0.20 0.22 0.20 0.29 0.16 0.31 0.15 0.46 0.17 0.19 0.21 0.25 0.35 0.23 0.15 0.29 0.50 1.19 0.91 0.75
N3 0.20 0.19 0.19 0.24 0.15 0.32 0.15 0.62 0.16 0.18 0.16 0.24 0.43 0.22 0.19 0.27 0.61 1.24 1.28 0.94
N7 0.27 0.24 0.31 0.19 0.17 0.37 0.17 0.87 0.20 0.23 0.19 0.28 0.69 0.38 0.19 0.29 0.84 1.41 1.75 1.29
N9 0.28 0.23 0.25 0.20 0.20 0.35 0.20 0.83 0.22 0.24 0.20 0.27 0.57 0.34 0.23 0.28 0.83 1.41 1.72 1.28
O2' 0.51 0.41 0.31 0.26 0.45 0.38 0.54 0.72 0.56 0.51 0.39 0.32 0.44 0.32 0.42 0.50 0.87 1.73 1.84 1.43
O3' 0.62 0.61 0.77 0.97 0.46 1.01 0.50 1.53 0.55 0.60 0.52 0.72 0.72 0.75 0.40 0.83 1.75 2.24 2.61 2.27
O4' 0.20 0.28 0.36 0.37 0.34 0.53 0.29 1.07 0.25 0.24 0.34 0.27 0.55 0.37 0.39 0.41 1.06 1.43 1.90 1.48
O5' 0.28 0.30 0.49 0.55 0.30 0.76 0.28 1.38 0.27 0.28 0.32 0.33 0.69 0.46 0.33 0.57 1.44 1.82 2.26 1.90
O6 0.21 0.21 0.29 0.21 0.14 0.37 0.14 0.74 0.15 0.18 0.17 0.27 0.65 0.30 0.15 0.32 0.64 1.22 1.42 0.99
OP1 0.46 0.46 0.64 0.62 0.53 0.76 0.50 1.30 0.46 0.45 0.51 0.45 0.91 0.70 0.60 0.63 1.34 1.67 2.09 1.76
OP2 0.69 0.69 0.86 0.96 0.72 1.22 0.73 1.77 0.72 0.71 0.70 0.66 0.89 0.77 0.72 1.07 1.75 1.97 2.47 2.10
P 0.42 0.44 0.63 0.66 0.48 0.87 0.47 1.45 0.44 0.43 0.47 0.43 0.84 0.61 0.51 0.70 1.49 1.77 2.25 1.89

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.17 0.02 0.01 0.29 0.51 0.16 0.28
C2 0.02 0.00 0.12 0.21 0.02 0.25 0.02 0.42 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.11 0.02 0.21 0.39 0.82 0.72 0.55
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.05 0.01 0.10 0.14 0.13 0.02 0.09 0.20 0.00 0.02 0.06 0.01 0.42 0.45 0.34 0.34
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.17 0.01 0.16 0.02 0.16 0.10 0.21 0.29 0.02 0.01 0.19 0.01 0.23 0.41 0.22 0.20
C4 0.02 0.02 0.05 0.17 0.00 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.09 0.00 0.04 0.53 1.17 0.41 0.70
C4' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.06 0.00 0.18 0.01 0.23 0.04 0.19 0.46 0.16 0.02 0.07 0.01 0.02 0.23 0.19 0.06
C5 0.01 0.02 0.10 0.16 0.01 0.18 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.10 0.02 0.16 0.82 1.34 0.55 1.00
C5' 0.06 0.42 0.14 0.02 0.17 0.01 0.37 0.00 0.43 0.11 0.35 0.80 0.07 0.13 0.18 0.02 0.01 0.30 0.29 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.16 0.01 0.23 0.01 0.43 0.00 0.01 0.02 0.02 0.21 0.09 0.02 0.21 0.85 1.19 0.54 0.95
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.08 0.01 0.02 0.43 0.80 0.23 0.48
N3 0.02 0.01 0.09 0.21 0.01 0.19 0.01 0.35 0.02 0.01 0.00 0.02 0.21 0.09 0.02 0.14 0.41 0.98 0.71 0.59
O2 0.04 0.01 0.20 0.29 0.02 0.46 0.02 0.80 0.02 0.02 0.02 0.00 0.34 0.17 0.04 0.39 0.69 0.94 1.18 0.90
O2' 0.02 0.22 0.00 0.02 0.17 0.16 0.21 0.07 0.21 0.10 0.21 0.34 0.00 0.05 0.19 0.10 0.38 0.45 0.42 0.33
O3' 0.17 0.11 0.02 0.01 0.09 0.02 0.10 0.13 0.09 0.08 0.09 0.17 0.05 0.00 0.11 0.12 0.23 0.48 0.25 0.26
O4 0.02 0.02 0.06 0.19 0.00 0.07 0.02 0.18 0.02 0.01 0.02 0.04 0.19 0.11 0.00 0.05 0.53 1.25 0.47 0.74
O4' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.04 0.01 0.16 0.02 0.21 0.02 0.14 0.39 0.10 0.12 0.05 0.00 0.22 0.54 0.18 0.26
O5' 0.29 0.39 0.42 0.23 0.53 0.02 0.82 0.01 0.85 0.43 0.41 0.69 0.38 0.23 0.53 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.51 0.82 0.45 0.41 1.17 0.23 1.34 0.30 1.19 0.80 0.98 0.94 0.45 0.48 1.25 0.54 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 0.72 0.34 0.22 0.41 0.19 0.55 0.29 0.54 0.23 0.71 1.18 0.42 0.25 0.47 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.55 0.34 0.20 0.70 0.06 1.00 0.02 0.95 0.48 0.59 0.90 0.33 0.26 0.74 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00