ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52580

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N7 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.015, 0.031, 0.048, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.015, 0.033, 0.051, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.033 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.019
C6 A 0, -0.002, 0.018, 0.039, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.018 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.008, 0.034, 0.060, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.034 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.014, 0.041, 0.068, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.041 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.002, 0.030, 0.057, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.030 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.028, 0.069, 0.110, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.069 std_dev=0.041
O6 A 0, 0.012, 0.053, 0.094, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.053 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.042, 0.159, 0.277, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.159 std_dev=0.117
C2' A 0, 0.067, 0.219, 0.372, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.219 std_dev=0.153
O2' A 0, 0.220, 0.408, 0.596, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.408 std_dev=0.188
C4' A 0, 0.061, 0.258, 0.454, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.258 std_dev=0.196
C3' A 0, 0.044, 0.281, 0.519, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.281 std_dev=0.238
O3' A 0, 0.107, 0.425, 0.743, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.425 std_dev=0.318
C5' A 0, 0.087, 0.428, 0.769, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.428 std_dev=0.341
O2 B 0, 0.487, 0.917, 1.347, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.917 std_dev=0.430
N3 B 0, 0.407, 0.873, 1.338, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.873 std_dev=0.465
C2 B 0, 0.428, 0.898, 1.368, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.898 std_dev=0.470
C4' B 0, 0.585, 1.056, 1.527, 1.508 max_d=1.508 avg_d=1.056 std_dev=0.471
C2' B 0, 0.547, 1.070, 1.593, 2.016 max_d=2.016 avg_d=1.070 std_dev=0.523
C1' B 0, 0.454, 0.997, 1.541, 1.884 max_d=1.884 avg_d=0.997 std_dev=0.543
C5' B 0, 0.542, 1.086, 1.630, 1.621 max_d=1.621 avg_d=1.086 std_dev=0.544
C4 B 0, 0.349, 0.906, 1.464, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.906 std_dev=0.558
O4 B 0, 0.410, 0.969, 1.528, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.969 std_dev=0.559
N1 B 0, 0.392, 0.953, 1.513, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.953 std_dev=0.560
C3' B 0, 0.599, 1.163, 1.728, 1.925 max_d=1.925 avg_d=1.163 std_dev=0.565
O4' B 0, 0.453, 1.037, 1.622, 1.960 max_d=1.960 avg_d=1.037 std_dev=0.584
C6 B 0, 0.292, 0.967, 1.641, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.967 std_dev=0.675
C5 B 0, 0.276, 0.963, 1.650, 1.993 max_d=1.993 avg_d=0.963 std_dev=0.687
O2' B 0, 0.350, 1.048, 1.745, 2.558 max_d=2.558 avg_d=1.048 std_dev=0.698
O5' B 0, 1.015, 1.873, 2.730, 2.944 max_d=2.944 avg_d=1.873 std_dev=0.858
P B 0, 0.724, 1.594, 2.463, 3.118 max_d=3.118 avg_d=1.594 std_dev=0.869
O3' B 0, 0.576, 1.478, 2.380, 3.099 max_d=3.099 avg_d=1.478 std_dev=0.902
O5' A 0, 0.069, 1.000, 1.932, 2.635 max_d=2.635 avg_d=1.000 std_dev=0.931
P A 0, 0.249, 1.197, 2.145, 2.813 max_d=2.813 avg_d=1.197 std_dev=0.948
OP2 B 0, 0.902, 1.912, 2.922, 3.475 max_d=3.475 avg_d=1.912 std_dev=1.010
OP2 A 0, 0.199, 1.237, 2.276, 2.857 max_d=2.857 avg_d=1.237 std_dev=1.038
OP1 A 0, 0.446, 1.487, 2.528, 3.112 max_d=3.112 avg_d=1.487 std_dev=1.041
OP1 B 0, 0.207, 1.420, 2.634, 4.324 max_d=4.324 avg_d=1.420 std_dev=1.214

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.10 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.25 0.06 0.25 0.21 0.22
C2 0.08 0.00 0.21 0.19 0.03 0.12 0.02 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.25 0.25 0.06 0.49 0.02 0.44 0.48 0.50
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.10 0.02 0.07 0.01 0.11 0.06 0.17 0.25 0.20 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.30 0.10 0.28 0.16 0.23
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.09 0.01 0.08 0.01 0.11 0.11 0.15 0.24 0.18 0.09 0.04 0.02 0.01 0.02 0.37 0.11 0.32 0.13 0.26
C4 0.04 0.03 0.10 0.09 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.02 0.55 0.04 0.48 0.45 0.52
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.09 0.08 0.16 0.12 0.08 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.08 0.16 0.32 0.03
C5 0.04 0.02 0.07 0.08 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.09 0.10 0.04 0.73 0.03 0.65 0.65 0.70
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.09 0.14 0.06 0.13 0.09 0.15 0.05 0.06 0.02 0.01 0.01 0.14 0.19 0.43 0.01
C6 0.05 0.01 0.11 0.11 0.03 0.06 0.01 0.09 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.14 0.14 0.04 0.74 0.01 0.69 0.73 0.74
C8 0.03 0.02 0.06 0.11 0.01 0.09 0.02 0.14 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.12 0.05 0.75 0.06 0.63 0.53 0.67
N1 0.07 0.01 0.17 0.15 0.03 0.08 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.21 0.21 0.05 0.63 0.02 0.58 0.62 0.63
N2 0.10 0.01 0.25 0.24 0.03 0.16 0.02 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.31 0.32 0.09 0.42 0.02 0.38 0.44 0.44
N3 0.08 0.01 0.20 0.18 0.01 0.12 0.02 0.09 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.22 0.22 0.06 0.42 0.03 0.37 0.37 0.41
N7 0.02 0.01 0.03 0.09 0.01 0.08 0.01 0.15 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.10 0.05 0.83 0.06 0.76 0.74 0.80
N9 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.52 0.05 0.44 0.35 0.46
O2' 0.02 0.25 0.01 0.02 0.11 0.06 0.09 0.06 0.14 0.05 0.21 0.31 0.22 0.03 0.02 0.00 0.03 0.05 0.08 0.13 0.22 0.17 0.07
O3' 0.02 0.25 0.02 0.01 0.11 0.01 0.10 0.02 0.14 0.12 0.21 0.32 0.22 0.10 0.04 0.03 0.00 0.02 0.27 0.14 0.28 0.16 0.18
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.09 0.06 0.05 0.01 0.05 0.02 0.00 0.13 0.06 0.19 0.30 0.11
O5' 0.25 0.49 0.30 0.37 0.55 0.02 0.73 0.01 0.74 0.75 0.63 0.42 0.42 0.83 0.52 0.08 0.27 0.13 0.00 0.83 0.01 0.01 0.00
O6 0.06 0.02 0.10 0.11 0.04 0.08 0.03 0.14 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.13 0.14 0.06 0.83 0.00 0.81 0.86 0.85
OP1 0.25 0.44 0.28 0.32 0.48 0.16 0.65 0.19 0.69 0.63 0.58 0.38 0.37 0.76 0.44 0.22 0.28 0.19 0.01 0.81 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.48 0.16 0.13 0.45 0.32 0.65 0.43 0.73 0.53 0.62 0.44 0.37 0.74 0.35 0.17 0.16 0.30 0.01 0.86 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.50 0.23 0.26 0.52 0.03 0.70 0.01 0.74 0.67 0.63 0.44 0.41 0.80 0.46 0.07 0.18 0.11 0.00 0.85 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.24 0.39 0.28 0.27 0.26 0.32 0.21 0.31 0.28 0.22 0.26 0.42 0.28 0.27 0.25 0.29 0.54 0.38 0.36
C2 0.18 0.19 0.14 0.20 0.11 0.17 0.13 0.28 0.12 0.15 0.15 0.26 0.21 0.28 0.14 0.25 0.27 0.34 0.22 0.29
C2' 0.24 0.15 0.30 0.18 0.17 0.24 0.24 0.19 0.24 0.19 0.11 0.25 0.37 0.34 0.19 0.23 0.21 0.54 0.36 0.30
C3' 0.25 0.17 0.30 0.19 0.13 0.31 0.17 0.27 0.17 0.16 0.11 0.30 0.45 0.46 0.17 0.27 0.14 0.56 0.40 0.25
C4 0.16 0.14 0.21 0.18 0.19 0.13 0.22 0.15 0.18 0.13 0.12 0.21 0.23 0.25 0.23 0.19 0.25 0.46 0.24 0.31
C4' 0.33 0.22 0.44 0.26 0.19 0.33 0.24 0.29 0.26 0.25 0.16 0.29 0.58 0.38 0.19 0.29 0.21 0.58 0.44 0.30
C5 0.16 0.14 0.19 0.16 0.16 0.13 0.19 0.18 0.15 0.12 0.11 0.22 0.23 0.26 0.20 0.20 0.23 0.47 0.21 0.30
C5' 0.33 0.21 0.44 0.26 0.17 0.37 0.21 0.33 0.23 0.23 0.14 0.30 0.62 0.43 0.19 0.31 0.19 0.59 0.46 0.29
C6 0.15 0.16 0.13 0.15 0.11 0.16 0.13 0.26 0.11 0.12 0.13 0.24 0.20 0.27 0.15 0.24 0.24 0.42 0.16 0.29
C8 0.25 0.19 0.33 0.23 0.25 0.21 0.29 0.17 0.27 0.22 0.18 0.23 0.37 0.30 0.27 0.22 0.27 0.56 0.34 0.36
N1 0.18 0.19 0.14 0.20 0.12 0.20 0.13 0.32 0.13 0.15 0.16 0.26 0.21 0.30 0.13 0.27 0.28 0.37 0.21 0.30
N2 0.25 0.26 0.21 0.26 0.18 0.25 0.19 0.37 0.21 0.24 0.24 0.31 0.31 0.34 0.17 0.31 0.33 0.28 0.30 0.33
N3 0.14 0.13 0.15 0.17 0.16 0.11 0.18 0.18 0.14 0.11 0.10 0.22 0.17 0.25 0.21 0.20 0.25 0.39 0.22 0.29
N7 0.20 0.15 0.25 0.18 0.20 0.17 0.23 0.16 0.20 0.16 0.13 0.22 0.30 0.28 0.23 0.20 0.24 0.53 0.27 0.33
N9 0.23 0.19 0.31 0.23 0.26 0.19 0.29 0.16 0.27 0.21 0.19 0.22 0.34 0.28 0.28 0.21 0.28 0.52 0.32 0.35
O2' 0.31 0.21 0.38 0.25 0.19 0.31 0.27 0.27 0.30 0.27 0.14 0.26 0.42 0.32 0.17 0.29 0.26 0.54 0.42 0.33
O3' 0.28 0.23 0.31 0.27 0.13 0.39 0.14 0.36 0.15 0.19 0.17 0.38 0.47 0.59 0.18 0.33 0.18 0.59 0.49 0.27
O4' 0.34 0.27 0.46 0.30 0.27 0.31 0.31 0.25 0.32 0.30 0.24 0.31 0.54 0.31 0.26 0.28 0.27 0.56 0.40 0.34
O5' 0.35 0.26 0.43 0.26 0.43 0.39 0.47 0.36 0.40 0.31 0.30 0.31 0.59 0.49 0.50 0.34 0.27 0.74 0.55 0.42
O6 0.16 0.17 0.13 0.16 0.11 0.19 0.12 0.29 0.11 0.13 0.14 0.25 0.20 0.28 0.15 0.26 0.25 0.43 0.15 0.30
OP1 0.45 0.32 0.59 0.40 0.41 0.50 0.45 0.47 0.41 0.36 0.32 0.38 0.80 0.53 0.47 0.41 0.37 0.77 0.65 0.47
OP2 0.33 0.19 0.36 0.28 0.29 0.45 0.32 0.41 0.25 0.21 0.16 0.34 0.55 0.57 0.40 0.41 0.16 0.62 0.48 0.29
P 0.34 0.24 0.43 0.25 0.41 0.38 0.44 0.35 0.37 0.28 0.28 0.28 0.60 0.45 0.48 0.33 0.24 0.71 0.53 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.08 0.03 0.01 0.03 0.07 0.02 0.26 0.05 0.01 0.16 0.10 0.16 0.16
C2 0.03 0.00 0.11 0.17 0.01 0.06 0.02 0.16 0.02 0.01 0.01 0.01 0.12 0.24 0.02 0.07 0.22 0.18 0.15 0.19
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.01 0.11 0.17 0.13 0.02 0.09 0.22 0.00 0.04 0.08 0.01 0.37 0.51 0.42 0.53
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.25 0.00 0.25 0.01 0.21 0.14 0.21 0.17 0.01 0.01 0.27 0.01 0.14 0.24 0.25 0.28
C4 0.03 0.01 0.07 0.25 0.00 0.12 0.01 0.25 0.02 0.03 0.01 0.02 0.23 0.21 0.01 0.05 0.29 0.31 0.29 0.34
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.12 0.00 0.13 0.00 0.12 0.06 0.09 0.07 0.22 0.02 0.14 0.01 0.01 0.12 0.13 0.08
C5 0.03 0.02 0.11 0.25 0.01 0.13 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.04 0.26 0.20 0.02 0.06 0.28 0.32 0.29 0.34
C5' 0.08 0.16 0.17 0.01 0.25 0.00 0.26 0.00 0.23 0.16 0.21 0.14 0.06 0.16 0.28 0.01 0.01 0.17 0.14 0.01
C6 0.03 0.02 0.13 0.21 0.02 0.12 0.00 0.23 0.00 0.00 0.02 0.04 0.23 0.16 0.03 0.08 0.24 0.24 0.20 0.24
N1 0.01 0.01 0.02 0.14 0.03 0.06 0.01 0.16 0.00 0.00 0.02 0.04 0.13 0.15 0.04 0.02 0.20 0.16 0.13 0.16
N3 0.03 0.01 0.09 0.21 0.01 0.09 0.01 0.21 0.02 0.02 0.00 0.03 0.17 0.22 0.03 0.06 0.26 0.24 0.22 0.26
O2 0.07 0.01 0.22 0.17 0.02 0.07 0.04 0.14 0.04 0.04 0.03 0.00 0.13 0.35 0.02 0.11 0.22 0.15 0.16 0.20
O2' 0.02 0.12 0.00 0.01 0.23 0.22 0.26 0.06 0.23 0.13 0.17 0.13 0.00 0.04 0.25 0.14 0.30 0.58 0.35 0.53
O3' 0.26 0.24 0.04 0.01 0.21 0.02 0.20 0.16 0.16 0.15 0.22 0.35 0.04 0.00 0.24 0.19 0.23 0.19 0.15 0.16
O4 0.05 0.02 0.08 0.27 0.01 0.14 0.02 0.28 0.03 0.04 0.03 0.02 0.25 0.24 0.00 0.05 0.32 0.35 0.36 0.40
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.06 0.11 0.14 0.19 0.05 0.00 0.11 0.29 0.18 0.11
O5' 0.16 0.22 0.37 0.14 0.29 0.01 0.28 0.01 0.24 0.20 0.26 0.22 0.30 0.23 0.32 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.10 0.18 0.51 0.24 0.31 0.12 0.32 0.17 0.24 0.16 0.24 0.15 0.58 0.19 0.35 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.15 0.42 0.25 0.29 0.13 0.29 0.14 0.20 0.13 0.22 0.16 0.35 0.15 0.36 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.19 0.53 0.28 0.34 0.08 0.34 0.01 0.24 0.16 0.26 0.20 0.53 0.16 0.40 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00