ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52581

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.011, 0.019, 0.028, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.019 std_dev=0.008
O6 A 0, 0.014, 0.025, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.025 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.014, 0.025, 0.035, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.016, 0.026, 0.037, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.012, 0.023, 0.035, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.016, 0.028, 0.039, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.028 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.016, 0.028, 0.040, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.028 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.013, 0.026, 0.038, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.021, 0.035, 0.050, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.035 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.025, 0.042, 0.059, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.042 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.030, 0.054, 0.078, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.054 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.125, 0.217, 0.310, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.217 std_dev=0.093
O2' A 0, 0.087, 0.187, 0.288, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.187 std_dev=0.101
C2' A 0, 0.137, 0.241, 0.345, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.241 std_dev=0.104
C3' A 0, 0.263, 0.450, 0.637, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.450 std_dev=0.187
C4' A 0, 0.271, 0.467, 0.663, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.467 std_dev=0.196
N3 B 0, 0.288, 0.503, 0.717, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.503 std_dev=0.215
C2 B 0, 0.309, 0.557, 0.805, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.557 std_dev=0.248
O2 B 0, 0.317, 0.572, 0.828, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.572 std_dev=0.255
C4 B 0, 0.361, 0.617, 0.873, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.617 std_dev=0.256
O4 B 0, 0.382, 0.660, 0.939, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.660 std_dev=0.279
O3' A 0, 0.410, 0.702, 0.995, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.702 std_dev=0.292
C5 B 0, 0.422, 0.721, 1.020, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.721 std_dev=0.299
N1 B 0, 0.381, 0.695, 1.010, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.695 std_dev=0.314
C6 B 0, 0.414, 0.741, 1.068, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.741 std_dev=0.327
C5' B 0, 0.202, 0.551, 0.900, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.551 std_dev=0.349
P B 0, 0.387, 0.737, 1.086, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.737 std_dev=0.349
C5' A 0, 0.490, 0.844, 1.197, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.844 std_dev=0.353
O5' A 0, 0.342, 0.698, 1.054, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.698 std_dev=0.356
OP2 B 0, 0.465, 0.828, 1.191, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.828 std_dev=0.363
O5' B 0, 0.394, 0.758, 1.122, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.758 std_dev=0.364
C4' B 0, 0.366, 0.741, 1.116, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.741 std_dev=0.375
O4' B 0, 0.362, 0.746, 1.131, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.746 std_dev=0.384
C1' B 0, 0.487, 0.883, 1.280, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.883 std_dev=0.396
OP1 B 0, 0.481, 0.922, 1.363, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.922 std_dev=0.441
C3' B 0, 0.566, 1.013, 1.460, 1.326 max_d=1.326 avg_d=1.013 std_dev=0.447
O3' B 0, 0.605, 1.065, 1.525, 1.421 max_d=1.421 avg_d=1.065 std_dev=0.460
P A 0, 0.553, 1.029, 1.505, 1.425 max_d=1.425 avg_d=1.029 std_dev=0.476
C2' B 0, 0.640, 1.119, 1.597, 1.452 max_d=1.452 avg_d=1.119 std_dev=0.478
O2' B 0, 0.705, 1.216, 1.727, 1.584 max_d=1.584 avg_d=1.216 std_dev=0.511
OP2 A 0, 0.719, 1.328, 1.937, 1.816 max_d=1.816 avg_d=1.328 std_dev=0.609
OP1 A 0, 0.739, 1.421, 2.103, 2.093 max_d=2.093 avg_d=1.421 std_dev=0.682

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.01 0.09 0.00 0.09 0.19 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.04 0.03 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.05 0.09 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.10 0.00 0.10 0.17 0.12
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.07 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.13 0.00 0.16 0.23 0.17
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.06 0.02 0.03 0.11 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.10 0.04 0.08 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.14 0.00 0.17 0.27 0.18
C8 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.16 0.17 0.16
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.01 0.11 0.00 0.13 0.24 0.15
N2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.05 0.01 0.07 0.01 0.06 0.17 0.10
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.01 0.07 0.00 0.07 0.15 0.09
N7 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.20 0.25 0.20
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.09 0.12 0.10
O2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.07 0.10 0.07 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.08 0.04 0.05 0.03 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.10 0.07 0.08 0.12 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.06 0.04
O5' 0.03 0.09 0.05 0.08 0.10 0.00 0.13 0.00 0.14 0.15 0.11 0.07 0.07 0.16 0.09 0.04 0.10 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.15 0.00 0.21 0.31 0.21
OP1 0.03 0.09 0.04 0.05 0.10 0.04 0.16 0.04 0.17 0.16 0.13 0.06 0.07 0.20 0.09 0.04 0.08 0.06 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.19 0.06 0.09 0.17 0.07 0.23 0.08 0.27 0.17 0.24 0.17 0.15 0.25 0.12 0.06 0.12 0.06 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.11 0.03 0.04 0.12 0.00 0.17 0.00 0.18 0.16 0.15 0.10 0.09 0.20 0.10 0.03 0.06 0.04 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.09 0.12 0.14 0.06 0.13 0.08 0.15 0.11 0.11 0.07 0.09 0.09 0.12 0.04 0.14 0.15 0.13 0.15 0.13
C2 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.08 0.09 0.14 0.09
C2' 0.12 0.08 0.12 0.13 0.06 0.13 0.10 0.16 0.12 0.11 0.06 0.10 0.10 0.11 0.04 0.15 0.15 0.13 0.13 0.12
C3' 0.19 0.09 0.16 0.18 0.07 0.20 0.13 0.23 0.16 0.15 0.06 0.08 0.13 0.15 0.04 0.23 0.20 0.19 0.15 0.17
C4 0.08 0.06 0.08 0.10 0.03 0.08 0.04 0.10 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.09 0.04 0.08 0.10 0.09 0.14 0.10
C4' 0.23 0.13 0.19 0.21 0.08 0.24 0.13 0.26 0.17 0.18 0.07 0.12 0.17 0.18 0.04 0.26 0.22 0.22 0.17 0.20
C5 0.08 0.06 0.09 0.10 0.03 0.08 0.03 0.10 0.05 0.06 0.04 0.07 0.07 0.10 0.04 0.08 0.10 0.09 0.14 0.10
C5' 0.26 0.14 0.23 0.24 0.07 0.28 0.12 0.29 0.18 0.19 0.07 0.15 0.22 0.22 0.03 0.30 0.25 0.26 0.19 0.22
C6 0.06 0.05 0.07 0.08 0.03 0.06 0.02 0.08 0.03 0.04 0.03 0.06 0.05 0.08 0.05 0.05 0.09 0.08 0.14 0.09
C8 0.13 0.09 0.13 0.14 0.04 0.13 0.06 0.14 0.09 0.10 0.06 0.09 0.11 0.13 0.04 0.13 0.14 0.12 0.14 0.12
N1 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.07 0.05 0.03 0.08 0.09 0.14 0.09
N2 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.07 0.10 0.15 0.10
N3 0.05 0.03 0.05 0.07 0.03 0.05 0.02 0.07 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.07 0.04 0.05 0.09 0.08 0.14 0.09
N7 0.11 0.08 0.11 0.12 0.03 0.11 0.04 0.12 0.07 0.09 0.05 0.09 0.09 0.12 0.04 0.11 0.12 0.10 0.14 0.11
N9 0.11 0.08 0.11 0.12 0.05 0.11 0.06 0.13 0.08 0.09 0.06 0.08 0.09 0.12 0.04 0.12 0.13 0.11 0.14 0.12
O2' 0.11 0.07 0.11 0.11 0.08 0.11 0.13 0.15 0.14 0.10 0.04 0.15 0.12 0.10 0.07 0.14 0.15 0.14 0.13 0.13
O3' 0.21 0.08 0.16 0.19 0.09 0.24 0.17 0.29 0.20 0.17 0.05 0.04 0.12 0.15 0.06 0.28 0.25 0.26 0.19 0.22
O4' 0.17 0.12 0.16 0.17 0.06 0.17 0.09 0.19 0.12 0.14 0.07 0.13 0.13 0.15 0.04 0.19 0.17 0.16 0.16 0.15
O5' 0.28 0.19 0.28 0.29 0.12 0.29 0.15 0.29 0.20 0.22 0.13 0.21 0.28 0.28 0.08 0.29 0.26 0.25 0.21 0.22
O6 0.06 0.05 0.07 0.08 0.03 0.06 0.02 0.07 0.03 0.04 0.03 0.06 0.06 0.09 0.05 0.05 0.08 0.08 0.14 0.09
OP1 0.36 0.22 0.37 0.38 0.13 0.40 0.18 0.40 0.25 0.28 0.14 0.25 0.39 0.38 0.07 0.39 0.34 0.36 0.27 0.31
OP2 0.28 0.16 0.26 0.27 0.09 0.30 0.11 0.30 0.16 0.20 0.10 0.19 0.28 0.26 0.12 0.31 0.24 0.24 0.18 0.21
P 0.27 0.16 0.26 0.27 0.08 0.29 0.11 0.29 0.17 0.20 0.09 0.19 0.27 0.26 0.07 0.29 0.24 0.25 0.18 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.04
C2 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.06 0.05 0.09 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.06 0.06 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01 0.11 0.11 0.14 0.11
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.02 0.12 0.12 0.14 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.09 0.09 0.10 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.05 0.08 0.06
N3 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.00 0.09 0.08 0.12 0.09
O2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.03 0.08 0.06
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.04 0.03
O3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.05 0.04 0.06 0.04 0.01 0.00 0.07 0.01 0.07 0.12 0.12 0.10
O4 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.12 0.13 0.16 0.13
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.06
O5' 0.02 0.06 0.01 0.04 0.11 0.00 0.12 0.00 0.09 0.06 0.09 0.05 0.03 0.07 0.12 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.05 0.03 0.06 0.11 0.03 0.12 0.02 0.09 0.05 0.08 0.03 0.07 0.12 0.13 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.09 0.04 0.06 0.14 0.02 0.14 0.01 0.10 0.08 0.12 0.08 0.04 0.12 0.16 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.02 0.04 0.11 0.01 0.12 0.00 0.09 0.06 0.09 0.06 0.03 0.10 0.13 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00