ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52586

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N9 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C8 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N2 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.010
O2' A 0, 0.022, 0.048, 0.074, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.048 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.009, 0.044, 0.079, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.044 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.022, 0.057, 0.093, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.057 std_dev=0.036
C3' A 0, 0.039, 0.096, 0.152, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.096 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.045, 0.102, 0.159, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.102 std_dev=0.057
O3' A 0, 0.059, 0.137, 0.215, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.137 std_dev=0.078
C5' A 0, 0.073, 0.172, 0.271, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.172 std_dev=0.099
O5' A 0, 0.065, 0.171, 0.277, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.171 std_dev=0.106
P A 0, 0.100, 0.241, 0.383, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.241 std_dev=0.141
OP2 A 0, 0.132, 0.280, 0.427, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.280 std_dev=0.147
OP1 A 0, 0.124, 0.288, 0.453, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.288 std_dev=0.164
OP1 B 0, 0.197, 0.403, 0.609, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.403 std_dev=0.206
N2 B 0, 0.214, 0.429, 0.643, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.429 std_dev=0.214
O5' B 0, 0.224, 0.453, 0.682, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.453 std_dev=0.229
C2 B 0, 0.228, 0.460, 0.691, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.460 std_dev=0.231
N1 B 0, 0.231, 0.463, 0.695, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.463 std_dev=0.232
P B 0, 0.230, 0.466, 0.702, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.466 std_dev=0.236
C6 B 0, 0.247, 0.497, 0.748, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.497 std_dev=0.251
O6 B 0, 0.254, 0.512, 0.769, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.512 std_dev=0.257
C5' B 0, 0.217, 0.480, 0.743, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.480 std_dev=0.263
N3 B 0, 0.241, 0.506, 0.770, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.506 std_dev=0.264
C5 B 0, 0.255, 0.533, 0.811, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.533 std_dev=0.278
C4 B 0, 0.251, 0.538, 0.825, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.538 std_dev=0.287
N7 B 0, 0.266, 0.581, 0.896, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.581 std_dev=0.315
N9 B 0, 0.257, 0.595, 0.933, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.595 std_dev=0.338
C8 B 0, 0.263, 0.615, 0.966, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.615 std_dev=0.351
C4' B 0, 0.229, 0.582, 0.935, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.582 std_dev=0.353
O4' B 0, 0.219, 0.572, 0.925, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.572 std_dev=0.353
OP2 B 0, 0.317, 0.697, 1.076, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.697 std_dev=0.379
C1' B 0, 0.251, 0.636, 1.022, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.636 std_dev=0.385
C3' B 0, 0.291, 0.705, 1.118, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.705 std_dev=0.414
C2' B 0, 0.294, 0.753, 1.212, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.753 std_dev=0.459
O3' B 0, 0.321, 0.785, 1.249, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.785 std_dev=0.464
O2' B 0, 0.294, 0.820, 1.346, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.820 std_dev=0.526

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02
N2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
N7 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02
O5' 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.04
OP1 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.07 0.07 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.09 0.10 0.07 0.08 0.10 0.09 0.08 0.07 0.10 0.08 0.11 0.07 0.17 0.08
C2 0.12 0.10 0.11 0.10 0.12 0.12 0.14 0.09 0.14 0.14 0.12 0.08 0.11 0.14 0.13 0.13 0.10 0.13 0.08 0.15 0.07 0.15 0.07
C2' 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.06 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.11 0.07 0.19 0.09
C3' 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.08 0.10 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.11 0.07 0.19 0.09
C4 0.12 0.11 0.11 0.10 0.12 0.12 0.14 0.10 0.15 0.13 0.13 0.08 0.11 0.14 0.12 0.12 0.10 0.13 0.08 0.16 0.07 0.16 0.07
C4' 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.05 0.05 0.07 0.07 0.10 0.06 0.17 0.08
C5 0.14 0.12 0.13 0.12 0.14 0.13 0.16 0.11 0.17 0.16 0.15 0.08 0.12 0.17 0.15 0.15 0.12 0.14 0.09 0.19 0.07 0.14 0.07
C5' 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.07 0.05 0.05 0.07 0.06 0.11 0.06 0.17 0.08
C6 0.15 0.12 0.15 0.14 0.15 0.14 0.18 0.11 0.18 0.18 0.15 0.08 0.13 0.19 0.16 0.16 0.14 0.15 0.09 0.21 0.07 0.13 0.06
C8 0.12 0.11 0.11 0.10 0.13 0.12 0.15 0.10 0.15 0.14 0.14 0.08 0.11 0.15 0.13 0.13 0.11 0.13 0.09 0.17 0.07 0.16 0.08
N1 0.14 0.11 0.14 0.13 0.15 0.14 0.17 0.11 0.17 0.17 0.14 0.09 0.12 0.18 0.15 0.15 0.13 0.15 0.09 0.19 0.07 0.13 0.06
N2 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.09 0.11 0.12 0.10 0.09 0.10 0.12 0.12 0.12 0.09 0.13 0.07 0.11 0.07 0.14 0.06
N3 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.11 0.12 0.09 0.13 0.12 0.12 0.07 0.10 0.12 0.11 0.11 0.08 0.12 0.08 0.13 0.07 0.16 0.07
N7 0.14 0.12 0.13 0.12 0.15 0.14 0.17 0.11 0.17 0.16 0.15 0.09 0.12 0.17 0.15 0.15 0.12 0.14 0.09 0.19 0.07 0.15 0.07
N9 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.11 0.13 0.09 0.14 0.12 0.13 0.08 0.10 0.13 0.11 0.11 0.09 0.12 0.08 0.14 0.07 0.16 0.08
O2' 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.19 0.09
O3' 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.09 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.10 0.07 0.19 0.09
O4' 0.08 0.08 0.06 0.06 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.06 0.09 0.07 0.10 0.06 0.17 0.08
O5' 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.07 0.09 0.06 0.10 0.08 0.09 0.07 0.06 0.09 0.07 0.05 0.05 0.07 0.07 0.11 0.07 0.18 0.09
O6 0.16 0.13 0.17 0.15 0.17 0.16 0.19 0.12 0.19 0.20 0.16 0.09 0.14 0.21 0.18 0.18 0.16 0.16 0.10 0.22 0.07 0.12 0.06
OP1 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.06 0.08 0.06 0.10 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.06 0.04 0.05 0.06 0.06 0.11 0.06 0.18 0.08
OP2 0.06 0.08 0.05 0.05 0.08 0.07 0.10 0.07 0.11 0.09 0.10 0.06 0.07 0.10 0.08 0.06 0.05 0.08 0.07 0.13 0.08 0.19 0.09
P 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.07 0.09 0.06 0.10 0.08 0.10 0.07 0.06 0.09 0.07 0.05 0.05 0.07 0.06 0.12 0.07 0.18 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.00 0.07 0.17 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.09 0.17 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.15 0.21 0.14
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.09 0.03 0.01 0.00 0.10 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.16 0.22 0.15
C8 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.13 0.00 0.15 0.18 0.15
N1 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.00 0.11 0.20 0.12
N2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.16 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.15 0.07
N7 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.13 0.00 0.19 0.22 0.18
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.08 0.14 0.10
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04 0.02
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03
O5' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.13 0.06 0.02 0.03 0.13 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.00 0.19 0.24 0.17
OP1 0.01 0.07 0.02 0.03 0.09 0.04 0.15 0.04 0.16 0.15 0.11 0.04 0.05 0.19 0.08 0.03 0.06 0.01 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.17 0.04 0.02 0.17 0.02 0.21 0.01 0.22 0.18 0.20 0.16 0.15 0.22 0.14 0.05 0.04 0.06 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.03 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.15 0.15 0.12 0.06 0.07 0.18 0.10 0.03 0.02 0.03 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00