ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52587

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.009, 0.030, 0.050, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.030 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.008, 0.030, 0.053, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.030 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.009, 0.036, 0.063, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.013, 0.045, 0.078, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.045 std_dev=0.033
N2 A 0, 0.018, 0.055, 0.092, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.055 std_dev=0.037
C4 A 0, 0.017, 0.058, 0.099, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.058 std_dev=0.041
N7 A 0, 0.001, 0.044, 0.087, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.044 std_dev=0.043
N9 A 0, 0.016, 0.060, 0.104, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.060 std_dev=0.044
O6 A 0, 0.019, 0.063, 0.108, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.063 std_dev=0.044
C8 A 0, 0.019, 0.086, 0.152, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.086 std_dev=0.066
C5 B 0, 0.204, 0.502, 0.799, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.502 std_dev=0.298
C6 B 0, 0.186, 0.495, 0.804, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.495 std_dev=0.309
N7 B 0, 0.222, 0.531, 0.841, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.531 std_dev=0.309
N1 B 0, 0.189, 0.512, 0.835, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.512 std_dev=0.323
C2' A 0, 0.151, 0.480, 0.808, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.480 std_dev=0.328
C4 B 0, 0.223, 0.570, 0.916, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.570 std_dev=0.347
C2 B 0, 0.201, 0.557, 0.914, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.557 std_dev=0.356
C8 B 0, 0.249, 0.609, 0.970, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.609 std_dev=0.361
O6 B 0, 0.186, 0.556, 0.925, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.556 std_dev=0.370
O2' A 0, 0.223, 0.610, 0.996, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.610 std_dev=0.386
N3 B 0, 0.217, 0.607, 0.997, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.607 std_dev=0.390
O4' A 0, 0.087, 0.483, 0.878, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.483 std_dev=0.396
N9 B 0, 0.257, 0.653, 1.049, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.653 std_dev=0.396
N2 B 0, 0.224, 0.632, 1.040, 1.108 max_d=1.108 avg_d=0.632 std_dev=0.408
C1' B 0, 0.291, 0.790, 1.290, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.790 std_dev=0.500
O4' B 0, 0.324, 0.860, 1.395, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.860 std_dev=0.535
C3' A 0, 0.208, 0.761, 1.313, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.761 std_dev=0.553
C4' A 0, 0.173, 0.742, 1.310, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.742 std_dev=0.569
O3' A 0, 0.297, 1.040, 1.783, 1.870 max_d=1.870 avg_d=1.040 std_dev=0.743
O5' A 0, 0.195, 0.957, 1.719, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.957 std_dev=0.762
C4' B 0, 0.346, 1.132, 1.919, 2.182 max_d=2.182 avg_d=1.132 std_dev=0.787
C5' A 0, 0.193, 1.179, 2.165, 2.391 max_d=2.391 avg_d=1.179 std_dev=0.986
C2' B 0, 0.209, 1.413, 2.616, 3.286 max_d=3.286 avg_d=1.413 std_dev=1.203
P A 0, 0.078, 1.365, 2.653, 3.246 max_d=3.246 avg_d=1.365 std_dev=1.288
C3' B 0, 0.165, 1.540, 2.916, 3.749 max_d=3.749 avg_d=1.540 std_dev=1.375
OP2 A 0, -0.020, 1.369, 2.757, 3.539 max_d=3.539 avg_d=1.369 std_dev=1.388
OP1 A 0, 0.167, 1.703, 3.239, 3.899 max_d=3.899 avg_d=1.703 std_dev=1.536
O2' B 0, 0.140, 1.739, 3.338, 4.304 max_d=4.304 avg_d=1.739 std_dev=1.599
C5' B 0, 0.008, 1.717, 3.426, 4.557 max_d=4.557 avg_d=1.717 std_dev=1.709
O3' B 0, -0.035, 1.917, 3.870, 5.179 max_d=5.179 avg_d=1.917 std_dev=1.952
O5' B 0, 0.158, 2.592, 5.026, 6.324 max_d=6.324 avg_d=2.592 std_dev=2.434
P B 0, -0.223, 3.380, 6.984, 9.222 max_d=9.222 avg_d=3.380 std_dev=3.603
OP1 B 0, 0.138, 4.076, 8.013, 9.982 max_d=9.982 avg_d=4.076 std_dev=3.938
OP2 B 0, -1.089, 3.109, 7.307, 10.336 max_d=10.336 avg_d=3.109 std_dev=4.198

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.20 0.01 0.23 0.21 0.10
C2 0.03 0.00 0.25 0.32 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.36 0.12 0.35 0.01 0.34 0.17 0.25
C2' 0.00 0.25 0.00 0.01 0.15 0.03 0.12 0.04 0.17 0.05 0.22 0.27 0.23 0.05 0.05 0.01 0.02 0.02 0.25 0.16 0.36 0.06 0.19
C3' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.25 0.01 0.26 0.05 0.32 0.10 0.34 0.33 0.28 0.19 0.14 0.03 0.00 0.01 0.32 0.33 0.46 0.13 0.27
C4 0.02 0.00 0.15 0.25 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.25 0.06 0.38 0.01 0.32 0.11 0.23
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.11 0.11 0.08 0.05 0.04 0.13 0.06 0.11 0.04 0.00 0.02 0.13 0.20 0.36 0.04
C5 0.01 0.00 0.12 0.26 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.28 0.03 0.47 0.01 0.35 0.15 0.31
C5' 0.03 0.10 0.04 0.05 0.10 0.01 0.16 0.00 0.17 0.15 0.14 0.10 0.08 0.18 0.09 0.11 0.07 0.02 0.01 0.21 0.22 0.47 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.32 0.01 0.11 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.36 0.05 0.49 0.01 0.38 0.23 0.35
C8 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.11 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.08 0.48 0.02 0.31 0.04 0.27
N1 0.02 0.00 0.22 0.34 0.00 0.08 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.39 0.09 0.43 0.01 0.37 0.22 0.31
N2 0.04 0.01 0.27 0.33 0.01 0.05 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.37 0.16 0.31 0.02 0.34 0.18 0.23
N3 0.03 0.00 0.23 0.28 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.29 0.12 0.31 0.01 0.31 0.13 0.20
N7 0.01 0.00 0.05 0.19 0.00 0.13 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.20 0.05 0.52 0.02 0.34 0.12 0.34
N9 0.00 0.01 0.05 0.14 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.36 0.01 0.29 0.09 0.19
O2' 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.11 0.04 0.11 0.04 0.06 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.01 0.10 0.06 0.05 0.20 0.25 0.07
O3' 0.01 0.36 0.02 0.00 0.25 0.04 0.28 0.07 0.36 0.10 0.39 0.37 0.29 0.20 0.13 0.01 0.00 0.03 0.15 0.38 0.44 0.22 0.21
O4' 0.00 0.12 0.02 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.05 0.08 0.09 0.16 0.12 0.05 0.00 0.10 0.03 0.00 0.06 0.03 0.11 0.40 0.11
O5' 0.20 0.35 0.25 0.32 0.38 0.02 0.47 0.01 0.49 0.48 0.43 0.31 0.31 0.52 0.36 0.06 0.15 0.06 0.00 0.53 0.02 0.05 0.01
O6 0.01 0.01 0.16 0.33 0.01 0.13 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.38 0.03 0.53 0.00 0.40 0.29 0.40
OP1 0.23 0.34 0.36 0.46 0.32 0.20 0.35 0.22 0.38 0.31 0.37 0.34 0.31 0.34 0.29 0.20 0.44 0.11 0.02 0.40 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.17 0.06 0.13 0.11 0.36 0.15 0.47 0.23 0.04 0.22 0.18 0.13 0.12 0.09 0.25 0.22 0.40 0.05 0.29 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.25 0.19 0.27 0.23 0.04 0.31 0.02 0.35 0.27 0.31 0.23 0.20 0.34 0.19 0.07 0.21 0.11 0.01 0.40 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.25 0.33 0.31 0.26 0.49 0.28 0.86 0.29 0.27 0.28 0.22 0.24 0.28 0.26 0.66 0.17 0.48 1.53 0.30 2.08 1.28 1.78
C2 0.29 0.20 0.24 0.31 0.28 0.33 0.32 0.29 0.31 0.33 0.23 0.13 0.23 0.35 0.30 0.20 0.27 0.35 0.67 0.35 1.40 0.30 0.60
C2' 0.06 0.03 0.07 0.52 0.02 0.64 0.03 1.04 0.08 0.00 0.06 0.06 0.04 0.04 0.03 0.44 0.38 0.55 1.74 0.13 2.23 1.53 1.99
C3' 0.13 0.08 0.20 0.64 0.06 0.71 0.04 1.18 0.08 0.04 0.06 0.13 0.10 0.05 0.08 0.51 0.51 0.56 1.89 0.15 2.36 1.90 2.24
C4 0.27 0.22 0.25 0.30 0.27 0.39 0.30 0.53 0.31 0.30 0.27 0.17 0.23 0.32 0.28 0.39 0.20 0.41 1.09 0.34 1.65 0.47 1.13
C4' 0.32 0.31 0.43 0.52 0.31 0.64 0.30 1.16 0.30 0.31 0.30 0.30 0.31 0.30 0.31 0.81 0.38 0.54 1.85 0.29 2.41 1.99 2.31
C5 0.27 0.22 0.23 0.30 0.27 0.38 0.30 0.49 0.31 0.31 0.26 0.17 0.23 0.33 0.28 0.33 0.21 0.40 1.03 0.34 1.62 0.37 1.05
C5' 0.33 0.32 0.47 0.59 0.32 0.69 0.32 1.24 0.31 0.32 0.32 0.32 0.32 0.32 0.33 0.85 0.46 0.56 1.94 0.31 2.55 2.23 2.48
C6 0.29 0.21 0.22 0.31 0.28 0.35 0.31 0.35 0.31 0.33 0.25 0.15 0.23 0.35 0.30 0.21 0.24 0.38 0.80 0.35 1.47 0.05 0.74
C8 0.25 0.23 0.26 0.32 0.26 0.46 0.29 0.75 0.30 0.28 0.27 0.20 0.23 0.30 0.26 0.52 0.17 0.46 1.39 0.33 1.95 1.03 1.58
N1 0.30 0.20 0.23 0.32 0.28 0.33 0.32 0.29 0.30 0.34 0.23 0.14 0.23 0.36 0.31 0.16 0.27 0.36 0.63 0.34 1.40 0.37 0.56
N2 0.30 0.18 0.24 0.34 0.28 0.33 0.31 0.30 0.29 0.34 0.20 0.11 0.22 0.36 0.31 0.15 0.32 0.33 0.48 0.33 1.38 0.72 0.50
N3 0.28 0.22 0.25 0.30 0.27 0.35 0.31 0.41 0.32 0.31 0.26 0.15 0.23 0.32 0.29 0.33 0.23 0.38 0.92 0.35 1.52 0.17 0.90
N7 0.26 0.22 0.23 0.31 0.26 0.42 0.29 0.62 0.30 0.30 0.26 0.18 0.22 0.31 0.27 0.41 0.18 0.43 1.21 0.34 1.79 0.71 1.32
N9 0.25 0.23 0.27 0.31 0.26 0.45 0.28 0.72 0.30 0.28 0.27 0.19 0.23 0.29 0.26 0.52 0.18 0.45 1.35 0.32 1.90 0.94 1.51
O2' 0.13 0.04 0.12 0.52 0.09 0.66 0.08 1.11 0.05 0.11 0.02 0.05 0.07 0.09 0.11 0.53 0.36 0.58 1.79 0.05 2.23 1.62 2.05
O3' 0.15 0.05 0.29 0.84 0.05 0.83 0.07 1.34 0.15 0.02 0.10 0.15 0.11 0.08 0.07 0.47 0.74 0.62 2.04 0.25 2.45 2.21 2.44
O4' 0.36 0.37 0.49 0.39 0.38 0.54 0.41 0.97 0.43 0.40 0.41 0.32 0.35 0.41 0.38 0.84 0.29 0.50 1.63 0.45 2.22 1.60 2.01
O5' 0.26 0.24 0.36 0.29 0.24 0.47 0.26 1.04 0.29 0.24 0.27 0.26 0.24 0.27 0.23 0.91 0.08 0.40 1.82 0.34 2.44 2.01 2.30
O6 0.29 0.21 0.22 0.32 0.28 0.35 0.32 0.33 0.30 0.34 0.24 0.15 0.23 0.36 0.31 0.17 0.25 0.38 0.74 0.34 1.44 0.15 0.67
OP1 0.20 0.24 0.23 0.74 0.25 0.88 0.30 1.50 0.33 0.28 0.30 0.21 0.21 0.31 0.24 0.60 0.55 0.73 2.25 0.37 2.83 2.72 2.84
OP2 0.12 0.13 0.15 0.48 0.09 0.62 0.06 1.12 0.08 0.05 0.10 0.18 0.14 0.05 0.08 0.66 0.35 0.52 1.93 0.11 2.52 2.05 2.34
P 0.19 0.21 0.28 0.39 0.20 0.57 0.24 1.14 0.28 0.22 0.25 0.20 0.19 0.25 0.19 0.81 0.19 0.47 1.92 0.34 2.53 2.20 2.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.28 0.00 0.53 0.46 0.25
C2 0.02 0.00 0.13 0.38 0.01 0.53 0.00 0.81 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.46 0.21 0.54 1.42 0.01 1.69 0.89 1.43
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.09 0.02 0.08 0.04 0.10 0.01 0.12 0.15 0.12 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.38 0.09 0.62 0.10 0.32
C3' 0.01 0.38 0.01 0.00 0.15 0.01 0.18 0.02 0.18 0.36 0.25 0.52 0.37 0.33 0.15 0.02 0.01 0.03 0.41 0.20 0.46 0.19 0.32
C4 0.01 0.01 0.09 0.15 0.00 0.20 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.09 0.27 0.69 0.00 1.09 0.29 0.55
C4' 0.02 0.53 0.02 0.01 0.20 0.00 0.07 0.01 0.15 0.38 0.36 0.70 0.50 0.28 0.08 0.11 0.05 0.00 0.00 0.09 0.17 0.15 0.04
C5 0.00 0.00 0.08 0.18 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.18 0.11 0.57 0.00 1.23 0.81 0.59
C5' 0.05 0.81 0.04 0.02 0.21 0.01 0.09 0.00 0.13 0.71 0.53 1.15 0.74 0.57 0.19 0.09 0.11 0.02 0.01 0.05 0.31 0.15 0.03
C6 0.00 0.00 0.10 0.18 0.00 0.15 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.17 0.23 0.73 0.00 1.34 0.49 0.65
C8 0.01 0.01 0.01 0.36 0.00 0.38 0.00 0.71 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.28 0.30 0.86 0.01 1.38 1.73 1.21
N1 0.01 0.00 0.12 0.25 0.00 0.36 0.01 0.53 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.15 0.41 1.12 0.00 1.53 0.41 1.08
N2 0.03 0.01 0.15 0.52 0.01 0.70 0.01 1.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.61 0.32 0.64 1.84 0.01 2.14 1.60 2.03
N3 0.02 0.00 0.12 0.37 0.01 0.50 0.00 0.74 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.44 0.19 0.53 1.26 0.01 1.44 0.69 1.19
N7 0.00 0.01 0.04 0.33 0.00 0.28 0.00 0.57 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.29 0.16 0.74 0.01 1.48 1.65 1.11
N9 0.00 0.02 0.04 0.15 0.01 0.08 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.12 0.01 0.45 0.01 0.90 0.81 0.52
O2' 0.01 0.46 0.00 0.02 0.17 0.11 0.06 0.09 0.14 0.28 0.32 0.61 0.44 0.20 0.06 0.00 0.07 0.10 0.10 0.09 0.29 0.09 0.10
O3' 0.03 0.21 0.04 0.01 0.09 0.05 0.18 0.11 0.17 0.28 0.15 0.32 0.19 0.29 0.12 0.07 0.00 0.02 0.19 0.22 0.20 0.53 0.26
O4' 0.01 0.54 0.01 0.03 0.27 0.00 0.11 0.02 0.23 0.30 0.41 0.64 0.53 0.16 0.01 0.10 0.02 0.00 0.06 0.16 0.24 0.48 0.13
O5' 0.28 1.42 0.38 0.41 0.69 0.00 0.57 0.01 0.73 0.86 1.12 1.84 1.26 0.74 0.45 0.10 0.19 0.06 0.00 0.66 0.01 0.02 0.00
O6 0.00 0.01 0.09 0.20 0.00 0.09 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.22 0.16 0.66 0.00 1.41 0.77 0.66
OP1 0.53 1.69 0.62 0.46 1.09 0.17 1.23 0.31 1.34 1.38 1.53 2.14 1.44 1.48 0.90 0.29 0.20 0.24 0.01 1.41 0.00 0.01 0.00
OP2 0.46 0.89 0.10 0.19 0.29 0.15 0.81 0.15 0.49 1.73 0.41 1.60 0.69 1.65 0.81 0.09 0.53 0.48 0.02 0.77 0.01 0.00 0.01
P 0.25 1.43 0.32 0.32 0.55 0.04 0.59 0.03 0.65 1.21 1.08 2.03 1.19 1.11 0.52 0.10 0.26 0.13 0.00 0.66 0.00 0.01 0.00