ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52589

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
O6 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N3 A 0, -0.001, 0.008, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C2 A 0, -0.002, 0.011, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.013
C1' A 0, -0.003, 0.011, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.001, 0.020, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.019
N2 A 0, -0.001, 0.031, 0.064, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.031 std_dev=0.033
C2' B 0, -0.058, 0.243, 0.544, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.243 std_dev=0.301
O3' B 0, -0.084, 0.328, 0.740, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.328 std_dev=0.412
O2' B 0, -0.095, 0.332, 0.758, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.332 std_dev=0.426
C1' B 0, -0.102, 0.344, 0.789, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.344 std_dev=0.445
C4 B 0, -0.129, 0.419, 0.967, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.419 std_dev=0.548
C3' B 0, -0.136, 0.453, 1.041, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.453 std_dev=0.589
N3 B 0, -0.142, 0.452, 1.046, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.452 std_dev=0.594
N1 B 0, -0.146, 0.477, 1.099, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.477 std_dev=0.623
N9 B 0, -0.164, 0.494, 1.151, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.494 std_dev=0.658
C2' A 0, -0.186, 0.485, 1.155, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.485 std_dev=0.670
O4' A 0, -0.191, 0.487, 1.166, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.487 std_dev=0.678
C2 B 0, -0.179, 0.543, 1.265, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.543 std_dev=0.722
O2' A 0, -0.201, 0.556, 1.312, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.556 std_dev=0.756
C6 B 0, -0.188, 0.584, 1.356, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.584 std_dev=0.772
C5 B 0, -0.209, 0.622, 1.454, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.622 std_dev=0.831
C4' B 0, -0.204, 0.637, 1.478, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.637 std_dev=0.841
O4' B 0, -0.215, 0.644, 1.503, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.644 std_dev=0.859
C4' A 0, -0.280, 0.723, 1.726, 2.141 max_d=2.141 avg_d=0.723 std_dev=1.003
O6 B 0, -0.251, 0.757, 1.764, 2.181 max_d=2.181 avg_d=0.757 std_dev=1.007
C3' A 0, -0.298, 0.778, 1.855, 2.301 max_d=2.301 avg_d=0.778 std_dev=1.077
N2 B 0, -0.301, 0.834, 1.968, 2.438 max_d=2.438 avg_d=0.834 std_dev=1.134
C8 B 0, -0.305, 0.834, 1.972, 2.443 max_d=2.443 avg_d=0.834 std_dev=1.138
N7 B 0, -0.334, 0.919, 2.173, 2.692 max_d=2.692 avg_d=0.919 std_dev=1.254
O3' A 0, -0.413, 1.064, 2.541, 3.153 max_d=3.153 avg_d=1.064 std_dev=1.477
C5' B 0, -0.376, 1.105, 2.587, 3.199 max_d=3.199 avg_d=1.105 std_dev=1.482
C5' A 0, -0.497, 1.253, 3.003, 3.727 max_d=3.727 avg_d=1.253 std_dev=1.750
O5' B 0, -0.471, 1.317, 3.105, 3.845 max_d=3.845 avg_d=1.317 std_dev=1.788
O5' A 0, -0.598, 1.474, 3.546, 4.404 max_d=4.404 avg_d=1.474 std_dev=2.072
P B 0, -0.779, 2.076, 4.931, 6.113 max_d=6.113 avg_d=2.076 std_dev=2.855
P A 0, -0.824, 2.056, 4.935, 6.128 max_d=6.128 avg_d=2.056 std_dev=2.879
OP2 B 0, -0.804, 2.161, 5.125, 6.352 max_d=6.352 avg_d=2.161 std_dev=2.964
OP1 A 0, -0.851, 2.119, 5.090, 6.320 max_d=6.320 avg_d=2.119 std_dev=2.971
OP1 B 0, -0.852, 2.299, 5.449, 6.753 max_d=6.753 avg_d=2.299 std_dev=3.150
OP2 A 0, -1.046, 2.591, 6.227, 7.733 max_d=7.733 avg_d=2.591 std_dev=3.636

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.00 0.18 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.37 0.30 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.34 0.41 0.25 0.56 0.00 0.64 0.58 0.55
C2' 0.00 0.37 0.00 0.00 0.18 0.01 0.07 0.02 0.15 0.21 0.27 0.44 0.36 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.10 0.17 0.24 0.00
C3' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.14 0.01 0.07 0.03 0.14 0.19 0.24 0.36 0.27 0.10 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.11 0.19 0.37 0.03
C4 0.01 0.00 0.18 0.14 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.17 0.13 0.35 0.00 0.46 0.20 0.27
C4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.11 0.23 0.01
C5 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.05 0.27 0.00 0.46 0.04 0.16
C5' 0.00 0.13 0.02 0.03 0.07 0.01 0.03 0.00 0.05 0.07 0.10 0.17 0.12 0.05 0.01 0.05 0.07 0.01 0.00 0.03 0.20 0.34 0.01
C6 0.01 0.00 0.15 0.14 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.17 0.10 0.37 0.00 0.55 0.21 0.27
C8 0.01 0.00 0.21 0.19 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.24 0.15 0.04 0.01 0.20 0.45 0.21
N1 0.02 0.00 0.27 0.24 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.32 0.19 0.50 0.00 0.64 0.47 0.46
N2 0.03 0.00 0.44 0.36 0.01 0.06 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.43 0.52 0.31 0.66 0.01 0.71 0.77 0.68
N3 0.02 0.00 0.36 0.27 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.33 0.36 0.24 0.50 0.00 0.56 0.48 0.47
N7 0.00 0.00 0.12 0.10 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.15 0.08 0.06 0.01 0.30 0.34 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.00 0.30 0.08 0.05
O2' 0.01 0.34 0.00 0.02 0.15 0.05 0.05 0.05 0.12 0.17 0.24 0.43 0.33 0.11 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.07 0.03 0.21 0.05
O3' 0.00 0.41 0.01 0.00 0.17 0.04 0.07 0.07 0.17 0.24 0.32 0.52 0.36 0.15 0.01 0.02 0.00 0.02 0.10 0.13 0.08 0.47 0.10
O4' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.13 0.00 0.05 0.01 0.10 0.15 0.19 0.31 0.24 0.08 0.01 0.03 0.02 0.00 0.10 0.06 0.14 0.03 0.04
O5' 0.11 0.56 0.04 0.00 0.35 0.00 0.27 0.00 0.37 0.04 0.50 0.66 0.50 0.06 0.17 0.04 0.10 0.10 0.00 0.32 0.02 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.10 0.11 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.13 0.06 0.32 0.00 0.54 0.12 0.21
OP1 0.18 0.64 0.17 0.19 0.46 0.11 0.46 0.20 0.55 0.20 0.64 0.71 0.56 0.30 0.30 0.03 0.08 0.14 0.02 0.54 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.58 0.24 0.37 0.20 0.23 0.04 0.34 0.21 0.45 0.47 0.77 0.48 0.34 0.08 0.21 0.47 0.03 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.55 0.00 0.03 0.27 0.01 0.16 0.01 0.27 0.21 0.46 0.68 0.47 0.12 0.05 0.05 0.10 0.04 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.28 0.15 0.07 0.18 0.10 0.30 0.15 0.43 0.18 0.44 0.26 0.14 0.27 0.12 0.21 0.16 0.16 0.04 0.51 0.33 0.55 0.05
C2 0.19 0.15 0.15 0.19 0.17 0.22 0.12 0.35 0.06 0.15 0.08 0.16 0.18 0.11 0.18 0.08 0.16 0.22 0.53 0.03 1.21 0.06 0.69
C2' 0.51 0.37 0.69 0.58 0.35 0.37 0.19 0.27 0.05 0.28 0.12 0.51 0.47 0.17 0.39 0.79 0.68 0.32 0.35 0.09 0.64 0.23 0.25
C3' 0.67 0.49 0.82 0.73 0.49 0.57 0.32 0.47 0.18 0.42 0.25 0.61 0.61 0.30 0.54 0.92 0.83 0.53 0.55 0.03 0.80 0.03 0.41
C4 0.11 0.02 0.16 0.14 0.01 0.08 0.11 0.12 0.22 0.04 0.16 0.11 0.08 0.12 0.04 0.16 0.17 0.05 0.25 0.34 0.81 0.38 0.30
C4' 0.22 0.05 0.38 0.30 0.04 0.15 0.09 0.08 0.22 0.04 0.21 0.04 0.08 0.07 0.11 0.45 0.40 0.11 0.18 0.32 0.44 0.28 0.10
C5 0.12 0.11 0.15 0.13 0.04 0.10 0.08 0.14 0.16 0.04 0.06 0.24 0.14 0.12 0.05 0.16 0.15 0.08 0.27 0.31 0.88 0.44 0.31
C5' 0.27 0.01 0.37 0.33 0.08 0.23 0.04 0.19 0.17 0.08 0.15 0.03 0.13 0.03 0.15 0.44 0.42 0.21 0.30 0.28 0.57 0.19 0.21
C6 0.16 0.21 0.14 0.15 0.12 0.18 0.02 0.27 0.03 0.03 0.08 0.31 0.21 0.03 0.11 0.12 0.14 0.17 0.41 0.16 1.12 0.32 0.50
C8 0.04 0.03 0.15 0.09 0.08 0.03 0.23 0.06 0.33 0.16 0.23 0.11 0.03 0.26 0.06 0.22 0.16 0.07 0.05 0.46 0.52 0.65 0.01
N1 0.20 0.22 0.13 0.18 0.18 0.23 0.11 0.37 0.08 0.12 0.15 0.28 0.23 0.08 0.17 0.08 0.14 0.24 0.54 0.02 1.28 0.14 0.68
N2 0.23 0.17 0.14 0.23 0.26 0.30 0.28 0.48 0.26 0.29 0.20 0.10 0.21 0.30 0.26 0.02 0.16 0.30 0.69 0.25 1.43 0.18 0.93
N3 0.14 0.01 0.17 0.17 0.07 0.14 0.02 0.21 0.13 0.06 0.14 0.03 0.10 0.01 0.10 0.13 0.17 0.12 0.37 0.23 0.96 0.18 0.49
N7 0.08 0.07 0.15 0.10 0.02 0.04 0.16 0.04 0.24 0.12 0.12 0.22 0.10 0.21 0.01 0.19 0.15 0.01 0.15 0.39 0.70 0.60 0.13
N9 0.05 0.10 0.16 0.10 0.09 0.02 0.22 0.03 0.33 0.13 0.29 0.00 0.01 0.22 0.05 0.20 0.17 0.06 0.09 0.45 0.55 0.53 0.08
O2' 0.40 0.14 0.68 0.51 0.21 0.22 0.05 0.06 0.10 0.17 0.08 0.19 0.30 0.06 0.27 0.81 0.65 0.12 0.13 0.22 0.33 0.35 0.03
O3' 0.98 0.72 1.16 1.04 0.75 0.87 0.54 0.72 0.38 0.67 0.45 0.84 0.88 0.52 0.81 1.30 1.17 0.82 0.76 0.20 0.90 0.19 0.55
O4' 0.14 0.43 0.01 0.05 0.31 0.19 0.40 0.23 0.52 0.28 0.55 0.46 0.29 0.37 0.23 0.06 0.03 0.24 0.11 0.59 0.23 0.56 0.12
O5' 0.11 0.43 0.01 0.04 0.32 0.12 0.44 0.14 0.57 0.30 0.58 0.44 0.29 0.41 0.23 0.04 0.04 0.14 0.03 0.67 0.25 0.46 0.07
O6 0.17 0.25 0.13 0.15 0.14 0.19 0.04 0.30 0.01 0.03 0.14 0.37 0.24 0.03 0.12 0.11 0.13 0.20 0.44 0.12 1.19 0.35 0.52
OP1 0.08 0.31 0.18 0.16 0.19 0.10 0.35 0.06 0.51 0.17 0.50 0.31 0.14 0.32 0.08 0.27 0.27 0.07 0.14 0.64 0.38 0.31 0.05
OP2 0.08 0.27 0.13 0.10 0.23 0.04 0.33 0.02 0.42 0.24 0.39 0.24 0.18 0.33 0.18 0.13 0.09 0.01 0.16 0.50 0.54 0.31 0.15
P 0.14 0.40 0.09 0.10 0.31 0.14 0.41 0.14 0.52 0.30 0.51 0.40 0.28 0.39 0.24 0.07 0.05 0.13 0.01 0.60 0.30 0.43 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.14 0.01 0.22 0.12 0.24
C2 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.04 0.07 0.36 0.01 0.84 0.10 0.43
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.06 0.01 0.07 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.05 0.37 0.31
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.07 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.14 0.52 0.27
C4 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.05 0.34 0.00 0.76 0.06 0.46
C4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.09 0.09 0.07 0.03 0.03 0.10 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.11 0.19 0.38 0.08
C5 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.09 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.42 0.00 1.03 0.11 0.59
C5' 0.05 0.17 0.04 0.04 0.18 0.01 0.25 0.00 0.27 0.22 0.23 0.14 0.13 0.27 0.15 0.03 0.02 0.02 0.01 0.30 0.29 0.45 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.09 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.00 0.07 0.45 0.00 1.16 0.15 0.62
C8 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.34 0.00 0.79 0.01 0.57
N1 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.07 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.02 0.08 0.42 0.01 1.05 0.14 0.54
N2 0.01 0.00 0.08 0.02 0.01 0.03 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.05 0.07 0.33 0.01 0.78 0.10 0.38
N3 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.03 0.06 0.30 0.00 0.67 0.06 0.37
N7 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.10 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.42 0.00 1.07 0.09 0.67
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.28 0.00 0.58 0.01 0.42
O2' 0.00 0.14 0.00 0.02 0.09 0.02 0.09 0.03 0.12 0.01 0.14 0.16 0.12 0.04 0.03 0.00 0.04 0.05 0.07 0.11 0.07 0.45 0.25
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.00 0.04 0.04 0.01 0.39 0.72 0.22
O4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.07 0.01 0.08 0.07 0.06 0.04 0.02 0.05 0.04 0.00 0.07 0.08 0.07 0.04 0.05
O5' 0.14 0.36 0.08 0.02 0.34 0.01 0.42 0.01 0.45 0.34 0.42 0.33 0.30 0.42 0.28 0.07 0.04 0.07 0.00 0.48 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.04 0.00 0.11 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.01 0.08 0.48 0.00 1.32 0.19 0.68
OP1 0.22 0.84 0.05 0.14 0.76 0.19 1.03 0.29 1.16 0.79 1.05 0.78 0.67 1.07 0.58 0.07 0.39 0.07 0.01 1.32 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.10 0.37 0.52 0.06 0.38 0.11 0.45 0.15 0.01 0.14 0.10 0.06 0.09 0.01 0.45 0.72 0.04 0.01 0.19 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.43 0.31 0.27 0.46 0.08 0.59 0.01 0.62 0.57 0.54 0.38 0.37 0.67 0.42 0.25 0.22 0.05 0.00 0.68 0.00 0.00 0.00