ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52593

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 15, 14, 14, 4, 3, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.002, 0.017, 0.031, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C1' A 0, -0.003, 0.014, 0.030, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.014 std_dev=0.017
C2 A 0, -0.006, 0.011, 0.029, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.011 std_dev=0.017
N3 A 0, -0.003, 0.015, 0.032, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.015 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.032 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.010, 0.035, 0.061, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.035 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.003, 0.029, 0.054, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.029 std_dev=0.026
N2 A 0, -0.003, 0.023, 0.049, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.023 std_dev=0.026
C3' A 0, 0.018, 0.098, 0.179, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.098 std_dev=0.080
C2' A 0, -0.026, 0.076, 0.178, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.076 std_dev=0.102
O4' A 0, -0.046, 0.060, 0.166, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.060 std_dev=0.106
O3' A 0, 0.023, 0.129, 0.236, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.129 std_dev=0.106
C6 B 0, 0.106, 0.227, 0.347, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.227 std_dev=0.121
C4' A 0, -0.025, 0.099, 0.224, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.099 std_dev=0.125
N6 B 0, 0.121, 0.247, 0.373, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.247 std_dev=0.126
N1 B 0, 0.074, 0.202, 0.330, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.202 std_dev=0.128
C5 B 0, 0.118, 0.276, 0.434, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.276 std_dev=0.158
C4 B 0, 0.110, 0.285, 0.460, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.285 std_dev=0.175
C2 B 0, 0.043, 0.224, 0.405, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.224 std_dev=0.181
O2' A 0, -0.061, 0.121, 0.304, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.121 std_dev=0.183
N3 B 0, 0.064, 0.264, 0.463, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.264 std_dev=0.200
N7 B 0, 0.150, 0.354, 0.557, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.354 std_dev=0.204
N9 B 0, 0.143, 0.349, 0.555, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.349 std_dev=0.206
C5' A 0, -0.061, 0.154, 0.368, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.154 std_dev=0.214
C8 B 0, 0.167, 0.391, 0.615, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.391 std_dev=0.224
C1' B 0, 0.132, 0.371, 0.610, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.371 std_dev=0.239
O5' A 0, -0.067, 0.173, 0.412, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.173 std_dev=0.239
O4' B 0, 0.082, 0.366, 0.650, 1.885 max_d=1.885 avg_d=0.366 std_dev=0.284
OP2 A 0, -0.062, 0.308, 0.679, 2.831 max_d=2.831 avg_d=0.308 std_dev=0.370
P A 0, -0.154, 0.227, 0.607, 2.925 max_d=2.925 avg_d=0.227 std_dev=0.381
C4' B 0, -0.046, 0.370, 0.786, 3.087 max_d=3.087 avg_d=0.370 std_dev=0.416
O3' B 0, -0.073, 0.410, 0.893, 3.586 max_d=3.586 avg_d=0.410 std_dev=0.483
OP1 A 0, -0.245, 0.251, 0.748, 3.794 max_d=3.794 avg_d=0.251 std_dev=0.496
C3' B 0, -0.140, 0.390, 0.921, 4.006 max_d=4.006 avg_d=0.390 std_dev=0.530
C2' B 0, -0.131, 0.416, 0.964, 4.184 max_d=4.184 avg_d=0.416 std_dev=0.547
O2' B 0, -0.278, 0.505, 1.287, 6.047 max_d=6.047 avg_d=0.505 std_dev=0.783
C5' B 0, -0.378, 0.406, 1.189, 5.979 max_d=5.979 avg_d=0.406 std_dev=0.784
O5' B 0, -0.530, 0.392, 1.314, 7.059 max_d=7.059 avg_d=0.392 std_dev=0.922
OP2 B 0, -0.779, 0.384, 1.548, 8.890 max_d=8.890 avg_d=0.384 std_dev=1.164
P B 0, -0.883, 0.335, 1.553, 9.255 max_d=9.255 avg_d=0.335 std_dev=1.218
OP1 B 0, -0.979, 0.391, 1.761, 10.402 max_d=10.402 avg_d=0.391 std_dev=1.370

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.05
C2 0.04 0.00 0.06 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.05 0.07 0.06 0.01 0.07 0.09 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.08 0.06 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.10 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.09 0.07
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04 0.08 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.07 0.01 0.07 0.10 0.08
C5' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03 0.07 0.00 0.08 0.11 0.09
C8 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.05 0.08 0.02 0.07 0.11 0.07
N1 0.03 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.05 0.05 0.07 0.01 0.08 0.10 0.09
N2 0.04 0.00 0.07 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.07 0.09 0.07 0.01 0.08 0.09 0.09
N3 0.04 0.01 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.05 0.07 0.06 0.01 0.07 0.09 0.08
N7 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.04 0.04 0.09 0.02 0.08 0.11 0.08
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.09 0.06
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.07 0.07 0.09 0.14 0.10 0.07 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.09 0.07 0.06
O3' 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.03 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.10 0.05 0.04
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.09 0.07 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.06 0.08 0.06
O5' 0.03 0.06 0.04 0.04 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.05 0.05 0.03 0.04 0.00 0.09 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.04 0.03 0.09 0.00 0.10 0.12 0.09
OP1 0.05 0.07 0.08 0.10 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.09 0.10 0.06 0.02 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.09 0.06 0.05 0.09 0.02 0.10 0.02 0.11 0.11 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.07 0.05 0.08 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.09 0.05 0.04 0.07 0.02 0.08 0.01 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.06 0.06 0.04 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.09 0.23 0.29 0.09 0.40 0.10 0.78 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.09 0.11 0.08 0.24 0.79 0.98 1.01 1.04
C2 0.06 0.10 0.09 0.13 0.06 0.26 0.06 0.57 0.07 0.06 0.07 0.09 0.10 0.07 0.06 0.17 0.11 0.17 0.48 0.56 0.76 0.68
C2' 0.12 0.15 0.34 0.39 0.13 0.44 0.12 0.82 0.13 0.11 0.15 0.14 0.14 0.12 0.12 0.19 0.10 0.26 0.85 1.11 1.15 1.16
C3' 0.09 0.12 0.32 0.38 0.09 0.42 0.08 0.79 0.10 0.07 0.12 0.11 0.10 0.07 0.08 0.17 0.10 0.22 0.88 1.19 1.13 1.20
C4 0.06 0.06 0.15 0.21 0.06 0.34 0.08 0.70 0.08 0.08 0.07 0.06 0.11 0.09 0.07 0.14 0.09 0.22 0.66 0.81 0.91 0.89
C4' 0.10 0.10 0.15 0.23 0.09 0.33 0.10 0.72 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.13 0.12 0.17 0.84 1.14 0.98 1.09
C5 0.06 0.07 0.13 0.19 0.06 0.34 0.07 0.70 0.08 0.08 0.07 0.07 0.10 0.09 0.07 0.17 0.11 0.22 0.67 0.85 0.92 0.90
C5' 0.12 0.11 0.11 0.18 0.11 0.29 0.11 0.67 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.12 0.12 0.18 0.18 0.15 0.83 1.22 0.96 1.10
C6 0.06 0.09 0.09 0.15 0.06 0.30 0.07 0.65 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08 0.06 0.20 0.12 0.20 0.60 0.75 0.85 0.82
C8 0.09 0.07 0.18 0.25 0.08 0.39 0.09 0.78 0.09 0.10 0.09 0.07 0.11 0.10 0.09 0.14 0.11 0.25 0.80 1.04 1.01 1.05
N1 0.06 0.10 0.08 0.12 0.07 0.27 0.07 0.59 0.07 0.07 0.08 0.09 0.10 0.07 0.07 0.20 0.12 0.18 0.51 0.61 0.78 0.71
N2 0.09 0.13 0.08 0.11 0.09 0.22 0.07 0.49 0.08 0.07 0.10 0.12 0.09 0.07 0.08 0.17 0.13 0.15 0.37 0.40 0.65 0.54
N3 0.05 0.07 0.13 0.18 0.05 0.30 0.07 0.63 0.08 0.06 0.07 0.07 0.11 0.07 0.06 0.13 0.09 0.19 0.56 0.66 0.82 0.77
N7 0.08 0.07 0.15 0.22 0.07 0.37 0.08 0.75 0.08 0.09 0.07 0.07 0.11 0.10 0.08 0.16 0.11 0.24 0.75 0.98 0.98 1.00
N9 0.08 0.07 0.19 0.25 0.08 0.38 0.09 0.76 0.10 0.10 0.09 0.07 0.12 0.10 0.09 0.13 0.09 0.24 0.75 0.95 0.98 1.00
O2' 0.22 0.27 0.47 0.49 0.23 0.49 0.22 0.84 0.22 0.21 0.25 0.26 0.21 0.20 0.22 0.35 0.21 0.31 0.82 1.02 1.19 1.13
O3' 0.15 0.15 0.41 0.47 0.13 0.47 0.11 0.83 0.11 0.11 0.13 0.16 0.10 0.10 0.13 0.28 0.19 0.26 0.87 1.06 1.14 1.18
O4' 0.13 0.13 0.14 0.20 0.13 0.35 0.13 0.74 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.20 0.15 0.21 0.79 1.03 0.93 1.02
O5' 0.10 0.09 0.14 0.20 0.09 0.31 0.10 0.70 0.10 0.10 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.15 0.15 0.17 0.83 1.23 1.03 1.13
O6 0.06 0.09 0.08 0.14 0.06 0.30 0.07 0.65 0.07 0.07 0.08 0.08 0.10 0.08 0.06 0.22 0.14 0.20 0.60 0.76 0.85 0.82
OP1 0.16 0.13 0.16 0.21 0.14 0.29 0.13 0.64 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.14 0.15 0.21 0.23 0.17 0.83 1.31 1.02 1.14
OP2 0.10 0.09 0.14 0.20 0.09 0.31 0.09 0.71 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.17 0.17 0.17 0.83 1.25 1.06 1.15
P 0.13 0.11 0.11 0.16 0.11 0.28 0.11 0.67 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.21 0.20 0.15 0.82 1.26 1.02 1.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.13 0.11 0.19 0.06
C2 0.03 0.00 0.13 0.16 0.01 0.24 0.01 0.50 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.15 0.35 0.38 0.67 0.53
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03 0.05 0.06 0.07 0.10 0.13 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.13 0.35 0.17
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.06 0.13 0.15 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.19 0.30 0.20
C4 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.12 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.08 0.14 0.08 0.38 0.20
C4' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.12 0.00 0.07 0.00 0.13 0.08 0.20 0.23 0.10 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.10 0.04
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.04 0.13 0.12 0.29 0.10
C5' 0.03 0.50 0.05 0.01 0.26 0.00 0.19 0.00 0.29 0.13 0.42 0.45 0.25 0.10 0.09 0.05 0.03 0.01 0.01 0.10 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.13 0.00 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.07 0.14 0.08 0.41 0.21
C8 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.07 0.32 0.37 0.09 0.23
N1 0.02 0.00 0.10 0.13 0.01 0.20 0.01 0.42 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.12 0.26 0.25 0.58 0.41
N3 0.03 0.00 0.13 0.15 0.00 0.23 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.15 0.31 0.31 0.61 0.46
N6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.10 0.01 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.06 0.13 0.10 0.35 0.14
N7 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.04 0.27 0.34 0.12 0.17
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.16 0.16 0.20 0.06
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05 0.09 0.09 0.06 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.08 0.20 0.43 0.23
O3' 0.04 0.08 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.07 0.08 0.04 0.04 0.04 0.04 0.00 0.05 0.11 0.19 0.27 0.18
O4' 0.00 0.15 0.01 0.01 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.07 0.12 0.15 0.06 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.18 0.20 0.07 0.11
O5' 0.13 0.35 0.07 0.11 0.14 0.01 0.13 0.01 0.14 0.32 0.26 0.31 0.13 0.27 0.16 0.08 0.11 0.18 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.11 0.38 0.13 0.19 0.08 0.05 0.12 0.10 0.08 0.37 0.25 0.31 0.10 0.34 0.16 0.20 0.19 0.20 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.67 0.35 0.30 0.38 0.10 0.29 0.05 0.41 0.09 0.58 0.61 0.35 0.12 0.20 0.43 0.27 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.53 0.17 0.20 0.20 0.04 0.10 0.01 0.21 0.23 0.41 0.46 0.14 0.17 0.06 0.23 0.18 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00