ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52595

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 5, 1, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.009, 0.016, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.016, 0.027, 0.039, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.027 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.017, 0.032, 0.047, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.032 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.021, 0.036, 0.052, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.036 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.023, 0.042, 0.060, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.042 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.038, 0.089, 0.139, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.089 std_dev=0.050
C6 B 0, 0.147, 0.367, 0.588, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.367 std_dev=0.220
N3 B 0, 0.313, 0.545, 0.776, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.545 std_dev=0.232
N6 B 0, 0.326, 0.592, 0.859, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.592 std_dev=0.266
C4 B 0, 0.359, 0.676, 0.992, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.676 std_dev=0.316
N1 B 0, 0.440, 0.812, 1.184, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.812 std_dev=0.372
C5 B 0, 0.453, 0.918, 1.384, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.918 std_dev=0.466
C2 B 0, 0.468, 0.974, 1.480, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.974 std_dev=0.506
O4' A 0, 0.217, 0.769, 1.321, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.769 std_dev=0.552
C2' A 0, 0.253, 0.912, 1.571, 1.761 max_d=1.761 avg_d=0.912 std_dev=0.659
N9 B 0, 0.580, 1.373, 2.167, 2.387 max_d=2.387 avg_d=1.373 std_dev=0.793
C3' A 0, 0.372, 1.219, 2.065, 2.319 max_d=2.319 avg_d=1.219 std_dev=0.846
C1' B 0, 0.623, 1.472, 2.322, 2.626 max_d=2.626 avg_d=1.472 std_dev=0.849
C4' A 0, 0.357, 1.261, 2.166, 2.497 max_d=2.497 avg_d=1.261 std_dev=0.905
O5' A 0, 0.475, 1.532, 2.589, 3.219 max_d=3.219 avg_d=1.532 std_dev=1.057
N7 B 0, 0.690, 1.780, 2.869, 3.082 max_d=3.082 avg_d=1.780 std_dev=1.090
O2' A 0, 0.366, 1.460, 2.554, 2.579 max_d=2.579 avg_d=1.460 std_dev=1.094
O3' A 0, 0.543, 1.722, 2.900, 2.832 max_d=2.832 avg_d=1.722 std_dev=1.178
C5' A 0, 0.470, 1.714, 2.958, 3.616 max_d=3.616 avg_d=1.714 std_dev=1.244
C8 B 0, 0.745, 2.007, 3.270, 3.385 max_d=3.385 avg_d=2.007 std_dev=1.263
OP2 A 0, 0.583, 1.910, 3.237, 4.879 max_d=4.879 avg_d=1.910 std_dev=1.327
P A 0, 0.479, 1.938, 3.397, 5.048 max_d=5.048 avg_d=1.938 std_dev=1.459
O4' B 0, 0.901, 2.630, 4.360, 4.408 max_d=4.408 avg_d=2.630 std_dev=1.730
O2' B 0, 1.144, 2.944, 4.744, 4.779 max_d=4.779 avg_d=2.944 std_dev=1.800
C2' B 0, 1.087, 2.932, 4.777, 4.762 max_d=4.762 avg_d=2.932 std_dev=1.845
OP1 A 0, 0.627, 2.579, 4.532, 6.457 max_d=6.457 avg_d=2.579 std_dev=1.952
C4' B 0, 1.282, 3.942, 6.601, 6.528 max_d=6.528 avg_d=3.942 std_dev=2.660
C3' B 0, 1.430, 4.254, 7.078, 6.924 max_d=6.924 avg_d=4.254 std_dev=2.824
O3' B 0, 1.779, 5.385, 8.991, 8.722 max_d=8.722 avg_d=5.385 std_dev=3.606
C5' B 0, 1.703, 5.506, 9.310, 8.937 max_d=8.937 avg_d=5.506 std_dev=3.804
O5' B 0, 1.884, 6.426, 10.968, 10.666 max_d=10.666 avg_d=6.426 std_dev=4.542
OP1 B 0, 2.173, 7.469, 12.765, 12.076 max_d=12.076 avg_d=7.469 std_dev=5.296
P B 0, 2.138, 7.575, 13.012, 12.407 max_d=12.407 avg_d=7.575 std_dev=5.437
OP2 B 0, 2.463, 9.004, 15.544, 14.695 max_d=14.695 avg_d=9.004 std_dev=6.541

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.38 0.00 0.14 0.03 0.19 0.25 0.16
C2 0.03 0.00 0.38 0.26 0.01 0.11 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.38 0.24 0.14 0.04 0.33 0.34 0.20
C2' 0.01 0.38 0.00 0.00 0.20 0.01 0.10 0.24 0.18 0.20 0.30 0.45 0.37 0.10 0.02 0.01 0.03 0.03 0.50 0.13 0.50 0.63 0.53
C3' 0.02 0.26 0.00 0.00 0.27 0.01 0.36 0.01 0.38 0.33 0.34 0.22 0.21 0.39 0.23 0.02 0.01 0.02 0.09 0.41 0.27 0.20 0.13
C4 0.02 0.01 0.20 0.27 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.23 0.12 0.16 0.02 0.27 0.27 0.18
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.11 0.26 0.07 0.18 0.12 0.25 0.10 0.31 0.02 0.01 0.02 0.14 0.18 0.12 0.06
C5 0.02 0.01 0.10 0.36 0.01 0.13 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.12 0.05 0.30 0.01 0.37 0.37 0.30
C5' 0.07 0.11 0.24 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.14 0.27 0.09 0.18 0.12 0.28 0.08 0.06 0.22 0.01 0.01 0.18 0.14 0.06 0.02
C6 0.03 0.02 0.18 0.38 0.01 0.11 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.28 0.16 0.10 0.32 0.01 0.42 0.45 0.34
C8 0.02 0.01 0.20 0.33 0.01 0.26 0.01 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.52 0.09 0.18 0.33 0.03 0.29 0.23 0.26
N1 0.03 0.01 0.30 0.34 0.02 0.07 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.12 0.27 0.18 0.24 0.04 0.39 0.42 0.28
N2 0.04 0.00 0.45 0.22 0.01 0.18 0.01 0.18 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.29 0.49 0.30 0.10 0.06 0.34 0.34 0.19
N3 0.03 0.01 0.37 0.21 0.01 0.12 0.01 0.12 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.41 0.24 0.10 0.03 0.28 0.27 0.16
N7 0.02 0.01 0.10 0.39 0.01 0.25 0.01 0.28 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.52 0.14 0.11 0.41 0.04 0.41 0.39 0.38
N9 0.01 0.02 0.02 0.23 0.01 0.10 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.25 0.15 0.02 0.13 0.03 0.19 0.18 0.11
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.15 0.31 0.34 0.06 0.28 0.52 0.12 0.29 0.17 0.52 0.25 0.00 0.03 0.22 0.41 0.37 0.44 0.76 0.50
O3' 0.38 0.38 0.03 0.01 0.23 0.02 0.12 0.22 0.16 0.09 0.27 0.49 0.41 0.14 0.15 0.03 0.00 0.25 0.23 0.16 0.60 0.40 0.37
O4' 0.00 0.24 0.03 0.02 0.12 0.01 0.05 0.01 0.10 0.18 0.18 0.30 0.24 0.11 0.02 0.22 0.25 0.00 0.12 0.08 0.15 0.14 0.09
O5' 0.14 0.14 0.50 0.09 0.16 0.02 0.30 0.01 0.32 0.33 0.24 0.10 0.10 0.41 0.13 0.41 0.23 0.12 0.00 0.37 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.04 0.13 0.41 0.02 0.14 0.01 0.18 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.37 0.16 0.08 0.37 0.00 0.47 0.51 0.40
OP1 0.19 0.33 0.50 0.27 0.27 0.18 0.37 0.14 0.42 0.29 0.39 0.34 0.28 0.41 0.19 0.44 0.60 0.15 0.02 0.47 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.34 0.63 0.20 0.27 0.12 0.37 0.06 0.45 0.23 0.42 0.34 0.27 0.39 0.18 0.76 0.40 0.14 0.02 0.51 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.20 0.53 0.13 0.18 0.06 0.30 0.02 0.34 0.26 0.28 0.19 0.16 0.38 0.11 0.50 0.37 0.09 0.01 0.40 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.20 0.50 0.31 0.12 0.30 0.15 0.66 0.12 0.23 0.19 0.14 0.18 0.24 0.16 0.64 0.53 0.49 0.20 1.31 0.88 0.84
C2 0.34 0.14 0.32 0.49 0.26 0.56 0.31 0.83 0.18 0.47 0.15 0.17 0.20 0.47 0.36 0.28 0.47 0.45 0.30 0.70 0.41 0.34
C2' 0.28 0.61 0.80 0.49 0.34 0.18 0.28 0.61 0.40 0.17 0.62 0.47 0.37 0.17 0.26 0.99 0.72 0.34 0.28 1.55 1.26 1.11
C3' 0.63 0.26 0.18 0.25 0.51 0.92 0.50 1.33 0.35 0.65 0.21 0.41 0.30 0.59 0.60 0.37 0.14 1.17 1.05 2.50 2.04 1.96
C4 0.23 0.14 0.23 0.20 0.19 0.41 0.24 0.72 0.16 0.33 0.14 0.13 0.20 0.35 0.25 0.34 0.20 0.44 0.24 0.84 0.53 0.47
C4' 0.62 0.51 0.23 0.14 0.60 0.70 0.61 1.01 0.57 0.65 0.52 0.55 0.52 0.64 0.63 0.39 0.36 1.05 0.65 2.13 1.44 1.47
C5 0.23 0.14 0.23 0.21 0.19 0.39 0.23 0.69 0.17 0.33 0.13 0.14 0.20 0.34 0.25 0.33 0.21 0.41 0.29 0.72 0.40 0.33
C5' 0.65 0.64 0.24 0.18 0.64 0.66 0.63 0.94 0.61 0.64 0.63 0.64 0.55 0.62 0.64 0.38 0.47 1.06 0.58 2.10 1.35 1.40
C6 0.27 0.14 0.23 0.31 0.22 0.44 0.26 0.71 0.18 0.37 0.14 0.15 0.20 0.37 0.29 0.26 0.27 0.39 0.37 0.65 0.30 0.25
C8 0.16 0.14 0.44 0.31 0.14 0.27 0.17 0.60 0.14 0.23 0.12 0.12 0.20 0.25 0.17 0.56 0.50 0.41 0.22 0.94 0.57 0.51
N1 0.33 0.14 0.32 0.47 0.25 0.53 0.29 0.78 0.19 0.44 0.15 0.17 0.20 0.43 0.34 0.29 0.45 0.41 0.35 0.67 0.31 0.26
N2 0.42 0.15 0.52 0.73 0.31 0.68 0.35 0.92 0.20 0.57 0.16 0.20 0.22 0.57 0.44 0.42 0.77 0.48 0.33 0.70 0.41 0.34
N3 0.29 0.15 0.21 0.32 0.23 0.50 0.28 0.80 0.17 0.41 0.16 0.15 0.20 0.42 0.31 0.26 0.25 0.47 0.25 0.84 0.55 0.49
N7 0.18 0.13 0.34 0.24 0.16 0.30 0.20 0.62 0.16 0.27 0.12 0.12 0.20 0.28 0.20 0.45 0.37 0.39 0.29 0.76 0.42 0.36
N9 0.18 0.15 0.38 0.24 0.15 0.32 0.19 0.66 0.14 0.26 0.14 0.12 0.19 0.28 0.19 0.51 0.40 0.45 0.19 1.02 0.66 0.60
O2' 0.85 1.48 1.41 0.97 0.96 0.36 0.77 0.35 0.93 0.54 1.38 1.26 0.67 0.48 0.79 1.66 1.20 0.27 0.18 1.32 1.17 0.96
O3' 1.29 0.71 0.61 0.96 1.16 1.68 1.19 2.15 0.97 1.40 0.70 0.94 0.88 1.34 1.30 0.46 0.66 1.91 1.96 3.45 2.97 2.91
O4' 0.42 0.39 0.35 0.26 0.45 0.44 0.49 0.71 0.51 0.49 0.46 0.40 0.53 0.51 0.45 0.47 0.51 0.75 0.27 1.49 0.84 0.90
O5' 0.55 0.50 0.24 0.13 0.52 0.62 0.50 0.92 0.46 0.53 0.47 0.52 0.41 0.50 0.53 0.39 0.44 0.98 0.53 1.98 1.34 1.34
O6 0.27 0.14 0.24 0.32 0.21 0.42 0.25 0.68 0.18 0.36 0.14 0.15 0.19 0.35 0.28 0.27 0.28 0.36 0.43 0.65 0.28 0.26
OP1 0.63 0.59 0.26 0.17 0.59 0.66 0.54 0.95 0.51 0.57 0.54 0.61 0.44 0.53 0.59 0.38 0.52 1.07 0.63 2.20 1.52 1.49
OP2 0.50 0.47 0.31 0.20 0.47 0.53 0.44 0.81 0.42 0.46 0.44 0.49 0.38 0.44 0.48 0.44 0.49 0.87 0.38 1.70 1.16 1.12
P 0.56 0.56 0.28 0.21 0.54 0.56 0.50 0.84 0.49 0.51 0.53 0.57 0.44 0.49 0.54 0.40 0.53 0.95 0.45 1.88 1.22 1.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.30 0.94 0.20 0.33
C2 0.06 0.00 0.55 0.44 0.02 0.09 0.02 0.29 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.60 0.60 0.27 0.25 1.34 0.45 0.59
C2' 0.00 0.55 0.00 0.00 0.28 0.02 0.14 0.03 0.26 0.24 0.43 0.54 0.18 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.36 0.67 0.51 0.16
C3' 0.01 0.44 0.00 0.00 0.22 0.01 0.17 0.02 0.23 0.33 0.36 0.40 0.21 0.25 0.10 0.01 0.01 0.01 0.41 0.35 0.75 0.27
C4 0.02 0.02 0.28 0.22 0.00 0.10 0.01 0.28 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.26 0.14 0.38 0.92 0.25 0.30
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.15 0.16 0.12 0.07 0.18 0.18 0.10 0.06 0.01 0.00 0.02 0.65 0.28 0.23
C5 0.02 0.02 0.14 0.17 0.01 0.15 0.00 0.37 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.17 0.08 0.52 0.61 0.34 0.14
C5' 0.07 0.29 0.03 0.02 0.28 0.01 0.37 0.00 0.39 0.33 0.36 0.24 0.44 0.39 0.23 0.06 0.07 0.02 0.01 0.23 0.38 0.02
C6 0.03 0.01 0.26 0.23 0.01 0.15 0.01 0.39 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.31 0.29 0.14 0.47 0.72 0.32 0.19
C8 0.01 0.04 0.24 0.33 0.02 0.16 0.02 0.33 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.17 0.37 0.16 0.69 0.50 0.59 0.39
N1 0.04 0.01 0.43 0.36 0.02 0.12 0.02 0.36 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.49 0.49 0.22 0.35 1.06 0.37 0.41
N3 0.05 0.00 0.54 0.40 0.01 0.07 0.01 0.24 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.57 0.54 0.26 0.23 1.35 0.40 0.58
N6 0.03 0.02 0.18 0.21 0.01 0.18 0.01 0.44 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.24 0.24 0.11 0.54 0.56 0.40 0.15
N7 0.01 0.03 0.11 0.25 0.01 0.18 0.01 0.39 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.06 0.27 0.08 0.69 0.53 0.61 0.39
N9 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.10 0.01 0.23 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.47 0.68 0.27 0.17
O2' 0.01 0.60 0.01 0.01 0.30 0.06 0.18 0.06 0.31 0.17 0.49 0.57 0.24 0.06 0.04 0.00 0.04 0.10 0.13 1.00 0.33 0.26
O3' 0.02 0.60 0.02 0.01 0.26 0.01 0.17 0.07 0.29 0.37 0.49 0.54 0.24 0.27 0.09 0.04 0.00 0.03 0.34 0.34 0.93 0.33
O4' 0.00 0.27 0.02 0.01 0.14 0.00 0.08 0.02 0.14 0.16 0.22 0.26 0.11 0.08 0.01 0.10 0.03 0.00 0.22 1.03 0.26 0.53
O5' 0.30 0.25 0.36 0.41 0.38 0.02 0.52 0.01 0.47 0.69 0.35 0.23 0.54 0.69 0.47 0.13 0.34 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.94 1.34 0.67 0.35 0.92 0.65 0.61 0.23 0.72 0.50 1.06 1.35 0.56 0.53 0.68 1.00 0.34 1.03 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.45 0.51 0.75 0.25 0.28 0.34 0.38 0.32 0.59 0.37 0.40 0.40 0.61 0.27 0.33 0.93 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.59 0.16 0.27 0.30 0.23 0.14 0.02 0.19 0.39 0.41 0.58 0.15 0.39 0.17 0.26 0.33 0.53 0.01 0.01 0.01 0.00