Doublet Group distance statistics: 52598

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.016, 0.040, 0.064, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.040 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.019, 0.049, 0.080, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.049 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.023, 0.070, 0.117, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.070 std_dev=0.047
O4' A 0, -0.128, 0.217, 0.561, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.217 std_dev=0.344
C2' A 0, -0.123, 0.235, 0.592, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.235 std_dev=0.358
C2 B 0, -0.016, 0.342, 0.700, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.342 std_dev=0.358
N1 B 0, -0.021, 0.381, 0.783, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.381 std_dev=0.402
C3' A 0, -0.177, 0.354, 0.886, 1.957 max_d=1.957 avg_d=0.354 std_dev=0.531
N3 B 0, -0.087, 0.479, 1.046, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.479 std_dev=0.567
C4 B 0, -0.050, 0.521, 1.093, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.521 std_dev=0.571
C4' A 0, -0.228, 0.348, 0.925, 2.116 max_d=2.116 avg_d=0.348 std_dev=0.576
O2' A 0, -0.246, 0.348, 0.943, 2.168 max_d=2.168 avg_d=0.348 std_dev=0.594
O3' A 0, -0.176, 0.515, 1.206, 2.574 max_d=2.574 avg_d=0.515 std_dev=0.691
O5' A 0, -0.236, 0.493, 1.222, 2.606 max_d=2.606 avg_d=0.493 std_dev=0.729
C5 B 0, -0.130, 0.620, 1.370, 2.172 max_d=2.172 avg_d=0.620 std_dev=0.750
N9 B 0, -0.110, 0.642, 1.395, 2.290 max_d=2.290 avg_d=0.642 std_dev=0.752
C6 B 0, -0.140, 0.614, 1.367, 2.012 max_d=2.012 avg_d=0.614 std_dev=0.754
C5' A 0, -0.269, 0.536, 1.341, 2.925 max_d=2.925 avg_d=0.536 std_dev=0.805
C1' B 0, -0.173, 0.771, 1.714, 2.591 max_d=2.591 avg_d=0.771 std_dev=0.943
OP2 A 0, -0.224, 0.733, 1.691, 3.210 max_d=3.210 avg_d=0.733 std_dev=0.957
C8 B 0, -0.216, 0.747, 1.710, 2.860 max_d=2.860 avg_d=0.747 std_dev=0.963
P A 0, -0.293, 0.686, 1.665, 3.370 max_d=3.370 avg_d=0.686 std_dev=0.979
N7 B 0, -0.214, 0.830, 1.874, 2.968 max_d=2.968 avg_d=0.830 std_dev=1.044
N6 B 0, -0.316, 0.879, 2.073, 2.890 max_d=2.890 avg_d=0.879 std_dev=1.194
OP1 A 0, -0.377, 0.853, 2.084, 4.233 max_d=4.233 avg_d=0.853 std_dev=1.230
O4' B 0, -0.191, 1.066, 2.324, 4.137 max_d=4.137 avg_d=1.066 std_dev=1.258
C2' B 0, -0.359, 1.168, 2.694, 3.985 max_d=3.985 avg_d=1.168 std_dev=1.527
C4' B 0, -0.315, 1.321, 2.958, 4.980 max_d=4.980 avg_d=1.321 std_dev=1.637
O2' B 0, -0.481, 1.366, 3.213, 5.135 max_d=5.135 avg_d=1.366 std_dev=1.847
C3' B 0, -0.375, 1.478, 3.331, 4.992 max_d=4.992 avg_d=1.478 std_dev=1.853
O3' B 0, -0.371, 1.839, 4.050, 6.027 max_d=6.027 avg_d=1.839 std_dev=2.210
C5' B 0, -0.663, 1.682, 4.028, 7.883 max_d=7.883 avg_d=1.682 std_dev=2.346
O5' B 0, -0.713, 1.796, 4.305, 8.322 max_d=8.322 avg_d=1.796 std_dev=2.509
OP2 B 0, -0.667, 2.593, 5.854, 11.187 max_d=11.187 avg_d=2.593 std_dev=3.261
P B 0, -1.339, 1.926, 5.191, 10.837 max_d=10.837 avg_d=1.926 std_dev=3.265
OP1 B 0, -0.883, 2.564, 6.011, 11.574 max_d=11.574 avg_d=2.564 std_dev=3.447

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.19 0.00 0.12 0.02 0.08 0.25 0.16
C2 0.02 0.00 0.24 0.18 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.18 0.11 0.21 0.01 0.21 0.34 0.22
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.13 0.01 0.08 0.12 0.13 0.10 0.20 0.28 0.23 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.27 0.12 0.23 0.38 0.30
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.19 0.00 0.26 0.01 0.28 0.24 0.24 0.15 0.15 0.28 0.16 0.03 0.01 0.01 0.11 0.31 0.14 0.06 0.10
C4 0.01 0.01 0.13 0.19 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.09 0.05 0.22 0.01 0.21 0.31 0.22
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.11 0.21 0.05 0.09 0.05 0.20 0.09 0.19 0.01 0.00 0.01 0.14 0.06 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.08 0.26 0.01 0.12 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.08 0.02 0.32 0.01 0.33 0.41 0.32
C5' 0.03 0.07 0.12 0.01 0.11 0.00 0.20 0.00 0.20 0.27 0.13 0.07 0.05 0.29 0.12 0.08 0.12 0.01 0.01 0.24 0.09 0.02 0.02
C6 0.02 0.00 0.13 0.28 0.01 0.11 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.10 0.03 0.34 0.00 0.37 0.46 0.36
C8 0.01 0.01 0.10 0.24 0.01 0.21 0.01 0.27 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.28 0.12 0.12 0.32 0.02 0.30 0.32 0.30
N1 0.02 0.01 0.20 0.24 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.12 0.12 0.07 0.28 0.01 0.30 0.42 0.29
N2 0.04 0.01 0.28 0.15 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.16 0.25 0.15 0.18 0.04 0.18 0.33 0.20
N3 0.02 0.01 0.23 0.15 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.09 0.20 0.11 0.17 0.01 0.16 0.29 0.19
N7 0.01 0.01 0.06 0.28 0.01 0.20 0.01 0.29 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.30 0.15 0.09 0.38 0.02 0.39 0.44 0.39
N9 0.01 0.01 0.02 0.16 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.04 0.02 0.19 0.02 0.17 0.26 0.19
O2' 0.01 0.10 0.00 0.03 0.12 0.19 0.22 0.08 0.20 0.28 0.12 0.16 0.09 0.30 0.15 0.00 0.04 0.14 0.19 0.24 0.18 0.40 0.23
O3' 0.19 0.18 0.02 0.01 0.09 0.01 0.08 0.12 0.10 0.12 0.12 0.25 0.20 0.15 0.04 0.04 0.00 0.11 0.22 0.14 0.41 0.24 0.28
O4' 0.00 0.11 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.03 0.12 0.07 0.15 0.11 0.09 0.02 0.14 0.11 0.00 0.13 0.03 0.12 0.21 0.16
O5' 0.12 0.21 0.27 0.11 0.22 0.01 0.32 0.01 0.34 0.32 0.28 0.18 0.17 0.38 0.19 0.19 0.22 0.13 0.00 0.39 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.12 0.31 0.01 0.14 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.24 0.14 0.03 0.39 0.00 0.44 0.54 0.42
OP1 0.08 0.21 0.23 0.14 0.21 0.06 0.33 0.09 0.37 0.30 0.30 0.18 0.16 0.39 0.17 0.18 0.41 0.12 0.01 0.44 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.34 0.38 0.06 0.31 0.05 0.41 0.02 0.46 0.32 0.42 0.33 0.29 0.44 0.26 0.40 0.24 0.21 0.02 0.54 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.22 0.30 0.10 0.22 0.03 0.32 0.02 0.36 0.30 0.29 0.20 0.19 0.39 0.19 0.23 0.28 0.16 0.01 0.42 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.60 0.28 0.91 1.17 0.45 1.23 0.43 1.77 0.37 0.52 0.28 0.41 0.41 0.48 0.52 0.95 1.24 1.01 2.16 2.53 2.61 2.67
C2 0.23 0.19 0.45 0.53 0.16 0.59 0.13 0.93 0.14 0.13 0.14 0.20 0.19 0.13 0.17 0.52 0.57 0.51 1.37 1.58 1.93 1.79
C2' 0.47 0.34 0.85 1.07 0.34 1.04 0.34 1.63 0.37 0.36 0.39 0.35 0.42 0.34 0.37 1.00 1.19 0.74 2.04 2.54 2.67 2.66
C3' 0.75 0.20 1.14 1.55 0.45 1.60 0.35 2.26 0.20 0.56 0.13 0.41 0.18 0.43 0.60 1.08 1.64 1.26 2.58 3.12 3.02 3.19
C4 0.40 0.25 0.69 0.86 0.29 0.91 0.25 1.37 0.22 0.29 0.20 0.31 0.25 0.26 0.33 0.74 0.93 0.75 1.80 2.12 2.38 2.30
C4' 0.92 0.37 1.22 1.61 0.68 1.71 0.64 2.33 0.50 0.83 0.35 0.58 0.51 0.75 0.81 1.17 1.72 1.44 2.56 3.03 2.77 3.04
C5 0.38 0.23 0.69 0.85 0.26 0.90 0.21 1.35 0.18 0.25 0.17 0.29 0.20 0.21 0.29 0.75 0.93 0.72 1.80 2.17 2.45 2.34
C5' 0.99 0.37 1.30 1.74 0.71 1.85 0.67 2.49 0.51 0.90 0.35 0.59 0.52 0.80 0.87 1.23 1.90 1.53 2.68 3.27 2.90 3.18
C6 0.30 0.20 0.58 0.69 0.19 0.74 0.14 1.15 0.14 0.16 0.14 0.24 0.19 0.14 0.21 0.66 0.76 0.60 1.61 1.94 2.28 2.12
C8 0.52 0.26 0.86 1.11 0.37 1.15 0.32 1.69 0.27 0.40 0.22 0.36 0.29 0.35 0.42 0.91 1.21 0.91 2.11 2.58 2.73 2.69
N1 0.23 0.18 0.47 0.54 0.15 0.60 0.13 0.95 0.15 0.12 0.13 0.20 0.22 0.13 0.15 0.55 0.59 0.49 1.40 1.67 2.03 1.86
N2 0.17 0.15 0.32 0.33 0.13 0.41 0.15 0.68 0.18 0.13 0.15 0.15 0.24 0.16 0.13 0.40 0.36 0.38 1.10 1.25 1.62 1.46
N3 0.33 0.23 0.58 0.70 0.25 0.76 0.22 1.15 0.20 0.24 0.19 0.27 0.24 0.22 0.27 0.62 0.74 0.65 1.58 1.81 2.10 2.02
N7 0.45 0.25 0.79 1.00 0.31 1.04 0.25 1.54 0.21 0.32 0.19 0.33 0.23 0.27 0.36 0.85 1.10 0.82 1.98 2.44 2.66 2.56
N9 0.51 0.26 0.82 1.05 0.37 1.10 0.34 1.62 0.29 0.41 0.24 0.36 0.32 0.37 0.42 0.87 1.13 0.89 2.03 2.42 2.59 2.57
O2' 0.62 0.45 0.87 0.95 0.52 0.82 0.52 1.30 0.50 0.55 0.46 0.51 0.52 0.54 0.55 1.11 1.08 0.57 1.78 2.16 2.51 2.36
O3' 1.00 0.47 1.38 1.82 0.73 1.85 0.63 2.49 0.46 0.82 0.38 0.69 0.39 0.70 0.87 1.19 1.86 1.51 2.82 3.09 3.09 3.32
O4' 0.79 0.39 1.07 1.39 0.63 1.48 0.64 2.06 0.55 0.76 0.41 0.54 0.60 0.73 0.73 1.05 1.49 1.28 2.35 2.75 2.63 2.82
O5' 0.85 0.27 1.20 1.64 0.56 1.73 0.49 2.40 0.32 0.71 0.19 0.47 0.28 0.60 0.71 1.15 1.80 1.39 2.66 3.34 3.07 3.24
O6 0.28 0.20 0.57 0.67 0.18 0.72 0.13 1.13 0.14 0.14 0.13 0.23 0.22 0.13 0.19 0.66 0.75 0.57 1.59 1.95 2.30 2.12
OP1 0.92 0.28 1.34 1.83 0.61 1.85 0.57 2.52 0.39 0.83 0.24 0.49 0.35 0.71 0.79 1.28 2.08 1.43 2.69 3.40 3.00 3.22
OP2 0.76 0.24 1.14 1.58 0.48 1.65 0.39 2.32 0.22 0.61 0.15 0.42 0.14 0.48 0.62 1.10 1.77 1.31 2.61 3.32 3.15 3.24
P 0.89 0.31 1.25 1.71 0.61 1.79 0.55 2.45 0.38 0.79 0.24 0.51 0.33 0.67 0.77 1.19 1.91 1.43 2.68 3.37 3.08 3.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.12 0.01 0.24 0.18 0.23 0.12
C2 0.06 0.00 0.24 0.26 0.01 0.32 0.01 0.56 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.27 0.29 0.33 0.90 0.90 1.13 1.10
C2' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.14 0.02 0.10 0.04 0.14 0.08 0.20 0.24 0.12 0.05 0.03 0.00 0.03 0.02 0.31 0.33 0.38 0.24
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.11 0.01 0.17 0.03 0.14 0.36 0.18 0.26 0.18 0.32 0.15 0.02 0.01 0.02 0.38 0.45 0.34 0.23
C4 0.03 0.01 0.14 0.11 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.17 0.14 0.17 0.48 0.40 0.54 0.53
C4' 0.02 0.32 0.02 0.01 0.11 0.00 0.06 0.00 0.08 0.30 0.21 0.32 0.06 0.24 0.08 0.18 0.02 0.01 0.01 0.26 0.47 0.12
C5 0.03 0.01 0.10 0.17 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.13 0.08 0.43 0.37 0.67 0.49
C5' 0.04 0.56 0.04 0.03 0.19 0.00 0.18 0.00 0.19 0.53 0.38 0.53 0.21 0.47 0.16 0.13 0.08 0.03 0.01 0.37 0.33 0.02
C6 0.04 0.01 0.14 0.14 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.18 0.14 0.50 0.48 0.81 0.63
C8 0.02 0.01 0.08 0.36 0.02 0.30 0.02 0.53 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.25 0.17 0.19 0.61 0.60 0.82 0.64
N1 0.05 0.00 0.20 0.18 0.01 0.21 0.01 0.38 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.25 0.25 0.25 0.72 0.73 1.00 0.91
N3 0.06 0.00 0.24 0.26 0.00 0.32 0.01 0.53 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.26 0.27 0.34 0.84 0.77 0.93 0.95
N6 0.04 0.02 0.12 0.18 0.02 0.06 0.01 0.21 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.26 0.18 0.10 0.47 0.47 0.90 0.61
N7 0.03 0.01 0.05 0.32 0.00 0.24 0.01 0.47 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.27 0.17 0.12 0.57 0.57 0.90 0.63
N9 0.01 0.01 0.03 0.15 0.00 0.08 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.13 0.04 0.02 0.34 0.27 0.36 0.30
O2' 0.02 0.27 0.00 0.02 0.17 0.18 0.22 0.13 0.24 0.25 0.25 0.26 0.26 0.27 0.13 0.00 0.06 0.14 0.11 0.44 0.66 0.23
O3' 0.12 0.29 0.03 0.01 0.14 0.02 0.13 0.08 0.18 0.17 0.25 0.27 0.18 0.17 0.04 0.06 0.00 0.05 0.46 0.63 0.63 0.29
O4' 0.01 0.33 0.02 0.02 0.17 0.01 0.08 0.03 0.14 0.19 0.25 0.34 0.10 0.12 0.02 0.14 0.05 0.00 0.32 0.23 0.32 0.13
O5' 0.24 0.90 0.31 0.38 0.48 0.01 0.43 0.01 0.50 0.61 0.72 0.84 0.47 0.57 0.34 0.11 0.46 0.32 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.18 0.90 0.33 0.45 0.40 0.26 0.37 0.37 0.48 0.60 0.73 0.77 0.47 0.57 0.27 0.44 0.63 0.23 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 1.13 0.38 0.34 0.54 0.47 0.67 0.33 0.81 0.82 1.00 0.93 0.90 0.90 0.36 0.66 0.63 0.32 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.12 1.10 0.24 0.23 0.53 0.12 0.49 0.02 0.63 0.64 0.91 0.95 0.61 0.63 0.30 0.23 0.29 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00