ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52599

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.010, 0.027, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.006, 0.024, 0.041, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.012, 0.031, 0.049, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.031 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.031 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.013, 0.037, 0.060, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.037 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.009, 0.035, 0.061, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.035 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.009, 0.035, 0.062, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.035 std_dev=0.027
N2 A 0, 0.010, 0.058, 0.106, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.058 std_dev=0.048
O3' A 0, 0.050, 0.124, 0.197, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.124 std_dev=0.073
C3' A 0, 0.076, 0.182, 0.288, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.182 std_dev=0.106
C2' A 0, 0.071, 0.190, 0.309, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.190 std_dev=0.119
C6 B 0, 0.038, 0.170, 0.302, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.170 std_dev=0.132
N6 B 0, 0.060, 0.192, 0.325, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.192 std_dev=0.132
N3 B 0, 0.048, 0.185, 0.321, 0.391 max_d=0.391 avg_d=0.185 std_dev=0.136
C1' B 0, 0.023, 0.160, 0.296, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.160 std_dev=0.137
N1 B 0, 0.049, 0.186, 0.322, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.186 std_dev=0.137
C4 B 0, 0.037, 0.175, 0.313, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.175 std_dev=0.138
C2 B 0, 0.051, 0.190, 0.329, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.190 std_dev=0.139
C5 B 0, 0.028, 0.168, 0.307, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.168 std_dev=0.139
N9 B 0, 0.034, 0.175, 0.317, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.175 std_dev=0.141
C4' A 0, 0.093, 0.237, 0.381, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.237 std_dev=0.144
C2' B 0, 0.064, 0.220, 0.377, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.220 std_dev=0.156
C8 B 0, 0.032, 0.195, 0.359, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.195 std_dev=0.164
N7 B 0, 0.023, 0.187, 0.352, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.187 std_dev=0.165
O5' A 0, 0.121, 0.287, 0.453, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.287 std_dev=0.166
C3' B 0, 0.073, 0.244, 0.415, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.244 std_dev=0.171
O4' A 0, 0.104, 0.285, 0.466, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.285 std_dev=0.181
P A 0, 0.096, 0.293, 0.491, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.293 std_dev=0.197
O2' A 0, 0.139, 0.342, 0.546, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.342 std_dev=0.203
O4' B 0, 0.123, 0.338, 0.553, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.338 std_dev=0.215
C5' A 0, 0.165, 0.426, 0.688, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.426 std_dev=0.261
OP2 A 0, 0.091, 0.360, 0.628, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.360 std_dev=0.269
P B 0, 0.144, 0.414, 0.684, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.414 std_dev=0.270
O2' B 0, 0.168, 0.449, 0.729, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.449 std_dev=0.280
OP1 B 0, 0.208, 0.493, 0.778, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.493 std_dev=0.285
O3' B 0, 0.165, 0.450, 0.736, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.450 std_dev=0.285
OP1 A 0, 0.139, 0.427, 0.716, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.427 std_dev=0.289
C4' B 0, 0.213, 0.582, 0.951, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.582 std_dev=0.369
O5' B 0, 0.235, 0.605, 0.976, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.605 std_dev=0.370
OP2 B 0, 0.318, 0.869, 1.420, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.869 std_dev=0.551
C5' B 0, 0.430, 1.139, 1.848, 1.662 max_d=1.662 avg_d=1.139 std_dev=0.709

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.07 0.04 0.02
C2 0.05 0.00 0.04 0.05 0.02 0.08 0.02 0.13 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.09 0.11 0.07 0.02 0.08 0.07 0.03
C2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.08 0.03 0.15 0.07 0.10
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.07 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.15 0.07 0.09
C4 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.06 0.06 0.02 0.06 0.09 0.04
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.07 0.11 0.08 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.01
C5 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.07 0.01 0.06 0.14 0.08
C5' 0.04 0.13 0.05 0.01 0.10 0.01 0.09 0.00 0.10 0.06 0.13 0.15 0.12 0.08 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.10 0.04 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.05 0.07 0.01 0.06 0.15 0.08
C8 0.03 0.03 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.06 0.06 0.08 0.02 0.08 0.14 0.09
N1 0.04 0.00 0.03 0.04 0.02 0.07 0.02 0.13 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.08 0.09 0.07 0.02 0.06 0.11 0.05
N2 0.06 0.00 0.05 0.07 0.02 0.11 0.02 0.15 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.10 0.10 0.14 0.08 0.02 0.10 0.06 0.04
N3 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.08 0.08 0.11 0.07 0.02 0.08 0.06 0.03
N7 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.06 0.05 0.08 0.02 0.09 0.17 0.11
N9 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.08 0.04
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.08 0.05 0.10 0.08 0.06 0.03 0.00 0.03 0.02 0.10 0.03 0.19 0.14 0.14
O3' 0.04 0.09 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.06 0.06 0.08 0.10 0.08 0.06 0.05 0.03 0.00 0.04 0.03 0.06 0.14 0.07 0.07
O4' 0.01 0.11 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.09 0.14 0.11 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.04 0.04 0.13 0.09
O5' 0.03 0.07 0.08 0.04 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.05 0.10 0.03 0.06 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.07 0.00 0.08 0.18 0.10
OP1 0.07 0.08 0.15 0.15 0.06 0.07 0.06 0.04 0.06 0.08 0.06 0.10 0.08 0.09 0.06 0.19 0.14 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.07 0.07 0.07 0.09 0.02 0.14 0.02 0.15 0.14 0.11 0.06 0.06 0.17 0.08 0.14 0.07 0.13 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.10 0.09 0.04 0.01 0.08 0.02 0.08 0.09 0.05 0.04 0.03 0.11 0.04 0.14 0.07 0.09 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.10 0.03 0.05 0.05 0.17 0.05 0.44 0.08 0.04 0.10 0.08 0.10 0.04 0.03 0.15 0.04 0.09 0.20 0.11 0.10 0.04
C2 0.07 0.05 0.09 0.07 0.06 0.08 0.08 0.28 0.06 0.12 0.05 0.04 0.08 0.12 0.08 0.16 0.11 0.05 0.22 0.03 0.05 0.08
C2' 0.05 0.09 0.04 0.05 0.06 0.16 0.08 0.45 0.10 0.06 0.09 0.08 0.14 0.08 0.05 0.16 0.06 0.08 0.26 0.07 0.05 0.07
C3' 0.05 0.08 0.06 0.04 0.05 0.16 0.06 0.45 0.07 0.05 0.07 0.07 0.09 0.06 0.05 0.19 0.07 0.07 0.28 0.08 0.04 0.08
C4 0.02 0.07 0.04 0.03 0.02 0.13 0.03 0.37 0.03 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.03 0.14 0.06 0.05 0.20 0.07 0.10 0.05
C4' 0.05 0.09 0.06 0.05 0.06 0.17 0.05 0.44 0.05 0.06 0.06 0.08 0.05 0.05 0.06 0.18 0.04 0.07 0.22 0.09 0.07 0.05
C5 0.02 0.06 0.04 0.03 0.01 0.14 0.03 0.38 0.03 0.06 0.05 0.04 0.07 0.06 0.03 0.15 0.05 0.05 0.18 0.08 0.14 0.06
C5' 0.03 0.09 0.03 0.09 0.05 0.22 0.05 0.48 0.06 0.04 0.08 0.07 0.07 0.05 0.04 0.15 0.05 0.08 0.17 0.10 0.13 0.05
C6 0.04 0.05 0.06 0.04 0.03 0.12 0.05 0.35 0.04 0.09 0.04 0.03 0.08 0.09 0.05 0.15 0.07 0.04 0.18 0.07 0.13 0.06
C8 0.03 0.09 0.04 0.05 0.04 0.18 0.03 0.44 0.05 0.03 0.08 0.08 0.09 0.03 0.02 0.16 0.03 0.08 0.17 0.11 0.18 0.08
N1 0.06 0.05 0.08 0.06 0.05 0.08 0.07 0.30 0.05 0.11 0.05 0.03 0.08 0.11 0.07 0.16 0.10 0.04 0.21 0.05 0.08 0.07
N2 0.12 0.08 0.13 0.11 0.10 0.09 0.12 0.23 0.10 0.16 0.08 0.08 0.11 0.16 0.12 0.18 0.15 0.09 0.24 0.02 0.05 0.11
N3 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.09 0.05 0.32 0.04 0.09 0.05 0.03 0.07 0.09 0.06 0.15 0.09 0.04 0.22 0.04 0.05 0.07
N7 0.01 0.08 0.03 0.05 0.02 0.17 0.02 0.43 0.04 0.04 0.07 0.07 0.08 0.04 0.01 0.15 0.03 0.08 0.17 0.11 0.19 0.09
N9 0.03 0.09 0.03 0.04 0.04 0.16 0.04 0.42 0.06 0.04 0.08 0.07 0.09 0.04 0.02 0.15 0.04 0.08 0.19 0.09 0.12 0.05
O2' 0.09 0.13 0.06 0.09 0.13 0.20 0.17 0.48 0.18 0.14 0.15 0.12 0.22 0.17 0.12 0.10 0.04 0.13 0.24 0.10 0.05 0.06
O3' 0.06 0.10 0.04 0.07 0.08 0.18 0.08 0.47 0.08 0.06 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.13 0.05 0.10 0.25 0.15 0.05 0.06
O4' 0.07 0.11 0.08 0.04 0.09 0.15 0.10 0.41 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09 0.20 0.06 0.06 0.19 0.11 0.11 0.05
O5' 0.05 0.08 0.08 0.05 0.05 0.18 0.04 0.45 0.04 0.06 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.22 0.04 0.07 0.19 0.05 0.13 0.02
O6 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.13 0.05 0.36 0.04 0.09 0.03 0.02 0.08 0.09 0.05 0.15 0.06 0.05 0.16 0.08 0.15 0.06
OP1 0.18 0.13 0.25 0.14 0.16 0.09 0.13 0.32 0.10 0.18 0.10 0.16 0.08 0.14 0.19 0.39 0.17 0.11 0.29 0.08 0.11 0.11
OP2 0.08 0.07 0.15 0.07 0.05 0.14 0.04 0.39 0.06 0.07 0.08 0.07 0.10 0.05 0.07 0.30 0.11 0.06 0.21 0.03 0.15 0.04
P 0.10 0.07 0.15 0.06 0.08 0.14 0.06 0.39 0.05 0.09 0.06 0.09 0.06 0.07 0.10 0.30 0.09 0.06 0.21 0.03 0.14 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.10 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.24 0.09 0.25 0.14
C2 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.14 0.02 0.28 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.09 0.05 0.07 0.15 0.07 0.08 0.08
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.36 0.05 0.33 0.22
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.06 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.14 0.27 0.10
C4 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.23 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.24 0.06 0.16 0.12
C4' 0.00 0.14 0.02 0.01 0.08 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.13 0.12 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.27 0.18 0.04
C5 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.26 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.24 0.08 0.13 0.11
C5' 0.10 0.28 0.14 0.05 0.23 0.01 0.26 0.00 0.29 0.18 0.30 0.25 0.29 0.24 0.17 0.13 0.02 0.03 0.01 0.39 0.32 0.04
C6 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.29 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.03 0.21 0.08 0.08 0.08
C8 0.01 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.03 0.18 0.04 0.00 0.05 0.03 0.06 0.00 0.01 0.05 0.07 0.03 0.27 0.07 0.22 0.14
N1 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.13 0.02 0.30 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.08 0.03 0.06 0.16 0.07 0.07 0.07
N3 0.03 0.00 0.04 0.05 0.01 0.12 0.01 0.25 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.05 0.07 0.19 0.05 0.12 0.11
N6 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.02 0.29 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.07 0.06 0.02 0.21 0.08 0.07 0.07
N7 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.24 0.04 0.00 0.04 0.02 0.06 0.00 0.02 0.03 0.06 0.02 0.25 0.09 0.16 0.11
N9 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.28 0.05 0.23 0.16
O2' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.13 0.06 0.05 0.08 0.07 0.07 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.39 0.06 0.35 0.27
O3' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.07 0.03 0.05 0.06 0.06 0.03 0.04 0.00 0.04 0.04 0.19 0.17 0.02
O4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.07 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.12 0.13 0.22 0.08
O5' 0.24 0.15 0.36 0.18 0.24 0.03 0.24 0.01 0.21 0.27 0.16 0.19 0.21 0.25 0.28 0.39 0.04 0.12 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.09 0.07 0.05 0.14 0.06 0.27 0.08 0.39 0.08 0.07 0.07 0.05 0.08 0.09 0.05 0.06 0.19 0.13 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.25 0.08 0.33 0.27 0.16 0.18 0.13 0.32 0.08 0.22 0.07 0.12 0.07 0.16 0.23 0.35 0.17 0.22 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.14 0.08 0.22 0.10 0.12 0.04 0.11 0.04 0.08 0.14 0.07 0.11 0.07 0.11 0.16 0.27 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00