ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52601

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.020
C5 A 0, 0.006, 0.027, 0.047, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.009, 0.032, 0.055, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.032 std_dev=0.023
N2 A 0, 0.005, 0.029, 0.052, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.006, 0.033, 0.060, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.007, 0.036, 0.064, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.036 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.014, 0.049, 0.084, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.049 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.015, 0.055, 0.094, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.055 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.059, 0.208, 0.357, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.208 std_dev=0.149
O4' A 0, 0.075, 0.259, 0.444, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.259 std_dev=0.184
O2' A 0, 0.085, 0.295, 0.505, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.295 std_dev=0.210
C3' A 0, 0.123, 0.428, 0.732, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.428 std_dev=0.304
C4' A 0, 0.128, 0.445, 0.763, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.445 std_dev=0.317
OP2 A 0, 0.171, 0.612, 1.053, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.612 std_dev=0.441
O2' B 0, 0.162, 0.621, 1.080, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.621 std_dev=0.459
C5' A 0, 0.197, 0.683, 1.169, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.683 std_dev=0.486
O3' A 0, 0.206, 0.719, 1.232, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.719 std_dev=0.513
N6 B 0, 0.218, 0.787, 1.356, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.787 std_dev=0.569
C6 B 0, 0.233, 0.874, 1.515, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.874 std_dev=0.641
C2' B 0, 0.276, 0.956, 1.636, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.956 std_dev=0.680
C5 B 0, 0.310, 1.106, 1.901, 1.839 max_d=1.839 avg_d=1.106 std_dev=0.796
N1 B 0, 0.318, 1.138, 1.959, 1.902 max_d=1.902 avg_d=1.138 std_dev=0.820
C4 B 0, 0.323, 1.161, 1.999, 1.949 max_d=1.949 avg_d=1.161 std_dev=0.838
P A 0, 0.352, 1.202, 2.053, 1.839 max_d=1.839 avg_d=1.202 std_dev=0.851
O5' A 0, 0.386, 1.317, 2.248, 1.976 max_d=1.976 avg_d=1.317 std_dev=0.931
N9 B 0, 0.382, 1.345, 2.307, 2.202 max_d=2.202 avg_d=1.345 std_dev=0.963
N3 B 0, 0.396, 1.388, 2.381, 2.263 max_d=2.263 avg_d=1.388 std_dev=0.993
C1' B 0, 0.401, 1.423, 2.445, 2.357 max_d=2.357 avg_d=1.423 std_dev=1.022
C2 B 0, 0.420, 1.466, 2.512, 2.374 max_d=2.374 avg_d=1.466 std_dev=1.046
OP1 A 0, 0.453, 1.547, 2.641, 2.329 max_d=2.329 avg_d=1.547 std_dev=1.094
N7 B 0, 0.455, 1.567, 2.678, 2.465 max_d=2.465 avg_d=1.567 std_dev=1.112
C8 B 0, 0.482, 1.659, 2.836, 2.609 max_d=2.609 avg_d=1.659 std_dev=1.177
C3' B 0, 0.809, 2.762, 4.715, 4.157 max_d=4.157 avg_d=2.762 std_dev=1.953
O4' B 0, 0.891, 3.064, 5.237, 4.805 max_d=4.805 avg_d=3.064 std_dev=2.173
C4' B 0, 0.993, 3.403, 5.812, 5.254 max_d=5.254 avg_d=3.403 std_dev=2.409
O3' B 0, 1.023, 3.499, 5.975, 5.357 max_d=5.357 avg_d=3.499 std_dev=2.476
C5' B 0, 1.565, 5.351, 9.136, 8.167 max_d=8.167 avg_d=5.351 std_dev=3.785
O5' B 0, 1.796, 6.140, 10.483, 9.390 max_d=9.390 avg_d=6.140 std_dev=4.344
P B 0, 2.381, 8.131, 13.882, 12.290 max_d=12.290 avg_d=8.131 std_dev=5.750
OP2 B 0, 2.440, 8.331, 14.223, 12.586 max_d=12.586 avg_d=8.331 std_dev=5.892
OP1 B 0, 2.710, 9.258, 15.807, 14.078 max_d=14.078 avg_d=9.258 std_dev=6.548

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03 0.06
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.11 0.01 0.09 0.01 0.10
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.09 0.02 0.05 0.04 0.07 0.05 0.03 0.01 0.02 0.15 0.02 0.09 0.05 0.10
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00
C4' 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04 0.09 0.05 0.01 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04
C5' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.02 0.02 0.11 0.05 0.10 0.03 0.01 0.01 0.10 0.05 0.12 0.03
C6 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.00 0.05 0.08 0.06
C8 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.01
N1 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.05 0.03 0.00 0.03 0.06 0.04
N2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02
N3 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01
N7 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.03 0.06 0.07 0.05
N9 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02
O2' 0.02 0.06 0.00 0.03 0.03 0.09 0.02 0.10 0.02 0.03 0.05 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.14 0.02 0.13 0.02 0.14
O3' 0.04 0.08 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.10 0.07 0.10 0.07 0.06 0.05 0.04 0.00 0.05 0.16 0.02 0.08 0.08 0.09
O4' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.01 0.05
O5' 0.03 0.02 0.11 0.15 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.14 0.16 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02
O6 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.05 0.00 0.09 0.11 0.08
OP1 0.05 0.01 0.09 0.09 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.13 0.08 0.05 0.02 0.09 0.00 0.04 0.00
OP2 0.03 0.06 0.01 0.05 0.05 0.06 0.06 0.12 0.08 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.03 0.02 0.08 0.01 0.03 0.11 0.04 0.00 0.02
P 0.06 0.02 0.10 0.10 0.00 0.05 0.04 0.03 0.06 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.14 0.09 0.05 0.02 0.08 0.00 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.19 0.03 0.16 0.30 0.45 0.34 0.63 0.32 0.37 0.23 0.23 0.33 0.39 0.33 0.12 0.06 0.58 0.81 0.82 0.29 0.81
C2 0.06 0.23 0.09 0.21 0.09 0.18 0.11 0.25 0.13 0.18 0.23 0.16 0.15 0.21 0.09 0.10 0.24 0.13 0.18 0.11 0.35 0.09
C2' 0.26 0.04 0.06 0.21 0.25 0.53 0.32 0.80 0.25 0.38 0.08 0.13 0.27 0.40 0.30 0.21 0.08 0.63 1.03 1.14 0.65 1.12
C3' 0.26 0.06 0.11 0.19 0.25 0.57 0.31 0.90 0.25 0.37 0.11 0.14 0.27 0.39 0.30 0.29 0.05 0.68 1.18 1.41 0.87 1.35
C4 0.16 0.10 0.04 0.21 0.15 0.34 0.21 0.49 0.16 0.28 0.09 0.09 0.22 0.31 0.20 0.09 0.17 0.37 0.55 0.51 0.09 0.51
C4' 0.28 0.21 0.15 0.09 0.29 0.49 0.32 0.75 0.30 0.35 0.24 0.24 0.30 0.36 0.31 0.28 0.14 0.66 1.05 1.21 0.62 1.15
C5 0.14 0.10 0.05 0.24 0.13 0.35 0.19 0.51 0.14 0.27 0.09 0.08 0.19 0.29 0.18 0.09 0.22 0.35 0.56 0.55 0.13 0.54
C5' 0.27 0.20 0.18 0.08 0.28 0.49 0.31 0.78 0.29 0.34 0.23 0.22 0.30 0.36 0.30 0.32 0.17 0.66 1.09 1.31 0.70 1.23
C6 0.08 0.16 0.07 0.25 0.08 0.28 0.14 0.41 0.11 0.21 0.14 0.10 0.16 0.24 0.12 0.08 0.27 0.23 0.39 0.35 0.12 0.35
C8 0.25 0.12 0.02 0.23 0.24 0.47 0.28 0.68 0.23 0.34 0.14 0.17 0.26 0.35 0.28 0.11 0.14 0.54 0.83 0.89 0.39 0.87
N1 0.05 0.22 0.10 0.24 0.09 0.20 0.11 0.29 0.13 0.17 0.21 0.16 0.15 0.20 0.09 0.10 0.29 0.13 0.21 0.15 0.29 0.14
N2 0.07 0.29 0.10 0.18 0.13 0.07 0.11 0.09 0.19 0.11 0.29 0.22 0.17 0.14 0.07 0.10 0.26 0.04 0.09 0.26 0.60 0.23
N3 0.11 0.16 0.06 0.19 0.10 0.25 0.17 0.36 0.12 0.24 0.16 0.10 0.19 0.27 0.15 0.10 0.17 0.26 0.36 0.27 0.18 0.28
N7 0.20 0.09 0.03 0.25 0.18 0.43 0.24 0.63 0.18 0.30 0.09 0.11 0.22 0.32 0.23 0.10 0.20 0.45 0.73 0.77 0.31 0.76
N9 0.24 0.11 0.02 0.21 0.23 0.43 0.28 0.61 0.24 0.34 0.13 0.16 0.27 0.36 0.27 0.10 0.12 0.50 0.75 0.75 0.26 0.74
O2' 0.33 0.09 0.06 0.19 0.32 0.57 0.36 0.83 0.27 0.42 0.12 0.20 0.24 0.42 0.37 0.20 0.04 0.71 1.09 1.17 0.67 1.15
O3' 0.25 0.03 0.17 0.20 0.23 0.64 0.29 1.02 0.22 0.36 0.10 0.11 0.24 0.37 0.29 0.38 0.06 0.73 1.37 1.72 1.15 1.62
O4' 0.31 0.28 0.08 0.11 0.33 0.44 0.36 0.63 0.34 0.36 0.31 0.29 0.34 0.38 0.34 0.16 0.11 0.62 0.86 0.90 0.33 0.87
O5' 0.23 0.17 0.17 0.08 0.25 0.44 0.30 0.70 0.28 0.32 0.22 0.19 0.31 0.34 0.27 0.31 0.14 0.58 0.97 1.16 0.56 1.09
O6 0.08 0.16 0.09 0.28 0.09 0.28 0.14 0.42 0.12 0.21 0.15 0.11 0.16 0.23 0.12 0.09 0.32 0.22 0.38 0.36 0.14 0.36
OP1 0.23 0.19 0.20 0.04 0.25 0.48 0.29 0.78 0.27 0.31 0.22 0.21 0.29 0.33 0.27 0.36 0.19 0.64 1.10 1.38 0.74 1.28
OP2 0.28 0.17 0.07 0.21 0.27 0.57 0.31 0.88 0.27 0.37 0.19 0.21 0.29 0.38 0.31 0.22 0.08 0.66 1.13 1.38 0.79 1.30
P 0.22 0.15 0.18 0.07 0.23 0.44 0.27 0.72 0.25 0.30 0.19 0.17 0.28 0.32 0.25 0.33 0.16 0.58 0.99 1.21 0.60 1.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.30 0.13
C2 0.06 0.00 0.38 0.24 0.02 0.10 0.02 0.20 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.40 0.36 0.26 0.38 0.38 0.17 0.32
C2' 0.00 0.38 0.00 0.01 0.19 0.02 0.08 0.02 0.16 0.20 0.29 0.37 0.10 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.21 0.22 0.15
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.12 0.01 0.08 0.02 0.12 0.14 0.20 0.22 0.10 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.12 0.29 0.08 0.15
C4 0.03 0.02 0.19 0.12 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.16 0.13 0.12 0.01 0.41 0.04
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.10 0.07 0.10 0.04 0.08 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.10 0.10 0.04
C5 0.02 0.02 0.08 0.08 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.04 0.14 0.23 0.64 0.24
C5' 0.02 0.20 0.02 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.22 0.14 0.18 0.01 0.18 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.16 0.20 0.02
C6 0.04 0.01 0.16 0.12 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.16 0.11 0.13 0.09 0.56 0.09
C8 0.01 0.02 0.20 0.14 0.00 0.10 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.20 0.17 0.47 0.61 0.88 0.63
N1 0.05 0.00 0.29 0.20 0.02 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.31 0.29 0.19 0.27 0.20 0.33 0.16
N3 0.05 0.01 0.37 0.22 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.39 0.32 0.26 0.34 0.32 0.16 0.27
N6 0.03 0.01 0.10 0.10 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.10 0.12 0.06 0.13 0.23 0.69 0.22
N7 0.01 0.03 0.11 0.09 0.01 0.08 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.11 0.14 0.10 0.39 0.59 0.94 0.60
N9 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.17 0.23 0.51 0.25
O2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.18 0.05 0.07 0.05 0.16 0.18 0.31 0.39 0.10 0.11 0.01 0.00 0.04 0.04 0.07 0.14 0.13 0.09
O3' 0.01 0.36 0.02 0.00 0.16 0.02 0.09 0.01 0.16 0.20 0.29 0.32 0.12 0.14 0.04 0.04 0.00 0.01 0.10 0.33 0.08 0.13
O4' 0.01 0.26 0.01 0.01 0.13 0.00 0.04 0.01 0.11 0.17 0.19 0.26 0.06 0.10 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.19 0.08
O5' 0.08 0.38 0.10 0.12 0.12 0.03 0.14 0.02 0.13 0.47 0.27 0.34 0.13 0.39 0.17 0.07 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.10 0.38 0.21 0.29 0.01 0.10 0.23 0.16 0.09 0.61 0.20 0.32 0.23 0.59 0.23 0.14 0.33 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01
OP2 0.30 0.17 0.22 0.08 0.41 0.10 0.64 0.20 0.56 0.88 0.33 0.16 0.69 0.94 0.51 0.13 0.08 0.19 0.01 0.04 0.00 0.00
P 0.13 0.32 0.15 0.15 0.04 0.04 0.24 0.02 0.09 0.63 0.16 0.27 0.22 0.60 0.25 0.09 0.13 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00