ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52602

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 18, 24, 9, 5, 5, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.015, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.014, 0.024, 0.035, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.024 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.025 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.015, 0.028, 0.041, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.028 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.023, 0.036, 0.050, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.036 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.024, 0.038, 0.053, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.038 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.008, 0.023, 0.038, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.026, 0.045, 0.063, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.045 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.020, 0.039, 0.058, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.039 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.030, 0.050, 0.070, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.050 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.038, 0.060, 0.081, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.060 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.107, 0.178, 0.249, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.178 std_dev=0.071
O4' A 0, 0.026, 0.098, 0.170, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.098 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.079, 0.166, 0.253, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.166 std_dev=0.087
C3' A 0, 0.112, 0.211, 0.310, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.211 std_dev=0.099
O2' A 0, 0.192, 0.304, 0.417, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.304 std_dev=0.112
O3' A 0, 0.146, 0.287, 0.429, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.287 std_dev=0.142
N3 B 0, 0.095, 0.257, 0.418, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.257 std_dev=0.161
N4 B 0, 0.105, 0.271, 0.437, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.271 std_dev=0.166
C5' A 0, 0.127, 0.298, 0.469, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.298 std_dev=0.171
C4 B 0, 0.075, 0.254, 0.433, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.254 std_dev=0.179
C2 B 0, 0.087, 0.285, 0.482, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.285 std_dev=0.197
O2 B 0, 0.118, 0.323, 0.528, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.323 std_dev=0.205
C5 B 0, 0.055, 0.288, 0.522, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.288 std_dev=0.234
N1 B 0, 0.059, 0.311, 0.563, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.311 std_dev=0.252
C6 B 0, 0.043, 0.313, 0.583, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.313 std_dev=0.270
C1' B 0, 0.087, 0.383, 0.678, 1.891 max_d=1.891 avg_d=0.383 std_dev=0.296
C2' B 0, 0.097, 0.405, 0.712, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.405 std_dev=0.307
O2' B 0, 0.220, 0.536, 0.853, 2.205 max_d=2.205 avg_d=0.536 std_dev=0.317
O5' A 0, 0.118, 0.443, 0.769, 2.630 max_d=2.630 avg_d=0.443 std_dev=0.325
O4' B 0, 0.086, 0.445, 0.804, 2.217 max_d=2.217 avg_d=0.445 std_dev=0.359
C3' B 0, 0.045, 0.421, 0.796, 2.358 max_d=2.358 avg_d=0.421 std_dev=0.375
P A 0, 0.040, 0.430, 0.821, 3.369 max_d=3.369 avg_d=0.430 std_dev=0.391
C4' B 0, 0.043, 0.454, 0.866, 2.537 max_d=2.537 avg_d=0.454 std_dev=0.411
OP2 A 0, 0.053, 0.487, 0.921, 3.524 max_d=3.524 avg_d=0.487 std_dev=0.434
O3' B 0, 0.036, 0.471, 0.907, 2.646 max_d=2.646 avg_d=0.471 std_dev=0.435
OP2 B 0, 0.139, 0.578, 1.018, 2.727 max_d=2.727 avg_d=0.578 std_dev=0.440
O5' B 0, 0.029, 0.470, 0.911, 2.743 max_d=2.743 avg_d=0.470 std_dev=0.441
OP1 A 0, 0.018, 0.485, 0.952, 3.790 max_d=3.790 avg_d=0.485 std_dev=0.467
P B 0, 0.078, 0.551, 1.024, 3.170 max_d=3.170 avg_d=0.551 std_dev=0.473
C5' B 0, 0.012, 0.504, 0.995, 2.838 max_d=2.838 avg_d=0.504 std_dev=0.491
OP1 B 0, 0.060, 0.640, 1.220, 3.748 max_d=3.748 avg_d=0.640 std_dev=0.580

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.01 0.11 0.07 0.05
C2 0.03 0.00 0.05 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.03 0.21 0.01 0.19 0.18 0.16
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.04 0.14 0.16 0.09
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.11 0.07 0.18 0.19 0.12
C4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.20 0.01 0.17 0.14 0.14
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.09 0.13 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.24 0.01 0.20 0.18 0.19
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.10 0.07 0.05 0.05 0.10 0.06 0.04 0.04 0.01 0.01 0.10 0.10 0.12 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.02 0.26 0.01 0.22 0.22 0.21
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.22 0.03 0.16 0.12 0.15
N1 0.03 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.24 0.01 0.22 0.21 0.20
N2 0.04 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.04 0.20 0.01 0.19 0.18 0.16
N3 0.03 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.03 0.19 0.01 0.17 0.14 0.13
N7 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02 0.25 0.03 0.20 0.18 0.20
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.18 0.02 0.14 0.09 0.11
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.06 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.11 0.17 0.06
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04 0.08 0.07 0.09 0.11 0.08 0.07 0.04 0.04 0.00 0.01 0.11 0.09 0.21 0.25 0.15
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.10 0.03 0.10 0.11 0.07
O5' 0.11 0.21 0.10 0.11 0.20 0.01 0.24 0.01 0.26 0.22 0.24 0.20 0.19 0.25 0.18 0.03 0.11 0.10 0.00 0.27 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.09 0.03 0.27 0.00 0.25 0.26 0.24
OP1 0.11 0.19 0.14 0.18 0.17 0.09 0.20 0.10 0.22 0.16 0.22 0.19 0.17 0.20 0.14 0.11 0.21 0.10 0.02 0.25 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.18 0.16 0.19 0.14 0.13 0.18 0.12 0.22 0.12 0.21 0.18 0.14 0.18 0.09 0.17 0.25 0.11 0.02 0.26 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.16 0.09 0.12 0.14 0.03 0.19 0.01 0.21 0.15 0.20 0.16 0.13 0.20 0.11 0.06 0.15 0.07 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.11 0.14 0.14 0.12 0.12 0.13 0.13 0.11 0.11 0.09 0.17 0.14 0.16 0.16 0.11 0.13 0.16 0.23 0.17
C2 0.13 0.14 0.13 0.13 0.13 0.14 0.14 0.16 0.13 0.13 0.13 0.14 0.16 0.14 0.14 0.14 0.19 0.25 0.31 0.25
C2' 0.10 0.09 0.13 0.14 0.12 0.11 0.12 0.11 0.09 0.09 0.09 0.17 0.13 0.13 0.15 0.09 0.13 0.14 0.21 0.16
C3' 0.11 0.09 0.13 0.13 0.13 0.11 0.12 0.11 0.10 0.09 0.10 0.17 0.12 0.13 0.15 0.10 0.12 0.13 0.20 0.14
C4 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.11 0.10 0.10 0.14 0.14 0.14 0.14 0.11 0.15 0.20 0.27 0.21
C4' 0.11 0.09 0.13 0.14 0.13 0.12 0.13 0.12 0.11 0.10 0.10 0.17 0.12 0.15 0.16 0.10 0.10 0.14 0.20 0.14
C5 0.11 0.11 0.13 0.13 0.11 0.12 0.13 0.13 0.11 0.10 0.10 0.13 0.14 0.14 0.15 0.11 0.16 0.22 0.28 0.22
C5' 0.12 0.09 0.14 0.15 0.13 0.13 0.14 0.12 0.12 0.10 0.10 0.17 0.12 0.16 0.17 0.11 0.11 0.15 0.21 0.15
C6 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.12 0.14 0.15 0.13 0.11 0.11 0.13 0.14 0.14 0.14 0.12 0.18 0.25 0.30 0.25
C8 0.12 0.11 0.15 0.15 0.12 0.13 0.13 0.14 0.12 0.11 0.10 0.15 0.14 0.16 0.18 0.11 0.15 0.19 0.26 0.20
N1 0.13 0.13 0.13 0.13 0.13 0.14 0.15 0.16 0.14 0.13 0.13 0.14 0.15 0.14 0.14 0.14 0.20 0.27 0.32 0.26
N2 0.16 0.16 0.16 0.17 0.15 0.17 0.17 0.20 0.16 0.16 0.16 0.16 0.17 0.16 0.17 0.17 0.23 0.29 0.33 0.28
N3 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.11 0.13 0.13 0.11 0.11 0.11 0.14 0.14 0.13 0.13 0.11 0.16 0.22 0.28 0.22
N7 0.11 0.11 0.14 0.14 0.11 0.12 0.13 0.14 0.11 0.10 0.10 0.14 0.14 0.15 0.17 0.11 0.15 0.21 0.27 0.21
N9 0.11 0.11 0.14 0.14 0.11 0.12 0.13 0.13 0.11 0.10 0.09 0.15 0.14 0.15 0.16 0.11 0.14 0.18 0.25 0.19
O2' 0.10 0.09 0.13 0.14 0.14 0.11 0.13 0.11 0.10 0.09 0.11 0.19 0.12 0.13 0.16 0.09 0.13 0.14 0.19 0.14
O3' 0.13 0.12 0.15 0.15 0.15 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.14 0.18 0.14 0.14 0.16 0.13 0.14 0.14 0.18 0.14
O4' 0.14 0.12 0.16 0.16 0.15 0.15 0.16 0.15 0.15 0.13 0.11 0.18 0.14 0.19 0.18 0.14 0.14 0.18 0.23 0.18
O5' 0.16 0.11 0.22 0.23 0.13 0.19 0.15 0.19 0.15 0.14 0.10 0.16 0.13 0.24 0.27 0.16 0.18 0.21 0.28 0.23
O6 0.12 0.12 0.13 0.13 0.12 0.13 0.14 0.15 0.13 0.12 0.11 0.13 0.14 0.14 0.15 0.13 0.18 0.27 0.31 0.25
OP1 0.19 0.15 0.23 0.25 0.15 0.22 0.16 0.21 0.16 0.16 0.14 0.17 0.18 0.25 0.29 0.18 0.19 0.22 0.27 0.22
OP2 0.22 0.18 0.26 0.25 0.15 0.24 0.17 0.23 0.19 0.19 0.15 0.15 0.20 0.29 0.29 0.22 0.22 0.26 0.33 0.27
P 0.17 0.12 0.22 0.24 0.13 0.20 0.15 0.20 0.16 0.14 0.10 0.15 0.13 0.25 0.28 0.17 0.19 0.24 0.30 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.15 0.07
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.09 0.08 0.18 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.09 0.00 0.02 0.01 0.04 0.10 0.13 0.07
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.06 0.06 0.09 0.01 0.01 0.01 0.07 0.13 0.10 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.14 0.15 0.21 0.16
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.07 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.16 0.17 0.22 0.17
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.09 0.05 0.06 0.10 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.08 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.14 0.13 0.20 0.14
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.08 0.18 0.11
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.12 0.11 0.19 0.14
N4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.15 0.17 0.22 0.18
O2 0.03 0.00 0.09 0.09 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.11 0.04 0.07 0.07 0.17 0.10
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.09 0.00 0.04 0.03 0.04 0.11 0.11 0.05
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.08 0.03 0.07 0.07 0.11 0.04 0.00 0.02 0.10 0.19 0.11 0.11
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.07 0.07 0.15 0.09
O5' 0.05 0.09 0.04 0.07 0.14 0.01 0.16 0.01 0.14 0.09 0.12 0.15 0.07 0.04 0.10 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.08 0.10 0.13 0.15 0.07 0.17 0.08 0.13 0.08 0.11 0.17 0.07 0.11 0.19 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.18 0.13 0.10 0.21 0.07 0.22 0.03 0.20 0.18 0.19 0.22 0.17 0.11 0.11 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.11 0.07 0.08 0.16 0.03 0.17 0.01 0.14 0.11 0.14 0.18 0.10 0.05 0.11 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00