ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52603

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.002, 0.020, 0.039, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.017, 0.040, 0.063, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.040 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.004, 0.030, 0.056, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.030 std_dev=0.026
N1 A 0, -0.002, 0.026, 0.053, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.026 std_dev=0.027
C5 A 0, 0.001, 0.029, 0.057, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.029 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.006, 0.042, 0.078, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.042 std_dev=0.036
C4 A 0, -0.004, 0.035, 0.074, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.035 std_dev=0.039
N7 A 0, 0.011, 0.065, 0.119, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.065 std_dev=0.054
O6 A 0, 0.000, 0.055, 0.111, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C8 A 0, 0.010, 0.076, 0.143, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.076 std_dev=0.066
O3' A 0, -0.050, 0.285, 0.619, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.285 std_dev=0.334
O4' A 0, -0.156, 0.316, 0.788, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.316 std_dev=0.472
C2' A 0, -0.150, 0.358, 0.866, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.358 std_dev=0.508
C3' A 0, -0.199, 0.351, 0.901, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.351 std_dev=0.550
C4' A 0, -0.188, 0.394, 0.976, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.394 std_dev=0.582
O3' B 0, -0.078, 0.512, 1.103, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.512 std_dev=0.590
O4' B 0, -0.048, 0.585, 1.219, 1.810 max_d=1.810 avg_d=0.585 std_dev=0.633
C4' B 0, -0.033, 0.607, 1.247, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.607 std_dev=0.640
C5' B 0, 0.160, 0.838, 1.516, 2.069 max_d=2.069 avg_d=0.838 std_dev=0.678
C3' B 0, -0.104, 0.584, 1.271, 1.932 max_d=1.932 avg_d=0.584 std_dev=0.688
O2' B 0, -0.018, 0.672, 1.362, 1.986 max_d=1.986 avg_d=0.672 std_dev=0.690
C1' B 0, -0.188, 0.515, 1.217, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.515 std_dev=0.702
C2' B 0, -0.102, 0.601, 1.303, 1.973 max_d=1.973 avg_d=0.601 std_dev=0.703
N1 B 0, -0.176, 0.557, 1.290, 2.008 max_d=2.008 avg_d=0.557 std_dev=0.733
C6 B 0, -0.098, 0.663, 1.424, 2.147 max_d=2.147 avg_d=0.663 std_dev=0.761
O2' A 0, -0.202, 0.577, 1.357, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.577 std_dev=0.779
C2 B 0, -0.234, 0.546, 1.326, 2.091 max_d=2.091 avg_d=0.546 std_dev=0.780
C5 B 0, -0.081, 0.703, 1.487, 2.226 max_d=2.226 avg_d=0.703 std_dev=0.784
C4 B 0, -0.171, 0.626, 1.423, 2.200 max_d=2.200 avg_d=0.626 std_dev=0.797
O2 B 0, -0.195, 0.611, 1.417, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.611 std_dev=0.806
N3 B 0, -0.245, 0.572, 1.390, 2.192 max_d=2.192 avg_d=0.572 std_dev=0.817
N4 B 0, -0.173, 0.673, 1.519, 2.344 max_d=2.344 avg_d=0.673 std_dev=0.846
O5' A 0, 0.406, 1.408, 2.410, 2.620 max_d=2.620 avg_d=1.408 std_dev=1.002
C5' A 0, -0.253, 0.759, 1.771, 2.763 max_d=2.763 avg_d=0.759 std_dev=1.012
P A 0, 0.320, 1.452, 2.583, 3.381 max_d=3.381 avg_d=1.452 std_dev=1.132
O5' B 0, 0.843, 2.024, 3.204, 3.603 max_d=3.603 avg_d=2.024 std_dev=1.181
OP2 A 0, 0.209, 1.414, 2.619, 3.619 max_d=3.619 avg_d=1.414 std_dev=1.205
OP1 A 0, 0.315, 1.580, 2.846, 3.783 max_d=3.783 avg_d=1.580 std_dev=1.265
P B 0, 1.152, 2.535, 3.917, 4.039 max_d=4.039 avg_d=2.535 std_dev=1.382
OP1 B 0, 0.907, 2.296, 3.686, 3.678 max_d=3.678 avg_d=2.296 std_dev=1.389
OP2 B 0, 1.278, 3.199, 5.120, 6.049 max_d=6.049 avg_d=3.199 std_dev=1.921

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.38 0.01 0.34 0.88 0.38
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.00 0.33 0.00 0.55 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.34 0.02 0.36 0.60 0.01 0.53 0.86 0.62
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.09 0.09 0.01 0.09 0.06 0.05 0.05 0.03 0.01 0.05 0.02 0.52 0.11 0.49 1.34 0.65
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.11 0.08 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.31 0.03 0.30 1.07 0.41
C4 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.16 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.05 0.19 0.57 0.01 0.48 0.92 0.58
C4' 0.00 0.33 0.01 0.00 0.16 0.00 0.10 0.00 0.17 0.11 0.27 0.41 0.30 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.26 0.47 0.05
C5 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00 0.10 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.04 0.11 0.62 0.01 0.53 0.98 0.64
C5' 0.09 0.55 0.09 0.02 0.32 0.00 0.26 0.00 0.35 0.19 0.48 0.66 0.49 0.16 0.16 0.08 0.03 0.03 0.01 0.32 0.37 0.28 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.02 0.01 0.17 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.02 0.19 0.66 0.00 0.58 0.98 0.69
C8 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.09 0.13 0.53 0.01 0.43 0.99 0.53
N1 0.01 0.00 0.09 0.04 0.01 0.27 0.01 0.48 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.02 0.29 0.65 0.00 0.58 0.93 0.68
N2 0.03 0.00 0.06 0.11 0.01 0.41 0.01 0.66 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.03 0.42 0.59 0.01 0.52 0.80 0.60
N3 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.30 0.01 0.49 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.04 0.35 0.55 0.01 0.48 0.85 0.56
N7 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.05 0.59 0.01 0.49 1.01 0.60
N9 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.01 0.51 0.01 0.42 0.94 0.50
O2' 0.01 0.34 0.01 0.02 0.21 0.01 0.20 0.08 0.28 0.10 0.34 0.36 0.28 0.06 0.06 0.00 0.09 0.01 0.52 0.29 0.51 1.54 0.72
O3' 0.08 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.02 0.09 0.02 0.03 0.04 0.06 0.07 0.09 0.00 0.08 0.15 0.01 0.18 0.90 0.18
O4' 0.00 0.36 0.02 0.01 0.19 0.01 0.11 0.03 0.19 0.13 0.29 0.42 0.35 0.05 0.01 0.01 0.08 0.00 0.27 0.16 0.35 0.41 0.16
O5' 0.38 0.60 0.52 0.31 0.57 0.02 0.62 0.01 0.66 0.53 0.65 0.59 0.55 0.59 0.51 0.52 0.15 0.27 0.00 0.69 0.05 0.05 0.01
O6 0.01 0.01 0.11 0.03 0.01 0.13 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.01 0.16 0.69 0.00 0.62 1.02 0.73
OP1 0.34 0.53 0.49 0.30 0.48 0.26 0.53 0.37 0.58 0.43 0.58 0.52 0.48 0.49 0.42 0.51 0.18 0.35 0.05 0.62 0.00 0.01 0.00
OP2 0.88 0.86 1.34 1.07 0.92 0.47 0.98 0.28 0.98 0.99 0.93 0.80 0.85 1.01 0.94 1.54 0.90 0.41 0.05 1.02 0.01 0.00 0.00
P 0.38 0.62 0.65 0.41 0.58 0.05 0.64 0.01 0.69 0.53 0.68 0.60 0.56 0.60 0.50 0.72 0.18 0.16 0.01 0.73 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.62 0.10 0.11 0.76 0.15 0.62 0.17 0.48 0.44 0.79 0.87 0.60 0.13 0.13 0.20 0.22 0.31 0.26 0.22
C2 0.20 0.15 0.27 0.29 0.59 0.22 0.46 0.13 0.25 0.09 0.47 0.81 0.16 0.38 0.32 0.16 0.31 0.58 0.33 0.30
C2' 0.29 0.63 0.23 0.19 0.73 0.18 0.60 0.18 0.48 0.47 0.75 0.82 0.64 0.24 0.19 0.21 0.24 0.24 0.33 0.24
C3' 0.58 0.89 0.49 0.42 0.94 0.40 0.83 0.39 0.73 0.74 0.98 1.01 0.93 0.49 0.40 0.46 0.48 0.36 0.59 0.48
C4 0.08 0.38 0.15 0.18 0.68 0.15 0.54 0.10 0.36 0.25 0.64 0.84 0.25 0.25 0.22 0.10 0.23 0.46 0.20 0.22
C4' 0.89 1.25 0.74 0.61 1.31 0.64 1.20 0.65 1.10 1.10 1.33 1.36 1.27 0.69 0.51 0.77 0.75 0.67 0.78 0.76
C5 0.09 0.31 0.16 0.19 0.63 0.15 0.51 0.10 0.32 0.21 0.55 0.81 0.16 0.26 0.22 0.10 0.24 0.50 0.23 0.23
C5' 1.19 1.53 1.11 0.93 1.64 0.90 1.55 0.91 1.44 1.41 1.63 1.69 1.51 1.13 0.81 1.02 1.05 0.98 1.03 1.06
C6 0.15 0.17 0.22 0.24 0.55 0.19 0.44 0.12 0.25 0.11 0.42 0.76 0.09 0.31 0.27 0.14 0.28 0.57 0.31 0.28
C8 0.13 0.48 0.08 0.11 0.71 0.13 0.58 0.13 0.41 0.34 0.68 0.85 0.40 0.16 0.14 0.14 0.20 0.39 0.20 0.20
N1 0.21 0.09 0.27 0.28 0.52 0.22 0.41 0.14 0.21 0.07 0.36 0.75 0.19 0.37 0.31 0.17 0.32 0.61 0.36 0.31
N2 0.28 0.07 0.34 0.34 0.54 0.26 0.42 0.15 0.19 0.08 0.35 0.80 0.39 0.45 0.37 0.21 0.35 0.64 0.41 0.35
N3 0.11 0.34 0.20 0.23 0.68 0.17 0.53 0.10 0.33 0.21 0.63 0.85 0.16 0.31 0.28 0.10 0.25 0.50 0.24 0.25
N7 0.09 0.38 0.11 0.14 0.66 0.13 0.53 0.11 0.36 0.26 0.60 0.83 0.26 0.20 0.17 0.10 0.21 0.45 0.19 0.21
N9 0.13 0.50 0.09 0.12 0.72 0.13 0.58 0.13 0.42 0.35 0.71 0.86 0.43 0.17 0.16 0.13 0.21 0.38 0.19 0.21
O2' 0.09 0.26 0.11 0.14 0.34 0.18 0.21 0.20 0.11 0.12 0.37 0.43 0.28 0.14 0.11 0.17 0.14 0.18 0.20 0.12
O3' 0.34 0.68 0.22 0.17 0.71 0.19 0.57 0.19 0.47 0.50 0.77 0.78 0.74 0.20 0.16 0.26 0.24 0.09 0.45 0.23
O4' 0.68 1.14 0.47 0.36 1.25 0.47 1.12 0.51 0.98 0.95 1.28 1.33 1.15 0.34 0.24 0.63 0.60 0.65 0.57 0.61
O5' 0.86 1.22 0.74 0.60 1.31 0.59 1.20 0.59 1.08 1.07 1.33 1.39 1.21 0.74 0.52 0.74 0.74 0.64 0.66 0.78
O6 0.17 0.12 0.23 0.25 0.49 0.21 0.41 0.13 0.22 0.09 0.35 0.71 0.13 0.31 0.27 0.16 0.29 0.59 0.34 0.29
OP1 0.65 1.02 0.59 0.38 1.11 0.33 0.98 0.31 0.86 0.86 1.14 1.19 1.04 0.71 0.30 0.44 0.43 0.29 0.39 0.39
OP2 0.87 1.29 0.60 0.46 1.33 0.57 1.16 0.53 1.04 1.07 1.40 1.43 1.35 0.55 0.39 0.78 0.60 0.37 0.51 0.57
P 0.75 1.17 0.61 0.41 1.27 0.40 1.12 0.38 0.98 0.98 1.30 1.36 1.18 0.66 0.31 0.58 0.53 0.35 0.47 0.54

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.21 0.27 0.15 0.20
C2 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.10 0.04 0.32 0.50 0.44 0.32
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.07 0.04 0.03 0.07 0.07 0.07 0.00 0.01 0.03 0.21 0.28 0.21 0.28
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.07 0.03 0.03 0.08 0.05 0.01 0.00 0.01 0.06 0.17 0.10 0.11
C4 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.46 0.72 0.79 0.51
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.10 0.03 0.01 0.06 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.19 0.24 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.09 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.50 0.75 0.86 0.56
C5' 0.04 0.06 0.07 0.02 0.15 0.01 0.20 0.00 0.18 0.09 0.10 0.17 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.29 0.37 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.10 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.03 0.05 0.45 0.63 0.67 0.48
N1 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.33 0.48 0.43 0.33
N3 0.01 0.00 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.04 0.38 0.62 0.61 0.41
N4 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.48 0.79 0.90 0.56
O2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.16 0.05 0.24 0.41 0.30 0.23
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.08 0.03 0.06 0.03 0.10 0.00 0.04 0.02 0.20 0.33 0.25 0.31
O3' 0.08 0.10 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.08 0.03 0.16 0.04 0.00 0.06 0.09 0.27 0.19 0.09
O4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.00 0.14 0.09 0.17 0.09
O5' 0.21 0.32 0.21 0.06 0.46 0.02 0.50 0.01 0.45 0.33 0.38 0.48 0.24 0.20 0.09 0.14 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.27 0.50 0.28 0.17 0.72 0.19 0.75 0.29 0.63 0.48 0.62 0.79 0.41 0.33 0.27 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.44 0.21 0.10 0.79 0.24 0.86 0.37 0.67 0.43 0.61 0.90 0.30 0.25 0.19 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.32 0.28 0.11 0.51 0.03 0.56 0.01 0.48 0.33 0.41 0.56 0.23 0.31 0.09 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00