ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52604

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.001, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.001, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C2 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C4 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
O6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N2 A 0, -0.002, 0.008, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.016, 0.040, 0.064, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.040 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.021, 0.051, 0.080, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.051 std_dev=0.030
O2' A 0, 0.028, 0.067, 0.105, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.067 std_dev=0.039
C4' A 0, 0.028, 0.068, 0.109, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.068 std_dev=0.041
C3' A 0, 0.032, 0.078, 0.123, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.078 std_dev=0.045
C5' A 0, 0.045, 0.111, 0.177, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.111 std_dev=0.066
O5' A 0, 0.047, 0.114, 0.180, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.114 std_dev=0.067
O2' B 0, 0.052, 0.122, 0.193, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.122 std_dev=0.071
O3' A 0, 0.052, 0.125, 0.197, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.125 std_dev=0.073
C1' B 0, 0.052, 0.137, 0.222, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.137 std_dev=0.085
C2' B 0, 0.055, 0.140, 0.226, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.140 std_dev=0.086
N1 B 0, 0.062, 0.157, 0.252, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.157 std_dev=0.095
C2 B 0, 0.073, 0.174, 0.275, 0.251 max_d=0.251 avg_d=0.174 std_dev=0.101
O2 B 0, 0.068, 0.179, 0.289, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.179 std_dev=0.110
C6 B 0, 0.047, 0.160, 0.273, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.160 std_dev=0.113
N3 B 0, 0.076, 0.190, 0.305, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.190 std_dev=0.114
O4' B 0, 0.056, 0.171, 0.286, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.171 std_dev=0.115
C3' B 0, 0.059, 0.178, 0.298, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.178 std_dev=0.119
C4 B 0, 0.070, 0.191, 0.312, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.191 std_dev=0.121
O3' B 0, 0.058, 0.180, 0.303, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.180 std_dev=0.122
P A 0, 0.084, 0.207, 0.330, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.207 std_dev=0.123
C5 B 0, 0.052, 0.177, 0.303, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.177 std_dev=0.126
OP2 A 0, 0.076, 0.203, 0.329, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.203 std_dev=0.126
C4' B 0, 0.060, 0.188, 0.316, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.188 std_dev=0.128
N4 B 0, 0.068, 0.205, 0.342, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.205 std_dev=0.137
C5' B 0, 0.073, 0.236, 0.399, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.236 std_dev=0.163
OP1 A 0, 0.117, 0.288, 0.459, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.288 std_dev=0.171
O5' B 0, 0.124, 0.332, 0.541, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.332 std_dev=0.208
OP2 B 0, 0.135, 0.350, 0.565, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.350 std_dev=0.215
P B 0, 0.142, 0.368, 0.593, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.368 std_dev=0.226
OP1 B 0, 0.152, 0.380, 0.608, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.380 std_dev=0.228

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02
N2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03
OP1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02
C2 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03
C2' 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02
C3' 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02
C4 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02
C4' 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.02 0.02
C5 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03
C5' 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.02
C6 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02
C8 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03
N1 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03
N2 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.06 0.04 0.04
N3 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02
N7 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03
N9 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03
O2' 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02
O3' 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.03 0.05 0.05 0.02 0.02 0.03
O4' 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.02
O5' 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.05 0.05 0.01 0.02 0.03
O6 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03
OP1 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01
OP2 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01
P 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01
N4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02
O2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02
O5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00