ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52605

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.012
O4' A 0, -0.026, 0.205, 0.436, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.205 std_dev=0.231
C2' A 0, -0.007, 0.225, 0.457, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.225 std_dev=0.232
O2' A 0, 0.014, 0.259, 0.503, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.259 std_dev=0.245
C4' A 0, -0.067, 0.293, 0.652, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.293 std_dev=0.360
C3' A 0, -0.009, 0.357, 0.723, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.357 std_dev=0.366
N4 B 0, 0.132, 0.523, 0.913, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.523 std_dev=0.390
O3' A 0, 0.017, 0.534, 1.051, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.534 std_dev=0.517
C4 B 0, 0.193, 0.723, 1.252, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.723 std_dev=0.529
N3 B 0, 0.186, 0.722, 1.259, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.722 std_dev=0.537
C5' A 0, -0.010, 0.541, 1.092, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.541 std_dev=0.551
P A 0, 0.249, 0.853, 1.456, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.853 std_dev=0.604
O5' A 0, 0.232, 0.840, 1.447, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.840 std_dev=0.607
OP1 A 0, 0.252, 0.871, 1.490, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.871 std_dev=0.619
C2 B 0, 0.246, 0.915, 1.583, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.915 std_dev=0.669
C5 B 0, 0.266, 0.940, 1.614, 1.547 max_d=1.547 avg_d=0.940 std_dev=0.674
OP2 A 0, 0.261, 0.948, 1.636, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.948 std_dev=0.687
O2 B 0, 0.250, 0.941, 1.633, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.941 std_dev=0.691
N1 B 0, 0.310, 1.105, 1.901, 1.841 max_d=1.841 avg_d=1.105 std_dev=0.796
C6 B 0, 0.319, 1.121, 1.923, 1.832 max_d=1.832 avg_d=1.121 std_dev=0.802
C1' B 0, 0.367, 1.292, 2.218, 2.118 max_d=2.118 avg_d=1.292 std_dev=0.925
C2' B 0, 0.370, 1.301, 2.232, 2.128 max_d=2.128 avg_d=1.301 std_dev=0.931
O2' B 0, 0.386, 1.330, 2.274, 2.094 max_d=2.094 avg_d=1.330 std_dev=0.944
O4' B 0, 0.427, 1.524, 2.621, 2.538 max_d=2.538 avg_d=1.524 std_dev=1.097
C3' B 0, 0.428, 1.546, 2.664, 2.603 max_d=2.603 avg_d=1.546 std_dev=1.118
O3' B 0, 0.458, 1.669, 2.879, 2.832 max_d=2.832 avg_d=1.669 std_dev=1.210
C4' B 0, 0.472, 1.702, 2.932, 2.864 max_d=2.864 avg_d=1.702 std_dev=1.230
O5' B 0, 0.484, 1.795, 3.105, 3.091 max_d=3.091 avg_d=1.795 std_dev=1.310
C5' B 0, 0.515, 1.898, 3.282, 3.256 max_d=3.256 avg_d=1.898 std_dev=1.383
OP2 B 0, 0.527, 1.961, 3.395, 3.388 max_d=3.388 avg_d=1.961 std_dev=1.434
P B 0, 0.553, 2.027, 3.500, 3.459 max_d=3.459 avg_d=2.027 std_dev=1.473
OP1 B 0, 0.609, 2.220, 3.831, 3.773 max_d=3.773 avg_d=2.220 std_dev=1.611

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.08 0.39 0.10
C2 0.01 0.00 0.12 0.04 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.07 0.15 0.25 0.00 0.09 0.36 0.08
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.10 0.15 0.12 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.23 0.04 0.33 0.14 0.13
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.33 0.03 0.45 0.05 0.27
C4 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.08 0.26 0.00 0.07 0.35 0.04
C4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.07 0.11 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.16 0.31 0.04
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.34 0.00 0.05 0.30 0.01
C5' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.07 0.12 0.13 0.21 0.14 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.13 0.33 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.06 0.35 0.00 0.06 0.28 0.03
C8 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.09 0.34 0.01 0.07 0.30 0.06
N1 0.01 0.00 0.10 0.03 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.06 0.11 0.31 0.00 0.08 0.32 0.06
N2 0.01 0.00 0.15 0.05 0.00 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.10 0.17 0.22 0.00 0.11 0.38 0.10
N3 0.01 0.00 0.12 0.03 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.07 0.14 0.21 0.00 0.09 0.38 0.08
N7 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.05 0.38 0.01 0.05 0.25 0.05
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.24 0.00 0.07 0.36 0.04
O2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.07 0.02 0.03 0.01 0.06 0.08 0.12 0.21 0.15 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.04 0.31 0.17 0.07
O3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.06 0.10 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.29 0.04 0.60 0.16 0.37
O4' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.09 0.11 0.17 0.14 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.05 0.05 0.53 0.24
O5' 0.09 0.25 0.23 0.33 0.26 0.00 0.34 0.00 0.35 0.34 0.31 0.22 0.21 0.38 0.24 0.10 0.29 0.10 0.00 0.38 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.05 0.38 0.00 0.04 0.22 0.05
OP1 0.08 0.09 0.33 0.45 0.07 0.16 0.05 0.13 0.06 0.07 0.08 0.11 0.09 0.05 0.07 0.31 0.60 0.05 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.39 0.36 0.14 0.05 0.35 0.31 0.30 0.33 0.28 0.30 0.32 0.38 0.38 0.25 0.36 0.17 0.16 0.53 0.01 0.22 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.08 0.13 0.27 0.04 0.04 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.10 0.08 0.05 0.04 0.07 0.37 0.24 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.12 0.08 0.12 0.12 0.11 0.10 0.15 0.10 0.10 0.13 0.12 0.12 0.05 0.12 0.10 0.21 0.23 0.31 0.27
C2 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.09 0.05 0.06 0.13 0.18 0.22 0.20
C2' 0.13 0.12 0.12 0.10 0.14 0.12 0.15 0.10 0.14 0.13 0.12 0.13 0.09 0.17 0.09 0.14 0.05 0.04 0.04 0.00
C3' 0.19 0.17 0.15 0.11 0.12 0.16 0.13 0.13 0.15 0.17 0.14 0.09 0.17 0.22 0.09 0.20 0.05 0.04 0.07 0.01
C4 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.07 0.03 0.01 0.12 0.17 0.23 0.20
C4' 0.03 0.06 0.07 0.14 0.11 0.08 0.10 0.14 0.08 0.06 0.09 0.12 0.05 0.03 0.16 0.04 0.22 0.24 0.35 0.28
C5 0.05 0.05 0.05 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.02 0.06 0.09 0.02 0.05 0.08 0.14 0.19 0.16
C5' 0.02 0.04 0.08 0.16 0.11 0.08 0.12 0.15 0.09 0.05 0.07 0.14 0.04 0.04 0.20 0.03 0.25 0.29 0.41 0.32
C6 0.06 0.06 0.06 0.03 0.05 0.04 0.05 0.00 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.10 0.02 0.06 0.05 0.12 0.16 0.13
C8 0.09 0.09 0.08 0.08 0.06 0.08 0.05 0.09 0.07 0.08 0.08 0.04 0.10 0.11 0.08 0.09 0.13 0.17 0.23 0.20
N1 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.10 0.05 0.05 0.08 0.14 0.17 0.15
N2 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.12 0.15 0.12 0.11 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09 0.12 0.17 0.21 0.25 0.23
N3 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.10 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.06 0.04 0.05 0.15 0.19 0.26 0.22
N7 0.09 0.08 0.08 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.08 0.07 0.03 0.10 0.11 0.06 0.09 0.09 0.14 0.20 0.17
N9 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.10 0.05 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.15 0.19 0.26 0.22
O2' 0.07 0.05 0.09 0.09 0.13 0.08 0.15 0.07 0.13 0.09 0.08 0.13 0.04 0.12 0.09 0.07 0.04 0.05 0.02 0.01
O3' 0.32 0.27 0.26 0.23 0.21 0.30 0.23 0.27 0.27 0.29 0.23 0.16 0.29 0.34 0.21 0.33 0.19 0.18 0.07 0.14
O4' 0.15 0.18 0.17 0.24 0.23 0.21 0.22 0.27 0.20 0.18 0.21 0.24 0.15 0.07 0.24 0.17 0.34 0.37 0.48 0.41
O5' 0.05 0.12 0.02 0.07 0.17 0.06 0.14 0.12 0.11 0.09 0.16 0.22 0.11 0.09 0.05 0.07 0.20 0.21 0.35 0.28
O6 0.08 0.09 0.08 0.05 0.07 0.06 0.07 0.03 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.11 0.04 0.09 0.02 0.09 0.13 0.10
OP1 0.26 0.27 0.30 0.34 0.23 0.30 0.23 0.33 0.24 0.26 0.26 0.21 0.30 0.24 0.37 0.26 0.38 0.38 0.46 0.42
OP2 0.25 0.24 0.23 0.21 0.29 0.24 0.30 0.22 0.28 0.26 0.26 0.30 0.21 0.27 0.19 0.26 0.17 0.16 0.10 0.13
P 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.03 0.06 0.05 0.07 0.02 0.13 0.14 0.23 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.07 0.07 0.13 0.11
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.10 0.13 0.18 0.16
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.10 0.13 0.17 0.16
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.08 0.09 0.12 0.13
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.06 0.10 0.10
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.09 0.11 0.16 0.14
N4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.10 0.15 0.20 0.18
O2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.04 0.05 0.05 0.11 0.08
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.11 0.04 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04
O5' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.10 0.00 0.10 0.00 0.08 0.06 0.09 0.10 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.07 0.03 0.06 0.13 0.02 0.13 0.01 0.09 0.06 0.11 0.15 0.05 0.04 0.11 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.13 0.02 0.01 0.18 0.01 0.17 0.01 0.12 0.10 0.16 0.20 0.11 0.02 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.11 0.01 0.02 0.16 0.00 0.16 0.00 0.13 0.10 0.14 0.18 0.08 0.02 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00