ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52606

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 3, 20, 28, 39, 14, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.004, 0.018, 0.031, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.007, 0.024, 0.041, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.024 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.013, 0.034, 0.056, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.034 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.013, 0.036, 0.060, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.036 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.009, 0.036, 0.063, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.036 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.008, 0.039, 0.069, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.039 std_dev=0.030
C2 B 0, 0.419, 0.567, 0.714, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.567 std_dev=0.147
O2 B 0, 0.450, 0.604, 0.758, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.604 std_dev=0.154
N1 B 0, 0.489, 0.644, 0.800, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.644 std_dev=0.156
O4' A 0, 0.077, 0.234, 0.391, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.234 std_dev=0.157
C2' A 0, 0.092, 0.253, 0.415, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.253 std_dev=0.162
N3 B 0, 0.482, 0.676, 0.870, 1.141 max_d=1.141 avg_d=0.676 std_dev=0.194
C6 B 0, 0.598, 0.794, 0.989, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.794 std_dev=0.196
C4' A 0, 0.233, 0.437, 0.641, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.437 std_dev=0.204
O2' A 0, 0.175, 0.383, 0.591, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.383 std_dev=0.208
C1' B 0, 0.545, 0.758, 0.970, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.758 std_dev=0.213
C4 B 0, 0.664, 0.903, 1.143, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.903 std_dev=0.239
C3' A 0, 0.178, 0.419, 0.660, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.419 std_dev=0.241
C5 B 0, 0.697, 0.939, 1.181, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.939 std_dev=0.242
O4' B 0, 0.500, 0.768, 1.036, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.768 std_dev=0.268
C2' B 0, 1.066, 1.366, 1.666, 1.972 max_d=1.972 avg_d=1.366 std_dev=0.300
O3' A 0, 0.264, 0.585, 0.906, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.585 std_dev=0.321
O4 B 0, 0.780, 1.115, 1.450, 1.765 max_d=1.765 avg_d=1.115 std_dev=0.335
C4' B 0, 0.905, 1.259, 1.613, 2.041 max_d=2.041 avg_d=1.259 std_dev=0.354
C3' B 0, 1.245, 1.609, 1.974, 2.338 max_d=2.338 avg_d=1.609 std_dev=0.365
C5' A 0, 0.449, 0.818, 1.187, 1.825 max_d=1.825 avg_d=0.818 std_dev=0.369
O2' B 0, 1.270, 1.653, 2.036, 2.507 max_d=2.507 avg_d=1.653 std_dev=0.383
O3' B 0, 1.552, 2.017, 2.482, 3.029 max_d=3.029 avg_d=2.017 std_dev=0.465
C5' B 0, 1.086, 1.570, 2.054, 2.563 max_d=2.563 avg_d=1.570 std_dev=0.484
O5' B 0, 1.197, 1.740, 2.283, 3.804 max_d=3.804 avg_d=1.740 std_dev=0.543
P B 0, 1.294, 1.916, 2.538, 4.201 max_d=4.201 avg_d=1.916 std_dev=0.622
OP2 B 0, 1.262, 1.886, 2.511, 4.315 max_d=4.315 avg_d=1.886 std_dev=0.625
O5' A 0, 0.299, 0.935, 1.571, 2.536 max_d=2.536 avg_d=0.935 std_dev=0.636
OP1 B 0, 1.396, 2.122, 2.848, 4.420 max_d=4.420 avg_d=2.122 std_dev=0.726
OP2 A 0, 0.855, 1.678, 2.501, 5.384 max_d=5.384 avg_d=1.678 std_dev=0.823
P A 0, 0.656, 1.536, 2.416, 4.537 max_d=4.537 avg_d=1.536 std_dev=0.880
OP1 A 0, 3.027, 3.917, 4.808, 5.854 max_d=5.854 avg_d=3.917 std_dev=0.891

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.23 0.02 0.26 0.31 0.18
C2 0.04 0.00 0.13 0.16 0.01 0.07 0.01 0.21 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.20 0.04 0.41 0.01 0.43 0.65 0.43
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.03 0.07 0.06 0.11 0.15 0.13 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.25 0.07 0.29 0.30 0.20
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.11 0.01 0.12 0.03 0.14 0.14 0.15 0.19 0.15 0.14 0.08 0.02 0.01 0.02 0.34 0.14 0.34 0.31 0.28
C4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.08 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.11 0.02 0.43 0.01 0.43 0.62 0.43
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.16 0.09 0.08 0.06 0.16 0.08 0.05 0.02 0.00 0.02 0.13 0.24 0.25 0.09
C5 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.12 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.03 0.53 0.01 0.57 0.80 0.58
C5' 0.07 0.21 0.03 0.03 0.23 0.01 0.32 0.00 0.32 0.34 0.27 0.18 0.17 0.38 0.22 0.05 0.06 0.03 0.01 0.36 0.24 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.12 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.16 0.03 0.55 0.01 0.62 0.87 0.63
C8 0.01 0.02 0.06 0.14 0.01 0.16 0.01 0.34 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.15 0.04 0.51 0.02 0.53 0.68 0.53
N1 0.03 0.00 0.11 0.15 0.01 0.09 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.18 0.04 0.49 0.01 0.54 0.79 0.54
N2 0.05 0.01 0.15 0.19 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.25 0.06 0.38 0.02 0.39 0.61 0.38
N3 0.04 0.01 0.13 0.15 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.17 0.04 0.37 0.01 0.37 0.55 0.35
N7 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.16 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.16 0.03 0.57 0.02 0.65 0.86 0.65
N9 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.08 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.39 0.01 0.38 0.51 0.36
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.09 0.05 0.07 0.05 0.10 0.04 0.14 0.20 0.16 0.04 0.03 0.00 0.05 0.06 0.08 0.10 0.31 0.26 0.14
O3' 0.02 0.20 0.02 0.01 0.11 0.02 0.13 0.06 0.16 0.15 0.18 0.25 0.17 0.16 0.07 0.05 0.00 0.02 0.34 0.17 0.39 0.39 0.30
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.24 0.03 0.28 0.33 0.21
O5' 0.23 0.41 0.25 0.34 0.43 0.02 0.53 0.01 0.55 0.51 0.49 0.38 0.37 0.57 0.39 0.08 0.34 0.24 0.00 0.59 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.14 0.01 0.13 0.01 0.36 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.17 0.03 0.59 0.00 0.72 0.98 0.72
OP1 0.26 0.43 0.29 0.34 0.43 0.24 0.57 0.24 0.62 0.53 0.54 0.39 0.37 0.65 0.38 0.31 0.39 0.28 0.02 0.72 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.65 0.30 0.31 0.62 0.25 0.80 0.35 0.87 0.68 0.79 0.61 0.55 0.86 0.51 0.26 0.39 0.33 0.02 0.98 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.43 0.20 0.28 0.43 0.09 0.58 0.02 0.63 0.53 0.54 0.38 0.35 0.65 0.36 0.14 0.30 0.21 0.01 0.72 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.14 0.23 0.24 0.20 0.18 0.17 0.18 0.14 0.14 0.16 0.16 0.25 0.30 0.25 0.19 0.29 0.25 0.36 0.26
C2 0.17 0.12 0.22 0.23 0.16 0.17 0.14 0.17 0.12 0.13 0.15 0.14 0.23 0.27 0.20 0.18 0.26 0.23 0.32 0.23
C2' 0.20 0.16 0.28 0.29 0.21 0.21 0.19 0.19 0.16 0.16 0.18 0.18 0.29 0.34 0.26 0.19 0.27 0.22 0.31 0.21
C3' 0.21 0.18 0.29 0.29 0.22 0.22 0.20 0.20 0.18 0.18 0.19 0.21 0.30 0.34 0.27 0.21 0.28 0.23 0.32 0.23
C4 0.17 0.13 0.21 0.22 0.19 0.16 0.16 0.16 0.14 0.13 0.16 0.15 0.23 0.26 0.24 0.17 0.29 0.26 0.36 0.27
C4' 0.17 0.14 0.23 0.24 0.20 0.18 0.19 0.17 0.15 0.14 0.16 0.16 0.25 0.29 0.26 0.18 0.28 0.25 0.36 0.25
C5 0.16 0.14 0.19 0.20 0.20 0.15 0.18 0.16 0.15 0.14 0.16 0.16 0.20 0.24 0.25 0.16 0.32 0.30 0.39 0.30
C5' 0.31 0.31 0.31 0.32 0.37 0.30 0.36 0.32 0.33 0.31 0.34 0.31 0.31 0.34 0.42 0.32 0.40 0.39 0.49 0.40
C6 0.16 0.14 0.18 0.19 0.19 0.15 0.17 0.16 0.15 0.14 0.16 0.17 0.19 0.22 0.23 0.16 0.33 0.30 0.38 0.30
C8 0.16 0.14 0.19 0.21 0.21 0.15 0.19 0.16 0.15 0.14 0.16 0.16 0.22 0.25 0.27 0.16 0.33 0.31 0.41 0.32
N1 0.16 0.13 0.19 0.20 0.17 0.15 0.14 0.15 0.13 0.13 0.15 0.15 0.20 0.23 0.20 0.16 0.29 0.25 0.34 0.26
N2 0.19 0.13 0.25 0.25 0.15 0.20 0.13 0.20 0.13 0.14 0.15 0.14 0.26 0.30 0.18 0.20 0.25 0.22 0.31 0.21
N3 0.17 0.13 0.22 0.23 0.17 0.18 0.14 0.17 0.13 0.13 0.15 0.14 0.24 0.28 0.22 0.18 0.27 0.23 0.33 0.24
N7 0.16 0.14 0.18 0.20 0.21 0.15 0.20 0.16 0.16 0.14 0.16 0.17 0.20 0.24 0.27 0.16 0.35 0.33 0.42 0.34
N9 0.17 0.14 0.21 0.22 0.20 0.16 0.17 0.16 0.14 0.14 0.16 0.15 0.23 0.27 0.25 0.17 0.30 0.27 0.38 0.28
O2' 0.25 0.21 0.33 0.34 0.24 0.26 0.22 0.25 0.21 0.22 0.22 0.22 0.34 0.40 0.28 0.25 0.30 0.26 0.33 0.25
O3' 0.26 0.22 0.34 0.34 0.25 0.27 0.23 0.25 0.21 0.22 0.22 0.25 0.37 0.39 0.30 0.25 0.29 0.23 0.31 0.22
O4' 0.18 0.14 0.22 0.23 0.20 0.18 0.18 0.18 0.15 0.14 0.16 0.16 0.25 0.29 0.26 0.18 0.30 0.28 0.39 0.29
O5' 0.56 0.57 0.49 0.49 0.64 0.53 0.63 0.56 0.60 0.58 0.60 0.55 0.49 0.47 0.67 0.59 0.62 0.58 0.64 0.61
O6 0.16 0.15 0.17 0.19 0.20 0.15 0.19 0.17 0.16 0.15 0.16 0.18 0.17 0.20 0.24 0.16 0.36 0.34 0.41 0.34
OP1 0.66 0.69 0.57 0.59 0.80 0.64 0.80 0.69 0.75 0.70 0.74 0.64 0.54 0.55 0.86 0.70 0.76 0.73 0.80 0.77
OP2 0.95 0.98 0.85 0.87 1.11 0.94 1.11 0.99 1.06 1.00 1.04 0.92 0.82 0.81 1.16 1.00 1.07 1.05 1.13 1.09
P 0.67 0.70 0.57 0.57 0.81 0.64 0.80 0.69 0.76 0.71 0.75 0.65 0.55 0.52 0.85 0.71 0.77 0.73 0.81 0.77

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.15 0.14 0.26 0.15
C2 0.03 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.02 0.03 0.27 0.24 0.32 0.25
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.07 0.14 0.01 0.02 0.06 0.01 0.13 0.16 0.24 0.13
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.11 0.00 0.13 0.02 0.13 0.07 0.10 0.13 0.02 0.01 0.12 0.01 0.15 0.19 0.20 0.14
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.13 0.01 0.03 0.39 0.37 0.42 0.37
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.05 0.06 0.06 0.02 0.07 0.00 0.02 0.11 0.20 0.06
C5 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.16 0.01 0.04 0.41 0.38 0.42 0.38
C5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.12 0.07 0.09 0.06 0.06 0.03 0.12 0.02 0.01 0.16 0.18 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.14 0.02 0.04 0.37 0.31 0.34 0.31
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.27 0.23 0.30 0.23
N3 0.03 0.01 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.11 0.01 0.03 0.33 0.30 0.37 0.31
O2 0.04 0.01 0.14 0.13 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.15 0.02 0.05 0.21 0.19 0.30 0.20
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.03 0.09 0.15 0.00 0.05 0.07 0.05 0.06 0.12 0.22 0.08
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.13 0.02 0.16 0.03 0.14 0.06 0.11 0.15 0.05 0.00 0.16 0.02 0.15 0.24 0.23 0.17
O4 0.03 0.02 0.06 0.12 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.16 0.00 0.04 0.41 0.41 0.46 0.41
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.12 0.14 0.27 0.15
O5' 0.15 0.27 0.13 0.15 0.39 0.02 0.41 0.01 0.37 0.27 0.33 0.21 0.06 0.15 0.41 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.24 0.16 0.19 0.37 0.11 0.38 0.16 0.31 0.23 0.30 0.19 0.12 0.24 0.41 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.32 0.24 0.20 0.42 0.20 0.42 0.18 0.34 0.30 0.37 0.30 0.22 0.23 0.46 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.25 0.13 0.14 0.37 0.06 0.38 0.02 0.31 0.23 0.31 0.20 0.08 0.17 0.41 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00