ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52607

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 7, 8, 12, 17, 16, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.007, 0.021, 0.035, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.023 std_dev=0.015
C2 A 0, -0.001, 0.015, 0.031, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.015 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.002, 0.019, 0.036, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.019 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.010, 0.029, 0.048, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.029 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.008, 0.035, 0.062, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.035 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.011, 0.040, 0.068, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.040 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.007, 0.036, 0.065, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.036 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.012, 0.045, 0.078, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.045 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.101, 0.218, 0.335, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.218 std_dev=0.117
C2' A 0, 0.108, 0.229, 0.350, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.229 std_dev=0.121
C2 B 0, 0.283, 0.409, 0.535, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.409 std_dev=0.126
N3 B 0, 0.332, 0.459, 0.585, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.459 std_dev=0.126
O2' A 0, 0.136, 0.287, 0.439, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.287 std_dev=0.152
C4 B 0, 0.337, 0.491, 0.645, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.491 std_dev=0.154
O2 B 0, 0.270, 0.438, 0.606, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.438 std_dev=0.168
N1 B 0, 0.355, 0.535, 0.715, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.535 std_dev=0.180
C4' A 0, 0.228, 0.414, 0.601, 0.841 max_d=0.841 avg_d=0.414 std_dev=0.186
C3' A 0, 0.233, 0.420, 0.608, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.420 std_dev=0.188
C4' B 0, 0.412, 0.622, 0.831, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.622 std_dev=0.209
C5 B 0, 0.346, 0.562, 0.778, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.562 std_dev=0.216
C6 B 0, 0.418, 0.644, 0.870, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.644 std_dev=0.226
O4' B 0, 0.389, 0.618, 0.848, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.618 std_dev=0.230
C1' B 0, 0.462, 0.695, 0.929, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.695 std_dev=0.234
C3' B 0, 0.553, 0.790, 1.027, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.790 std_dev=0.237
O4 B 0, 0.379, 0.629, 0.878, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.629 std_dev=0.250
O3' A 0, 0.314, 0.575, 0.837, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.575 std_dev=0.262
C5' B 0, 0.528, 0.814, 1.101, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.814 std_dev=0.286
C2' B 0, 0.601, 0.891, 1.181, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.891 std_dev=0.290
O3' B 0, 0.670, 0.979, 1.287, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.979 std_dev=0.309
C5' A 0, 0.417, 0.741, 1.065, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.741 std_dev=0.324
O5' B 0, 0.839, 1.238, 1.636, 2.144 max_d=2.144 avg_d=1.238 std_dev=0.399
O2' B 0, 0.776, 1.177, 1.577, 1.942 max_d=1.942 avg_d=1.177 std_dev=0.400
P B 0, 0.544, 0.958, 1.373, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.958 std_dev=0.414
OP1 B 0, 1.778, 2.267, 2.756, 3.107 max_d=3.107 avg_d=2.267 std_dev=0.489
O5' A 0, 0.799, 1.301, 1.803, 2.268 max_d=2.268 avg_d=1.301 std_dev=0.502
OP2 A 0, 0.865, 1.374, 1.883, 2.581 max_d=2.581 avg_d=1.374 std_dev=0.509
P A 0, 0.856, 1.377, 1.898, 2.708 max_d=2.708 avg_d=1.377 std_dev=0.521
OP2 B 0, 1.940, 2.538, 3.136, 3.444 max_d=3.444 avg_d=2.538 std_dev=0.598
OP1 A 0, 1.228, 1.865, 2.502, 3.496 max_d=3.496 avg_d=1.865 std_dev=0.637

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.18 0.02 0.24 0.30 0.17
C2 0.04 0.00 0.11 0.15 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.13 0.17 0.04 0.41 0.02 0.44 0.54 0.42
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.07 0.07 0.09 0.14 0.11 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01 0.25 0.08 0.28 0.24 0.20
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.09 0.01 0.11 0.03 0.12 0.13 0.14 0.17 0.13 0.13 0.06 0.02 0.01 0.01 0.34 0.14 0.36 0.20 0.27
C4 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.02 0.43 0.01 0.45 0.50 0.41
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.09 0.07 0.08 0.06 0.09 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.09 0.16 0.27 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.02 0.54 0.02 0.58 0.64 0.55
C5' 0.03 0.12 0.02 0.03 0.12 0.01 0.16 0.00 0.17 0.16 0.15 0.12 0.10 0.18 0.10 0.05 0.04 0.02 0.01 0.19 0.17 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.08 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.15 0.03 0.56 0.01 0.62 0.70 0.59
C8 0.01 0.02 0.07 0.13 0.01 0.09 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.14 0.04 0.53 0.03 0.53 0.52 0.49
N1 0.03 0.01 0.09 0.14 0.02 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.16 0.04 0.50 0.01 0.55 0.64 0.52
N2 0.05 0.01 0.14 0.17 0.02 0.08 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.17 0.22 0.06 0.37 0.02 0.40 0.52 0.38
N3 0.04 0.00 0.11 0.13 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.15 0.04 0.36 0.01 0.38 0.46 0.35
N7 0.01 0.02 0.07 0.13 0.01 0.09 0.00 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.03 0.60 0.03 0.64 0.67 0.61
N9 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.39 0.02 0.39 0.42 0.35
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.05 0.11 0.17 0.12 0.05 0.03 0.00 0.04 0.05 0.07 0.08 0.22 0.21 0.08
O3' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.10 0.02 0.13 0.04 0.15 0.14 0.16 0.22 0.15 0.16 0.06 0.04 0.00 0.02 0.28 0.17 0.41 0.19 0.26
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.10 0.04 0.22 0.36 0.17
O5' 0.18 0.41 0.25 0.34 0.43 0.02 0.54 0.01 0.56 0.53 0.50 0.37 0.36 0.60 0.39 0.07 0.28 0.10 0.00 0.61 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.08 0.14 0.01 0.09 0.02 0.19 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.08 0.17 0.04 0.61 0.00 0.71 0.79 0.67
OP1 0.24 0.44 0.28 0.36 0.45 0.16 0.58 0.17 0.62 0.53 0.55 0.40 0.38 0.64 0.39 0.22 0.41 0.22 0.02 0.71 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.54 0.24 0.20 0.50 0.27 0.64 0.35 0.70 0.52 0.64 0.52 0.46 0.67 0.42 0.21 0.19 0.36 0.02 0.79 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.42 0.20 0.27 0.41 0.06 0.55 0.02 0.59 0.49 0.52 0.38 0.35 0.61 0.35 0.08 0.26 0.17 0.01 0.67 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.12 0.26 0.28 0.16 0.19 0.14 0.18 0.12 0.12 0.13 0.13 0.26 0.35 0.21 0.14 0.20 0.31 0.27 0.21
C2 0.15 0.13 0.26 0.27 0.17 0.19 0.15 0.18 0.13 0.13 0.16 0.13 0.25 0.33 0.20 0.14 0.20 0.30 0.26 0.21
C2' 0.21 0.15 0.33 0.34 0.18 0.24 0.16 0.22 0.15 0.16 0.15 0.18 0.34 0.41 0.23 0.19 0.21 0.32 0.26 0.21
C3' 0.25 0.20 0.36 0.36 0.22 0.28 0.20 0.25 0.19 0.20 0.19 0.23 0.38 0.42 0.27 0.23 0.23 0.34 0.26 0.22
C4 0.15 0.11 0.25 0.26 0.16 0.17 0.14 0.17 0.12 0.12 0.13 0.13 0.24 0.32 0.21 0.13 0.19 0.31 0.26 0.21
C4' 0.19 0.15 0.29 0.30 0.19 0.22 0.17 0.20 0.15 0.15 0.16 0.17 0.30 0.37 0.25 0.17 0.20 0.33 0.26 0.21
C5 0.14 0.11 0.23 0.24 0.16 0.16 0.14 0.16 0.11 0.11 0.12 0.14 0.22 0.30 0.21 0.12 0.19 0.32 0.27 0.21
C5' 0.25 0.22 0.32 0.32 0.26 0.26 0.25 0.25 0.23 0.22 0.22 0.23 0.32 0.38 0.31 0.24 0.26 0.37 0.30 0.26
C6 0.13 0.11 0.22 0.23 0.16 0.15 0.14 0.15 0.11 0.11 0.12 0.14 0.21 0.28 0.21 0.12 0.19 0.32 0.26 0.20
C8 0.14 0.11 0.23 0.25 0.16 0.16 0.14 0.16 0.12 0.11 0.12 0.14 0.23 0.31 0.21 0.13 0.19 0.32 0.27 0.21
N1 0.14 0.11 0.24 0.25 0.17 0.16 0.14 0.16 0.12 0.12 0.15 0.12 0.22 0.30 0.20 0.13 0.19 0.30 0.26 0.21
N2 0.16 0.15 0.27 0.29 0.18 0.21 0.16 0.20 0.15 0.14 0.18 0.15 0.27 0.35 0.20 0.16 0.22 0.29 0.27 0.22
N3 0.15 0.12 0.26 0.27 0.16 0.19 0.14 0.18 0.13 0.12 0.15 0.12 0.25 0.34 0.20 0.14 0.20 0.30 0.26 0.21
N7 0.14 0.11 0.22 0.24 0.16 0.15 0.14 0.15 0.11 0.11 0.11 0.15 0.22 0.30 0.21 0.12 0.19 0.33 0.27 0.21
N9 0.15 0.11 0.25 0.27 0.16 0.18 0.14 0.17 0.12 0.12 0.13 0.13 0.25 0.33 0.21 0.14 0.19 0.32 0.27 0.21
O2' 0.23 0.17 0.34 0.35 0.18 0.26 0.16 0.25 0.16 0.18 0.16 0.19 0.35 0.43 0.22 0.22 0.24 0.33 0.28 0.24
O3' 0.30 0.24 0.41 0.40 0.25 0.32 0.23 0.29 0.23 0.25 0.23 0.28 0.44 0.46 0.31 0.28 0.26 0.36 0.28 0.24
O4' 0.15 0.12 0.25 0.27 0.17 0.18 0.15 0.18 0.12 0.12 0.14 0.13 0.25 0.34 0.22 0.14 0.20 0.32 0.27 0.21
O5' 0.56 0.59 0.51 0.52 0.69 0.55 0.68 0.58 0.64 0.60 0.64 0.55 0.48 0.50 0.74 0.59 0.64 0.62 0.69 0.65
O6 0.13 0.11 0.20 0.22 0.16 0.14 0.14 0.15 0.11 0.11 0.11 0.17 0.19 0.26 0.21 0.12 0.19 0.33 0.27 0.21
OP1 0.68 0.70 0.64 0.66 0.82 0.68 0.82 0.71 0.77 0.71 0.76 0.64 0.60 0.64 0.88 0.71 0.77 0.79 0.83 0.80
OP2 0.81 0.82 0.76 0.78 0.92 0.82 0.93 0.86 0.89 0.84 0.86 0.78 0.73 0.76 0.96 0.85 0.90 0.94 0.96 0.94
P 0.64 0.66 0.59 0.61 0.77 0.64 0.77 0.68 0.73 0.68 0.71 0.61 0.56 0.60 0.83 0.68 0.73 0.75 0.79 0.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.16 0.14 0.09
C2 0.03 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.04 0.13 0.25 0.20 0.15
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.08 0.14 0.00 0.02 0.07 0.01 0.09 0.12 0.10 0.07
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.11 0.01 0.11 0.02 0.10 0.06 0.11 0.14 0.02 0.01 0.12 0.01 0.12 0.12 0.11 0.09
C4 0.03 0.01 0.06 0.11 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.13 0.00 0.04 0.20 0.33 0.28 0.22
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.07 0.05 0.02 0.07 0.00 0.02 0.09 0.06 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.14 0.01 0.04 0.21 0.33 0.27 0.22
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.07 0.09 0.07 0.05 0.04 0.13 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.01 0.04 0.17 0.27 0.20 0.17
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.02 0.12 0.23 0.17 0.13
N3 0.03 0.01 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.13 0.01 0.04 0.16 0.29 0.24 0.18
O2 0.06 0.01 0.14 0.14 0.02 0.07 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.14 0.16 0.02 0.06 0.12 0.23 0.18 0.14
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.08 0.14 0.00 0.05 0.06 0.04 0.05 0.12 0.08 0.05
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.13 0.02 0.14 0.04 0.12 0.06 0.13 0.16 0.05 0.00 0.15 0.02 0.13 0.18 0.17 0.13
O4 0.03 0.02 0.07 0.12 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.15 0.00 0.04 0.21 0.36 0.31 0.24
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.04 0.00 0.08 0.15 0.17 0.11
O5' 0.07 0.13 0.09 0.12 0.20 0.02 0.21 0.01 0.17 0.12 0.16 0.12 0.05 0.13 0.21 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.25 0.12 0.12 0.33 0.09 0.33 0.08 0.27 0.23 0.29 0.23 0.12 0.18 0.36 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.20 0.10 0.11 0.28 0.06 0.27 0.03 0.20 0.17 0.24 0.18 0.08 0.17 0.31 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.15 0.07 0.09 0.22 0.03 0.22 0.02 0.17 0.13 0.18 0.14 0.05 0.13 0.24 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00