ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52609

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 9, 11, 10, 7, 4, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.018, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.015, 0.024, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.027, 0.037, 0.048, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.037 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.026, 0.037, 0.048, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.037 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.022, 0.034, 0.045, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.034 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.022, 0.034, 0.046, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.034 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.028, 0.042, 0.057, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.042 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.035, 0.051, 0.067, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.051 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.029, 0.051, 0.072, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.051 std_dev=0.021
N2 A 0, 0.020, 0.041, 0.063, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.041 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.057, 0.082, 0.107, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.082 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.064, 0.092, 0.120, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.092 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.134, 0.215, 0.296, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.215 std_dev=0.081
O4' A 0, 0.065, 0.166, 0.268, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.166 std_dev=0.102
O2' A 0, 0.220, 0.348, 0.476, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.348 std_dev=0.128
C4' A 0, 0.138, 0.299, 0.460, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.299 std_dev=0.161
C3' A 0, 0.107, 0.274, 0.441, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.274 std_dev=0.167
N3 B 0, 0.240, 0.423, 0.606, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.423 std_dev=0.183
C4 B 0, 0.224, 0.419, 0.614, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.419 std_dev=0.195
C6 B 0, 0.216, 0.416, 0.616, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.416 std_dev=0.200
C2 B 0, 0.216, 0.419, 0.622, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.419 std_dev=0.203
C5 B 0, 0.262, 0.469, 0.676, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.469 std_dev=0.207
O3' A 0, 0.192, 0.416, 0.639, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.416 std_dev=0.223
N1 B 0, 0.109, 0.341, 0.572, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.341 std_dev=0.231
C5' A 0, 0.279, 0.530, 0.781, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.530 std_dev=0.251
O4 B 0, 0.251, 0.506, 0.761, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.506 std_dev=0.255
O2 B 0, 0.298, 0.564, 0.830, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.564 std_dev=0.266
C1' B 0, 0.204, 0.473, 0.742, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.473 std_dev=0.269
O4' B 0, 0.237, 0.547, 0.857, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.547 std_dev=0.310
C2' B 0, 0.267, 0.601, 0.936, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.601 std_dev=0.335
C3' B 0, 0.306, 0.651, 0.996, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.651 std_dev=0.345
C4' B 0, 0.285, 0.643, 1.000, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.643 std_dev=0.357
C5' B 0, 0.409, 0.827, 1.245, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.827 std_dev=0.418
O2' B 0, 0.382, 0.806, 1.231, 1.815 max_d=1.815 avg_d=0.806 std_dev=0.424
O3' B 0, 0.457, 0.911, 1.365, 2.315 max_d=2.315 avg_d=0.911 std_dev=0.454
O5' B 0, 1.501, 1.998, 2.496, 3.110 max_d=3.110 avg_d=1.998 std_dev=0.498
P B 0, 1.868, 2.487, 3.105, 4.041 max_d=4.041 avg_d=2.487 std_dev=0.619
OP2 B 0, 2.255, 2.983, 3.710, 4.463 max_d=4.463 avg_d=2.983 std_dev=0.728
OP1 B 0, 2.047, 2.795, 3.543, 4.522 max_d=4.522 avg_d=2.795 std_dev=0.748
O5' A 0, 0.239, 0.993, 1.747, 2.472 max_d=2.472 avg_d=0.993 std_dev=0.754
P A 0, 0.392, 1.355, 2.317, 3.559 max_d=3.559 avg_d=1.355 std_dev=0.963
OP1 A 0, 0.678, 1.784, 2.890, 4.565 max_d=4.565 avg_d=1.784 std_dev=1.106
OP2 A 0, 0.394, 1.737, 3.081, 5.191 max_d=5.191 avg_d=1.737 std_dev=1.344

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.20 0.02 0.27 0.26 0.18
C2 0.04 0.00 0.13 0.16 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.19 0.03 0.45 0.01 0.51 0.67 0.47
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.02 0.05 0.02 0.07 0.05 0.11 0.16 0.13 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.30 0.06 0.37 0.25 0.25
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.11 0.10 0.14 0.19 0.14 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.40 0.11 0.48 0.24 0.32
C4 0.02 0.01 0.07 0.09 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.10 0.02 0.46 0.01 0.50 0.64 0.47
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.10 0.07 0.09 0.06 0.10 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.10 0.25 0.26 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.03 0.57 0.01 0.65 0.84 0.61
C5' 0.03 0.13 0.02 0.03 0.13 0.01 0.19 0.00 0.20 0.19 0.17 0.13 0.11 0.22 0.11 0.06 0.04 0.01 0.01 0.23 0.27 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.11 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.03 0.60 0.01 0.70 0.93 0.66
C8 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.11 0.04 0.56 0.02 0.59 0.71 0.55
N1 0.03 0.01 0.11 0.14 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.03 0.54 0.01 0.62 0.83 0.58
N2 0.05 0.00 0.16 0.19 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.24 0.04 0.41 0.02 0.47 0.62 0.43
N3 0.04 0.01 0.13 0.14 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.17 0.03 0.39 0.01 0.44 0.55 0.40
N7 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.10 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.04 0.63 0.02 0.71 0.92 0.68
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.42 0.02 0.44 0.52 0.40
O2' 0.02 0.17 0.01 0.02 0.09 0.06 0.07 0.06 0.10 0.04 0.14 0.21 0.15 0.04 0.03 0.00 0.05 0.05 0.10 0.09 0.33 0.16 0.12
O3' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.10 0.02 0.10 0.04 0.13 0.11 0.17 0.24 0.17 0.10 0.05 0.05 0.00 0.02 0.33 0.13 0.55 0.28 0.29
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.10 0.04 0.21 0.26 0.12
O5' 0.20 0.45 0.30 0.40 0.46 0.02 0.57 0.01 0.60 0.56 0.54 0.41 0.39 0.63 0.42 0.10 0.33 0.10 0.00 0.65 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.10 0.01 0.23 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.09 0.13 0.04 0.65 0.00 0.79 1.05 0.74
OP1 0.27 0.51 0.37 0.48 0.50 0.25 0.65 0.27 0.70 0.59 0.62 0.47 0.44 0.71 0.44 0.33 0.55 0.21 0.02 0.79 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.67 0.25 0.24 0.64 0.26 0.84 0.39 0.93 0.71 0.83 0.62 0.55 0.92 0.52 0.16 0.28 0.26 0.02 1.05 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.47 0.25 0.32 0.47 0.07 0.61 0.02 0.66 0.55 0.58 0.43 0.40 0.68 0.40 0.12 0.29 0.12 0.01 0.74 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.14 0.28 0.30 0.23 0.21 0.20 0.18 0.15 0.15 0.19 0.16 0.34 0.39 0.30 0.18 0.21 0.21 0.31 0.19
C2 0.17 0.14 0.27 0.28 0.21 0.20 0.17 0.17 0.14 0.13 0.20 0.14 0.31 0.35 0.26 0.17 0.19 0.18 0.29 0.18
C2' 0.24 0.20 0.35 0.35 0.26 0.27 0.23 0.23 0.20 0.20 0.22 0.21 0.40 0.45 0.32 0.23 0.24 0.22 0.28 0.18
C3' 0.26 0.23 0.36 0.36 0.30 0.28 0.27 0.24 0.24 0.23 0.25 0.24 0.41 0.44 0.36 0.24 0.23 0.21 0.30 0.18
C4 0.18 0.14 0.26 0.27 0.23 0.19 0.20 0.16 0.16 0.14 0.19 0.15 0.31 0.35 0.30 0.17 0.20 0.19 0.31 0.19
C4' 0.20 0.17 0.29 0.30 0.28 0.22 0.25 0.18 0.19 0.17 0.22 0.17 0.35 0.39 0.36 0.18 0.19 0.18 0.31 0.17
C5 0.18 0.15 0.25 0.25 0.25 0.17 0.22 0.16 0.17 0.15 0.19 0.17 0.29 0.31 0.31 0.16 0.21 0.20 0.33 0.21
C5' 0.24 0.25 0.30 0.31 0.38 0.25 0.36 0.24 0.29 0.25 0.31 0.23 0.34 0.38 0.47 0.23 0.22 0.24 0.37 0.24
C6 0.18 0.15 0.24 0.24 0.25 0.17 0.22 0.16 0.18 0.16 0.19 0.18 0.28 0.29 0.31 0.17 0.21 0.20 0.33 0.21
C8 0.18 0.15 0.25 0.26 0.26 0.18 0.23 0.16 0.18 0.15 0.19 0.17 0.30 0.33 0.33 0.16 0.21 0.21 0.34 0.21
N1 0.17 0.14 0.25 0.25 0.22 0.18 0.19 0.16 0.15 0.14 0.20 0.15 0.29 0.30 0.27 0.16 0.19 0.18 0.30 0.18
N2 0.17 0.15 0.29 0.30 0.20 0.22 0.16 0.20 0.13 0.13 0.20 0.15 0.33 0.38 0.23 0.18 0.20 0.20 0.28 0.18
N3 0.18 0.14 0.27 0.28 0.22 0.20 0.18 0.18 0.14 0.13 0.19 0.14 0.32 0.37 0.27 0.17 0.19 0.19 0.29 0.18
N7 0.18 0.16 0.24 0.24 0.26 0.17 0.24 0.17 0.19 0.16 0.19 0.18 0.29 0.31 0.33 0.17 0.22 0.23 0.35 0.23
N9 0.18 0.14 0.26 0.27 0.24 0.19 0.21 0.17 0.16 0.15 0.19 0.16 0.32 0.36 0.31 0.17 0.20 0.20 0.32 0.19
O2' 0.29 0.23 0.38 0.39 0.26 0.32 0.23 0.28 0.23 0.24 0.24 0.25 0.43 0.48 0.30 0.28 0.29 0.28 0.29 0.24
O3' 0.32 0.27 0.41 0.40 0.31 0.33 0.29 0.29 0.27 0.27 0.28 0.29 0.46 0.49 0.37 0.30 0.27 0.25 0.30 0.21
O4' 0.18 0.14 0.27 0.28 0.24 0.20 0.21 0.18 0.16 0.14 0.19 0.15 0.33 0.37 0.32 0.17 0.20 0.21 0.33 0.20
O5' 0.56 0.58 0.48 0.47 0.68 0.52 0.67 0.54 0.62 0.58 0.63 0.55 0.51 0.45 0.74 0.59 0.59 0.60 0.75 0.65
O6 0.19 0.17 0.23 0.23 0.26 0.18 0.25 0.18 0.20 0.18 0.19 0.21 0.26 0.28 0.32 0.17 0.24 0.23 0.35 0.24
OP1 0.68 0.72 0.61 0.61 0.86 0.66 0.85 0.68 0.79 0.73 0.78 0.66 0.62 0.59 0.92 0.73 0.74 0.75 0.86 0.79
OP2 0.89 0.95 0.77 0.79 1.13 0.87 1.12 0.93 1.04 0.96 1.04 0.86 0.73 0.71 1.21 0.95 1.03 1.05 1.23 1.12
P 0.63 0.66 0.53 0.52 0.80 0.60 0.79 0.62 0.72 0.67 0.73 0.61 0.53 0.47 0.86 0.68 0.69 0.71 0.85 0.76

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.08 0.09 0.22 0.11
C2 0.03 0.00 0.09 0.11 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.02 0.04 0.19 0.17 0.29 0.18
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.02 0.08 0.02 0.09 0.03 0.08 0.16 0.00 0.02 0.07 0.01 0.14 0.16 0.16 0.11
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.14 0.00 0.16 0.02 0.15 0.08 0.13 0.15 0.02 0.01 0.15 0.02 0.20 0.22 0.14 0.15
C4 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.17 0.00 0.03 0.28 0.28 0.37 0.28
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.05 0.07 0.06 0.06 0.02 0.10 0.00 0.02 0.10 0.17 0.04
C5 0.02 0.02 0.08 0.16 0.01 0.11 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.19 0.01 0.04 0.29 0.28 0.37 0.29
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.17 0.01 0.19 0.00 0.15 0.09 0.13 0.07 0.06 0.03 0.19 0.02 0.01 0.13 0.20 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.15 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.17 0.01 0.05 0.25 0.22 0.31 0.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.02 0.02 0.18 0.15 0.27 0.17
N3 0.02 0.01 0.08 0.13 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.15 0.01 0.03 0.23 0.22 0.34 0.23
O2 0.05 0.01 0.16 0.15 0.02 0.06 0.02 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.18 0.03 0.06 0.16 0.14 0.28 0.16
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.03 0.08 0.17 0.00 0.04 0.07 0.05 0.06 0.13 0.16 0.06
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.17 0.02 0.19 0.03 0.17 0.08 0.15 0.18 0.04 0.00 0.19 0.02 0.19 0.28 0.19 0.18
O4 0.02 0.02 0.07 0.15 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.19 0.00 0.04 0.30 0.31 0.40 0.31
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.05 0.02 0.04 0.00 0.08 0.10 0.25 0.13
O5' 0.08 0.19 0.14 0.20 0.28 0.02 0.29 0.01 0.25 0.18 0.23 0.16 0.06 0.19 0.30 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.17 0.16 0.22 0.28 0.10 0.28 0.13 0.22 0.15 0.22 0.14 0.13 0.28 0.31 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.29 0.16 0.14 0.37 0.17 0.37 0.20 0.31 0.27 0.34 0.28 0.16 0.19 0.40 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.18 0.11 0.15 0.28 0.04 0.29 0.02 0.23 0.17 0.23 0.16 0.06 0.18 0.31 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00