ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52611

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 7, 12, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.013, 0.027, 0.040, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.027 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.008, 0.022, 0.037, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.010, 0.029, 0.047, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.029 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.011, 0.030, 0.048, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.030 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.014, 0.035, 0.057, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.035 std_dev=0.022
N3 A 0, 0.010, 0.031, 0.053, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.017, 0.039, 0.061, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.039 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.019, 0.044, 0.069, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.044 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.018, 0.043, 0.068, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.043 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.014, 0.050, 0.086, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.050 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.070, 0.210, 0.351, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.210 std_dev=0.141
C2' A 0, 0.075, 0.232, 0.389, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.232 std_dev=0.157
N1 B 0, 0.318, 0.482, 0.646, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.482 std_dev=0.164
N3 B 0, 0.170, 0.336, 0.503, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.336 std_dev=0.166
C4 B 0, 0.224, 0.396, 0.569, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.396 std_dev=0.173
C2 B 0, 0.201, 0.390, 0.578, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.390 std_dev=0.188
O2' A 0, 0.105, 0.294, 0.483, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.294 std_dev=0.189
C6 B 0, 0.314, 0.504, 0.695, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.504 std_dev=0.190
C5 B 0, 0.223, 0.430, 0.637, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.430 std_dev=0.207
O4 B 0, 0.487, 0.695, 0.904, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.695 std_dev=0.209
C4' A 0, 0.119, 0.338, 0.558, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.338 std_dev=0.219
C3' A 0, 0.137, 0.375, 0.612, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.375 std_dev=0.237
C1' B 0, 0.399, 0.643, 0.886, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.643 std_dev=0.244
O2 B 0, 0.198, 0.513, 0.828, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.513 std_dev=0.315
O3' A 0, 0.232, 0.564, 0.897, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.564 std_dev=0.333
C2' B 0, 0.447, 0.787, 1.127, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.787 std_dev=0.340
O4' B 0, 0.445, 0.841, 1.237, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.841 std_dev=0.396
C5' A 0, 0.173, 0.577, 0.982, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.577 std_dev=0.404
O2' B 0, 0.447, 0.870, 1.292, 2.039 max_d=2.039 avg_d=0.870 std_dev=0.423
C3' B 0, 0.494, 1.016, 1.538, 1.905 max_d=1.905 avg_d=1.016 std_dev=0.522
C4' B 0, 0.509, 1.041, 1.573, 1.819 max_d=1.819 avg_d=1.041 std_dev=0.532
O5' B 0, 0.705, 1.292, 1.880, 2.192 max_d=2.192 avg_d=1.292 std_dev=0.587
O3' B 0, 0.558, 1.193, 1.828, 2.398 max_d=2.398 avg_d=1.193 std_dev=0.635
P B 0, 0.440, 1.116, 1.792, 3.130 max_d=3.130 avg_d=1.116 std_dev=0.676
O5' A 0, 0.135, 0.820, 1.504, 2.301 max_d=2.301 avg_d=0.820 std_dev=0.685
OP2 B 0, 0.533, 1.238, 1.943, 3.667 max_d=3.667 avg_d=1.238 std_dev=0.705
OP1 B 0, 0.589, 1.294, 2.000, 3.762 max_d=3.762 avg_d=1.294 std_dev=0.706
C5' B 0, 0.635, 1.354, 2.072, 2.391 max_d=2.391 avg_d=1.354 std_dev=0.718
P A 0, 0.242, 1.310, 2.378, 4.325 max_d=4.325 avg_d=1.310 std_dev=1.068
OP1 A 0, 0.397, 1.652, 2.907, 5.075 max_d=5.075 avg_d=1.652 std_dev=1.255
OP2 A 0, 0.030, 1.477, 2.925, 5.695 max_d=5.695 avg_d=1.477 std_dev=1.448

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.06 0.07 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.18 0.03 0.19 0.36 0.19
C2 0.07 0.00 0.18 0.21 0.02 0.12 0.02 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.19 0.26 0.06 0.43 0.02 0.36 0.72 0.45
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.09 0.02 0.07 0.03 0.10 0.08 0.15 0.21 0.17 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.28 0.09 0.30 0.31 0.20
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.12 0.01 0.11 0.03 0.14 0.13 0.18 0.25 0.19 0.12 0.07 0.02 0.01 0.02 0.38 0.13 0.40 0.27 0.26
C4 0.03 0.02 0.09 0.12 0.00 0.06 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.03 0.45 0.02 0.36 0.71 0.47
C4' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.10 0.10 0.14 0.11 0.10 0.04 0.05 0.03 0.01 0.03 0.09 0.22 0.36 0.14
C5 0.02 0.02 0.07 0.11 0.01 0.07 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.13 0.03 0.56 0.01 0.52 0.95 0.65
C5' 0.04 0.16 0.03 0.03 0.14 0.01 0.18 0.00 0.19 0.19 0.17 0.17 0.14 0.21 0.11 0.06 0.06 0.02 0.02 0.21 0.23 0.37 0.03
C6 0.04 0.01 0.10 0.14 0.02 0.08 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.12 0.17 0.03 0.58 0.01 0.57 1.03 0.70
C8 0.02 0.02 0.08 0.13 0.01 0.10 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.14 0.04 0.55 0.03 0.51 0.85 0.62
N1 0.06 0.01 0.15 0.18 0.02 0.10 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.17 0.23 0.05 0.52 0.02 0.47 0.90 0.59
N2 0.07 0.01 0.21 0.25 0.02 0.14 0.02 0.17 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.23 0.32 0.07 0.39 0.04 0.34 0.65 0.40
N3 0.07 0.01 0.17 0.19 0.01 0.11 0.02 0.14 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.17 0.23 0.06 0.38 0.03 0.31 0.61 0.38
N7 0.02 0.02 0.06 0.12 0.01 0.10 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.14 0.04 0.62 0.04 0.63 1.05 0.76
N9 0.01 0.03 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.11 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.40 0.02 0.31 0.61 0.41
O2' 0.02 0.19 0.01 0.02 0.09 0.05 0.08 0.06 0.12 0.05 0.17 0.23 0.17 0.05 0.03 0.00 0.06 0.06 0.08 0.11 0.36 0.37 0.23
O3' 0.02 0.26 0.03 0.01 0.13 0.03 0.13 0.06 0.17 0.14 0.23 0.32 0.23 0.14 0.06 0.06 0.00 0.03 0.30 0.17 0.51 0.31 0.26
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.07 0.06 0.04 0.02 0.06 0.03 0.00 0.09 0.04 0.19 0.37 0.21
O5' 0.18 0.43 0.28 0.38 0.45 0.03 0.56 0.02 0.58 0.55 0.52 0.39 0.38 0.62 0.40 0.08 0.30 0.09 0.00 0.63 0.02 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.09 0.13 0.02 0.09 0.01 0.21 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.11 0.17 0.04 0.63 0.00 0.67 1.17 0.80
OP1 0.19 0.36 0.30 0.40 0.36 0.22 0.52 0.23 0.57 0.51 0.47 0.34 0.31 0.63 0.31 0.36 0.51 0.19 0.02 0.67 0.00 0.02 0.01
OP2 0.36 0.72 0.31 0.27 0.71 0.36 0.95 0.37 1.03 0.85 0.90 0.65 0.61 1.05 0.61 0.37 0.31 0.37 0.03 1.17 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.45 0.20 0.26 0.47 0.14 0.65 0.03 0.70 0.62 0.59 0.40 0.38 0.76 0.41 0.23 0.26 0.21 0.01 0.80 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.17 0.39 0.40 0.24 0.27 0.22 0.24 0.17 0.17 0.18 0.24 0.41 0.50 0.33 0.22 0.39 0.33 0.37 0.31
C2 0.24 0.18 0.39 0.37 0.23 0.27 0.21 0.26 0.18 0.18 0.20 0.24 0.41 0.47 0.30 0.24 0.35 0.30 0.34 0.27
C2' 0.26 0.20 0.46 0.43 0.26 0.29 0.24 0.25 0.20 0.20 0.21 0.25 0.48 0.53 0.35 0.23 0.37 0.30 0.36 0.28
C3' 0.31 0.24 0.47 0.43 0.27 0.32 0.25 0.27 0.22 0.24 0.23 0.30 0.50 0.52 0.34 0.28 0.40 0.31 0.38 0.31
C4 0.22 0.17 0.37 0.36 0.23 0.24 0.21 0.23 0.17 0.17 0.18 0.24 0.37 0.45 0.32 0.21 0.39 0.32 0.37 0.31
C4' 0.24 0.18 0.39 0.38 0.24 0.26 0.23 0.22 0.18 0.18 0.18 0.24 0.42 0.48 0.33 0.22 0.39 0.31 0.38 0.30
C5 0.21 0.17 0.33 0.34 0.24 0.22 0.22 0.21 0.17 0.16 0.17 0.25 0.33 0.40 0.32 0.19 0.43 0.35 0.41 0.35
C5' 0.28 0.25 0.37 0.36 0.30 0.28 0.29 0.25 0.25 0.25 0.25 0.30 0.42 0.45 0.38 0.29 0.42 0.34 0.44 0.36
C6 0.21 0.17 0.32 0.32 0.24 0.21 0.21 0.20 0.17 0.16 0.17 0.25 0.32 0.37 0.32 0.19 0.42 0.35 0.40 0.34
C8 0.21 0.17 0.33 0.35 0.24 0.22 0.23 0.21 0.17 0.16 0.17 0.24 0.34 0.42 0.33 0.19 0.44 0.37 0.43 0.37
N1 0.22 0.17 0.35 0.34 0.24 0.24 0.21 0.22 0.17 0.17 0.20 0.25 0.35 0.40 0.30 0.21 0.38 0.31 0.36 0.29
N2 0.26 0.20 0.43 0.40 0.24 0.31 0.22 0.30 0.21 0.21 0.22 0.24 0.46 0.51 0.29 0.27 0.33 0.31 0.35 0.27
N3 0.24 0.18 0.40 0.38 0.23 0.28 0.21 0.26 0.18 0.18 0.19 0.24 0.41 0.49 0.31 0.23 0.37 0.31 0.35 0.28
N7 0.20 0.17 0.31 0.33 0.24 0.21 0.23 0.20 0.18 0.17 0.17 0.25 0.32 0.39 0.33 0.19 0.46 0.39 0.45 0.39
N9 0.22 0.17 0.36 0.37 0.24 0.24 0.22 0.22 0.17 0.16 0.18 0.23 0.37 0.46 0.33 0.20 0.41 0.33 0.39 0.32
O2' 0.27 0.21 0.47 0.46 0.28 0.32 0.25 0.29 0.22 0.22 0.23 0.24 0.49 0.57 0.36 0.24 0.36 0.32 0.37 0.29
O3' 0.36 0.29 0.53 0.48 0.29 0.37 0.28 0.32 0.27 0.29 0.27 0.34 0.57 0.56 0.36 0.32 0.41 0.33 0.39 0.32
O4' 0.21 0.16 0.36 0.38 0.25 0.25 0.23 0.23 0.18 0.16 0.18 0.23 0.39 0.49 0.34 0.20 0.40 0.34 0.39 0.32
O5' 0.58 0.59 0.56 0.55 0.66 0.56 0.65 0.59 0.62 0.60 0.62 0.59 0.58 0.59 0.70 0.61 0.59 0.59 0.71 0.63
O6 0.20 0.18 0.29 0.31 0.23 0.20 0.21 0.20 0.17 0.17 0.16 0.27 0.29 0.33 0.32 0.18 0.46 0.39 0.44 0.39
OP1 0.60 0.62 0.55 0.54 0.73 0.58 0.73 0.62 0.68 0.63 0.66 0.60 0.58 0.57 0.80 0.65 0.64 0.66 0.80 0.71
OP2 1.08 1.12 1.01 1.02 1.25 1.08 1.25 1.14 1.20 1.14 1.18 1.07 1.02 1.00 1.30 1.14 1.14 1.20 1.30 1.22
P 0.72 0.75 0.67 0.67 0.85 0.71 0.85 0.75 0.80 0.75 0.79 0.71 0.70 0.68 0.90 0.76 0.75 0.79 0.91 0.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.13 0.04 0.01 0.22 0.19 0.35 0.20
C2 0.03 0.00 0.12 0.15 0.02 0.06 0.03 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.02 0.06 0.36 0.29 0.39 0.29
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.08 0.02 0.09 0.09 0.10 0.04 0.11 0.19 0.00 0.02 0.10 0.02 0.29 0.29 0.33 0.24
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.21 0.01 0.21 0.02 0.18 0.12 0.19 0.16 0.02 0.01 0.23 0.02 0.24 0.28 0.15 0.13
C4 0.04 0.02 0.08 0.21 0.00 0.12 0.01 0.16 0.02 0.02 0.01 0.03 0.17 0.19 0.01 0.07 0.52 0.45 0.49 0.44
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.13 0.06 0.08 0.07 0.14 0.03 0.13 0.01 0.02 0.11 0.29 0.07
C5 0.04 0.03 0.09 0.21 0.01 0.14 0.00 0.18 0.01 0.02 0.02 0.03 0.19 0.20 0.02 0.09 0.56 0.47 0.49 0.47
C5' 0.04 0.08 0.09 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.15 0.08 0.11 0.08 0.08 0.10 0.18 0.02 0.01 0.19 0.29 0.02
C6 0.04 0.02 0.10 0.18 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.16 0.02 0.09 0.50 0.39 0.41 0.38
N1 0.02 0.01 0.04 0.12 0.02 0.06 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.09 0.03 0.04 0.36 0.29 0.37 0.28
N3 0.03 0.01 0.11 0.19 0.01 0.08 0.02 0.11 0.01 0.02 0.00 0.02 0.14 0.17 0.01 0.06 0.44 0.36 0.43 0.36
O2 0.05 0.01 0.19 0.16 0.03 0.07 0.03 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.17 0.22 0.03 0.10 0.29 0.25 0.38 0.27
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.17 0.14 0.19 0.08 0.17 0.09 0.14 0.17 0.00 0.04 0.19 0.10 0.17 0.21 0.36 0.19
O3' 0.13 0.15 0.02 0.01 0.19 0.03 0.20 0.10 0.16 0.09 0.17 0.22 0.04 0.00 0.23 0.09 0.24 0.38 0.25 0.23
O4 0.04 0.02 0.10 0.23 0.01 0.13 0.02 0.18 0.02 0.03 0.01 0.03 0.19 0.23 0.00 0.08 0.55 0.49 0.53 0.48
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.07 0.01 0.09 0.02 0.09 0.04 0.06 0.10 0.10 0.09 0.08 0.00 0.17 0.18 0.39 0.22
O5' 0.22 0.36 0.29 0.24 0.52 0.02 0.56 0.01 0.50 0.36 0.44 0.29 0.17 0.24 0.55 0.17 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.19 0.29 0.29 0.28 0.45 0.11 0.47 0.19 0.39 0.29 0.36 0.25 0.21 0.38 0.49 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.35 0.39 0.33 0.15 0.49 0.29 0.49 0.29 0.41 0.37 0.43 0.38 0.36 0.25 0.53 0.39 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.29 0.24 0.13 0.44 0.07 0.47 0.02 0.38 0.28 0.36 0.27 0.19 0.23 0.48 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00