ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52612

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 9, 8, 6, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.015, 0.025, 0.035, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.024, 0.037, 0.050, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.037 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.018, 0.032, 0.047, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.032 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.022, 0.041, 0.060, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.041 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.010, 0.032, 0.054, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.032 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.012, 0.040, 0.067, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.040 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.015, 0.049, 0.082, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.049 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.015, 0.053, 0.090, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.053 std_dev=0.037
N7 A 0, 0.010, 0.057, 0.104, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.057 std_dev=0.047
C8 A 0, 0.012, 0.070, 0.127, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.070 std_dev=0.058
N3 B 0, 0.163, 0.272, 0.380, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.272 std_dev=0.109
C2 B 0, 0.159, 0.277, 0.396, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.277 std_dev=0.118
O4' A 0, 0.051, 0.175, 0.300, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.175 std_dev=0.124
N1 B 0, 0.196, 0.326, 0.456, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.326 std_dev=0.130
C2' A 0, 0.083, 0.228, 0.372, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.228 std_dev=0.145
C6 B 0, 0.149, 0.305, 0.460, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.305 std_dev=0.155
C4 B 0, 0.209, 0.367, 0.524, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.367 std_dev=0.157
O2 B 0, 0.220, 0.388, 0.556, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.388 std_dev=0.168
C5 B 0, 0.185, 0.353, 0.521, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.353 std_dev=0.168
O4' B 0, 0.274, 0.452, 0.630, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.452 std_dev=0.178
C1' B 0, 0.314, 0.500, 0.687, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.500 std_dev=0.187
C4' A 0, 0.078, 0.270, 0.462, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.270 std_dev=0.192
O2' A 0, 0.124, 0.319, 0.514, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.319 std_dev=0.195
O5' B 0, 0.303, 0.508, 0.714, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.508 std_dev=0.205
C4' B 0, 0.274, 0.481, 0.689, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.481 std_dev=0.207
C3' A 0, 0.118, 0.333, 0.547, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.333 std_dev=0.214
O4 B 0, 0.294, 0.534, 0.775, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.534 std_dev=0.240
C5' B 0, 0.208, 0.460, 0.712, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.460 std_dev=0.252
C3' B 0, 0.316, 0.571, 0.827, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.571 std_dev=0.256
P B 0, 0.350, 0.620, 0.890, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.620 std_dev=0.270
C2' B 0, 0.359, 0.635, 0.911, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.635 std_dev=0.276
C5' A 0, 0.184, 0.484, 0.785, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.484 std_dev=0.301
O3' A 0, 0.198, 0.515, 0.833, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.515 std_dev=0.317
OP2 B 0, 0.402, 0.804, 1.206, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.804 std_dev=0.402
O3' B 0, 0.395, 0.800, 1.205, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.800 std_dev=0.405
O2' B 0, 0.439, 0.846, 1.252, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.846 std_dev=0.407
O5' A 0, 0.134, 0.547, 0.959, 1.771 max_d=1.771 avg_d=0.547 std_dev=0.412
P A 0, 0.361, 0.820, 1.279, 1.959 max_d=1.959 avg_d=0.820 std_dev=0.459
OP1 B 0, 0.296, 0.786, 1.276, 2.761 max_d=2.761 avg_d=0.786 std_dev=0.490
OP1 A 0, 0.220, 0.913, 1.606, 3.683 max_d=3.683 avg_d=0.913 std_dev=0.693
OP2 A 0, 0.384, 1.094, 1.803, 2.926 max_d=2.926 avg_d=1.094 std_dev=0.710

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.08 0.01 0.26 0.21 0.07
C2 0.02 0.00 0.14 0.19 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.24 0.03 0.23 0.01 0.52 0.22 0.23
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.08 0.08 0.11 0.18 0.14 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.08 0.20 0.12 0.08
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.11 0.00 0.10 0.02 0.13 0.12 0.17 0.23 0.17 0.11 0.05 0.02 0.01 0.01 0.17 0.14 0.22 0.11 0.12
C4 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.12 0.02 0.21 0.01 0.50 0.24 0.19
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.07 0.08 0.10 0.08 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.07 0.09 0.20 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.13 0.03 0.26 0.01 0.61 0.30 0.24
C5' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.09 0.00 0.11 0.00 0.12 0.10 0.12 0.12 0.10 0.12 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.14 0.15 0.26 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.13 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.17 0.03 0.28 0.00 0.65 0.30 0.28
C8 0.01 0.01 0.08 0.12 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.14 0.04 0.23 0.01 0.54 0.35 0.18
N1 0.02 0.00 0.11 0.17 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.21 0.03 0.27 0.01 0.60 0.25 0.27
N2 0.03 0.01 0.18 0.23 0.02 0.10 0.02 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.15 0.29 0.04 0.23 0.02 0.50 0.21 0.23
N3 0.03 0.00 0.14 0.17 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.20 0.03 0.20 0.01 0.46 0.20 0.19
N7 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.04 0.27 0.02 0.65 0.38 0.24
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.17 0.01 0.43 0.25 0.13
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.09 0.15 0.11 0.06 0.02 0.00 0.06 0.05 0.04 0.08 0.13 0.13 0.03
O3' 0.02 0.24 0.02 0.01 0.12 0.02 0.13 0.03 0.17 0.14 0.21 0.29 0.20 0.15 0.05 0.06 0.00 0.02 0.18 0.19 0.33 0.20 0.16
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.08 0.04 0.21 0.26 0.11
O5' 0.08 0.23 0.12 0.17 0.21 0.01 0.26 0.01 0.28 0.23 0.27 0.23 0.20 0.27 0.17 0.04 0.18 0.08 0.00 0.30 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.08 0.14 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.19 0.04 0.30 0.00 0.70 0.34 0.31
OP1 0.26 0.52 0.20 0.22 0.50 0.09 0.61 0.15 0.65 0.54 0.60 0.50 0.46 0.65 0.43 0.13 0.33 0.21 0.02 0.70 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.22 0.12 0.11 0.24 0.20 0.30 0.26 0.30 0.35 0.25 0.21 0.20 0.38 0.25 0.13 0.20 0.26 0.02 0.34 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.23 0.08 0.12 0.19 0.02 0.24 0.01 0.28 0.18 0.27 0.23 0.19 0.24 0.13 0.03 0.16 0.11 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.11 0.18 0.20 0.13 0.15 0.12 0.13 0.11 0.11 0.11 0.14 0.18 0.27 0.18 0.15 0.19 0.32 0.22 0.15
C2 0.14 0.11 0.17 0.19 0.15 0.14 0.13 0.13 0.12 0.12 0.14 0.12 0.15 0.25 0.18 0.15 0.19 0.29 0.22 0.16
C2' 0.19 0.15 0.22 0.23 0.12 0.20 0.12 0.18 0.13 0.15 0.12 0.19 0.23 0.28 0.15 0.21 0.19 0.32 0.19 0.15
C3' 0.26 0.21 0.25 0.26 0.17 0.26 0.18 0.25 0.20 0.22 0.17 0.25 0.26 0.29 0.18 0.28 0.23 0.36 0.22 0.19
C4 0.13 0.10 0.15 0.17 0.14 0.12 0.12 0.11 0.10 0.11 0.11 0.13 0.15 0.23 0.18 0.13 0.19 0.33 0.22 0.15
C4' 0.18 0.14 0.17 0.19 0.15 0.17 0.15 0.16 0.14 0.14 0.13 0.17 0.18 0.24 0.19 0.20 0.18 0.33 0.19 0.14
C5 0.12 0.10 0.14 0.16 0.13 0.11 0.12 0.11 0.10 0.10 0.10 0.15 0.13 0.20 0.18 0.12 0.19 0.36 0.22 0.16
C5' 0.20 0.17 0.16 0.17 0.21 0.18 0.22 0.19 0.20 0.19 0.17 0.19 0.17 0.20 0.25 0.24 0.20 0.37 0.24 0.20
C6 0.12 0.10 0.14 0.15 0.13 0.11 0.12 0.12 0.10 0.10 0.10 0.15 0.13 0.19 0.18 0.12 0.19 0.36 0.22 0.16
C8 0.12 0.11 0.14 0.16 0.13 0.11 0.12 0.11 0.10 0.10 0.10 0.15 0.14 0.21 0.18 0.12 0.19 0.36 0.23 0.16
N1 0.13 0.10 0.15 0.17 0.14 0.12 0.12 0.12 0.10 0.10 0.13 0.12 0.14 0.21 0.18 0.13 0.19 0.32 0.22 0.16
N2 0.16 0.14 0.18 0.21 0.16 0.16 0.14 0.15 0.14 0.14 0.16 0.15 0.17 0.28 0.18 0.17 0.21 0.27 0.22 0.17
N3 0.14 0.11 0.17 0.19 0.14 0.14 0.12 0.13 0.11 0.12 0.13 0.13 0.16 0.26 0.18 0.15 0.19 0.30 0.22 0.15
N7 0.12 0.11 0.13 0.15 0.13 0.11 0.13 0.11 0.10 0.10 0.10 0.16 0.13 0.19 0.18 0.12 0.19 0.38 0.23 0.17
N9 0.13 0.10 0.15 0.17 0.14 0.12 0.12 0.11 0.10 0.10 0.11 0.14 0.15 0.23 0.18 0.13 0.18 0.34 0.22 0.15
O2' 0.19 0.14 0.24 0.26 0.11 0.21 0.11 0.20 0.12 0.14 0.11 0.18 0.25 0.32 0.14 0.20 0.21 0.31 0.22 0.18
O3' 0.33 0.27 0.32 0.33 0.21 0.34 0.24 0.34 0.26 0.28 0.22 0.31 0.34 0.35 0.20 0.37 0.31 0.40 0.27 0.27
O4' 0.13 0.11 0.16 0.18 0.15 0.13 0.14 0.11 0.11 0.11 0.12 0.13 0.16 0.25 0.20 0.14 0.18 0.33 0.22 0.15
O5' 0.37 0.34 0.28 0.27 0.34 0.34 0.35 0.33 0.35 0.35 0.33 0.36 0.30 0.25 0.35 0.41 0.43 0.27 0.38 0.34
O6 0.13 0.13 0.14 0.15 0.13 0.12 0.12 0.14 0.10 0.11 0.10 0.18 0.13 0.17 0.18 0.12 0.20 0.39 0.23 0.18
OP1 0.64 0.65 0.60 0.63 0.74 0.64 0.75 0.68 0.71 0.67 0.69 0.61 0.56 0.61 0.77 0.67 0.76 0.76 0.81 0.76
OP2 0.33 0.35 0.28 0.28 0.39 0.31 0.38 0.33 0.36 0.34 0.37 0.35 0.27 0.29 0.43 0.37 0.36 0.45 0.39 0.34
P 0.36 0.34 0.27 0.28 0.37 0.35 0.39 0.37 0.38 0.36 0.34 0.34 0.28 0.25 0.39 0.41 0.44 0.43 0.44 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.20 0.14 0.10
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.01 0.02 0.16 0.33 0.20 0.16
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.06 0.13 0.00 0.02 0.06 0.01 0.10 0.14 0.09 0.05
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.02 0.12 0.06 0.09 0.14 0.02 0.01 0.11 0.01 0.14 0.12 0.13 0.09
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.02 0.23 0.42 0.29 0.23
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.06 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.08 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.01 0.02 0.23 0.39 0.26 0.22
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.14 0.01 0.15 0.00 0.12 0.08 0.12 0.09 0.05 0.03 0.16 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.13 0.01 0.02 0.20 0.32 0.19 0.17
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.15 0.29 0.17 0.14
N3 0.02 0.00 0.06 0.09 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.01 0.02 0.20 0.39 0.25 0.20
O2 0.04 0.01 0.13 0.14 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.15 0.02 0.04 0.13 0.31 0.18 0.14
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.12 0.00 0.05 0.05 0.04 0.05 0.10 0.07 0.05
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.11 0.01 0.13 0.03 0.13 0.05 0.10 0.15 0.05 0.00 0.13 0.01 0.15 0.18 0.20 0.15
O4 0.02 0.01 0.06 0.11 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.00 0.03 0.25 0.45 0.33 0.26
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.10 0.19 0.21 0.15
O5' 0.08 0.16 0.10 0.14 0.23 0.01 0.23 0.01 0.20 0.15 0.20 0.13 0.05 0.15 0.25 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.20 0.33 0.14 0.12 0.42 0.08 0.39 0.05 0.32 0.29 0.39 0.31 0.10 0.18 0.45 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.20 0.09 0.13 0.29 0.07 0.26 0.03 0.19 0.17 0.25 0.18 0.07 0.20 0.33 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.16 0.05 0.09 0.23 0.03 0.22 0.01 0.17 0.14 0.20 0.14 0.05 0.15 0.26 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00