ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52613

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 5, 4, 8, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.015, 0.032, 0.048, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.032 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.017, 0.037, 0.057, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.037 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.026, 0.057, 0.089, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.057 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.028, 0.061, 0.095, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.061 std_dev=0.033
N2 A 0, 0.010, 0.045, 0.080, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.045 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.029, 0.065, 0.101, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.065 std_dev=0.036
N3 B 0, 0.236, 0.389, 0.542, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.389 std_dev=0.153
C2 B 0, 0.201, 0.366, 0.532, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.366 std_dev=0.166
C4 B 0, 0.278, 0.459, 0.641, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.459 std_dev=0.181
N1 B 0, 0.248, 0.443, 0.637, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.443 std_dev=0.195
O2 B 0, 0.198, 0.395, 0.592, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.395 std_dev=0.197
O4' A 0, 0.057, 0.255, 0.453, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.255 std_dev=0.198
C5 B 0, 0.308, 0.524, 0.740, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.524 std_dev=0.216
C2' A 0, 0.066, 0.287, 0.508, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.287 std_dev=0.221
C6 B 0, 0.297, 0.526, 0.756, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.526 std_dev=0.229
O4 B 0, 0.298, 0.539, 0.780, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.539 std_dev=0.241
O4' B 0, 0.310, 0.568, 0.825, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.568 std_dev=0.258
C1' B 0, 0.241, 0.512, 0.784, 1.211 max_d=1.211 avg_d=0.512 std_dev=0.272
C4' B 0, 0.334, 0.631, 0.927, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.631 std_dev=0.297
O2' A 0, 0.079, 0.379, 0.678, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.379 std_dev=0.300
C4' A 0, 0.116, 0.448, 0.780, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.448 std_dev=0.332
C3' B 0, 0.239, 0.586, 0.933, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.586 std_dev=0.347
C5' B 0, 0.384, 0.755, 1.126, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.755 std_dev=0.371
O5' B 0, 0.387, 0.767, 1.148, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.767 std_dev=0.380
C3' A 0, 0.069, 0.471, 0.873, 2.027 max_d=2.027 avg_d=0.471 std_dev=0.402
C2' B 0, 0.146, 0.559, 0.972, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.559 std_dev=0.413
O3' B 0, 0.273, 0.740, 1.206, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.740 std_dev=0.466
C5' A 0, 0.352, 0.822, 1.291, 2.130 max_d=2.130 avg_d=0.822 std_dev=0.469
P B 0, 0.546, 1.115, 1.684, 2.558 max_d=2.558 avg_d=1.115 std_dev=0.569
O3' A 0, 0.045, 0.669, 1.294, 3.260 max_d=3.260 avg_d=0.669 std_dev=0.625
OP2 B 0, 0.574, 1.220, 1.865, 3.007 max_d=3.007 avg_d=1.220 std_dev=0.646
O2' B 0, 0.087, 0.744, 1.401, 3.473 max_d=3.473 avg_d=0.744 std_dev=0.657
O5' A 0, 0.264, 0.996, 1.729, 4.004 max_d=4.004 avg_d=0.996 std_dev=0.732
OP1 B 0, 0.553, 1.289, 2.026, 3.223 max_d=3.223 avg_d=1.289 std_dev=0.737
P A 0, 0.281, 1.343, 2.405, 6.081 max_d=6.081 avg_d=1.343 std_dev=1.062
OP2 A 0, 0.349, 1.568, 2.787, 6.983 max_d=6.983 avg_d=1.568 std_dev=1.219
OP1 A 0, 0.299, 1.571, 2.843, 7.351 max_d=7.351 avg_d=1.571 std_dev=1.272

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.16 0.01 0.20 0.03 0.25 0.28 0.16
C2 0.03 0.00 0.21 0.22 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.27 0.08 0.47 0.03 0.46 0.57 0.45
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.11 0.02 0.07 0.08 0.10 0.09 0.16 0.26 0.21 0.07 0.03 0.00 0.03 0.02 0.27 0.09 0.32 0.20 0.21
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.16 0.01 0.20 0.02 0.21 0.22 0.21 0.25 0.20 0.23 0.13 0.03 0.01 0.02 0.38 0.23 0.40 0.24 0.30
C4 0.02 0.01 0.11 0.16 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.14 0.04 0.50 0.03 0.44 0.56 0.46
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.15 0.08 0.12 0.08 0.15 0.07 0.14 0.02 0.01 0.02 0.12 0.25 0.30 0.07
C5 0.01 0.01 0.07 0.20 0.01 0.10 0.00 0.19 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.11 0.03 0.64 0.03 0.58 0.77 0.64
C5' 0.03 0.13 0.08 0.02 0.13 0.01 0.19 0.00 0.19 0.22 0.16 0.13 0.11 0.24 0.12 0.09 0.10 0.02 0.01 0.23 0.19 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.21 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.13 0.14 0.05 0.67 0.02 0.63 0.84 0.69
C8 0.02 0.02 0.09 0.22 0.01 0.15 0.02 0.22 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.06 0.65 0.04 0.56 0.69 0.62
N1 0.03 0.01 0.16 0.21 0.02 0.08 0.02 0.16 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.14 0.20 0.06 0.58 0.03 0.54 0.73 0.58
N2 0.05 0.01 0.26 0.25 0.02 0.12 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.21 0.36 0.10 0.41 0.05 0.45 0.51 0.40
N3 0.03 0.01 0.21 0.20 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.16 0.27 0.07 0.40 0.02 0.41 0.47 0.37
N7 0.02 0.01 0.07 0.23 0.02 0.15 0.01 0.24 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.15 0.17 0.05 0.73 0.04 0.69 0.87 0.75
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.08 0.09 0.02 0.46 0.03 0.38 0.48 0.40
O2' 0.02 0.16 0.00 0.03 0.10 0.14 0.12 0.09 0.13 0.14 0.14 0.21 0.16 0.15 0.08 0.00 0.07 0.10 0.15 0.14 0.23 0.24 0.13
O3' 0.16 0.27 0.03 0.01 0.14 0.02 0.11 0.10 0.14 0.17 0.20 0.36 0.27 0.17 0.09 0.07 0.00 0.10 0.32 0.14 0.42 0.32 0.29
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.06 0.10 0.07 0.05 0.02 0.10 0.10 0.00 0.09 0.05 0.22 0.36 0.14
O5' 0.20 0.47 0.27 0.38 0.50 0.02 0.64 0.01 0.67 0.65 0.58 0.41 0.40 0.73 0.46 0.15 0.32 0.09 0.00 0.73 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.03 0.09 0.23 0.03 0.12 0.03 0.23 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.14 0.14 0.05 0.73 0.00 0.73 0.97 0.79
OP1 0.25 0.46 0.32 0.40 0.44 0.25 0.58 0.19 0.63 0.56 0.54 0.45 0.41 0.69 0.38 0.23 0.42 0.22 0.03 0.73 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.57 0.20 0.24 0.56 0.30 0.77 0.39 0.84 0.69 0.73 0.51 0.47 0.87 0.48 0.24 0.32 0.36 0.02 0.97 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.45 0.21 0.30 0.46 0.07 0.64 0.02 0.69 0.62 0.58 0.40 0.37 0.75 0.40 0.13 0.29 0.14 0.01 0.79 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.11 0.27 0.26 0.21 0.17 0.19 0.16 0.14 0.11 0.15 0.13 0.28 0.42 0.28 0.15 0.18 0.31 0.39 0.19
C2 0.14 0.11 0.28 0.25 0.21 0.16 0.17 0.15 0.12 0.10 0.18 0.11 0.29 0.40 0.27 0.15 0.15 0.24 0.33 0.15
C2' 0.25 0.19 0.40 0.36 0.22 0.26 0.20 0.25 0.18 0.19 0.18 0.23 0.40 0.47 0.29 0.23 0.25 0.25 0.49 0.25
C3' 0.27 0.23 0.37 0.33 0.30 0.26 0.27 0.24 0.23 0.23 0.25 0.27 0.38 0.43 0.37 0.26 0.25 0.24 0.49 0.25
C4 0.14 0.10 0.25 0.24 0.21 0.16 0.18 0.14 0.13 0.11 0.15 0.13 0.28 0.38 0.28 0.14 0.16 0.29 0.39 0.18
C4' 0.15 0.12 0.28 0.27 0.22 0.17 0.20 0.15 0.14 0.12 0.16 0.16 0.30 0.44 0.30 0.14 0.16 0.32 0.36 0.17
C5 0.14 0.10 0.23 0.23 0.20 0.15 0.19 0.14 0.14 0.11 0.13 0.16 0.28 0.34 0.27 0.13 0.18 0.32 0.43 0.19
C5' 0.19 0.18 0.25 0.25 0.29 0.18 0.28 0.16 0.22 0.18 0.22 0.20 0.31 0.41 0.37 0.19 0.17 0.32 0.40 0.18
C6 0.14 0.11 0.23 0.22 0.20 0.14 0.18 0.13 0.13 0.11 0.13 0.18 0.27 0.31 0.28 0.13 0.17 0.31 0.42 0.19
C8 0.14 0.11 0.23 0.23 0.20 0.15 0.20 0.14 0.15 0.12 0.13 0.16 0.30 0.36 0.27 0.14 0.19 0.35 0.46 0.22
N1 0.14 0.10 0.26 0.23 0.21 0.15 0.17 0.13 0.12 0.10 0.17 0.14 0.26 0.34 0.27 0.13 0.16 0.26 0.36 0.16
N2 0.14 0.14 0.32 0.27 0.21 0.18 0.16 0.17 0.12 0.11 0.20 0.13 0.34 0.43 0.26 0.16 0.16 0.22 0.28 0.15
N3 0.14 0.11 0.28 0.26 0.21 0.17 0.17 0.15 0.13 0.11 0.17 0.11 0.29 0.41 0.27 0.15 0.16 0.26 0.34 0.16
N7 0.15 0.12 0.22 0.23 0.20 0.15 0.20 0.15 0.15 0.12 0.12 0.18 0.30 0.33 0.27 0.14 0.20 0.36 0.47 0.23
N9 0.14 0.10 0.25 0.24 0.20 0.16 0.19 0.14 0.14 0.11 0.14 0.13 0.28 0.39 0.28 0.14 0.17 0.31 0.41 0.19
O2' 0.23 0.19 0.43 0.40 0.23 0.26 0.20 0.25 0.18 0.19 0.20 0.23 0.42 0.53 0.29 0.20 0.27 0.35 0.41 0.27
O3' 0.33 0.23 0.50 0.45 0.24 0.34 0.22 0.31 0.21 0.25 0.20 0.31 0.52 0.56 0.33 0.29 0.30 0.39 0.35 0.28
O4' 0.17 0.13 0.27 0.29 0.21 0.21 0.21 0.19 0.17 0.14 0.15 0.14 0.33 0.46 0.28 0.17 0.20 0.39 0.35 0.22
O5' 0.62 0.65 0.56 0.56 0.77 0.60 0.77 0.62 0.71 0.66 0.71 0.61 0.55 0.60 0.83 0.65 0.66 0.71 0.73 0.66
O6 0.15 0.15 0.22 0.23 0.19 0.15 0.17 0.15 0.13 0.12 0.11 0.24 0.28 0.27 0.27 0.13 0.20 0.34 0.46 0.21
OP1 0.62 0.65 0.63 0.66 0.81 0.64 0.81 0.66 0.74 0.67 0.72 0.61 0.62 0.72 0.88 0.65 0.73 0.82 0.77 0.74
OP2 0.82 0.87 0.72 0.75 1.06 0.79 1.06 0.84 0.98 0.89 0.96 0.79 0.66 0.71 1.14 0.86 0.93 0.85 1.16 0.93
P 0.64 0.69 0.59 0.61 0.85 0.63 0.84 0.66 0.78 0.70 0.76 0.62 0.56 0.63 0.92 0.68 0.73 0.77 0.84 0.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.07 0.02 0.16 0.04 0.01 0.10 0.11 0.21 0.11
C2 0.03 0.00 0.11 0.11 0.02 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.13 0.20 0.03 0.07 0.13 0.22 0.35 0.14
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.09 0.11 0.02 0.08 0.19 0.01 0.02 0.07 0.02 0.20 0.20 0.25 0.20
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.18 0.01 0.22 0.02 0.20 0.10 0.14 0.16 0.03 0.01 0.20 0.01 0.14 0.17 0.11 0.12
C4 0.03 0.02 0.06 0.18 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.03 0.22 0.13 0.01 0.04 0.23 0.41 0.51 0.26
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.14 0.05 0.04 0.11 0.15 0.02 0.10 0.01 0.02 0.13 0.12 0.03
C5 0.02 0.02 0.09 0.22 0.01 0.14 0.00 0.19 0.01 0.02 0.02 0.03 0.24 0.17 0.02 0.08 0.26 0.41 0.50 0.28
C5' 0.04 0.07 0.09 0.02 0.15 0.01 0.19 0.00 0.16 0.07 0.09 0.11 0.08 0.09 0.17 0.02 0.01 0.18 0.19 0.03
C6 0.02 0.02 0.11 0.20 0.01 0.14 0.01 0.16 0.00 0.01 0.02 0.03 0.21 0.15 0.02 0.10 0.20 0.28 0.38 0.19
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.05 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.10 0.03 0.02 0.12 0.18 0.31 0.12
N3 0.03 0.01 0.08 0.14 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.01 0.00 0.03 0.17 0.16 0.02 0.05 0.18 0.32 0.44 0.19
O2 0.07 0.01 0.19 0.16 0.03 0.11 0.03 0.11 0.03 0.03 0.03 0.00 0.17 0.33 0.05 0.14 0.13 0.19 0.32 0.14
O2' 0.02 0.13 0.01 0.03 0.22 0.15 0.24 0.08 0.21 0.12 0.17 0.17 0.00 0.05 0.24 0.10 0.14 0.17 0.25 0.16
O3' 0.16 0.20 0.02 0.01 0.13 0.02 0.17 0.09 0.15 0.10 0.16 0.33 0.05 0.00 0.16 0.10 0.20 0.32 0.23 0.22
O4 0.04 0.03 0.07 0.20 0.01 0.10 0.02 0.17 0.02 0.03 0.02 0.05 0.24 0.16 0.00 0.05 0.26 0.48 0.57 0.30
O4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.05 0.14 0.10 0.10 0.05 0.00 0.12 0.11 0.18 0.13
O5' 0.10 0.13 0.20 0.14 0.23 0.02 0.26 0.01 0.20 0.12 0.18 0.13 0.14 0.20 0.26 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.11 0.22 0.20 0.17 0.41 0.13 0.41 0.18 0.28 0.18 0.32 0.19 0.17 0.32 0.48 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.35 0.25 0.11 0.51 0.12 0.50 0.19 0.38 0.31 0.44 0.32 0.25 0.23 0.57 0.18 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.14 0.20 0.12 0.26 0.03 0.28 0.03 0.19 0.12 0.19 0.14 0.16 0.22 0.30 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00