Doublet Group distance statistics: 52616

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 3, 3, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C5	A	0, 0.011, 0.021, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4	A	0, 0.009, 0.023, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.014
N9	A	0, 0.016, 0.031, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.015
O6	A	0, 0.026, 0.043, 0.060, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.043 std_dev=0.017
N3	A	0, 0.011, 0.030, 0.049, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N7	A	0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C2	A	0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.025 std_dev=0.021
C1'	A	0, 0.009, 0.032, 0.054, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.032 std_dev=0.023
C8	A	0, 0.013, 0.037, 0.061, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.037 std_dev=0.024
N2	A	0, 0.010, 0.053, 0.095, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.053 std_dev=0.043
C2'	A	0, 0.137, 0.241, 0.345, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.241 std_dev=0.104
O4'	A	0, 0.156, 0.270, 0.383, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.270 std_dev=0.113
O2'	A	0, 0.246, 0.399, 0.551, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.399 std_dev=0.153
C3'	A	0, 0.214, 0.404, 0.594, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.404 std_dev=0.190
C4'	A	0, 0.257, 0.454, 0.651, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.454 std_dev=0.197
C2	B	0, 0.138, 0.344, 0.549, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.344 std_dev=0.205
N3	B	0, 0.181, 0.391, 0.601, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.391 std_dev=0.210
N1	B	0, 0.213, 0.427, 0.641, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.427 std_dev=0.214
C6	B	0, 0.405, 0.635, 0.864, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.635 std_dev=0.230
O2	B	0, 0.212, 0.446, 0.680, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.446 std_dev=0.234
C1'	B	0, 0.240, 0.480, 0.721, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.480 std_dev=0.240
O4'	B	0, 0.269, 0.513, 0.757, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.513 std_dev=0.244
C5	B	0, 0.441, 0.689, 0.938, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.689 std_dev=0.248
C4	B	0, 0.265, 0.524, 0.783, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.524 std_dev=0.259
O3'	A	0, 0.234, 0.526, 0.817, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.526 std_dev=0.292
O4	B	0, 0.327, 0.627, 0.927, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.627 std_dev=0.300
C5'	A	0, 0.510, 0.838, 1.167, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.838 std_dev=0.328
C4'	B	0, 0.218, 0.551, 0.884, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.551 std_dev=0.333
C2'	B	0, 0.227, 0.563, 0.899, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.563 std_dev=0.336
P	B	0, 0.351, 0.692, 1.033, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.692 std_dev=0.341
O5'	B	0, 0.259, 0.613, 0.967, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.613 std_dev=0.354
C3'	B	0, 0.203, 0.580, 0.958, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.580 std_dev=0.378
OP1	B	0, 0.414, 0.793, 1.173, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.793 std_dev=0.380
O5'	A	0, 0.621, 1.008, 1.395, 1.641 max_d=1.641 avg_d=1.008 std_dev=0.387
OP2	B	0, 0.364, 0.760, 1.156, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.760 std_dev=0.396
O2'	B	0, 0.278, 0.696, 1.114, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.696 std_dev=0.418
C5'	B	0, 0.218, 0.648, 1.078, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.648 std_dev=0.430
O3'	B	0, 0.316, 0.747, 1.177, 1.653 max_d=1.653 avg_d=0.747 std_dev=0.431
P	A	0, 0.682, 1.299, 1.917, 2.256 max_d=2.256 avg_d=1.299 std_dev=0.617
OP2	A	0, 0.691, 1.442, 2.193, 2.649 max_d=2.649 avg_d=1.442 std_dev=0.751
OP1	A	0, 0.926, 1.720, 2.514, 3.119 max_d=3.119 avg_d=1.720 std_dev=0.794

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.00	0.01	0.03	0.01	0.02	0.03	0.03	0.01	0.04	0.06	0.04	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.07	0.03	0.09	0.12	0.08
C2	0.05	0.00	0.11	0.10	0.01	0.05	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.21	0.14	0.04	0.21	0.02	0.27	0.40	0.28
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.07	0.01	0.06	0.02	0.08	0.03	0.10	0.13	0.11	0.03	0.02	0.00	0.03	0.01	0.08	0.08	0.13	0.13	0.09
C3'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.09	0.00	0.12	0.02	0.12	0.13	0.11	0.11	0.09	0.14	0.08	0.02	0.01	0.01	0.09	0.13	0.15	0.12	0.11
C4	0.03	0.01	0.07	0.09	0.00	0.04	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.12	0.10	0.02	0.22	0.02	0.27	0.35	0.27
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.04	0.00	0.08	0.01	0.08	0.12	0.05	0.08	0.05	0.13	0.05	0.06	0.01	0.00	0.01	0.10	0.07	0.02	0.02
C5	0.02	0.01	0.06	0.12	0.00	0.08	0.00	0.20	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.10	0.13	0.02	0.30	0.01	0.38	0.47	0.39
C5'	0.03	0.10	0.02	0.02	0.13	0.01	0.20	0.00	0.20	0.24	0.15	0.08	0.08	0.27	0.13	0.05	0.02	0.01	0.01	0.24	0.04	0.01	0.01
C6	0.03	0.01	0.08	0.12	0.01	0.08	0.00	0.20	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.14	0.15	0.02	0.32	0.01	0.41	0.54	0.42
C8	0.01	0.01	0.03	0.13	0.00	0.12	0.01	0.24	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.02	0.15	0.02	0.30	0.01	0.33	0.35	0.33
N1	0.04	0.00	0.10	0.11	0.01	0.05	0.01	0.15	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.19	0.14	0.03	0.27	0.01	0.35	0.49	0.37
N2	0.06	0.00	0.13	0.11	0.02	0.08	0.01	0.08	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.25	0.17	0.06	0.19	0.02	0.23	0.38	0.26
N3	0.04	0.00	0.11	0.09	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.19	0.13	0.04	0.18	0.02	0.21	0.32	0.22
N7	0.01	0.01	0.03	0.14	0.00	0.13	0.00	0.27	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.04	0.16	0.03	0.35	0.02	0.43	0.50	0.43
N9	0.01	0.02	0.02	0.08	0.01	0.05	0.01	0.13	0.01	0.00	0.02	0.03	0.01	0.01	0.00	0.04	0.08	0.01	0.19	0.02	0.22	0.26	0.22
O2'	0.01	0.21	0.00	0.02	0.12	0.06	0.10	0.05	0.14	0.02	0.19	0.25	0.19	0.04	0.04	0.00	0.05	0.07	0.07	0.14	0.13	0.10	0.08
O3'	0.02	0.14	0.03	0.01	0.10	0.01	0.13	0.02	0.15	0.15	0.14	0.17	0.13	0.16	0.08	0.05	0.00	0.01	0.11	0.17	0.22	0.18	0.16
O4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.06	0.04	0.03	0.01	0.07	0.01	0.00	0.06	0.02	0.05	0.11	0.08
O5'	0.07	0.21	0.08	0.09	0.22	0.01	0.30	0.01	0.32	0.30	0.27	0.19	0.18	0.35	0.19	0.07	0.11	0.06	0.00	0.36	0.03	0.02	0.00
O6	0.03	0.02	0.08	0.13	0.02	0.10	0.01	0.24	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.14	0.17	0.02	0.36	0.00	0.48	0.61	0.49
OP1	0.09	0.27	0.13	0.15	0.27	0.07	0.38	0.04	0.41	0.33	0.35	0.23	0.21	0.43	0.22	0.13	0.22	0.05	0.03	0.48	0.00	0.01	0.01
OP2	0.12	0.40	0.13	0.12	0.35	0.02	0.47	0.01	0.54	0.35	0.49	0.38	0.32	0.50	0.26	0.10	0.18	0.11	0.02	0.61	0.01	0.00	0.01
P	0.08	0.28	0.09	0.11	0.27	0.02	0.39	0.01	0.42	0.33	0.37	0.26	0.22	0.43	0.22	0.08	0.16	0.08	0.00	0.49	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.20	0.15	0.19	0.22	0.22	0.18	0.19	0.19	0.15	0.15	0.18	0.18	0.29	0.28	0.30	0.22	0.19	0.17	0.35	0.22
C2	0.18	0.14	0.19	0.21	0.25	0.16	0.19	0.18	0.14	0.13	0.22	0.17	0.28	0.25	0.31	0.20	0.19	0.18	0.36	0.23
C2'	0.25	0.17	0.23	0.23	0.22	0.23	0.19	0.21	0.17	0.18	0.18	0.21	0.34	0.28	0.30	0.28	0.22	0.19	0.30	0.21
C3'	0.27	0.19	0.26	0.27	0.22	0.26	0.19	0.24	0.18	0.20	0.18	0.24	0.36	0.31	0.29	0.29	0.22	0.20	0.34	0.24
C4	0.19	0.14	0.17	0.19	0.22	0.16	0.19	0.18	0.14	0.14	0.17	0.19	0.27	0.24	0.30	0.20	0.20	0.18	0.36	0.23
C4'	0.22	0.16	0.20	0.23	0.22	0.20	0.19	0.20	0.15	0.16	0.17	0.20	0.30	0.28	0.29	0.24	0.19	0.18	0.37	0.23
C5	0.20	0.16	0.16	0.16	0.21	0.15	0.19	0.17	0.15	0.15	0.15	0.22	0.27	0.20	0.29	0.20	0.23	0.21	0.36	0.25
C5'	0.26	0.23	0.25	0.29	0.28	0.25	0.26	0.28	0.22	0.23	0.24	0.26	0.32	0.33	0.35	0.27	0.23	0.26	0.46	0.31
C6	0.21	0.17	0.17	0.16	0.21	0.15	0.18	0.16	0.15	0.16	0.15	0.25	0.27	0.18	0.30	0.20	0.24	0.21	0.36	0.25
C8	0.20	0.15	0.16	0.17	0.20	0.15	0.19	0.17	0.15	0.15	0.15	0.21	0.28	0.22	0.28	0.20	0.23	0.21	0.37	0.25
N1	0.20	0.14	0.16	0.16	0.24	0.15	0.18	0.16	0.14	0.14	0.19	0.21	0.27	0.19	0.32	0.20	0.21	0.19	0.36	0.23
N2	0.17	0.18	0.24	0.26	0.27	0.18	0.20	0.19	0.15	0.14	0.26	0.19	0.29	0.31	0.32	0.19	0.19	0.19	0.37	0.23
N3	0.19	0.14	0.19	0.23	0.24	0.17	0.19	0.18	0.14	0.13	0.20	0.17	0.28	0.28	0.31	0.20	0.19	0.18	0.36	0.23
N7	0.21	0.17	0.16	0.16	0.20	0.15	0.19	0.17	0.15	0.16	0.15	0.23	0.27	0.20	0.28	0.20	0.25	0.23	0.37	0.26
N9	0.20	0.14	0.17	0.20	0.22	0.16	0.19	0.18	0.14	0.14	0.17	0.19	0.28	0.25	0.30	0.21	0.20	0.18	0.36	0.23
O2'	0.30	0.23	0.25	0.23	0.27	0.28	0.25	0.25	0.24	0.25	0.24	0.25	0.36	0.27	0.33	0.35	0.29	0.26	0.28	0.24
O3'	0.30	0.22	0.29	0.28	0.23	0.30	0.22	0.28	0.21	0.23	0.20	0.27	0.40	0.32	0.30	0.34	0.25	0.23	0.32	0.25
O4'	0.19	0.15	0.17	0.22	0.22	0.17	0.20	0.20	0.15	0.15	0.17	0.18	0.27	0.28	0.30	0.21	0.19	0.19	0.38	0.24
O5'	0.36	0.34	0.35	0.38	0.35	0.35	0.34	0.39	0.32	0.33	0.33	0.37	0.41	0.40	0.40	0.37	0.34	0.38	0.56	0.42
O6	0.24	0.22	0.21	0.18	0.19	0.17	0.19	0.17	0.17	0.20	0.17	0.29	0.29	0.20	0.28	0.21	0.29	0.25	0.36	0.27
OP1	0.45	0.43	0.42	0.44	0.46	0.44	0.45	0.48	0.44	0.43	0.43	0.44	0.46	0.45	0.50	0.46	0.43	0.49	0.67	0.54
OP2	0.60	0.58	0.56	0.57	0.57	0.58	0.58	0.62	0.57	0.58	0.57	0.60	0.60	0.56	0.59	0.61	0.57	0.64	0.78	0.68
P	0.46	0.45	0.43	0.45	0.47	0.45	0.46	0.49	0.45	0.45	0.45	0.47	0.48	0.45	0.50	0.47	0.45	0.51	0.68	0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.11	0.11	0.22	0.14
C2	0.01	0.00	0.12	0.16	0.01	0.06	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.18	0.01	0.05	0.21	0.19	0.30	0.21
C2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.06	0.01	0.12	0.02	0.14	0.03	0.09	0.23	0.00	0.02	0.07	0.01	0.16	0.21	0.10	0.12
C3'	0.01	0.16	0.00	0.00	0.11	0.00	0.14	0.02	0.15	0.06	0.15	0.23	0.02	0.01	0.13	0.01	0.23	0.29	0.09	0.18
C4	0.02	0.01	0.06	0.11	0.00	0.08	0.01	0.15	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.14	0.01	0.03	0.28	0.27	0.36	0.29
C4'	0.01	0.06	0.01	0.00	0.08	0.00	0.07	0.00	0.06	0.04	0.07	0.06	0.05	0.02	0.08	0.00	0.02	0.09	0.18	0.02
C5	0.01	0.00	0.12	0.14	0.01	0.07	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.01	0.09	0.17	0.01	0.05	0.30	0.28	0.36	0.30
C5'	0.03	0.11	0.02	0.02	0.15	0.00	0.13	0.00	0.10	0.08	0.14	0.10	0.05	0.02	0.17	0.01	0.01	0.12	0.24	0.01
C6	0.01	0.00	0.14	0.15	0.01	0.06	0.00	0.10	0.00	0.00	0.01	0.01	0.10	0.17	0.01	0.06	0.27	0.24	0.31	0.26
N1	0.01	0.00	0.03	0.06	0.01	0.04	0.00	0.08	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.06	0.02	0.02	0.20	0.18	0.27	0.21
N3	0.01	0.00	0.09	0.15	0.00	0.07	0.00	0.14	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.18	0.01	0.04	0.24	0.23	0.33	0.25
O2	0.02	0.00	0.23	0.23	0.01	0.06	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00	0.19	0.28	0.02	0.09	0.17	0.16	0.28	0.19
O2'	0.01	0.10	0.00	0.02	0.07	0.05	0.09	0.05	0.10	0.03	0.08	0.19	0.00	0.05	0.08	0.06	0.03	0.14	0.12	0.04
O3'	0.02	0.18	0.02	0.01	0.14	0.02	0.17	0.02	0.17	0.06	0.18	0.28	0.05	0.00	0.17	0.02	0.22	0.38	0.17	0.25
O4	0.02	0.01	0.07	0.13	0.01	0.08	0.01	0.17	0.01	0.02	0.01	0.02	0.08	0.17	0.00	0.04	0.29	0.30	0.38	0.31
O4'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.03	0.00	0.05	0.01	0.06	0.02	0.04	0.09	0.06	0.02	0.04	0.00	0.11	0.10	0.25	0.15
O5'	0.11	0.21	0.16	0.23	0.28	0.02	0.30	0.01	0.27	0.20	0.24	0.17	0.03	0.22	0.29	0.11	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.11	0.19	0.21	0.29	0.27	0.09	0.28	0.12	0.24	0.18	0.23	0.16	0.14	0.38	0.30	0.10	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.22	0.30	0.10	0.09	0.36	0.18	0.36	0.24	0.31	0.27	0.33	0.28	0.12	0.17	0.38	0.25	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.14	0.21	0.12	0.18	0.29	0.02	0.30	0.01	0.26	0.21	0.25	0.19	0.04	0.25	0.31	0.15	0.01	0.00	0.01	0.00