ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52618

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
O6 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N2 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4' A 0, 0.015, 0.038, 0.061, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.038 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.005, 0.031, 0.056, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.031 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.002, 0.044, 0.087, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.044 std_dev=0.042
C5' A 0, 0.027, 0.078, 0.128, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.078 std_dev=0.050
C3' A 0, 0.010, 0.061, 0.112, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.061 std_dev=0.051
O2' A 0, 0.003, 0.062, 0.121, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.062 std_dev=0.059
O3' A 0, 0.021, 0.089, 0.158, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.089 std_dev=0.068
P A 0, 0.042, 0.130, 0.217, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.130 std_dev=0.087
OP1 A 0, 0.046, 0.144, 0.241, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.144 std_dev=0.097
O5' A 0, 0.033, 0.134, 0.234, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.134 std_dev=0.100
OP2 A 0, 0.013, 0.143, 0.273, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.143 std_dev=0.130
C4 B 0, 0.091, 0.245, 0.399, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.245 std_dev=0.154
C5 B 0, 0.101, 0.256, 0.412, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.256 std_dev=0.156
O4 B 0, 0.084, 0.241, 0.397, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.241 std_dev=0.157
N3 B 0, 0.097, 0.254, 0.411, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.254 std_dev=0.157
C6 B 0, 0.107, 0.272, 0.436, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.272 std_dev=0.164
OP2 B 0, 0.109, 0.274, 0.440, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.274 std_dev=0.165
C2 B 0, 0.101, 0.268, 0.434, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.268 std_dev=0.166
N1 B 0, 0.103, 0.274, 0.445, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.274 std_dev=0.171
O2 B 0, 0.107, 0.284, 0.461, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.284 std_dev=0.177
O5' B 0, 0.108, 0.286, 0.464, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.286 std_dev=0.178
C3' B 0, 0.110, 0.297, 0.483, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.297 std_dev=0.186
P B 0, 0.123, 0.311, 0.498, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.311 std_dev=0.188
C1' B 0, 0.105, 0.293, 0.482, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.293 std_dev=0.188
O4' B 0, 0.107, 0.296, 0.485, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.296 std_dev=0.189
C2' B 0, 0.110, 0.299, 0.489, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.299 std_dev=0.189
O3' B 0, 0.113, 0.305, 0.497, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.305 std_dev=0.192
C4' B 0, 0.120, 0.314, 0.508, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.314 std_dev=0.194
OP1 B 0, 0.125, 0.322, 0.518, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.322 std_dev=0.197
C5' B 0, 0.125, 0.322, 0.520, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.322 std_dev=0.197
O2' B 0, 0.118, 0.328, 0.537, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.328 std_dev=0.210

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.12 0.07
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.06 0.00 0.06 0.14 0.08
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.14 0.08
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.15 0.09
C5' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.14 0.08
C8 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.15 0.08
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.14 0.08
N2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.14 0.08
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.06 0.00 0.06 0.14 0.08
N7 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.01 0.08 0.14 0.08
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.14 0.08
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.06 0.02
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.03 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.12 0.07
O5' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.14 0.08
OP1 0.04 0.06 0.05 0.09 0.06 0.05 0.08 0.05 0.08 0.07 0.07 0.05 0.06 0.08 0.06 0.06 0.11 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.14 0.06 0.03 0.14 0.05 0.15 0.02 0.14 0.15 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14 0.06 0.03 0.12 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.08 0.03 0.02 0.08 0.02 0.09 0.00 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.02 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04
C2 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05
C2' 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03
C3' 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02
C4 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05
C4' 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.03 0.05 0.04
C5 0.06 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06
C5' 0.07 0.05 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07
C6 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06
C8 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06
N1 0.07 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05
N2 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.05 0.04 0.03 0.06 0.04
N3 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.03 0.05 0.04
N7 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06
N9 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.05 0.05
O2' 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01
O3' 0.06 0.05 0.05 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.08 0.05 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03
O4' 0.06 0.05 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.04 0.06 0.05
O5' 0.10 0.09 0.11 0.12 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.12 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11
O6 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07
OP1 0.08 0.08 0.08 0.08 0.05 0.08 0.05 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.05 0.08 0.07 0.05 0.03 0.05
OP2 0.13 0.14 0.13 0.12 0.10 0.12 0.09 0.12 0.10 0.12 0.13 0.15 0.13 0.10 0.10 0.12 0.12 0.10 0.09 0.10
P 0.09 0.09 0.08 0.08 0.05 0.08 0.05 0.08 0.06 0.08 0.08 0.10 0.08 0.07 0.05 0.08 0.08 0.06 0.03 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.05 0.02 0.04
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.03
O2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03
O4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.06 0.04 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02
O5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.05 0.06 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00