Doublet Group distance statistics: 52619

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C5	A	0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1	A	0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N7	A	0, 0.012, 0.031, 0.049, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.031 std_dev=0.018
N9	A	0, 0.010, 0.029, 0.047, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.029 std_dev=0.018
O6	A	0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.034 std_dev=0.020
C2	A	0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.021
C1'	A	0, 0.008, 0.029, 0.051, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N3	A	0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.029 std_dev=0.022
C8	A	0, 0.017, 0.041, 0.065, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.041 std_dev=0.024
N2	A	0, 0.001, 0.056, 0.111, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.056 std_dev=0.055
O4'	A	0, 0.101, 0.272, 0.442, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.272 std_dev=0.170
O2	B	0, 0.128, 0.322, 0.516, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.322 std_dev=0.194
N1	B	0, 0.037, 0.235, 0.433, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.235 std_dev=0.198
C2	B	0, 0.081, 0.302, 0.524, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.302 std_dev=0.221
C1'	B	0, 0.134, 0.370, 0.605, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.370 std_dev=0.236
C2'	A	0, 0.141, 0.382, 0.624, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.382 std_dev=0.242
C6	B	0, 0.124, 0.369, 0.613, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.369 std_dev=0.244
C4'	A	0, 0.160, 0.462, 0.764, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.462 std_dev=0.302
C3'	B	0, 0.158, 0.491, 0.824, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.491 std_dev=0.333
N3	B	0, 0.182, 0.518, 0.855, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.518 std_dev=0.337
C5	B	0, 0.252, 0.603, 0.954, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.603 std_dev=0.351
O4'	B	0, 0.253, 0.607, 0.961, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.607 std_dev=0.354
C3'	A	0, 0.231, 0.596, 0.962, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.596 std_dev=0.365
O2'	A	0, 0.237, 0.604, 0.971, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.604 std_dev=0.367
C4'	B	0, 0.096, 0.487, 0.878, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.487 std_dev=0.391
C4	B	0, 0.286, 0.695, 1.104, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.695 std_dev=0.409
C2'	B	0, 0.101, 0.524, 0.947, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.524 std_dev=0.423
C5'	A	0, 0.300, 0.819, 1.338, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.819 std_dev=0.519
O4	B	0, 0.379, 0.916, 1.453, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.916 std_dev=0.537
O3'	B	0, 0.210, 0.769, 1.328, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.769 std_dev=0.559
O3'	A	0, 0.374, 0.935, 1.496, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.935 std_dev=0.561
C5'	B	0, 0.363, 0.965, 1.568, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.965 std_dev=0.602
O5'	A	0, 0.404, 1.017, 1.629, 1.640 max_d=1.640 avg_d=1.017 std_dev=0.613
O5'	B	0, 0.298, 0.951, 1.604, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.951 std_dev=0.653
O2'	B	0, 0.238, 0.962, 1.685, 1.926 max_d=1.926 avg_d=0.962 std_dev=0.724
P	B	0, 0.268, 1.156, 2.044, 2.389 max_d=2.389 avg_d=1.156 std_dev=0.888
P	A	0, 0.610, 1.500, 2.389, 2.230 max_d=2.230 avg_d=1.500 std_dev=0.890
OP1	A	0, 0.696, 1.722, 2.749, 2.593 max_d=2.593 avg_d=1.722 std_dev=1.027
OP2	A	0, 0.693, 1.761, 2.829, 2.687 max_d=2.687 avg_d=1.761 std_dev=1.068
OP1	B	0, 0.056, 1.360, 2.664, 3.428 max_d=3.428 avg_d=1.360 std_dev=1.304
OP2	B	0, 0.377, 1.758, 3.139, 3.468 max_d=3.468 avg_d=1.758 std_dev=1.381

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.06	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.04	0.08	0.05	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.08	0.01	0.07	0.17	0.12
C2	0.06	0.00	0.14	0.13	0.02	0.08	0.02	0.07	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.03	0.14	0.17	0.04	0.15	0.01	0.17	0.30	0.21
C2'	0.00	0.14	0.00	0.01	0.06	0.01	0.04	0.00	0.06	0.04	0.10	0.18	0.13	0.03	0.02	0.00	0.01	0.00	0.05	0.04	0.10	0.09	0.04
C3'	0.01	0.13	0.01	0.00	0.06	0.00	0.06	0.01	0.07	0.09	0.10	0.18	0.12	0.08	0.04	0.03	0.01	0.02	0.02	0.07	0.13	0.05	0.04
C4	0.02	0.02	0.06	0.06	0.00	0.03	0.01	0.07	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.06	0.07	0.01	0.16	0.00	0.19	0.30	0.21
C4'	0.01	0.08	0.01	0.00	0.03	0.00	0.04	0.01	0.04	0.08	0.05	0.13	0.08	0.07	0.03	0.07	0.01	0.00	0.02	0.05	0.05	0.04	0.04
C5	0.01	0.02	0.04	0.06	0.01	0.04	0.00	0.11	0.00	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.04	0.07	0.02	0.21	0.01	0.27	0.37	0.28
C5'	0.01	0.07	0.00	0.01	0.07	0.01	0.11	0.00	0.11	0.15	0.08	0.10	0.07	0.16	0.07	0.08	0.02	0.01	0.01	0.14	0.03	0.01	0.01
C6	0.02	0.01	0.06	0.07	0.00	0.04	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.07	0.09	0.02	0.22	0.00	0.30	0.40	0.29
C8	0.01	0.02	0.04	0.09	0.01	0.08	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.03	0.02	0.00	0.01	0.02	0.10	0.02	0.22	0.02	0.27	0.34	0.27
N1	0.04	0.00	0.10	0.10	0.01	0.05	0.01	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.11	0.13	0.02	0.18	0.00	0.24	0.36	0.26
N2	0.08	0.00	0.18	0.18	0.03	0.13	0.02	0.10	0.01	0.03	0.00	0.00	0.02	0.02	0.04	0.20	0.23	0.07	0.13	0.01	0.13	0.28	0.19
N3	0.05	0.01	0.13	0.12	0.01	0.08	0.01	0.07	0.01	0.02	0.00	0.02	0.00	0.02	0.02	0.13	0.15	0.04	0.13	0.01	0.14	0.26	0.18
N7	0.00	0.02	0.03	0.08	0.01	0.07	0.00	0.16	0.01	0.00	0.00	0.02	0.02	0.00	0.01	0.01	0.10	0.02	0.25	0.02	0.32	0.41	0.31
N9	0.01	0.03	0.02	0.04	0.01	0.03	0.01	0.07	0.01	0.01	0.02	0.04	0.02	0.01	0.00	0.01	0.04	0.01	0.15	0.01	0.17	0.26	0.19
O2'	0.01	0.14	0.00	0.03	0.06	0.07	0.04	0.08	0.07	0.02	0.11	0.20	0.13	0.01	0.01	0.00	0.03	0.04	0.04	0.06	0.08	0.05	0.04
O3'	0.00	0.17	0.01	0.01	0.07	0.01	0.07	0.02	0.09	0.10	0.13	0.23	0.15	0.10	0.04	0.03	0.00	0.01	0.02	0.09	0.19	0.09	0.08
O4'	0.00	0.04	0.00	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.07	0.04	0.02	0.01	0.04	0.01	0.00	0.08	0.03	0.07	0.18	0.15
O5'	0.08	0.15	0.05	0.02	0.16	0.02	0.21	0.01	0.22	0.22	0.18	0.13	0.13	0.25	0.15	0.04	0.02	0.08	0.00	0.24	0.01	0.01	0.01
O6	0.01	0.01	0.04	0.07	0.00	0.05	0.01	0.14	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.06	0.09	0.03	0.24	0.00	0.35	0.44	0.33
OP1	0.07	0.17	0.10	0.13	0.19	0.05	0.27	0.03	0.30	0.27	0.24	0.13	0.14	0.32	0.17	0.08	0.19	0.07	0.01	0.35	0.00	0.01	0.00
OP2	0.17	0.30	0.09	0.05	0.30	0.04	0.37	0.01	0.40	0.34	0.36	0.28	0.26	0.41	0.26	0.05	0.09	0.18	0.01	0.44	0.01	0.00	0.01
P	0.12	0.21	0.04	0.04	0.21	0.04	0.28	0.01	0.29	0.27	0.26	0.19	0.18	0.31	0.19	0.04	0.08	0.15	0.01	0.33	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.17	0.16	0.26	0.23	0.20	0.15	0.16	0.05	0.13	0.14	0.19	0.16	0.42	0.40	0.25	0.17	0.56	0.08	0.92	0.44
C2	0.15	0.15	0.20	0.18	0.19	0.12	0.16	0.09	0.13	0.13	0.19	0.14	0.35	0.33	0.21	0.20	0.42	0.13	0.69	0.28
C2'	0.15	0.12	0.33	0.31	0.17	0.19	0.13	0.07	0.10	0.11	0.15	0.12	0.48	0.49	0.21	0.14	0.54	0.11	0.85	0.39
C3'	0.16	0.13	0.31	0.27	0.18	0.17	0.15	0.07	0.12	0.13	0.16	0.13	0.47	0.45	0.23	0.17	0.53	0.11	0.86	0.36
C4	0.17	0.16	0.22	0.17	0.20	0.12	0.17	0.11	0.14	0.14	0.19	0.16	0.38	0.31	0.24	0.19	0.50	0.07	0.84	0.37
C4'	0.18	0.16	0.26	0.22	0.23	0.14	0.19	0.08	0.15	0.15	0.21	0.15	0.43	0.39	0.28	0.18	0.55	0.06	0.92	0.41
C5	0.18	0.16	0.21	0.12	0.21	0.12	0.18	0.17	0.15	0.16	0.19	0.16	0.36	0.24	0.25	0.19	0.50	0.08	0.86	0.37
C5'	0.26	0.25	0.27	0.18	0.32	0.20	0.29	0.19	0.25	0.25	0.29	0.23	0.44	0.32	0.37	0.27	0.53	0.08	0.93	0.38
C6	0.17	0.14	0.19	0.10	0.20	0.12	0.17	0.20	0.15	0.14	0.18	0.14	0.33	0.20	0.22	0.19	0.47	0.10	0.80	0.32
C8	0.19	0.18	0.23	0.14	0.23	0.13	0.20	0.17	0.16	0.17	0.21	0.18	0.38	0.26	0.27	0.19	0.54	0.08	0.94	0.42
N1	0.15	0.13	0.19	0.13	0.19	0.10	0.16	0.14	0.13	0.13	0.18	0.11	0.33	0.25	0.21	0.19	0.42	0.14	0.71	0.27
N2	0.15	0.16	0.20	0.20	0.18	0.14	0.16	0.09	0.13	0.13	0.19	0.16	0.34	0.37	0.20	0.22	0.35	0.18	0.58	0.21
N3	0.16	0.15	0.21	0.19	0.20	0.13	0.16	0.07	0.13	0.13	0.19	0.15	0.37	0.35	0.23	0.19	0.46	0.09	0.76	0.33
N7	0.19	0.18	0.22	0.12	0.22	0.13	0.20	0.21	0.17	0.17	0.20	0.17	0.36	0.22	0.27	0.20	0.53	0.07	0.93	0.40
N9	0.18	0.16	0.23	0.18	0.21	0.13	0.17	0.11	0.14	0.15	0.20	0.17	0.40	0.33	0.25	0.19	0.54	0.07	0.91	0.42
O2'	0.16	0.14	0.36	0.38	0.18	0.24	0.15	0.13	0.12	0.13	0.17	0.14	0.49	0.58	0.22	0.15	0.55	0.15	0.84	0.41
O3'	0.15	0.09	0.36	0.33	0.14	0.20	0.11	0.05	0.08	0.10	0.11	0.11	0.51	0.52	0.18	0.13	0.54	0.13	0.85	0.36
O4'	0.20	0.19	0.24	0.18	0.24	0.14	0.20	0.09	0.16	0.17	0.22	0.19	0.42	0.34	0.29	0.20	0.56	0.08	0.96	0.45
O5'	0.38	0.36	0.37	0.27	0.40	0.32	0.39	0.31	0.36	0.36	0.38	0.34	0.52	0.35	0.44	0.39	0.57	0.19	0.96	0.39
O6	0.16	0.13	0.18	0.07	0.19	0.13	0.18	0.26	0.15	0.15	0.15	0.14	0.30	0.13	0.22	0.18	0.47	0.11	0.82	0.32
OP1	0.46	0.45	0.45	0.37	0.51	0.41	0.50	0.40	0.48	0.46	0.48	0.41	0.58	0.43	0.54	0.48	0.67	0.31	1.09	0.49
OP2	0.60	0.57	0.63	0.54	0.59	0.54	0.59	0.50	0.58	0.58	0.59	0.55	0.75	0.59	0.61	0.59	0.80	0.40	1.19	0.60
P	0.48	0.45	0.49	0.40	0.48	0.42	0.48	0.38	0.46	0.46	0.47	0.43	0.63	0.47	0.51	0.47	0.69	0.28	1.10	0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.03	0.01	0.00	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00	0.34	0.06	0.45	0.24
C2	0.02	0.00	0.08	0.04	0.01	0.03	0.00	0.14	0.01	0.00	0.00	0.00	0.12	0.06	0.01	0.03	0.51	0.14	0.77	0.41
C2'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.02	0.01	0.07	0.01	0.09	0.01	0.05	0.15	0.00	0.01	0.01	0.01	0.27	0.14	0.35	0.22
C3'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.11	0.00	0.17	0.01	0.18	0.06	0.05	0.10	0.01	0.00	0.12	0.02	0.26	0.30	0.27	0.22
C4	0.01	0.01	0.02	0.11	0.00	0.13	0.01	0.30	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.10	0.00	0.02	0.62	0.32	1.04	0.58
C4'	0.01	0.03	0.01	0.00	0.13	0.00	0.18	0.01	0.16	0.07	0.07	0.04	0.02	0.02	0.14	0.00	0.01	0.05	0.02	0.01
C5	0.00	0.00	0.07	0.17	0.01	0.18	0.00	0.34	0.00	0.01	0.02	0.01	0.05	0.19	0.01	0.03	0.62	0.37	1.03	0.60
C5'	0.03	0.14	0.01	0.01	0.30	0.01	0.34	0.00	0.29	0.16	0.21	0.06	0.03	0.03	0.32	0.01	0.00	0.28	0.09	0.02
C6	0.01	0.01	0.09	0.18	0.01	0.16	0.00	0.29	0.00	0.00	0.02	0.00	0.06	0.18	0.01	0.04	0.58	0.29	0.86	0.51
N1	0.00	0.00	0.01	0.06	0.01	0.07	0.01	0.16	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.05	0.01	0.01	0.50	0.16	0.71	0.40
N3	0.01	0.00	0.05	0.05	0.00	0.07	0.02	0.21	0.02	0.00	0.00	0.01	0.10	0.04	0.00	0.02	0.58	0.23	0.93	0.51
O2	0.04	0.00	0.15	0.10	0.01	0.04	0.01	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00	0.21	0.16	0.00	0.06	0.44	0.07	0.68	0.33
O2'	0.01	0.12	0.00	0.01	0.05	0.02	0.05	0.03	0.06	0.03	0.10	0.21	0.00	0.01	0.06	0.05	0.05	0.06	0.10	0.03
O3'	0.01	0.06	0.01	0.00	0.10	0.02	0.19	0.03	0.18	0.05	0.04	0.16	0.01	0.00	0.10	0.02	0.11	0.32	0.16	0.12
O4	0.01	0.01	0.01	0.12	0.00	0.14	0.01	0.32	0.01	0.01	0.00	0.00	0.06	0.10	0.00	0.02	0.64	0.36	1.12	0.63
O4'	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.02	0.06	0.05	0.02	0.02	0.00	0.27	0.11	0.34	0.18
O5'	0.34	0.51	0.27	0.26	0.62	0.01	0.62	0.00	0.58	0.50	0.58	0.44	0.05	0.11	0.64	0.27	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.06	0.14	0.14	0.30	0.32	0.05	0.37	0.28	0.29	0.16	0.23	0.07	0.06	0.32	0.36	0.11	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.45	0.77	0.35	0.27	1.04	0.02	1.03	0.09	0.86	0.71	0.93	0.68	0.10	0.16	1.12	0.34	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.24	0.41	0.22	0.22	0.58	0.01	0.60	0.02	0.51	0.40	0.51	0.33	0.03	0.12	0.63	0.18	0.00	0.01	0.00	0.00