Doublet Group distance statistics: 52620

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N3	A	0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5	A	0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N9	A	0, 0.005, 0.021, 0.037, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N2	A	0, 0.003, 0.019, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.016
C4	A	0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C1'	A	0, 0.006, 0.026, 0.045, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N7	A	0, 0.004, 0.028, 0.053, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.028 std_dev=0.024
C8	A	0, 0.004, 0.037, 0.069, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.037 std_dev=0.032
O6	A	0, 0.013, 0.046, 0.079, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.046 std_dev=0.033
O4'	A	0, 0.001, 0.119, 0.236, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.119 std_dev=0.118
C2'	A	0, 0.015, 0.156, 0.297, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.156 std_dev=0.141
O2'	A	0, 0.015, 0.163, 0.310, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.163 std_dev=0.147
C4'	A	0, 0.133, 0.360, 0.587, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.360 std_dev=0.227
C6	B	0, 0.136, 0.373, 0.609, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.373 std_dev=0.236
C3'	A	0, 0.113, 0.359, 0.604, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.359 std_dev=0.246
N1	B	0, 0.148, 0.418, 0.688, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.418 std_dev=0.270
C5	B	0, 0.107, 0.414, 0.721, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.414 std_dev=0.307
C1'	B	0, 0.118, 0.447, 0.776, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.447 std_dev=0.329
O3'	A	0, 0.066, 0.412, 0.757, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.412 std_dev=0.345
C2	B	0, 0.147, 0.498, 0.849, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.498 std_dev=0.351
C5'	A	0, 0.248, 0.599, 0.951, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.599 std_dev=0.352
C2'	B	0, 0.212, 0.569, 0.926, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.569 std_dev=0.357
O2'	B	0, 0.181, 0.544, 0.906, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.544 std_dev=0.362
C4	B	0, 0.142, 0.519, 0.897, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.519 std_dev=0.378
C4'	B	0, 0.231, 0.612, 0.994, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.612 std_dev=0.381
O4'	B	0, 0.106, 0.493, 0.881, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.493 std_dev=0.388
C3'	B	0, 0.268, 0.660, 1.051, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.660 std_dev=0.392
N3	B	0, 0.151, 0.549, 0.946, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.549 std_dev=0.397
O2	B	0, 0.141, 0.568, 0.995, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.568 std_dev=0.427
C5'	B	0, 0.306, 0.736, 1.167, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.736 std_dev=0.430
O4	B	0, 0.156, 0.608, 1.060, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.608 std_dev=0.452
O3'	B	0, 0.331, 0.789, 1.248, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.789 std_dev=0.459
O5'	B	0, 0.335, 0.818, 1.301, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.818 std_dev=0.483
P	B	0, 0.316, 0.945, 1.573, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.945 std_dev=0.628
OP2	B	0, 0.317, 0.996, 1.675, 1.657 max_d=1.657 avg_d=0.996 std_dev=0.679
OP1	B	0, 0.476, 1.211, 1.945, 1.876 max_d=1.876 avg_d=1.211 std_dev=0.734
O5'	A	0, 0.550, 1.351, 2.153, 2.054 max_d=2.054 avg_d=1.351 std_dev=0.802
P	A	0, 0.523, 1.422, 2.322, 2.400 max_d=2.400 avg_d=1.422 std_dev=0.900
OP2	A	0, 0.457, 1.438, 2.419, 2.654 max_d=2.654 avg_d=1.438 std_dev=0.981
OP1	A	0, 0.626, 1.642, 2.657, 2.736 max_d=2.736 avg_d=1.642 std_dev=1.015

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.02	0.00	0.01	0.04	0.02	0.01	0.03	0.03	0.03	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.16	0.02	0.16	0.19	0.18
C2	0.03	0.00	0.12	0.12	0.00	0.05	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.14	0.17	0.01	0.29	0.01	0.32	0.44	0.36
C2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.07	0.02	0.06	0.02	0.08	0.03	0.11	0.14	0.11	0.03	0.03	0.00	0.03	0.01	0.15	0.08	0.18	0.11	0.13
C3'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.08	0.00	0.08	0.03	0.10	0.08	0.12	0.14	0.10	0.08	0.05	0.02	0.00	0.01	0.17	0.10	0.22	0.11	0.14
C4	0.02	0.00	0.07	0.08	0.00	0.04	0.00	0.11	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.10	0.01	0.31	0.00	0.33	0.41	0.36
C4'	0.00	0.05	0.02	0.00	0.04	0.00	0.06	0.00	0.05	0.08	0.05	0.07	0.05	0.08	0.04	0.04	0.02	0.00	0.01	0.07	0.09	0.16	0.01
C5	0.01	0.00	0.06	0.08	0.00	0.06	0.00	0.16	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.10	0.02	0.38	0.00	0.44	0.52	0.46
C5'	0.04	0.08	0.02	0.03	0.11	0.00	0.16	0.00	0.16	0.18	0.12	0.06	0.07	0.20	0.11	0.04	0.02	0.01	0.01	0.19	0.12	0.25	0.01
C6	0.02	0.00	0.08	0.10	0.00	0.05	0.00	0.16	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.09	0.14	0.02	0.39	0.00	0.46	0.57	0.48
C8	0.01	0.00	0.03	0.08	0.00	0.08	0.00	0.18	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.08	0.01	0.39	0.01	0.42	0.42	0.42
N1	0.03	0.00	0.11	0.12	0.01	0.05	0.00	0.12	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.12	0.17	0.01	0.35	0.01	0.40	0.52	0.43
N2	0.03	0.00	0.14	0.14	0.00	0.07	0.00	0.06	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.17	0.20	0.01	0.26	0.01	0.28	0.42	0.34
N3	0.03	0.00	0.11	0.10	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.12	0.15	0.01	0.26	0.00	0.27	0.38	0.32
N7	0.01	0.00	0.03	0.08	0.00	0.08	0.00	0.20	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.08	0.01	0.43	0.01	0.50	0.55	0.50
N9	0.01	0.01	0.03	0.05	0.00	0.04	0.00	0.11	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.02	0.05	0.01	0.29	0.01	0.30	0.33	0.31
O2'	0.02	0.14	0.00	0.02	0.07	0.04	0.06	0.04	0.09	0.03	0.12	0.17	0.12	0.02	0.02	0.00	0.05	0.04	0.03	0.08	0.11	0.10	0.02
O3'	0.02	0.17	0.03	0.00	0.10	0.02	0.10	0.02	0.14	0.08	0.17	0.20	0.15	0.08	0.05	0.05	0.00	0.01	0.13	0.14	0.26	0.19	0.15
O4'	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.00	0.08	0.03	0.10	0.15	0.11
O5'	0.16	0.29	0.15	0.17	0.31	0.01	0.38	0.01	0.39	0.39	0.35	0.26	0.26	0.43	0.29	0.03	0.13	0.08	0.00	0.42	0.01	0.02	0.00
O6	0.02	0.01	0.08	0.10	0.00	0.07	0.00	0.19	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.14	0.03	0.42	0.00	0.53	0.62	0.53
OP1	0.16	0.32	0.18	0.22	0.33	0.09	0.44	0.12	0.46	0.42	0.40	0.28	0.27	0.50	0.30	0.11	0.26	0.10	0.01	0.53	0.00	0.01	0.00
OP2	0.19	0.44	0.11	0.11	0.41	0.16	0.52	0.25	0.57	0.42	0.52	0.42	0.38	0.55	0.33	0.10	0.19	0.15	0.02	0.62	0.01	0.00	0.00
P	0.18	0.36	0.13	0.14	0.36	0.01	0.46	0.01	0.48	0.42	0.43	0.34	0.32	0.50	0.31	0.02	0.15	0.11	0.00	0.53	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.24	0.13	0.22	0.21	0.32	0.24	0.24	0.23	0.13	0.13	0.24	0.18	0.25	0.22	0.46	0.27	0.21	0.20	0.27	0.19
C2	0.24	0.12	0.22	0.21	0.31	0.25	0.20	0.24	0.10	0.12	0.27	0.13	0.25	0.22	0.43	0.28	0.22	0.22	0.23	0.19
C2'	0.22	0.22	0.24	0.23	0.40	0.24	0.33	0.23	0.22	0.19	0.32	0.23	0.27	0.26	0.52	0.25	0.20	0.19	0.26	0.17
C3'	0.24	0.23	0.25	0.25	0.39	0.25	0.34	0.25	0.24	0.21	0.31	0.26	0.27	0.27	0.51	0.26	0.24	0.22	0.32	0.22
C4	0.24	0.12	0.22	0.20	0.31	0.24	0.22	0.23	0.11	0.12	0.22	0.19	0.25	0.21	0.46	0.27	0.22	0.21	0.28	0.21
C4'	0.25	0.18	0.24	0.23	0.31	0.25	0.25	0.25	0.16	0.17	0.23	0.23	0.26	0.24	0.44	0.27	0.24	0.23	0.31	0.23
C5	0.23	0.12	0.21	0.20	0.30	0.22	0.22	0.21	0.10	0.12	0.19	0.25	0.24	0.21	0.45	0.24	0.22	0.21	0.30	0.22
C5'	0.36	0.26	0.33	0.32	0.23	0.35	0.20	0.35	0.20	0.26	0.21	0.35	0.34	0.31	0.32	0.38	0.36	0.33	0.36	0.32
C6	0.23	0.12	0.21	0.20	0.30	0.21	0.22	0.21	0.10	0.12	0.19	0.27	0.23	0.21	0.45	0.22	0.22	0.21	0.30	0.22
C8	0.24	0.13	0.22	0.20	0.28	0.23	0.22	0.22	0.10	0.13	0.17	0.25	0.24	0.21	0.44	0.25	0.22	0.21	0.32	0.23
N1	0.24	0.11	0.22	0.21	0.31	0.23	0.21	0.23	0.10	0.12	0.25	0.19	0.24	0.22	0.43	0.25	0.22	0.21	0.26	0.20
N2	0.24	0.14	0.22	0.21	0.30	0.27	0.18	0.26	0.10	0.11	0.30	0.13	0.26	0.22	0.40	0.29	0.22	0.25	0.20	0.18
N3	0.24	0.12	0.22	0.21	0.31	0.25	0.21	0.24	0.11	0.12	0.26	0.14	0.25	0.22	0.45	0.28	0.22	0.22	0.24	0.19
N7	0.23	0.14	0.21	0.20	0.27	0.21	0.22	0.21	0.10	0.13	0.15	0.28	0.23	0.21	0.43	0.23	0.22	0.22	0.33	0.24
N9	0.24	0.12	0.22	0.21	0.30	0.24	0.22	0.23	0.11	0.13	0.21	0.21	0.25	0.22	0.45	0.27	0.22	0.21	0.29	0.21
O2'	0.24	0.25	0.26	0.25	0.42	0.27	0.34	0.25	0.24	0.21	0.36	0.25	0.30	0.30	0.53	0.27	0.19	0.20	0.21	0.13
O3'	0.24	0.27	0.27	0.27	0.45	0.25	0.40	0.23	0.30	0.25	0.36	0.27	0.29	0.30	0.56	0.24	0.22	0.20	0.33	0.21
O4'	0.26	0.12	0.23	0.22	0.28	0.26	0.21	0.24	0.10	0.13	0.19	0.20	0.27	0.22	0.43	0.28	0.23	0.22	0.29	0.22
O5'	0.48	0.40	0.41	0.39	0.24	0.46	0.25	0.45	0.30	0.39	0.29	0.51	0.43	0.36	0.27	0.50	0.43	0.39	0.37	0.39
O6	0.20	0.15	0.20	0.19	0.28	0.18	0.22	0.18	0.10	0.11	0.13	0.32	0.20	0.20	0.45	0.18	0.21	0.21	0.32	0.23
OP1	0.56	0.52	0.50	0.49	0.34	0.54	0.34	0.55	0.41	0.50	0.43	0.63	0.49	0.46	0.28	0.58	0.57	0.53	0.51	0.53
OP2	0.73	0.69	0.70	0.68	0.43	0.71	0.44	0.70	0.54	0.65	0.57	0.82	0.69	0.67	0.33	0.73	0.70	0.64	0.59	0.63
P	0.61	0.55	0.56	0.54	0.32	0.59	0.34	0.58	0.43	0.53	0.43	0.67	0.56	0.52	0.25	0.62	0.58	0.53	0.49	0.52

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.07	0.07	0.12	0.09
C2	0.02	0.00	0.13	0.10	0.01	0.04	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.00	0.15	0.12	0.01	0.03	0.17	0.18	0.25	0.21
C2'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.03	0.00	0.06	0.01	0.09	0.02	0.10	0.22	0.00	0.01	0.03	0.01	0.03	0.09	0.06	0.04
C3'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.08	0.00	0.15	0.01	0.17	0.05	0.08	0.18	0.01	0.00	0.08	0.00	0.04	0.13	0.07	0.04
C4	0.01	0.01	0.03	0.08	0.00	0.07	0.00	0.17	0.01	0.01	0.01	0.02	0.06	0.09	0.00	0.02	0.26	0.30	0.37	0.31
C4'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.07	0.00	0.10	0.00	0.10	0.04	0.05	0.06	0.05	0.01	0.08	0.00	0.01	0.08	0.03	0.02
C5	0.01	0.01	0.06	0.15	0.00	0.10	0.00	0.19	0.00	0.01	0.00	0.01	0.03	0.19	0.01	0.03	0.27	0.31	0.34	0.30
C5'	0.02	0.09	0.01	0.01	0.17	0.00	0.19	0.00	0.16	0.09	0.13	0.07	0.05	0.01	0.19	0.01	0.01	0.07	0.01	0.00
C6	0.00	0.00	0.09	0.17	0.01	0.10	0.00	0.16	0.00	0.00	0.01	0.00	0.06	0.20	0.01	0.04	0.23	0.22	0.23	0.22
N1	0.01	0.01	0.02	0.05	0.01	0.04	0.01	0.09	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.05	0.01	0.01	0.16	0.15	0.20	0.17
N3	0.01	0.00	0.10	0.08	0.01	0.05	0.00	0.13	0.01	0.00	0.00	0.01	0.13	0.09	0.01	0.03	0.22	0.25	0.32	0.27
O2	0.02	0.00	0.22	0.18	0.02	0.06	0.01	0.07	0.00	0.01	0.01	0.00	0.26	0.24	0.02	0.05	0.15	0.14	0.23	0.18
O2'	0.01	0.15	0.00	0.01	0.06	0.05	0.03	0.05	0.06	0.03	0.13	0.26	0.00	0.02	0.07	0.07	0.04	0.14	0.06	0.04
O3'	0.01	0.12	0.01	0.00	0.09	0.01	0.19	0.01	0.20	0.05	0.09	0.24	0.02	0.00	0.09	0.01	0.05	0.21	0.14	0.09
O4	0.01	0.01	0.03	0.08	0.00	0.08	0.01	0.19	0.01	0.01	0.01	0.02	0.07	0.09	0.00	0.02	0.28	0.34	0.41	0.35
O4'	0.00	0.03	0.01	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.04	0.01	0.03	0.05	0.07	0.01	0.02	0.00	0.05	0.04	0.14	0.10
O5'	0.07	0.17	0.03	0.04	0.26	0.01	0.27	0.01	0.23	0.16	0.22	0.15	0.04	0.05	0.28	0.05	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.07	0.18	0.09	0.13	0.30	0.08	0.31	0.07	0.22	0.15	0.25	0.14	0.14	0.21	0.34	0.04	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.12	0.25	0.06	0.07	0.37	0.03	0.34	0.01	0.23	0.20	0.32	0.23	0.06	0.14	0.41	0.14	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.09	0.21	0.04	0.04	0.31	0.02	0.30	0.00	0.22	0.17	0.27	0.18	0.04	0.09	0.35	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00