ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52621

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N7 A 0, -0.002, 0.021, 0.045, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.021 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.010, 0.034, 0.058, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.034 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N3 A 0, 0.013, 0.045, 0.078, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.045 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.010, 0.044, 0.078, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.044 std_dev=0.034
N1 A 0, 0.012, 0.047, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.047 std_dev=0.035
C2 A 0, 0.016, 0.055, 0.095, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.055 std_dev=0.039
C1' A 0, 0.018, 0.061, 0.104, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.061 std_dev=0.043
N2 A 0, 0.014, 0.097, 0.179, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.097 std_dev=0.082
C2' A 0, 0.033, 0.135, 0.238, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.135 std_dev=0.103
O4' A 0, 0.023, 0.139, 0.256, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.139 std_dev=0.117
C4' A 0, -0.001, 0.139, 0.279, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.139 std_dev=0.140
O2' A 0, 0.055, 0.198, 0.341, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.198 std_dev=0.143
C2 B 0, 0.049, 0.203, 0.357, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.203 std_dev=0.154
C3' A 0, -0.007, 0.147, 0.302, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.147 std_dev=0.154
N3 B 0, 0.083, 0.285, 0.487, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.285 std_dev=0.202
N1 B 0, 0.080, 0.284, 0.488, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.284 std_dev=0.204
O3' A 0, -0.031, 0.192, 0.414, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.192 std_dev=0.222
C4 B 0, 0.061, 0.286, 0.512, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.286 std_dev=0.226
O4 B 0, 0.119, 0.407, 0.696, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.407 std_dev=0.288
O4' B 0, 0.123, 0.420, 0.717, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.420 std_dev=0.297
C5' A 0, -0.021, 0.283, 0.588, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.283 std_dev=0.305
C1' B 0, 0.110, 0.430, 0.750, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.430 std_dev=0.320
O2 B 0, 0.042, 0.383, 0.724, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.383 std_dev=0.341
O5' B 0, 0.171, 0.593, 1.016, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.593 std_dev=0.422
C6 B 0, 0.087, 0.524, 0.960, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.524 std_dev=0.437
C4' B 0, 0.153, 0.601, 1.049, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.601 std_dev=0.448
C5 B 0, -0.034, 0.428, 0.891, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.428 std_dev=0.463
C5' B 0, 0.189, 0.669, 1.148, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.669 std_dev=0.480
C2' B 0, 0.098, 0.594, 1.090, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.594 std_dev=0.496
C3' B 0, 0.144, 0.676, 1.208, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.676 std_dev=0.532
P B 0, 0.261, 0.894, 1.526, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.894 std_dev=0.632
O2' B 0, 0.044, 0.713, 1.382, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.713 std_dev=0.669
O3' B 0, 0.120, 0.827, 1.535, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.827 std_dev=0.708
OP2 B 0, 0.294, 1.005, 1.716, 1.541 max_d=1.541 avg_d=1.005 std_dev=0.711
O5' A 0, -0.051, 0.660, 1.372, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.660 std_dev=0.711
OP1 B 0, 0.329, 1.138, 1.946, 1.804 max_d=1.804 avg_d=1.138 std_dev=0.808
P A 0, -0.400, 1.289, 2.978, 3.675 max_d=3.675 avg_d=1.289 std_dev=1.689
OP1 A 0, -0.311, 1.515, 3.341, 4.083 max_d=4.083 avg_d=1.515 std_dev=1.826
OP2 A 0, -0.524, 1.848, 4.220, 5.196 max_d=5.196 avg_d=1.848 std_dev=2.372

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.02 0.28 0.19 0.12
C2 0.05 0.00 0.07 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.07 0.05 0.37 0.04 0.04 0.80 0.27
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.12 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.23 0.03 0.28 0.28 0.07
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.05 0.12 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.31 0.03 0.10 0.40 0.10
C4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.38 0.01 0.09 0.79 0.31
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.05 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.40 0.10 0.27
C5 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.47 0.01 0.34 1.11 0.57
C5' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.03 0.06 0.10 0.06 0.04 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.08 0.07 0.02 0.01
C6 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.48 0.01 0.38 1.21 0.62
C8 0.00 0.02 0.04 0.07 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.46 0.01 0.36 0.97 0.56
N1 0.04 0.01 0.06 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.06 0.04 0.04 0.45 0.04 0.22 1.06 0.47
N2 0.06 0.01 0.12 0.12 0.01 0.08 0.01 0.10 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.13 0.13 0.06 0.31 0.06 0.14 0.69 0.15
N3 0.04 0.01 0.07 0.07 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.08 0.07 0.04 0.32 0.03 0.09 0.64 0.16
N7 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01 0.52 0.03 0.52 1.25 0.73
N9 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.34 0.01 0.05 0.64 0.25
O2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.06 0.13 0.08 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.04 0.63 0.11 0.41
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.09 0.04 0.13 0.07 0.09 0.03 0.03 0.00 0.01 0.23 0.02 0.22 0.28 0.02
O4' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.34 0.06 0.24
O5' 0.16 0.37 0.23 0.31 0.38 0.01 0.47 0.01 0.48 0.46 0.45 0.31 0.32 0.52 0.34 0.06 0.23 0.05 0.00 0.50 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.50 0.00 0.50 1.36 0.73
OP1 0.28 0.04 0.28 0.10 0.09 0.40 0.34 0.07 0.38 0.36 0.22 0.14 0.09 0.52 0.05 0.63 0.22 0.34 0.01 0.50 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.80 0.28 0.40 0.79 0.10 1.11 0.02 1.21 0.97 1.06 0.69 0.64 1.25 0.64 0.11 0.28 0.06 0.02 1.36 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.27 0.07 0.10 0.31 0.27 0.57 0.01 0.62 0.56 0.47 0.15 0.16 0.73 0.25 0.41 0.02 0.24 0.00 0.73 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.16 0.36 0.36 0.14 0.27 0.11 0.24 0.11 0.13 0.17 0.18 0.40 0.46 0.19 0.17 0.24 0.26 0.14 0.17
C2 0.23 0.19 0.41 0.42 0.17 0.32 0.13 0.30 0.14 0.16 0.20 0.23 0.44 0.52 0.21 0.21 0.29 0.34 0.17 0.23
C2' 0.17 0.13 0.34 0.34 0.10 0.23 0.04 0.19 0.06 0.09 0.15 0.18 0.41 0.44 0.16 0.13 0.19 0.20 0.11 0.10
C3' 0.16 0.11 0.32 0.30 0.07 0.20 0.03 0.15 0.07 0.08 0.12 0.16 0.39 0.40 0.13 0.11 0.14 0.13 0.12 0.04
C4 0.21 0.16 0.35 0.35 0.15 0.27 0.12 0.24 0.13 0.14 0.18 0.19 0.39 0.43 0.20 0.18 0.24 0.26 0.13 0.17
C4' 0.17 0.12 0.32 0.32 0.08 0.22 0.04 0.17 0.06 0.09 0.12 0.16 0.39 0.42 0.13 0.12 0.17 0.17 0.13 0.08
C5 0.18 0.14 0.29 0.28 0.14 0.22 0.12 0.20 0.12 0.12 0.15 0.14 0.32 0.34 0.19 0.16 0.21 0.20 0.13 0.14
C5' 0.12 0.06 0.26 0.24 0.03 0.15 0.04 0.09 0.06 0.04 0.07 0.11 0.33 0.34 0.08 0.08 0.09 0.08 0.19 0.07
C6 0.18 0.14 0.28 0.27 0.15 0.21 0.12 0.20 0.12 0.13 0.16 0.14 0.30 0.32 0.19 0.16 0.21 0.21 0.12 0.14
C8 0.19 0.13 0.29 0.28 0.13 0.22 0.11 0.19 0.12 0.12 0.14 0.14 0.34 0.34 0.18 0.16 0.20 0.18 0.14 0.12
N1 0.20 0.17 0.34 0.35 0.16 0.26 0.13 0.25 0.13 0.14 0.18 0.20 0.36 0.41 0.20 0.17 0.25 0.27 0.13 0.18
N2 0.28 0.23 0.50 0.53 0.20 0.40 0.17 0.39 0.18 0.21 0.23 0.29 0.53 0.64 0.23 0.26 0.37 0.45 0.25 0.32
N3 0.23 0.19 0.40 0.42 0.17 0.31 0.13 0.29 0.14 0.16 0.20 0.22 0.44 0.52 0.21 0.20 0.28 0.32 0.15 0.21
N7 0.17 0.11 0.25 0.23 0.12 0.19 0.10 0.16 0.11 0.11 0.12 0.11 0.29 0.28 0.17 0.14 0.17 0.16 0.14 0.11
N9 0.21 0.16 0.34 0.34 0.15 0.26 0.12 0.23 0.12 0.14 0.17 0.18 0.39 0.42 0.20 0.18 0.23 0.24 0.14 0.16
O2' 0.17 0.14 0.35 0.37 0.12 0.25 0.06 0.22 0.06 0.09 0.16 0.19 0.42 0.49 0.17 0.14 0.22 0.25 0.12 0.14
O3' 0.19 0.14 0.35 0.33 0.09 0.23 0.04 0.17 0.08 0.10 0.15 0.21 0.43 0.44 0.15 0.14 0.17 0.15 0.11 0.05
O4' 0.20 0.15 0.35 0.35 0.14 0.26 0.11 0.23 0.11 0.13 0.16 0.17 0.39 0.44 0.19 0.16 0.23 0.24 0.14 0.15
O5' 0.65 0.63 0.73 0.71 0.65 0.67 0.63 0.66 0.61 0.61 0.65 0.62 0.76 0.76 0.70 0.63 0.70 0.68 0.58 0.63
O6 0.18 0.13 0.24 0.22 0.15 0.19 0.14 0.18 0.14 0.13 0.16 0.11 0.25 0.25 0.19 0.16 0.20 0.19 0.13 0.14
OP1 0.56 0.60 0.57 0.59 0.80 0.57 0.77 0.61 0.68 0.60 0.71 0.51 0.54 0.58 0.93 0.57 0.73 0.73 0.73 0.71
OP2 1.52 1.51 1.46 1.48 1.73 1.53 1.74 1.60 1.67 1.55 1.61 1.37 1.40 1.43 1.82 1.56 1.69 1.69 1.66 1.68
P 0.82 0.84 0.82 0.83 1.03 0.83 1.02 0.88 0.94 0.85 0.94 0.74 0.77 0.82 1.14 0.83 0.97 0.98 0.95 0.96

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.09 0.04 0.03
C2 0.06 0.00 0.09 0.09 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.11 0.04 0.05 0.08 0.08 0.07 0.04
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.18 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.08 0.07 0.04
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.07 0.18 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.06 0.06 0.05
C4 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.09 0.11 0.21 0.13
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.04 0.13 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01
C5 0.02 0.02 0.06 0.09 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.08 0.01 0.05 0.13 0.16 0.23 0.16
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.09 0.05 0.03 0.12 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.11 0.02 0.02
C6 0.02 0.03 0.07 0.09 0.02 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.04 0.05 0.09 0.01 0.05 0.13 0.12 0.16 0.12
N1 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.10 0.09 0.08 0.06
N3 0.05 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.08 0.09 0.03 0.03 0.06 0.04 0.13 0.06
O2 0.10 0.01 0.18 0.18 0.03 0.13 0.03 0.12 0.04 0.03 0.01 0.00 0.16 0.21 0.04 0.11 0.10 0.13 0.02 0.06
O2' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.08 0.16 0.00 0.00 0.07 0.02 0.03 0.07 0.05 0.02
O3' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.09 0.02 0.09 0.21 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.05 0.05 0.06
O4 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03 0.04 0.07 0.01 0.00 0.02 0.09 0.15 0.26 0.17
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.11 0.02 0.01 0.02 0.00 0.08 0.10 0.03 0.03
O5' 0.06 0.08 0.04 0.09 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.10 0.06 0.10 0.03 0.13 0.09 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.08 0.08 0.06 0.11 0.09 0.16 0.11 0.12 0.09 0.04 0.13 0.07 0.05 0.15 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.04 0.07 0.07 0.06 0.21 0.01 0.23 0.02 0.16 0.08 0.13 0.02 0.05 0.05 0.26 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.04 0.04 0.05 0.13 0.01 0.16 0.02 0.12 0.06 0.06 0.06 0.02 0.06 0.17 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00