ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52622

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.000, 0.062, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O2' A 0, 0.000, 0.071, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C2 B 0, 0.000, 0.094, 0.188, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.094 std_dev=0.094
O2 B 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
N3 B 0, 0.000, 0.111, 0.223, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.111 std_dev=0.111
C2' A 0, 0.000, 0.138, 0.275, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.138 std_dev=0.138
O4' A 0, 0.000, 0.152, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.152 std_dev=0.152
C4 B 0, 0.000, 0.189, 0.378, 0.378 max_d=0.378 avg_d=0.189 std_dev=0.189
O4' B 0, 0.000, 0.200, 0.401, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.200 std_dev=0.200
N1 B 0, 0.000, 0.219, 0.439, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.219 std_dev=0.219
O4 B 0, 0.000, 0.237, 0.473, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.237 std_dev=0.237
C4' A 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
C3' A 0, 0.000, 0.284, 0.567, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.284 std_dev=0.284
C1' B 0, 0.000, 0.284, 0.568, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.284 std_dev=0.284
C5 B 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
C6 B 0, 0.000, 0.340, 0.680, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.340 std_dev=0.340
C4' B 0, 0.000, 0.348, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.348 std_dev=0.348
C5' B 0, 0.000, 0.407, 0.813, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.407 std_dev=0.407
O5' A 0, 0.000, 0.408, 0.817, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.408 std_dev=0.408
C2' B 0, 0.000, 0.411, 0.822, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.411 std_dev=0.411
C3' B 0, 0.000, 0.413, 0.826, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.413 std_dev=0.413
O3' A 0, 0.000, 0.444, 0.889, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.444 std_dev=0.444
C5' A 0, 0.000, 0.447, 0.893, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.447 std_dev=0.447
O2' B 0, 0.000, 0.536, 1.072, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.536 std_dev=0.536
O3' B 0, 0.000, 0.576, 1.151, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.576 std_dev=0.576
P B 0, 0.000, 0.745, 1.490, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.745 std_dev=0.745
P A 0, 0.000, 0.898, 1.796, 1.796 max_d=1.796 avg_d=0.898 std_dev=0.898
OP2 A 0, 0.000, 0.907, 1.815, 1.815 max_d=1.815 avg_d=0.907 std_dev=0.907
O5' B 0, 0.000, 1.017, 2.033, 2.033 max_d=2.033 avg_d=1.017 std_dev=1.017
OP1 B 0, 0.000, 1.351, 2.702, 2.702 max_d=2.702 avg_d=1.351 std_dev=1.351
OP1 A 0, 0.000, 1.375, 2.750, 2.750 max_d=2.750 avg_d=1.375 std_dev=1.375
OP2 B 0, 0.000, 1.499, 2.997, 2.997 max_d=2.997 avg_d=1.499 std_dev=1.499

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07
C2 0.00 0.00 0.08 0.13 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.02 0.12 0.02 0.11 0.12 0.02
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.07 0.10 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.04 0.01
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.10 0.00 0.10 0.00 0.12 0.03 0.13 0.14 0.11 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.16 0.08 0.04
C4 0.00 0.00 0.05 0.10 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.01 0.10 0.01 0.07 0.07 0.00
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.00 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.01 0.13 0.02 0.09 0.10 0.03
C5' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.09 0.05 0.07 0.06 0.05 0.07 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.13 0.03 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.16 0.00 0.15 0.00 0.13 0.14 0.06
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.09 0.04 0.03 0.02 0.02
N1 0.00 0.00 0.07 0.13 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.02 0.13 0.02 0.12 0.14 0.04
N2 0.01 0.00 0.10 0.14 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.02 0.12 0.02 0.12 0.13 0.03
N3 0.00 0.00 0.08 0.11 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.02 0.10 0.01 0.08 0.08 0.00
N7 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.11 0.05 0.06 0.07 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.03 0.03 0.03 0.03
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.11 0.05 0.01
O3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.11 0.01 0.13 0.01 0.16 0.04 0.17 0.17 0.13 0.08 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.18 0.26 0.15 0.11
O4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.07 0.11
O5' 0.03 0.12 0.01 0.00 0.10 0.01 0.13 0.00 0.15 0.09 0.13 0.12 0.10 0.11 0.08 0.03 0.00 0.02 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00
O6 0.02 0.02 0.06 0.14 0.01 0.08 0.02 0.13 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.18 0.02 0.18 0.00 0.17 0.19 0.11
OP1 0.01 0.11 0.10 0.16 0.07 0.04 0.09 0.03 0.13 0.03 0.12 0.12 0.08 0.06 0.03 0.11 0.26 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.12 0.04 0.08 0.07 0.00 0.10 0.01 0.14 0.02 0.14 0.13 0.08 0.07 0.03 0.05 0.15 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.03 0.00 0.06 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.11 0.11 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.06 0.08 0.10 0.04 0.11 0.00 0.08 0.04 0.05 0.04 0.07 0.13 0.16 0.02 0.27 0.92 0.01 0.16
C2 0.01 0.02 0.07 0.08 0.11 0.03 0.09 0.00 0.07 0.03 0.06 0.05 0.08 0.13 0.16 0.02 0.23 0.94 0.08 0.20
C2' 0.10 0.07 0.19 0.20 0.03 0.15 0.01 0.11 0.03 0.07 0.02 0.12 0.21 0.26 0.09 0.08 0.12 1.02 0.17 0.29
C3' 0.16 0.14 0.23 0.23 0.05 0.19 0.06 0.15 0.10 0.13 0.10 0.18 0.25 0.27 0.01 0.15 0.07 1.07 0.23 0.34
C4 0.01 0.00 0.06 0.06 0.10 0.02 0.10 0.02 0.07 0.03 0.04 0.05 0.07 0.11 0.16 0.02 0.28 0.93 0.00 0.16
C4' 0.04 0.03 0.09 0.09 0.05 0.06 0.06 0.03 0.03 0.01 0.00 0.08 0.11 0.13 0.11 0.03 0.23 0.94 0.03 0.19
C5 0.01 0.01 0.04 0.03 0.09 0.00 0.10 0.05 0.07 0.03 0.03 0.06 0.05 0.06 0.15 0.03 0.31 0.92 0.04 0.13
C5' 0.06 0.07 0.10 0.09 0.01 0.07 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.11 0.11 0.12 0.06 0.05 0.23 0.96 0.03 0.20
C6 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.02 0.10 0.07 0.08 0.04 0.03 0.06 0.03 0.03 0.16 0.04 0.32 0.92 0.03 0.13
C8 0.01 0.00 0.04 0.04 0.09 0.00 0.10 0.04 0.07 0.03 0.02 0.06 0.05 0.07 0.14 0.03 0.32 0.92 0.07 0.13
N1 0.01 0.00 0.05 0.05 0.10 0.01 0.09 0.04 0.06 0.03 0.04 0.06 0.06 0.08 0.16 0.03 0.27 0.94 0.04 0.18
N2 0.01 0.03 0.09 0.11 0.11 0.05 0.09 0.03 0.06 0.04 0.08 0.03 0.09 0.16 0.15 0.02 0.18 0.93 0.14 0.23
N3 0.01 0.02 0.07 0.09 0.11 0.04 0.10 0.01 0.07 0.04 0.06 0.04 0.08 0.14 0.17 0.02 0.24 0.93 0.05 0.19
N7 0.01 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.09 0.06 0.07 0.02 0.01 0.07 0.05 0.05 0.12 0.02 0.33 0.91 0.08 0.12
N9 0.01 0.01 0.05 0.06 0.10 0.02 0.10 0.01 0.07 0.03 0.04 0.05 0.06 0.11 0.15 0.02 0.29 0.93 0.03 0.15
O2' 0.02 0.02 0.12 0.14 0.10 0.08 0.08 0.06 0.05 0.02 0.06 0.02 0.13 0.21 0.16 0.00 0.17 0.94 0.12 0.23
O3' 0.23 0.19 0.29 0.28 0.11 0.26 0.13 0.21 0.17 0.20 0.15 0.22 0.32 0.33 0.04 0.21 0.03 1.13 0.35 0.42
O4' 0.05 0.04 0.01 0.02 0.13 0.01 0.14 0.04 0.12 0.07 0.07 0.02 0.02 0.06 0.17 0.05 0.34 0.87 0.09 0.10
O5' 0.13 0.14 0.16 0.14 0.06 0.13 0.04 0.08 0.07 0.11 0.11 0.18 0.17 0.17 0.01 0.11 0.18 1.02 0.08 0.25
O6 0.06 0.02 0.03 0.05 0.11 0.08 0.13 0.14 0.11 0.07 0.04 0.03 0.01 0.04 0.16 0.09 0.38 0.86 0.10 0.07
OP1 0.14 0.15 0.11 0.07 0.05 0.09 0.03 0.03 0.06 0.11 0.12 0.21 0.15 0.05 0.00 0.12 0.23 0.93 0.02 0.19
OP2 0.16 0.17 0.14 0.10 0.09 0.11 0.06 0.05 0.09 0.14 0.15 0.22 0.17 0.09 0.04 0.14 0.21 0.97 0.04 0.22
P 0.03 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.05 0.03 0.02 0.03 0.11 0.05 0.01 0.07 0.02 0.32 0.87 0.07 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.73 0.38 0.30
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.02 0.13 0.95 0.29 0.30
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.09 0.02 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.14 0.59 0.13 0.16
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.12 0.02 0.02 0.13 0.00 0.00 0.06 0.00 0.25 0.44 0.05 0.04
C4 0.03 0.00 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.26 0.98 0.13 0.23
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.35 0.18 0.14
C5 0.00 0.02 0.08 0.11 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.13 0.01 0.01 0.27 0.94 0.14 0.22
C5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.09 0.00 0.00 0.10 0.04 0.02
C6 0.00 0.01 0.09 0.12 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.14 0.02 0.01 0.21 0.90 0.26 0.27
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.12 0.89 0.32 0.30
N3 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.20 0.99 0.20 0.27
O2 0.00 0.00 0.12 0.13 0.00 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.16 0.02 0.02 0.07 0.93 0.32 0.32
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.47 0.21 0.17
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.13 0.02 0.14 0.02 0.03 0.16 0.01 0.00 0.07 0.00 0.29 0.19 0.21 0.09
O4 0.04 0.02 0.06 0.06 0.01 0.06 0.01 0.09 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.07 0.00 0.03 0.29 0.97 0.06 0.20
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.15 0.63 0.47 0.34
O5' 0.01 0.13 0.14 0.25 0.26 0.01 0.27 0.00 0.21 0.12 0.20 0.07 0.03 0.29 0.29 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.73 0.95 0.59 0.44 0.98 0.35 0.94 0.10 0.90 0.89 0.99 0.93 0.47 0.19 0.97 0.63 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.38 0.29 0.13 0.05 0.13 0.18 0.14 0.04 0.26 0.32 0.20 0.32 0.21 0.21 0.06 0.47 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.30 0.16 0.04 0.23 0.14 0.22 0.02 0.27 0.30 0.27 0.32 0.17 0.09 0.20 0.34 0.01 0.00 0.01 0.00