ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52623

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O6 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O2' A 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.000, 0.054, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.054 std_dev=0.054
O4' A 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C3' A 0, 0.000, 0.152, 0.303, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.152 std_dev=0.152
C4' A 0, 0.000, 0.153, 0.306, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.153 std_dev=0.153
O4' B 0, 0.000, 0.214, 0.428, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.214 std_dev=0.214
C5' B 0, 0.000, 0.235, 0.470, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.235 std_dev=0.235
O5' B 0, 0.000, 0.236, 0.471, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C5' A 0, 0.000, 0.247, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.247 std_dev=0.247
O3' A 0, 0.000, 0.253, 0.506, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.253 std_dev=0.253
O5' A 0, 0.000, 0.257, 0.515, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C4' B 0, 0.000, 0.265, 0.530, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.265 std_dev=0.265
C6 B 0, 0.000, 0.293, 0.586, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.293 std_dev=0.293
C1' B 0, 0.000, 0.313, 0.626, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.313 std_dev=0.313
N1 B 0, 0.000, 0.316, 0.632, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.316 std_dev=0.316
C5 B 0, 0.000, 0.345, 0.689, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.345 std_dev=0.345
OP1 A 0, 0.000, 0.345, 0.690, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.345 std_dev=0.345
P A 0, 0.000, 0.347, 0.694, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.347 std_dev=0.347
OP2 A 0, 0.000, 0.377, 0.753, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.377 std_dev=0.377
C2 B 0, 0.000, 0.383, 0.767, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.383 std_dev=0.383
C3' B 0, 0.000, 0.391, 0.783, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.391 std_dev=0.391
O2 B 0, 0.000, 0.412, 0.825, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.412 std_dev=0.412
C4 B 0, 0.000, 0.435, 0.869, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.435 std_dev=0.435
C2' B 0, 0.000, 0.441, 0.882, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.441 std_dev=0.441
N3 B 0, 0.000, 0.442, 0.884, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.442 std_dev=0.442
O3' B 0, 0.000, 0.472, 0.945, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.472 std_dev=0.472
O2' B 0, 0.000, 0.511, 1.022, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.511 std_dev=0.511
O4 B 0, 0.000, 0.511, 1.023, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.511 std_dev=0.511
P B 0, 0.000, 0.535, 1.070, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.535 std_dev=0.535
OP1 B 0, 0.000, 0.656, 1.313, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.656 std_dev=0.656
OP2 B 0, 0.000, 0.824, 1.648, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.824 std_dev=0.824

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.03 0.06
C2 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.13 0.15 0.15
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.07 0.05 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.13 0.13 0.15
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.17 0.17 0.18
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.07 0.07 0.05 0.05 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.09 0.04 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.18 0.19 0.19
C8 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.12 0.01 0.15 0.10 0.15
N1 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.14 0.00 0.16 0.18 0.18
N2 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.13 0.15 0.15
N3 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.11 0.12 0.13
N7 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.18 0.16 0.19
N9 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.11 0.09 0.12
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03
O3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.01 0.08 0.00 0.09 0.03 0.09 0.08 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.04 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.00 0.04
O5' 0.05 0.12 0.02 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.14 0.12 0.14 0.12 0.10 0.14 0.10 0.03 0.00 0.02 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.19 0.21 0.21
OP1 0.07 0.13 0.02 0.00 0.13 0.03 0.17 0.04 0.18 0.15 0.16 0.13 0.11 0.18 0.11 0.02 0.04 0.07 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.15 0.02 0.01 0.13 0.01 0.17 0.01 0.19 0.10 0.18 0.15 0.12 0.16 0.09 0.02 0.02 0.00 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.15 0.03 0.01 0.15 0.01 0.18 0.00 0.19 0.15 0.18 0.15 0.13 0.19 0.12 0.03 0.01 0.04 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.03 0.04 0.00 0.17 0.03 0.14 0.02 0.08 0.03 0.11 0.03 0.13 0.01 0.23 0.04 0.01 0.07 0.06 0.01
C2 0.06 0.03 0.07 0.02 0.21 0.05 0.17 0.03 0.09 0.03 0.16 0.07 0.17 0.02 0.28 0.05 0.01 0.06 0.07 0.01
C2' 0.05 0.01 0.04 0.01 0.13 0.06 0.11 0.05 0.06 0.01 0.08 0.05 0.12 0.00 0.18 0.06 0.02 0.02 0.00 0.05
C3' 0.10 0.06 0.08 0.06 0.04 0.10 0.04 0.10 0.01 0.05 0.01 0.11 0.15 0.04 0.09 0.11 0.08 0.05 0.08 0.12
C4 0.07 0.01 0.08 0.03 0.16 0.05 0.13 0.04 0.06 0.00 0.08 0.09 0.17 0.03 0.23 0.05 0.01 0.04 0.04 0.01
C4' 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.06 0.09 0.05 0.04 0.01 0.05 0.07 0.13 0.00 0.15 0.07 0.03 0.02 0.00 0.05
C5 0.10 0.07 0.12 0.07 0.11 0.07 0.10 0.05 0.03 0.04 0.02 0.15 0.20 0.07 0.19 0.07 0.02 0.01 0.00 0.03
C5' 0.12 0.08 0.10 0.07 0.02 0.11 0.02 0.10 0.03 0.07 0.03 0.13 0.17 0.05 0.06 0.12 0.08 0.04 0.07 0.11
C6 0.12 0.10 0.14 0.09 0.10 0.09 0.09 0.07 0.02 0.06 0.02 0.20 0.22 0.09 0.19 0.09 0.03 0.01 0.01 0.05
C8 0.08 0.05 0.10 0.05 0.10 0.07 0.09 0.05 0.04 0.03 0.02 0.12 0.18 0.06 0.17 0.06 0.02 0.01 0.00 0.03
N1 0.10 0.05 0.12 0.06 0.17 0.08 0.14 0.05 0.05 0.03 0.07 0.17 0.21 0.07 0.26 0.07 0.02 0.02 0.02 0.02
N2 0.03 0.11 0.03 0.02 0.26 0.03 0.20 0.01 0.13 0.07 0.24 0.02 0.15 0.01 0.31 0.03 0.03 0.10 0.11 0.03
N3 0.05 0.04 0.05 0.01 0.20 0.04 0.16 0.02 0.09 0.03 0.14 0.04 0.15 0.01 0.27 0.04 0.01 0.07 0.07 0.01
N7 0.10 0.08 0.12 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.02 0.05 0.02 0.16 0.20 0.08 0.14 0.08 0.03 0.01 0.02 0.05
N9 0.06 0.01 0.07 0.03 0.14 0.05 0.13 0.03 0.06 0.00 0.07 0.08 0.16 0.03 0.21 0.05 0.00 0.04 0.04 0.01
O2' 0.03 0.10 0.05 0.07 0.20 0.02 0.18 0.02 0.13 0.09 0.16 0.05 0.04 0.08 0.24 0.01 0.05 0.10 0.08 0.03
O3' 0.11 0.07 0.07 0.06 0.01 0.11 0.01 0.12 0.03 0.07 0.03 0.12 0.13 0.03 0.05 0.13 0.10 0.08 0.13 0.16
O4' 0.04 0.02 0.03 0.01 0.16 0.03 0.14 0.02 0.08 0.02 0.10 0.04 0.13 0.01 0.22 0.04 0.01 0.08 0.07 0.01
O5' 0.20 0.18 0.19 0.16 0.08 0.19 0.07 0.19 0.11 0.16 0.14 0.23 0.25 0.14 0.04 0.20 0.17 0.15 0.18 0.20
O6 0.14 0.16 0.17 0.12 0.03 0.11 0.04 0.08 0.02 0.11 0.11 0.24 0.23 0.12 0.13 0.10 0.06 0.05 0.06 0.07
OP1 0.22 0.22 0.21 0.19 0.15 0.21 0.13 0.22 0.16 0.20 0.19 0.26 0.26 0.17 0.12 0.22 0.20 0.21 0.25 0.26
OP2 0.29 0.29 0.29 0.26 0.21 0.28 0.19 0.28 0.22 0.27 0.27 0.34 0.33 0.24 0.18 0.28 0.26 0.27 0.31 0.31
P 0.26 0.25 0.25 0.23 0.17 0.25 0.15 0.25 0.19 0.23 0.22 0.30 0.31 0.21 0.13 0.25 0.23 0.23 0.26 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06
C2 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.07 0.03 0.02
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.10 0.08 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.06 0.13 0.10
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.18 0.13
C5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.15 0.13
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.08 0.08
N3 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.08
O2 0.00 0.00 0.07 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.11 0.05 0.00
O3' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.08 0.11 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.13 0.12 0.04
O4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.08 0.13 0.10
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07
O5' 0.02 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.03 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.01 0.07 0.10 0.06 0.07 0.10 0.06 0.08 0.02 0.02 0.05 0.11 0.13 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.06 0.03 0.08 0.13 0.03 0.18 0.02 0.15 0.08 0.08 0.02 0.05 0.12 0.13 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.02 0.02 0.10 0.01 0.13 0.01 0.13 0.08 0.08 0.05 0.00 0.04 0.10 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00