ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52624

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O6 A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N7 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C4 B 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
C5 B 0, 0.000, 0.213, 0.426, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.213 std_dev=0.213
O4 B 0, 0.000, 0.293, 0.586, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.293 std_dev=0.293
O2' A 0, 0.000, 0.302, 0.605, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.302 std_dev=0.302
N3 B 0, 0.000, 0.310, 0.620, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.310 std_dev=0.310
N1 B 0, 0.000, 0.313, 0.625, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.313 std_dev=0.313
C2 B 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
C6 B 0, 0.000, 0.320, 0.640, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.320 std_dev=0.320
O4' A 0, 0.000, 0.324, 0.648, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.324 std_dev=0.324
C2' A 0, 0.000, 0.334, 0.669, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.334 std_dev=0.334
O4' B 0, 0.000, 0.343, 0.686, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.343 std_dev=0.343
O5' A 0, 0.000, 0.349, 0.699, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.349 std_dev=0.349
O2 B 0, 0.000, 0.406, 0.811, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.406 std_dev=0.406
C1' B 0, 0.000, 0.413, 0.825, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.413 std_dev=0.413
C4' A 0, 0.000, 0.531, 1.062, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.531 std_dev=0.531
C3' A 0, 0.000, 0.552, 1.103, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.552 std_dev=0.552
C4' B 0, 0.000, 0.645, 1.290, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.645 std_dev=0.645
O3' A 0, 0.000, 0.728, 1.455, 1.455 max_d=1.455 avg_d=0.728 std_dev=0.728
C2' B 0, 0.000, 0.761, 1.522, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.761 std_dev=0.761
C5' B 0, 0.000, 0.840, 1.680, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.840 std_dev=0.840
OP2 B 0, 0.000, 0.862, 1.724, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.862 std_dev=0.862
C3' B 0, 0.000, 0.881, 1.763, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.881 std_dev=0.881
P B 0, 0.000, 0.926, 1.851, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.926 std_dev=0.926
OP1 B 0, 0.000, 0.930, 1.860, 1.860 max_d=1.860 avg_d=0.930 std_dev=0.930
C5' A 0, 0.000, 0.952, 1.905, 1.905 max_d=1.905 avg_d=0.952 std_dev=0.952
O5' B 0, 0.000, 0.953, 1.907, 1.907 max_d=1.907 avg_d=0.953 std_dev=0.953
O2' B 0, 0.000, 0.988, 1.977, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.988 std_dev=0.988
P A 0, 0.000, 1.122, 2.244, 2.244 max_d=2.244 avg_d=1.122 std_dev=1.122
O3' B 0, 0.000, 1.191, 2.383, 2.383 max_d=2.383 avg_d=1.191 std_dev=1.191
OP2 A 0, 0.000, 1.513, 3.026, 3.026 max_d=3.026 avg_d=1.513 std_dev=1.513
OP1 A 0, 0.000, 1.539, 3.079, 3.079 max_d=3.079 avg_d=1.539 std_dev=1.539

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.19 0.04
C2 0.00 0.00 0.14 0.23 0.00 0.11 0.01 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.26 0.02 0.06 0.01 0.13 0.52 0.17
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.04 0.11 0.09 0.19 0.14 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.14 0.02 0.27 0.27 0.02
C3' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.12 0.00 0.07 0.03 0.12 0.10 0.19 0.28 0.21 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.11 0.14 0.29 0.12
C4 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.11 0.01 0.08 0.00 0.06 0.51 0.19
C4' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.09 0.00 0.11 0.13 0.09 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.36 0.05 0.15
C5 0.02 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.12 0.01 0.11 0.68 0.33
C5' 0.04 0.21 0.03 0.03 0.17 0.01 0.19 0.00 0.22 0.11 0.23 0.22 0.18 0.15 0.12 0.03 0.02 0.01 0.01 0.24 0.07 0.10 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.12 0.00 0.09 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.13 0.01 0.12 0.00 0.13 0.74 0.36
C8 0.02 0.00 0.11 0.10 0.00 0.00 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.11 0.00 0.14 0.01 0.15 0.60 0.33
N1 0.01 0.00 0.09 0.19 0.00 0.11 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.22 0.02 0.09 0.01 0.01 0.65 0.27
N2 0.01 0.00 0.19 0.28 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.33 0.01 0.04 0.02 0.21 0.47 0.11
N3 0.00 0.00 0.14 0.21 0.00 0.09 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.22 0.02 0.05 0.00 0.18 0.43 0.11
N7 0.02 0.01 0.08 0.04 0.01 0.02 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.06 0.01 0.16 0.01 0.25 0.76 0.42
N9 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.43 0.15
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.03 0.08 0.01 0.05 0.02 0.08 0.04 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.54 0.02 0.22
O3' 0.01 0.26 0.02 0.00 0.11 0.01 0.06 0.02 0.13 0.11 0.22 0.33 0.22 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.25 0.12 0.21 0.21 0.06
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.11 0.01 0.35 0.00 0.16
O5' 0.01 0.06 0.14 0.25 0.08 0.01 0.12 0.01 0.12 0.14 0.09 0.04 0.05 0.16 0.07 0.00 0.25 0.11 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01
O6 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.09 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.12 0.01 0.14 0.00 0.23 0.83 0.43
OP1 0.28 0.13 0.27 0.14 0.06 0.36 0.11 0.07 0.13 0.15 0.01 0.21 0.18 0.25 0.07 0.54 0.21 0.35 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.52 0.27 0.29 0.51 0.05 0.68 0.10 0.74 0.60 0.65 0.47 0.43 0.76 0.43 0.02 0.21 0.00 0.00 0.83 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.17 0.02 0.12 0.19 0.15 0.33 0.01 0.36 0.33 0.27 0.11 0.11 0.42 0.15 0.22 0.06 0.16 0.01 0.43 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.18 0.49 0.51 0.07 0.37 0.11 0.33 0.17 0.20 0.11 0.21 0.61 0.65 0.02 0.22 0.29 0.28 0.43 0.34
C2 0.26 0.13 0.52 0.55 0.03 0.40 0.09 0.37 0.16 0.19 0.04 0.16 0.64 0.68 0.03 0.22 0.33 0.30 0.46 0.39
C2' 0.37 0.22 0.64 0.64 0.08 0.48 0.15 0.43 0.23 0.28 0.12 0.26 0.79 0.81 0.02 0.30 0.35 0.34 0.47 0.40
C3' 0.48 0.31 0.71 0.69 0.14 0.56 0.23 0.49 0.33 0.38 0.19 0.35 0.89 0.85 0.03 0.41 0.39 0.39 0.51 0.44
C4 0.28 0.19 0.50 0.50 0.08 0.37 0.12 0.33 0.18 0.22 0.11 0.22 0.61 0.62 0.01 0.23 0.29 0.28 0.44 0.35
C4' 0.39 0.27 0.58 0.57 0.15 0.46 0.20 0.40 0.28 0.32 0.18 0.30 0.73 0.70 0.07 0.34 0.33 0.34 0.47 0.39
C5 0.28 0.20 0.47 0.45 0.08 0.33 0.13 0.29 0.19 0.22 0.12 0.22 0.57 0.55 0.01 0.22 0.24 0.26 0.42 0.32
C5' 0.53 0.41 0.68 0.64 0.28 0.57 0.34 0.50 0.42 0.46 0.32 0.43 0.83 0.75 0.20 0.48 0.42 0.44 0.57 0.49
C6 0.28 0.18 0.47 0.43 0.06 0.33 0.12 0.28 0.19 0.22 0.09 0.21 0.56 0.52 0.02 0.22 0.24 0.25 0.42 0.32
C8 0.28 0.21 0.47 0.44 0.11 0.33 0.14 0.28 0.19 0.23 0.15 0.23 0.57 0.55 0.05 0.22 0.23 0.25 0.41 0.30
N1 0.27 0.15 0.51 0.50 0.03 0.37 0.10 0.34 0.17 0.20 0.04 0.18 0.62 0.61 0.03 0.23 0.29 0.28 0.45 0.36
N2 0.23 0.08 0.51 0.57 0.01 0.41 0.07 0.40 0.13 0.15 0.01 0.10 0.64 0.74 0.05 0.21 0.36 0.31 0.47 0.40
N3 0.27 0.16 0.52 0.54 0.05 0.39 0.11 0.37 0.17 0.20 0.08 0.19 0.64 0.68 0.00 0.23 0.32 0.30 0.46 0.38
N7 0.27 0.21 0.45 0.41 0.11 0.30 0.14 0.25 0.19 0.23 0.14 0.22 0.54 0.50 0.04 0.21 0.20 0.24 0.40 0.29
N9 0.27 0.19 0.49 0.49 0.09 0.36 0.12 0.32 0.18 0.22 0.12 0.22 0.60 0.61 0.03 0.22 0.27 0.28 0.43 0.34
O2' 0.27 0.14 0.55 0.58 0.03 0.40 0.09 0.36 0.16 0.19 0.06 0.17 0.69 0.76 0.04 0.21 0.31 0.28 0.43 0.35
O3' 0.53 0.33 0.77 0.75 0.15 0.62 0.25 0.53 0.37 0.41 0.19 0.36 0.97 0.93 0.01 0.45 0.42 0.41 0.53 0.46
O4' 0.25 0.17 0.44 0.44 0.06 0.33 0.09 0.29 0.15 0.19 0.10 0.20 0.56 0.56 0.01 0.20 0.23 0.24 0.38 0.30
O5' 0.14 0.05 0.33 0.29 0.08 0.18 0.04 0.11 0.03 0.07 0.03 0.09 0.48 0.41 0.15 0.08 0.03 0.05 0.18 0.09
O6 0.26 0.18 0.40 0.35 0.05 0.27 0.12 0.22 0.18 0.21 0.07 0.18 0.48 0.41 0.04 0.20 0.18 0.21 0.39 0.28
OP1 0.09 0.06 0.31 0.24 0.34 0.12 0.30 0.00 0.16 0.04 0.21 0.05 0.53 0.40 0.48 0.00 0.14 0.15 0.10 0.13
OP2 0.58 0.68 0.40 0.49 0.88 0.59 0.85 0.70 0.76 0.68 0.79 0.60 0.21 0.35 0.97 0.67 0.81 0.79 0.69 0.77
P 0.15 0.26 0.04 0.02 0.47 0.13 0.44 0.23 0.34 0.25 0.38 0.18 0.23 0.12 0.57 0.23 0.34 0.32 0.24 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.13
C2 0.01 0.00 0.16 0.12 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.15 0.00 0.01 0.03 0.06 0.29 0.15
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.12 0.28 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.10 0.11 0.06
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.03 0.00 0.15 0.01 0.19 0.03 0.08 0.25 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.16 0.02 0.01
C4 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00 0.02 0.08 0.05 0.23 0.08
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.03 0.11 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.08 0.05
C5 0.02 0.00 0.06 0.15 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.00 0.04 0.16 0.00 0.17 0.04
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.11 0.02 0.01 0.10 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.13 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.10 0.19 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.19 0.00 0.05 0.17 0.03 0.18 0.05
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.24 0.12
N3 0.01 0.00 0.12 0.08 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.11 0.00 0.00 0.00 0.07 0.28 0.13
O2 0.02 0.00 0.28 0.25 0.00 0.11 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.31 0.00 0.02 0.10 0.09 0.32 0.19
O2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.14 0.27 0.00 0.01 0.08 0.05 0.02 0.17 0.08 0.03
O3' 0.00 0.15 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.00 0.19 0.02 0.11 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.25 0.11 0.07
O4 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.22 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.27 0.18
O5' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.17 0.04 0.00 0.10 0.02 0.00 0.09 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.01 0.06 0.10 0.16 0.05 0.11 0.00 0.13 0.03 0.01 0.07 0.09 0.17 0.25 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.22 0.29 0.11 0.02 0.23 0.08 0.17 0.01 0.18 0.24 0.28 0.32 0.08 0.11 0.22 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.15 0.06 0.01 0.08 0.05 0.04 0.00 0.05 0.12 0.13 0.19 0.03 0.07 0.06 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00