ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52627

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N7 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C8 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O6 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O2' B 0, 0.000, 0.123, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.123 std_dev=0.123
O2' A 0, 0.000, 0.171, 0.343, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.171 std_dev=0.171
C1' B 0, 0.000, 0.184, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C2' A 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.211
N1 B 0, 0.000, 0.247, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.247 std_dev=0.247
O4' A 0, 0.000, 0.248, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C2' B 0, 0.000, 0.259, 0.517, 0.517 max_d=0.517 avg_d=0.259 std_dev=0.259
O4' B 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C6 B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C2 B 0, 0.000, 0.287, 0.574, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.287 std_dev=0.287
O2 B 0, 0.000, 0.288, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.288 std_dev=0.288
N3 B 0, 0.000, 0.347, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.347 std_dev=0.347
C5 B 0, 0.000, 0.351, 0.701, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.351 std_dev=0.351
C4 B 0, 0.000, 0.381, 0.761, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.381 std_dev=0.381
C3' A 0, 0.000, 0.395, 0.789, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.395 std_dev=0.395
C4' A 0, 0.000, 0.404, 0.809, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.404 std_dev=0.404
C4' B 0, 0.000, 0.438, 0.876, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.438 std_dev=0.438
O4 B 0, 0.000, 0.441, 0.883, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.441 std_dev=0.441
C3' B 0, 0.000, 0.447, 0.894, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.447 std_dev=0.447
O5' A 0, 0.000, 0.513, 1.026, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.513 std_dev=0.513
O3' A 0, 0.000, 0.573, 1.147, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.573 std_dev=0.573
O3' B 0, 0.000, 0.579, 1.158, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.579 std_dev=0.579
C5' B 0, 0.000, 0.609, 1.218, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.609 std_dev=0.609
OP1 B 0, 0.000, 0.629, 1.259, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.629 std_dev=0.629
O5' B 0, 0.000, 0.648, 1.296, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.648 std_dev=0.648
C5' A 0, 0.000, 0.657, 1.313, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.657 std_dev=0.657
P B 0, 0.000, 0.678, 1.355, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.678 std_dev=0.678
OP1 A 0, 0.000, 0.739, 1.478, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.739 std_dev=0.739
OP2 B 0, 0.000, 0.749, 1.497, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.749 std_dev=0.749
P A 0, 0.000, 0.938, 1.876, 1.876 max_d=1.876 avg_d=0.938 std_dev=0.938
OP2 A 0, 0.000, 1.353, 2.705, 2.705 max_d=2.705 avg_d=1.353 std_dev=1.353

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.01 0.12 0.05 0.12
C2 0.03 0.00 0.05 0.18 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.23 0.03 0.02 0.00 0.02 0.17 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.07 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.00 0.13 0.29 0.16
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.13 0.00 0.10 0.01 0.13 0.02 0.17 0.20 0.17 0.03 0.05 0.00 0.00 0.01 0.34 0.12 0.31 0.42 0.35
C4 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.14 0.02 0.03 0.00 0.03 0.06 0.00
C4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.08 0.07 0.03 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.02 0.03
C5 0.01 0.01 0.01 0.10 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.13 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.01
C5' 0.02 0.14 0.01 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.15 0.04 0.16 0.15 0.12 0.08 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.16 0.03 0.13 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.13 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.17 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.05
C8 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.11 0.00 0.09 0.11 0.08
N1 0.03 0.00 0.03 0.17 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.22 0.03 0.01 0.00 0.03 0.16 0.07
N2 0.04 0.00 0.07 0.20 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.26 0.04 0.03 0.00 0.04 0.21 0.08
N3 0.03 0.00 0.06 0.17 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.20 0.03 0.00 0.00 0.00 0.13 0.03
N7 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.00 0.06 0.06 0.03
N9 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.02 0.07
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.06 0.05 0.05 0.01 0.16 0.01
O3' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.14 0.00 0.13 0.01 0.17 0.01 0.22 0.26 0.20 0.04 0.05 0.03 0.00 0.00 0.43 0.16 0.49 0.58 0.50
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.27 0.01 0.29 0.27 0.30
O5' 0.10 0.02 0.17 0.34 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.11 0.01 0.03 0.00 0.07 0.07 0.05 0.43 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.00 0.12 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.09 0.06
OP1 0.12 0.02 0.13 0.31 0.03 0.06 0.03 0.03 0.00 0.09 0.03 0.04 0.00 0.06 0.08 0.01 0.49 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.17 0.29 0.42 0.06 0.02 0.04 0.13 0.10 0.11 0.16 0.21 0.13 0.06 0.02 0.16 0.58 0.27 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.06 0.16 0.35 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.08 0.07 0.08 0.03 0.03 0.07 0.01 0.50 0.30 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.21 0.18 0.26 0.28 0.16 0.26 0.20 0.22 0.19 0.26 0.17 0.03 0.28 0.31 0.11 0.27 0.26 0.40 0.35
C2 0.09 0.18 0.13 0.20 0.24 0.12 0.21 0.16 0.18 0.15 0.23 0.15 0.02 0.22 0.25 0.08 0.21 0.21 0.33 0.30
C2' 0.03 0.14 0.07 0.13 0.23 0.03 0.20 0.07 0.15 0.11 0.21 0.10 0.09 0.13 0.28 0.00 0.14 0.14 0.30 0.24
C3' 0.13 0.02 0.08 0.01 0.10 0.13 0.06 0.09 0.00 0.05 0.06 0.07 0.23 0.01 0.16 0.17 0.02 0.01 0.16 0.09
C4 0.10 0.18 0.15 0.23 0.27 0.14 0.24 0.19 0.20 0.16 0.24 0.14 0.00 0.26 0.30 0.09 0.25 0.26 0.39 0.34
C4' 0.02 0.07 0.06 0.14 0.18 0.02 0.15 0.06 0.09 0.05 0.14 0.03 0.10 0.18 0.23 0.05 0.13 0.14 0.28 0.22
C5 0.09 0.16 0.13 0.23 0.27 0.15 0.25 0.20 0.20 0.16 0.23 0.10 0.01 0.26 0.31 0.09 0.26 0.29 0.41 0.36
C5' 0.11 0.02 0.02 0.07 0.10 0.07 0.07 0.02 0.01 0.04 0.05 0.07 0.17 0.13 0.16 0.14 0.05 0.08 0.21 0.15
C6 0.08 0.15 0.12 0.22 0.27 0.15 0.25 0.20 0.20 0.15 0.23 0.07 0.02 0.24 0.30 0.09 0.26 0.29 0.41 0.36
C8 0.09 0.16 0.14 0.24 0.27 0.15 0.25 0.20 0.20 0.15 0.22 0.11 0.01 0.27 0.31 0.09 0.27 0.29 0.42 0.37
N1 0.09 0.17 0.12 0.21 0.25 0.13 0.23 0.18 0.19 0.15 0.23 0.10 0.03 0.22 0.27 0.08 0.23 0.25 0.37 0.33
N2 0.09 0.18 0.14 0.19 0.21 0.10 0.19 0.13 0.16 0.15 0.21 0.17 0.02 0.19 0.22 0.07 0.18 0.17 0.29 0.26
N3 0.10 0.18 0.14 0.21 0.24 0.13 0.22 0.16 0.18 0.16 0.23 0.15 0.01 0.23 0.27 0.08 0.22 0.21 0.34 0.30
N7 0.09 0.15 0.13 0.24 0.26 0.15 0.25 0.21 0.20 0.15 0.21 0.09 0.02 0.27 0.31 0.09 0.27 0.30 0.43 0.38
N9 0.11 0.18 0.15 0.24 0.27 0.15 0.25 0.20 0.21 0.17 0.24 0.14 0.00 0.27 0.31 0.10 0.26 0.27 0.40 0.35
O2' 0.16 0.25 0.20 0.25 0.31 0.16 0.28 0.18 0.24 0.22 0.30 0.23 0.06 0.25 0.34 0.13 0.25 0.24 0.38 0.33
O3' 0.22 0.10 0.16 0.11 0.03 0.24 0.02 0.21 0.09 0.13 0.01 0.14 0.31 0.09 0.09 0.28 0.13 0.10 0.04 0.03
O4' 0.13 0.20 0.20 0.29 0.29 0.18 0.27 0.23 0.22 0.19 0.26 0.17 0.04 0.33 0.33 0.11 0.29 0.29 0.43 0.37
O5' 0.13 0.18 0.14 0.22 0.26 0.15 0.25 0.19 0.22 0.18 0.23 0.14 0.01 0.23 0.30 0.11 0.25 0.28 0.41 0.36
O6 0.08 0.11 0.10 0.22 0.27 0.15 0.25 0.21 0.20 0.13 0.20 0.02 0.03 0.24 0.32 0.09 0.27 0.32 0.43 0.39
OP1 0.16 0.21 0.17 0.23 0.30 0.17 0.29 0.21 0.25 0.21 0.26 0.16 0.04 0.24 0.34 0.14 0.27 0.32 0.45 0.40
OP2 0.34 0.35 0.32 0.38 0.40 0.35 0.42 0.39 0.40 0.37 0.37 0.31 0.22 0.37 0.41 0.34 0.43 0.49 0.59 0.57
P 0.21 0.25 0.20 0.27 0.35 0.22 0.35 0.27 0.31 0.26 0.30 0.21 0.07 0.27 0.38 0.21 0.33 0.38 0.51 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.09
C2 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.01 0.06 0.08 0.14 0.14
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.04
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.09 0.11 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.09 0.02 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.00 0.08 0.12 0.18 0.18
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.06 0.11 0.17 0.17
C5' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.04 0.03 0.06 0.04 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.09 0.12 0.15
N1 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.07 0.11 0.13
N3 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.00 0.01 0.08 0.10 0.17 0.16
O2 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.13 0.00 0.02 0.05 0.07 0.13 0.13
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.05 0.06
O3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.12 0.13 0.02 0.00 0.10 0.01 0.02 0.15 0.01 0.03
O4 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.00 0.09 0.13 0.19 0.18
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.05 0.09
O5' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.08 0.00 0.06 0.00 0.03 0.03 0.08 0.05 0.02 0.02 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.08 0.05 0.09 0.12 0.00 0.11 0.00 0.09 0.07 0.10 0.07 0.01 0.15 0.13 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.14 0.03 0.02 0.18 0.02 0.17 0.00 0.12 0.11 0.17 0.13 0.05 0.01 0.19 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.14 0.04 0.00 0.18 0.03 0.17 0.00 0.15 0.13 0.16 0.13 0.06 0.03 0.18 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00