ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52633

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 10, 11, 11, 7, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.005, 0.024, 0.043, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.024 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.032 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.016, 0.041, 0.066, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.041 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.006, 0.032, 0.057, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.032 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.011, 0.037, 0.062, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.012, 0.038, 0.065, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.038 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.010, 0.037, 0.065, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.037 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.023, 0.052, 0.080, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.052 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.021, 0.072, 0.124, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.072 std_dev=0.052
C5 B 0, 0.207, 0.351, 0.495, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.351 std_dev=0.144
C6 B 0, 0.223, 0.379, 0.535, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.379 std_dev=0.156
C4 B 0, 0.151, 0.312, 0.473, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.312 std_dev=0.161
N9 B 0, 0.217, 0.379, 0.542, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.379 std_dev=0.163
N7 B 0, 0.261, 0.431, 0.600, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.431 std_dev=0.170
N1 B 0, 0.233, 0.405, 0.577, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.405 std_dev=0.172
N6 B 0, 0.284, 0.458, 0.631, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.458 std_dev=0.173
C1' B 0, 0.256, 0.434, 0.613, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.434 std_dev=0.179
C8 B 0, 0.264, 0.448, 0.631, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.448 std_dev=0.183
N3 B 0, 0.119, 0.306, 0.493, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.306 std_dev=0.187
C2 B 0, 0.183, 0.372, 0.561, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.372 std_dev=0.189
C2' B 0, 0.288, 0.486, 0.685, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.486 std_dev=0.199
O4' B 0, 0.387, 0.613, 0.838, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.613 std_dev=0.226
O2' B 0, 0.347, 0.589, 0.831, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.589 std_dev=0.242
C3' B 0, 0.389, 0.650, 0.910, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.650 std_dev=0.260
C4' B 0, 0.415, 0.688, 0.960, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.688 std_dev=0.273
O3' B 0, 0.517, 0.848, 1.178, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.848 std_dev=0.330
C5' B 0, 0.558, 0.908, 1.257, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.908 std_dev=0.350
O5' B 0, 0.351, 0.733, 1.114, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.733 std_dev=0.382
P B 0, 0.553, 0.935, 1.317, 1.947 max_d=1.947 avg_d=0.935 std_dev=0.382
OP2 B 0, 0.541, 0.971, 1.401, 1.928 max_d=1.928 avg_d=0.971 std_dev=0.430
OP1 B 0, 0.722, 1.204, 1.685, 2.437 max_d=2.437 avg_d=1.204 std_dev=0.482
C2' A 0, 0.540, 1.084, 1.629, 1.925 max_d=1.925 avg_d=1.084 std_dev=0.544
O4' A 0, 0.522, 1.093, 1.665, 2.016 max_d=2.016 avg_d=1.093 std_dev=0.572
O2' A 0, 0.864, 1.617, 2.370, 2.775 max_d=2.775 avg_d=1.617 std_dev=0.753
C3' A 0, 0.822, 1.698, 2.573, 2.778 max_d=2.778 avg_d=1.698 std_dev=0.875
C4' A 0, 0.820, 1.716, 2.612, 3.069 max_d=3.069 avg_d=1.716 std_dev=0.896
O5' A 0, 0.969, 1.997, 3.025, 3.933 max_d=3.933 avg_d=1.997 std_dev=1.028
O3' A 0, 1.063, 2.266, 3.468, 3.528 max_d=3.528 avg_d=2.266 std_dev=1.203
C5' A 0, 1.125, 2.355, 3.585, 4.632 max_d=4.632 avg_d=2.355 std_dev=1.230
P A 0, 1.032, 2.520, 4.008, 5.683 max_d=5.683 avg_d=2.520 std_dev=1.488
OP2 A 0, 1.032, 2.594, 4.155, 6.349 max_d=6.349 avg_d=2.594 std_dev=1.562
OP1 A 0, 1.167, 2.989, 4.811, 7.263 max_d=7.263 avg_d=2.989 std_dev=1.822

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.09 0.02 0.02 0.04 0.07 0.06 0.02 0.01 0.03 0.24 0.01 0.31 0.02 0.21 0.53 0.31
C2 0.06 0.00 0.39 0.35 0.02 0.14 0.02 0.19 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.21 0.26 0.29 0.44 0.02 0.28 0.75 0.44
C2' 0.01 0.39 0.00 0.01 0.22 0.04 0.14 0.18 0.21 0.16 0.31 0.46 0.37 0.09 0.05 0.01 0.05 0.02 0.46 0.17 0.44 0.57 0.45
C3' 0.02 0.35 0.01 0.00 0.33 0.01 0.42 0.03 0.45 0.36 0.41 0.34 0.30 0.43 0.27 0.04 0.02 0.03 0.22 0.49 0.32 0.28 0.19
C4 0.03 0.02 0.22 0.33 0.00 0.08 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.16 0.15 0.47 0.01 0.25 0.76 0.45
C4' 0.02 0.14 0.04 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.11 0.23 0.10 0.20 0.14 0.22 0.10 0.32 0.05 0.01 0.02 0.15 0.18 0.29 0.09
C5 0.02 0.02 0.14 0.42 0.00 0.13 0.00 0.17 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.25 0.25 0.08 0.58 0.02 0.35 0.94 0.57
C5' 0.09 0.19 0.18 0.03 0.13 0.01 0.17 0.00 0.17 0.24 0.16 0.24 0.18 0.25 0.11 0.14 0.19 0.03 0.01 0.21 0.16 0.23 0.03
C6 0.02 0.02 0.21 0.45 0.01 0.11 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.23 0.29 0.13 0.59 0.01 0.39 1.00 0.61
C8 0.02 0.03 0.16 0.36 0.01 0.23 0.02 0.24 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.36 0.27 0.16 0.59 0.03 0.34 0.89 0.56
N1 0.04 0.01 0.31 0.41 0.02 0.10 0.02 0.16 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.18 0.26 0.22 0.52 0.01 0.34 0.89 0.53
N2 0.07 0.01 0.46 0.34 0.02 0.20 0.03 0.24 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.31 0.34 0.34 0.41 0.03 0.29 0.69 0.41
N3 0.06 0.01 0.37 0.30 0.01 0.14 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.21 0.25 0.28 0.41 0.02 0.24 0.66 0.39
N7 0.02 0.02 0.09 0.43 0.01 0.22 0.01 0.25 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.37 0.33 0.08 0.65 0.03 0.42 1.03 0.65
N9 0.01 0.03 0.05 0.27 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.19 0.10 0.03 0.45 0.02 0.22 0.70 0.41
O2' 0.03 0.21 0.01 0.04 0.16 0.32 0.25 0.14 0.23 0.36 0.18 0.31 0.21 0.37 0.19 0.00 0.10 0.21 0.27 0.28 0.33 0.54 0.31
O3' 0.24 0.26 0.05 0.02 0.16 0.05 0.25 0.19 0.29 0.27 0.26 0.34 0.25 0.33 0.10 0.10 0.00 0.18 0.29 0.35 0.60 0.46 0.39
O4' 0.01 0.29 0.02 0.03 0.15 0.01 0.08 0.03 0.13 0.16 0.22 0.34 0.28 0.08 0.03 0.21 0.18 0.00 0.18 0.10 0.23 0.48 0.26
O5' 0.31 0.44 0.46 0.22 0.47 0.02 0.58 0.01 0.59 0.59 0.52 0.41 0.41 0.65 0.45 0.27 0.29 0.18 0.00 0.65 0.03 0.03 0.01
O6 0.02 0.02 0.17 0.49 0.01 0.15 0.02 0.21 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.28 0.35 0.10 0.65 0.00 0.47 1.12 0.69
OP1 0.21 0.28 0.44 0.32 0.25 0.18 0.35 0.16 0.39 0.34 0.34 0.29 0.24 0.42 0.22 0.33 0.60 0.23 0.03 0.47 0.00 0.02 0.01
OP2 0.53 0.75 0.57 0.28 0.76 0.29 0.94 0.23 1.00 0.89 0.89 0.69 0.66 1.03 0.70 0.54 0.46 0.48 0.03 1.12 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.44 0.45 0.19 0.45 0.09 0.57 0.03 0.61 0.56 0.53 0.41 0.39 0.65 0.41 0.31 0.39 0.26 0.01 0.69 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.18 0.23 0.26 0.14 0.14 0.12 0.14 0.12 0.12 0.14 0.18 0.14 0.12 0.14 0.25 0.36 0.17 0.29 0.29 0.39 0.27
C2 0.15 0.17 0.25 0.29 0.14 0.16 0.11 0.17 0.10 0.12 0.11 0.18 0.14 0.11 0.14 0.25 0.38 0.15 0.29 0.29 0.39 0.27
C2' 0.46 0.45 0.46 0.45 0.42 0.45 0.35 0.42 0.32 0.38 0.37 0.47 0.26 0.33 0.42 0.51 0.50 0.48 0.38 0.33 0.36 0.33
C3' 0.56 0.52 0.48 0.49 0.54 0.55 0.54 0.56 0.52 0.57 0.50 0.54 0.51 0.55 0.56 0.50 0.48 0.62 0.53 0.50 0.54 0.53
C4 0.15 0.18 0.24 0.27 0.14 0.14 0.12 0.15 0.12 0.12 0.15 0.18 0.13 0.12 0.13 0.24 0.37 0.15 0.29 0.29 0.39 0.28
C4' 0.21 0.21 0.25 0.26 0.18 0.18 0.16 0.18 0.15 0.17 0.17 0.22 0.16 0.16 0.18 0.28 0.36 0.25 0.28 0.27 0.37 0.25
C5 0.14 0.19 0.23 0.26 0.15 0.13 0.13 0.16 0.13 0.12 0.17 0.18 0.14 0.13 0.14 0.23 0.35 0.15 0.30 0.31 0.40 0.29
C5' 0.26 0.25 0.27 0.29 0.23 0.23 0.22 0.26 0.21 0.23 0.22 0.26 0.21 0.23 0.24 0.30 0.38 0.31 0.32 0.32 0.41 0.31
C6 0.14 0.19 0.23 0.26 0.15 0.14 0.13 0.16 0.13 0.12 0.17 0.18 0.14 0.13 0.14 0.23 0.34 0.14 0.31 0.31 0.41 0.30
C8 0.14 0.19 0.23 0.26 0.14 0.13 0.13 0.15 0.14 0.12 0.17 0.18 0.15 0.13 0.13 0.23 0.35 0.15 0.29 0.30 0.40 0.28
N1 0.15 0.19 0.24 0.27 0.14 0.15 0.11 0.16 0.11 0.12 0.14 0.18 0.13 0.11 0.13 0.24 0.36 0.14 0.30 0.30 0.40 0.28
N2 0.17 0.15 0.27 0.31 0.14 0.18 0.12 0.19 0.12 0.13 0.10 0.17 0.16 0.13 0.15 0.26 0.41 0.17 0.28 0.29 0.38 0.27
N3 0.15 0.17 0.25 0.28 0.14 0.15 0.11 0.16 0.11 0.12 0.12 0.18 0.13 0.11 0.13 0.25 0.38 0.16 0.28 0.29 0.39 0.27
N7 0.14 0.20 0.23 0.26 0.15 0.13 0.14 0.16 0.15 0.13 0.18 0.18 0.15 0.14 0.14 0.23 0.34 0.15 0.30 0.31 0.40 0.29
N9 0.15 0.18 0.24 0.26 0.14 0.13 0.12 0.14 0.13 0.12 0.15 0.18 0.14 0.12 0.13 0.24 0.36 0.15 0.29 0.29 0.39 0.27
O2' 0.28 0.28 0.32 0.31 0.26 0.27 0.25 0.26 0.26 0.25 0.26 0.28 0.30 0.26 0.26 0.37 0.40 0.31 0.34 0.33 0.43 0.32
O3' 0.46 0.39 0.39 0.38 0.42 0.45 0.41 0.47 0.39 0.45 0.37 0.42 0.39 0.44 0.44 0.44 0.40 0.53 0.45 0.42 0.47 0.45
O4' 0.28 0.30 0.39 0.41 0.26 0.28 0.24 0.28 0.24 0.23 0.27 0.30 0.23 0.22 0.26 0.41 0.51 0.27 0.42 0.44 0.51 0.40
O5' 0.61 0.60 0.51 0.56 0.63 0.61 0.65 0.66 0.64 0.67 0.62 0.61 0.66 0.67 0.64 0.46 0.55 0.69 0.80 0.79 0.87 0.79
O6 0.15 0.20 0.22 0.25 0.16 0.14 0.15 0.17 0.16 0.14 0.20 0.18 0.15 0.14 0.15 0.22 0.32 0.16 0.32 0.33 0.42 0.32
OP1 0.62 0.52 0.47 0.49 0.57 0.62 0.57 0.65 0.53 0.62 0.50 0.56 0.53 0.60 0.61 0.49 0.47 0.72 0.70 0.67 0.72 0.69
OP2 1.07 0.97 0.94 1.02 1.08 1.10 1.13 1.19 1.11 1.18 1.03 1.00 1.17 1.20 1.11 0.85 0.96 1.16 1.28 1.32 1.43 1.33
P 0.67 0.63 0.57 0.64 0.68 0.69 0.71 0.75 0.69 0.74 0.65 0.64 0.72 0.75 0.70 0.51 0.63 0.76 0.86 0.87 0.97 0.88

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.11 0.10 0.15 0.11
C2 0.06 0.00 0.16 0.17 0.02 0.08 0.02 0.12 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.20 0.21 0.06 0.20 0.17 0.27 0.18
C2' 0.01 0.16 0.00 0.01 0.09 0.02 0.06 0.02 0.09 0.06 0.13 0.16 0.08 0.05 0.03 0.01 0.03 0.02 0.14 0.18 0.15 0.08
C3' 0.02 0.17 0.01 0.00 0.11 0.01 0.11 0.03 0.12 0.12 0.15 0.15 0.13 0.12 0.07 0.03 0.01 0.04 0.17 0.26 0.20 0.15
C4 0.03 0.02 0.09 0.11 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.13 0.03 0.21 0.16 0.24 0.16
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.04 0.09 0.03 0.01 0.03 0.13 0.12 0.07
C5 0.02 0.02 0.06 0.11 0.01 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.13 0.04 0.26 0.23 0.31 0.23
C5' 0.04 0.12 0.02 0.03 0.12 0.01 0.15 0.00 0.16 0.16 0.14 0.11 0.18 0.18 0.11 0.09 0.05 0.03 0.01 0.15 0.14 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.12 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.12 0.16 0.04 0.26 0.26 0.35 0.26
C8 0.02 0.02 0.06 0.12 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.13 0.06 0.25 0.19 0.24 0.20
N1 0.05 0.01 0.13 0.15 0.02 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.17 0.19 0.05 0.24 0.22 0.32 0.22
N3 0.06 0.00 0.16 0.15 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.18 0.19 0.06 0.18 0.15 0.23 0.15
N6 0.03 0.01 0.08 0.13 0.02 0.07 0.02 0.18 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.10 0.17 0.06 0.29 0.32 0.41 0.31
N7 0.02 0.02 0.05 0.12 0.01 0.09 0.01 0.18 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.14 0.06 0.28 0.27 0.33 0.27
N9 0.01 0.03 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.11 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.08 0.03 0.18 0.13 0.19 0.13
O2' 0.03 0.20 0.01 0.03 0.10 0.09 0.08 0.09 0.12 0.04 0.17 0.18 0.10 0.04 0.03 0.00 0.06 0.07 0.09 0.17 0.13 0.09
O3' 0.03 0.21 0.03 0.01 0.13 0.03 0.13 0.05 0.16 0.13 0.19 0.19 0.17 0.14 0.08 0.06 0.00 0.04 0.18 0.35 0.27 0.21
O4' 0.01 0.06 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.03 0.07 0.04 0.00 0.12 0.16 0.21 0.19
O5' 0.11 0.20 0.14 0.17 0.21 0.03 0.26 0.01 0.26 0.25 0.24 0.18 0.29 0.28 0.18 0.09 0.18 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.10 0.17 0.18 0.26 0.16 0.13 0.23 0.15 0.26 0.19 0.22 0.15 0.32 0.27 0.13 0.17 0.35 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.27 0.15 0.20 0.24 0.12 0.31 0.14 0.35 0.24 0.32 0.23 0.41 0.33 0.19 0.13 0.27 0.21 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.18 0.08 0.15 0.16 0.07 0.23 0.02 0.26 0.20 0.22 0.15 0.31 0.27 0.13 0.09 0.21 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00