Doublet Group distance statistics: 52637

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 8, 4, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N1	A	0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C5	A	0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C1'	A	0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.013, 0.026, 0.038, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.013
N3	A	0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N9	A	0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.025 std_dev=0.016
O6	A	0, 0.021, 0.039, 0.058, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.039 std_dev=0.019
N7	A	0, 0.013, 0.034, 0.054, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.034 std_dev=0.021
N2	A	0, 0.031, 0.054, 0.077, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.054 std_dev=0.023
C8	A	0, 0.014, 0.039, 0.064, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.039 std_dev=0.025
N1	B	0, 0.135, 0.277, 0.420, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.277 std_dev=0.143
C2	B	0, 0.172, 0.367, 0.563, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.367 std_dev=0.196
O4'	A	0, 0.127, 0.336, 0.546, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.336 std_dev=0.209
C4	B	0, 0.184, 0.394, 0.604, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.394 std_dev=0.210
C6	B	0, 0.224, 0.442, 0.660, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.442 std_dev=0.218
N3	B	0, 0.202, 0.424, 0.647, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.424 std_dev=0.222
C2'	A	0, 0.127, 0.367, 0.608, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.367 std_dev=0.240
C5	B	0, 0.275, 0.517, 0.759, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.517 std_dev=0.242
O2'	A	0, 0.119, 0.431, 0.743, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.431 std_dev=0.312
C1'	B	0, 0.364, 0.684, 1.004, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.684 std_dev=0.320
C4'	A	0, 0.212, 0.535, 0.857, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.535 std_dev=0.322
N9	B	0, 0.230, 0.554, 0.879, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.554 std_dev=0.325
C2'	B	0, 0.349, 0.687, 1.026, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.687 std_dev=0.338
C3'	A	0, 0.213, 0.586, 0.958, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.586 std_dev=0.373
N6	B	0, 0.290, 0.670, 1.050, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.670 std_dev=0.380
N7	B	0, 0.395, 0.803, 1.211, 1.803 max_d=1.803 avg_d=0.803 std_dev=0.408
C8	B	0, 0.350, 0.767, 1.183, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.767 std_dev=0.417
O4'	B	0, 0.438, 0.926, 1.415, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.926 std_dev=0.489
C5'	A	0, 0.349, 0.885, 1.420, 2.027 max_d=2.027 avg_d=0.885 std_dev=0.535
O3'	A	0, 0.296, 0.861, 1.425, 1.970 max_d=1.970 avg_d=0.861 std_dev=0.564
O2'	B	0, 0.515, 1.102, 1.690, 2.968 max_d=2.968 avg_d=1.102 std_dev=0.587
C4'	B	0, 0.441, 1.071, 1.701, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.071 std_dev=0.630
C5'	B	0, 0.605, 1.262, 1.920, 2.501 max_d=2.501 avg_d=1.262 std_dev=0.658
O5'	B	0, 0.648, 1.311, 1.973, 2.476 max_d=2.476 avg_d=1.311 std_dev=0.663
C3'	B	0, 0.367, 1.104, 1.841, 2.573 max_d=2.573 avg_d=1.104 std_dev=0.737
P	B	0, 0.782, 1.621, 2.460, 2.908 max_d=2.908 avg_d=1.621 std_dev=0.839
OP1	B	0, 0.839, 1.742, 2.645, 3.393 max_d=3.393 avg_d=1.742 std_dev=0.903
OP2	B	0, 0.893, 1.824, 2.755, 3.196 max_d=3.196 avg_d=1.824 std_dev=0.931
O5'	A	0, 0.258, 1.194, 2.130, 3.496 max_d=3.496 avg_d=1.194 std_dev=0.936
O3'	B	0, 0.312, 1.542, 2.772, 4.017 max_d=4.017 avg_d=1.542 std_dev=1.230
P	A	0, 0.107, 1.657, 3.208, 5.579 max_d=5.579 avg_d=1.657 std_dev=1.550
OP1	A	0, 0.127, 1.838, 3.548, 6.164 max_d=6.164 avg_d=1.838 std_dev=1.710
OP2	A	0, -0.154, 1.929, 4.013, 7.056 max_d=7.056 avg_d=1.929 std_dev=2.083

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.04	0.02	0.02	0.03	0.04	0.03	0.02	0.01	0.02	0.03	0.01	0.30	0.03	0.12	0.54	0.32
C2	0.03	0.00	0.26	0.26	0.01	0.08	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.24	0.36	0.10	0.42	0.01	0.21	0.82	0.50
C2'	0.01	0.26	0.00	0.00	0.14	0.03	0.09	0.02	0.14	0.11	0.21	0.30	0.25	0.07	0.04	0.00	0.04	0.01	0.19	0.12	0.27	0.30	0.12
C3'	0.02	0.26	0.00	0.00	0.15	0.01	0.14	0.03	0.18	0.17	0.23	0.31	0.24	0.15	0.08	0.03	0.02	0.02	0.21	0.17	0.36	0.20	0.15
C4	0.02	0.01	0.14	0.15	0.00	0.05	0.00	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.12	0.20	0.06	0.49	0.01	0.28	0.88	0.57
C4'	0.01	0.08	0.03	0.01	0.05	0.00	0.07	0.01	0.07	0.11	0.07	0.10	0.07	0.10	0.04	0.08	0.04	0.00	0.02	0.08	0.19	0.31	0.12
C5	0.02	0.01	0.09	0.14	0.00	0.07	0.00	0.15	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.18	0.05	0.60	0.01	0.47	1.14	0.75
C5'	0.04	0.11	0.02	0.03	0.10	0.01	0.15	0.00	0.15	0.17	0.13	0.11	0.09	0.18	0.10	0.08	0.07	0.03	0.01	0.17	0.21	0.21	0.03
C6	0.02	0.01	0.14	0.18	0.01	0.07	0.01	0.15	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.12	0.24	0.06	0.59	0.01	0.48	1.18	0.77
C8	0.02	0.01	0.11	0.17	0.01	0.11	0.01	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.20	0.06	0.67	0.02	0.53	1.13	0.78
N1	0.03	0.00	0.21	0.23	0.01	0.07	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.19	0.32	0.09	0.51	0.01	0.34	1.01	0.65
N2	0.04	0.00	0.30	0.31	0.01	0.10	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.30	0.45	0.12	0.36	0.01	0.19	0.71	0.43
N3	0.03	0.01	0.25	0.24	0.01	0.07	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.23	0.32	0.10	0.38	0.01	0.17	0.72	0.44
N7	0.02	0.01	0.07	0.15	0.01	0.10	0.00	0.18	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.19	0.05	0.70	0.02	0.63	1.30	0.88
N9	0.01	0.01	0.04	0.08	0.01	0.04	0.01	0.10	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.09	0.02	0.49	0.02	0.28	0.83	0.54
O2'	0.02	0.24	0.00	0.03	0.12	0.08	0.08	0.08	0.12	0.07	0.19	0.30	0.23	0.05	0.02	0.00	0.08	0.07	0.07	0.11	0.44	0.39	0.22
O3'	0.03	0.36	0.04	0.02	0.20	0.04	0.18	0.07	0.24	0.20	0.32	0.45	0.32	0.19	0.09	0.08	0.00	0.04	0.33	0.24	0.67	0.44	0.43
O4'	0.01	0.10	0.01	0.02	0.06	0.00	0.05	0.03	0.06	0.06	0.09	0.12	0.10	0.05	0.02	0.07	0.04	0.00	0.30	0.06	0.20	0.55	0.36
O5'	0.30	0.42	0.19	0.21	0.49	0.02	0.60	0.01	0.59	0.67	0.51	0.36	0.38	0.70	0.49	0.07	0.33	0.30	0.00	0.64	0.02	0.02	0.01
O6	0.03	0.01	0.12	0.17	0.01	0.08	0.01	0.17	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.11	0.24	0.06	0.64	0.00	0.60	1.33	0.87
OP1	0.12	0.21	0.27	0.36	0.28	0.19	0.47	0.21	0.48	0.53	0.34	0.19	0.17	0.63	0.28	0.44	0.67	0.20	0.02	0.60	0.00	0.02	0.01
OP2	0.54	0.82	0.30	0.20	0.88	0.31	1.14	0.21	1.18	1.13	1.01	0.71	0.72	1.30	0.83	0.39	0.44	0.55	0.02	1.33	0.02	0.00	0.01
P	0.32	0.50	0.12	0.15	0.57	0.12	0.75	0.03	0.77	0.78	0.65	0.43	0.44	0.88	0.54	0.22	0.43	0.36	0.01	0.87	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.15	0.17	0.27	0.28	0.12	0.11	0.11	0.13	0.13	0.10	0.11	0.18	0.21	0.13	0.11	0.36	0.39	0.22	0.28	0.32	0.41	0.24
C2	0.15	0.17	0.25	0.27	0.13	0.11	0.12	0.14	0.14	0.12	0.12	0.18	0.21	0.13	0.13	0.34	0.36	0.22	0.29	0.31	0.44	0.26
C2'	0.34	0.34	0.30	0.23	0.30	0.32	0.26	0.27	0.25	0.26	0.27	0.35	0.27	0.25	0.30	0.47	0.54	0.44	0.41	0.27	0.35	0.28
C3'	0.39	0.38	0.32	0.25	0.35	0.37	0.31	0.33	0.30	0.32	0.32	0.40	0.32	0.31	0.35	0.48	0.53	0.49	0.43	0.31	0.35	0.31
C4	0.12	0.17	0.24	0.29	0.11	0.08	0.11	0.14	0.13	0.10	0.11	0.17	0.21	0.14	0.10	0.34	0.32	0.19	0.27	0.34	0.41	0.24
C4'	0.20	0.21	0.25	0.23	0.16	0.14	0.16	0.16	0.17	0.15	0.15	0.22	0.24	0.18	0.16	0.37	0.40	0.29	0.27	0.31	0.34	0.19
C5	0.09	0.17	0.22	0.33	0.09	0.08	0.11	0.16	0.12	0.12	0.11	0.15	0.21	0.15	0.08	0.32	0.25	0.16	0.27	0.37	0.39	0.25
C5'	0.18	0.20	0.29	0.33	0.17	0.16	0.21	0.24	0.22	0.22	0.18	0.20	0.31	0.26	0.18	0.32	0.35	0.26	0.24	0.41	0.36	0.22
C6	0.08	0.16	0.21	0.35	0.09	0.09	0.12	0.17	0.12	0.12	0.12	0.14	0.21	0.16	0.09	0.30	0.22	0.16	0.27	0.37	0.39	0.25
C8	0.10	0.17	0.23	0.32	0.10	0.07	0.11	0.17	0.12	0.12	0.11	0.16	0.21	0.16	0.09	0.33	0.27	0.17	0.27	0.38	0.39	0.25
N1	0.10	0.17	0.22	0.30	0.10	0.07	0.11	0.14	0.13	0.10	0.12	0.15	0.21	0.13	0.09	0.31	0.26	0.18	0.28	0.33	0.42	0.25
N2	0.20	0.16	0.29	0.26	0.16	0.16	0.14	0.17	0.15	0.16	0.13	0.19	0.20	0.15	0.17	0.37	0.44	0.26	0.32	0.30	0.48	0.29
N3	0.16	0.17	0.26	0.27	0.13	0.11	0.12	0.14	0.14	0.11	0.12	0.18	0.22	0.13	0.13	0.36	0.38	0.23	0.29	0.31	0.43	0.26
N7	0.09	0.17	0.21	0.35	0.09	0.09	0.12	0.19	0.12	0.14	0.12	0.15	0.20	0.17	0.09	0.32	0.24	0.16	0.28	0.40	0.38	0.26
N9	0.12	0.17	0.24	0.29	0.11	0.08	0.11	0.14	0.13	0.10	0.11	0.17	0.21	0.14	0.10	0.34	0.32	0.19	0.27	0.34	0.40	0.24
O2'	0.37	0.33	0.31	0.23	0.31	0.35	0.26	0.30	0.25	0.28	0.26	0.36	0.26	0.25	0.32	0.49	0.59	0.47	0.44	0.27	0.38	0.31
O3'	0.55	0.52	0.45	0.38	0.49	0.56	0.44	0.51	0.41	0.46	0.44	0.54	0.40	0.43	0.50	0.61	0.70	0.67	0.57	0.40	0.40	0.44
O4'	0.15	0.18	0.33	0.38	0.13	0.15	0.13	0.21	0.15	0.12	0.13	0.19	0.23	0.16	0.12	0.36	0.40	0.19	0.27	0.40	0.44	0.27
O5'	0.46	0.46	0.50	0.60	0.48	0.51	0.53	0.61	0.53	0.54	0.48	0.46	0.60	0.57	0.49	0.50	0.66	0.53	0.59	0.79	0.79	0.65
O6	0.10	0.15	0.22	0.41	0.10	0.14	0.14	0.22	0.12	0.17	0.12	0.12	0.21	0.20	0.12	0.29	0.22	0.15	0.29	0.40	0.38	0.26
OP1	0.34	0.30	0.40	0.53	0.36	0.41	0.45	0.55	0.45	0.49	0.34	0.31	0.58	0.55	0.39	0.30	0.46	0.44	0.51	0.77	0.74	0.60
OP2	0.97	0.88	1.02	1.15	1.02	1.06	1.15	1.19	1.14	1.19	1.00	0.90	1.28	1.25	1.06	0.92	1.16	1.03	1.21	1.43	1.46	1.31
P	0.60	0.56	0.67	0.81	0.64	0.68	0.73	0.80	0.73	0.76	0.63	0.56	0.84	0.81	0.66	0.59	0.81	0.65	0.80	1.03	1.04	0.89

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.07	0.02	0.01	0.03	0.04	0.02	0.01	0.00	0.02	0.32	0.00	0.22	0.18	0.49	0.22
C2	0.04	0.00	0.33	0.29	0.02	0.06	0.01	0.10	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.18	0.32	0.16	0.24	0.24	0.44	0.23
C2'	0.01	0.33	0.00	0.00	0.17	0.01	0.08	0.21	0.15	0.16	0.25	0.33	0.10	0.09	0.03	0.00	0.02	0.02	0.44	0.44	0.56	0.43
C3'	0.02	0.29	0.00	0.00	0.27	0.01	0.35	0.02	0.36	0.33	0.33	0.24	0.40	0.38	0.23	0.02	0.01	0.02	0.19	0.23	0.23	0.14
C4	0.02	0.02	0.17	0.27	0.00	0.06	0.00	0.10	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.18	0.18	0.09	0.25	0.24	0.44	0.22
C4'	0.01	0.06	0.01	0.01	0.06	0.00	0.11	0.01	0.10	0.18	0.07	0.06	0.12	0.17	0.09	0.30	0.03	0.00	0.02	0.10	0.31	0.09
C5	0.01	0.01	0.08	0.35	0.00	0.11	0.00	0.16	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.29	0.14	0.05	0.29	0.33	0.44	0.27
C5'	0.07	0.10	0.21	0.02	0.10	0.01	0.16	0.00	0.16	0.19	0.13	0.09	0.19	0.21	0.09	0.09	0.21	0.02	0.01	0.11	0.17	0.02
C6	0.02	0.01	0.15	0.36	0.01	0.10	0.01	0.16	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.27	0.17	0.08	0.30	0.34	0.45	0.28
C8	0.01	0.02	0.16	0.33	0.01	0.18	0.01	0.19	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.00	0.00	0.37	0.19	0.10	0.30	0.31	0.43	0.25
N1	0.03	0.00	0.25	0.33	0.01	0.07	0.01	0.13	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.19	0.23	0.13	0.27	0.30	0.44	0.26
N3	0.04	0.00	0.33	0.24	0.01	0.06	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.17	0.34	0.16	0.22	0.21	0.44	0.21
N6	0.02	0.01	0.10	0.40	0.01	0.12	0.01	0.19	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.32	0.19	0.07	0.32	0.40	0.46	0.32
N7	0.01	0.01	0.09	0.38	0.01	0.17	0.00	0.21	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.39	0.22	0.05	0.33	0.38	0.44	0.30
N9	0.00	0.02	0.03	0.23	0.01	0.09	0.01	0.09	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.21	0.12	0.02	0.24	0.22	0.45	0.21
O2'	0.02	0.18	0.00	0.02	0.18	0.30	0.29	0.09	0.27	0.37	0.19	0.17	0.32	0.39	0.21	0.00	0.05	0.21	0.29	0.31	0.62	0.33
O3'	0.32	0.32	0.02	0.01	0.18	0.03	0.14	0.21	0.17	0.19	0.23	0.34	0.19	0.22	0.12	0.05	0.00	0.24	0.31	0.55	0.42	0.38
O4'	0.00	0.16	0.02	0.02	0.09	0.00	0.05	0.02	0.08	0.10	0.13	0.16	0.07	0.05	0.02	0.21	0.24	0.00	0.09	0.16	0.51	0.23
O5'	0.22	0.24	0.44	0.19	0.25	0.02	0.29	0.01	0.30	0.30	0.27	0.22	0.32	0.33	0.24	0.29	0.31	0.09	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.18	0.24	0.44	0.23	0.24	0.10	0.33	0.11	0.34	0.31	0.30	0.21	0.40	0.38	0.22	0.31	0.55	0.16	0.02	0.00	0.03	0.01
OP2	0.49	0.44	0.56	0.23	0.44	0.31	0.44	0.17	0.45	0.43	0.44	0.44	0.46	0.44	0.45	0.62	0.42	0.51	0.02	0.03	0.00	0.01
P	0.22	0.23	0.43	0.14	0.22	0.09	0.27	0.02	0.28	0.25	0.26	0.21	0.32	0.30	0.21	0.33	0.38	0.23	0.01	0.01	0.01	0.00